토지와 건물의 기준시가로 안분계산 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2009.2.5. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 8,479,130원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.3.25. ○○○ 대 635㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○○로부터 116,000천원에 취득하고, 위 지상에 2005.8.2. 철골조 단층 건물 199.33㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여, 2005.9.8 쟁점토지와 쟁점건물(이하 쟁점 토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 ○○○에게 280,000천원에 양도하고, 2005년 11월경 양도가액을 280,000천원(쟁점토지 175,000천원, 쟁점건물 105,000천원)으로, 취득가액을 220,012천원(쟁점토지 116,000천원, 쟁점건물 104,012천원)으로 하여, 2005년 귀속 양도소득세 2,892,470원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 2008.12. 처분청은 청구인이 신고한 양도가액 280,000천원에 대한 자산별 안분계산 시 청구인이 임의로 구분하여 계산한 것으로 보아 기준시가를 기준으로 양도가액을 쟁점 토지 188,461천원, 쟁점건물 91,539천원으로 안분계산하고, 취득가액은 쟁점 토지 취득가액 116,000천원과 쟁점건물 환산 취득가액 91,539천원으로 한 양도차익을 계산하여, 2009.2.5. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 8,479,130원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.23. 이의신청을 거쳐, 2009.5.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 쟁점 토지 및 쟁점건물의 가액을 구분할 때 신축건물인 쟁점건물에 대한 거래가액을 취득세 및 등록세 과세표준을 참작하여 105,000천원으로 결정하였고, 쟁점토지에 대하여는 거래당시 시세를 감안하여 175,000천원으로 한 것으로 경제적 합리성이 결여된 것으로 보기는 어렵다 할 것인데도, 처분청이 매도자와 매수자 사이의 자유로운 합의에 의하여 결정한 쟁점토지와 쟁점건물의 거래가액을 객관적이고 합리적인 근거가 부족하다는 이유로 부인하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 기준시가로 안분계산 하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산 거래 당사자의 의사표시 합치에 의하여 양도가액이 결정되었으며, 쟁점건물 가액은 취득세 및 등록세 과세표준을 참작하였고, 토지가액은 거래당시 시가를 감안하여 결정하였다고 주장하나, 쟁점부동산 매매계약서상에 기재된 쟁점토지와 쟁점건물의 가액은 객관적이고 합리적인 근거 없이 임의로 구분한 경우에 해당하므로, 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분계산하고, 그 양도차익에 대하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지와 건물에 대한 양도가액을 임의로 구분 기재한 것으로 보아 토지와 건물의 기준시가로 안분계산 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산 한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제164조 (토지ㆍ건물의 기준시가 산정)

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용 상황 등 지가형성요인이 유사한 인근 토지를 표준지로 보고부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록 토지

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다) 제166조 (양도차익의 산정 등)

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. (3) 부가가치세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다. (2000.12.29. 개정)

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산 한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2008.12. 처분청 조사공무원이 작성한 ‘양도소득세 조사서’를 보면, 당초 신고 된 쟁점부동산 양도가액 280,000천원은 과소신고 혐의를 발견할 수 없으나, 쟁점 토지 취득 후 토지의 지목이 변경되어 쟁점 토지 양도시점의 개별공시지가가 없는 토지로 보아 감정기관의 감정가액으로 쟁점 토지를 평가하여 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을소득세법제100조(양도차익의 산정) 제2항에 따라 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분하여 결정하는 것으로 되어 있고, 취득가액 중 토지분 취득가액 116,000천원은 실지거래가액으로 확인이 되고, 건물 분 취득가액은 경정한 양도가액을 환산한 가액으로 결정하는 것으로 되어 있다.

(2) 쟁점토지에 대한 부동산등기부등본을 보면, 당초 지목이 ‘전’으로 되어 있던 것이 2005.7.26. ‘대’로 변경된 것으로 되어 있고, 국세통합전산망에 의해 나타난 쟁점토지의 개별공시지가 내역은 다음 <표1>과 같이 2005년 1월 81,200원에서 2006년 1월 249,000원으로 증가된 것으로 나타나며, <표1> 쟁점 토지 개별공시지가 쟁점건물에 대한 부동산등기부등본 및 일반건축물대장을 보면, 쟁점건물은 철골조 기타지붕(판넬) 단층 제1종 근린생활시설 199.33㎡로 되어 있다.

