실질과세원칙상 본점 이전일은 법인등기부상 등기이전일이 아니라 실제 이전일이 라 할 것이므로 조세특례제한법 제63조에 의한 중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
실질과세원칙상 본점 이전일은 법인등기부상 등기이전일이 아니라 실제 이전일이 라 할 것이므로 조세특례제한법 제63조에 의한 중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
○○○세무서장이 2009.2.16. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 54,686,890원과 2005사업연도 법인세 48,720,160원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
○ 조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】
① 수도권 과밀억제권역안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 해당 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에만 해당한다)하여 2011년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】
① 법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음ㆍ진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.
1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것
2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 조세특례제한법 제63조 에 의한 수도권 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면규정을 적용하여 2004 및 2005 사업연도에 법인세를 신고한 것에 대하여, 처분청은 청구법인이 감면요건에 해당하지 아니한다 하여 세액감면규정의 적용을 배제하고 법인세를 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.
(2) 처분청은 청구법인이 ○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○에 소재한 공장을 2002.7.1.5. 폐쇄한 후 같은 동 ○○○-○○ 및 같은 구 ○○동 ○○○에 사업자등록정정신고를 하였다가 1년 4개월 후인 2003.11.27. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○로 사업장을 이전하여 사업을 개시한 사실이 법인등기부 등에 의하여 확인되고, 2003년 ○○청장에게 2002.7. 공장을 ○○도 ○○시로 이전한 뒤 지점등기하고 본사는 2003.10. 같은 지역으로 이전하여 사업을 개시하였다고 질의하는 등 수도권에 소재하는 공장을 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하지 아니하였다는 이유로 조세특례제한법 제63조 에 의한 수도권 외 지역이전중소기업에 대한 세액감면규정의 적용을 부인하였다.
(3) 청구법인은 법인등기부상 본점이 수도권으로 등재되어 있기는 하나 사실상 구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시한 만큼 조세특례제한법제63조에 의한 감면요건을 충족하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1992.1.3. 설립하여 필기잉크․방향유․접착제․산업용윤활유를 제조․판매하는 법인으로 과세시점 현재 종업원 20명 미만이고 연간매출액이 40억원 이하로서 중소기업 해당요건(제조업으로서 상시종업원수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하)을 충족하고, 사업장 소재지인 ○○도 ○○시 ○○면은 조세특례제한법 시행령 제60조 별표7에서 규정한 수도권 외의 지역에 해당하는 사실 등이 법인등기부 및 관련법령에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 공장 및 본점을 사실상 이전하면서 법인등기부상 본점 소재지를 등재하지 못한 사유를 살펴보면 다음과 같다.
1. 청구법인은 당초 공장 및 사업장 소재지인 ○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○에 대한 임대차계약이 2001.12.31. 해지되었으나, 2001.12.23.부터 2002.7.15.까지 법인등기부 및 사업자등록증사 본점 소재지를 변경하지 아니하다가 2002.7.15.(법인등기부 2002.7.2.) 공장 소재지에 저점을 설치하면서 동일자로 본점 소재지를 대표이사 주소지인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○로 변경한 뒤에 이를 매각(소유권이전등기: 2002.11.29.)하자 다시 대표이사의 변경된 주소지(임차아파트)인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○아파트 ○○○-○○○호로 변경등기한 사실이 법인등기부상에 나타난다. 2) 상업등기법 제30조 (등기할 수 없는 상호)에 동일한 특별시․광역시․시 또는 군 내에서는 동일한 영업을 위하여 다른 사람이 등기한 것과 확연히 구별할 수 있는 상호가 아니면 등기할 수 없다고 규정하고 있고, 청구법인과 유사상호를 사용하는 다른 법인인 주식회사 ○○산업이 주택건설업 등을 영위하며 200.5.16. ○○도 ○○시 ○○동 ○○○-○를 본점 소재지로 하여 등기한 사실이 해당 법인등기부에 의하여 확인되고, 청구법인은 법인의 상호가 동일하면 업종과 관계없이 법인 등기부상 이전등기를 할 수 없으며 상호가 동일하지 아니하고 유사한 경우라도 법인 이전등기가 되지 아니한다는 취지의 내용으로 답변한 확인서를 제시하고 있다.
3. 청구법인은 사실상의 사업자을 법인 소재지로 하는 사업자등록정정신청을 하기 