(3) 2008.10.28. 처분청이 쟁점 토지 소재지 관할 ○○○세무서장에게 쟁점토지의 감정을 의뢰하여, 2008.11.24. ○○○세무서장이 처분청에 회신한 내용은 다음 <표2>와 같으며, 처분청은 2개의 감정평가기관이 감정한 가액을 평균하여 쟁점토지의 양도당시 기준시가액 137,477천원[635㎡×(217천원+216천원)/2]을 산정한 것으로 나타나고, 쟁점건물의 기준시가액 66,775천원을 계산하여, 쟁점부동산 양도가액 280,000천원에 쟁점 토지 및 쟁점건물의 기준시가에 따라 안분계산 한 쟁점토지의 양도가액 188,461천원, 쟁점건물의 양도가액 91,539천원으로 계산한 사실이 나타나며, 쟁점 토지 취득가액 116,000천원을 실지거래가액으로 인정하고, 쟁점건물 취득가액은 쟁점건물 양도가액을 환산한 가액 91,539천원으로 하여 양도차익을 계산하고 있는 사실이 나타난다.

(4) 청구인이 제시한 쟁점부동산의 양도 시 매매계약서를 보면, 매매대금 280,000천원으로 하여 쟁점 토지 175,000천원, 쟁점건물 105,000천원으로 구분 기재되어 있고, 쟁점 토지 취득 시 매매계약서를 보면, 매매대금 116,000천원으로 되어 있으며, 쟁점건물 양도가액 105,000천원은 취득세 및 등록세 과세표준액 105,445천원을 참작하여 구분한 것이라고 주장하고 있다.

(5) 청구인이 제시한 쟁점건물 양도가액 105,000천원에 대한 취득세 및 등록세 과세표준 계산내역을 보면, 2004.12.30. ○○○시장의 2005년도 건물 및 기타물건 시가표준액 결정고시○○○에 따라, 기준가액 460,000원에 구조지수(철골조) 1, 용도지수(근린생활시설) 1.25, 위치지수 0.92로 하여 ㎡당 금액을 529천원으로 산정하여 쟁점건물 면적 199.33㎡에 곱하여 105,445천원으로 취득세 및 등록세 과세표준이 계산된 것임을 알 수 있는 반면, 처분청의 쟁점건물 기준시가 66,775천원에 대한 계산내역을 보면, 기준가액 460,000원에 구조지수(철골조) 0.9, 용도지수(근린생활시설) 0.9, 위치지수 0.9로 하여 ㎡당 금액을 335천원으로 산정하여 쟁점건물 면적 199.33㎡에 곱하여 66,775천원으로 계산된 것임을 알 수 있다.

(7) 위의 사실관계를 종합하여 살피건대, 일반적으로 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시 되어 있으며, 구분표시 된 토지와 건물가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시 된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산 한 가액을 공급가액으로 하는 것이라 할 것이다. 이 건의 경우, 쟁점부동산 매매계약서상 매매가액 280,000천원이 실지거래가액임이 확인되고, 쟁점 토지 가액 175,000천원과 쟁점건물가액 105,000천원을 구분표시하고 있으며, 구분표시 된 쟁점건물의 가액이 ○○○시장이 고시한 2005년도 건물시가표준액에 따른 취득세 및 등록세 과세표준의 계산방법에 따라 산정된 기준시가를 적용한 것이고, ○○○시장이 고시한 건물기준시가를 산정함에 있어 적용한 구조지수, 용도지수, 위치지수 등이 국체청장이 고시하는 건물기준시가를 산정함에 있어 적용한 구조지수 등과 일부 다르나, 이를 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도 등에 비추어 합당하지 아니하다고 보기는 어려운 것으로 판단되며, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 쟁점토지의 감정가액이나 쟁점건물의 기준시가 보다 높게 신고 된 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점부동산 매매계약서상의 쟁점건물가액이 처분청이 계산한 기준시가와 다소 차이가 난다 하여, 처분청이 쟁점 토지 및 쟁점건물의 구분가액이 불분명한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.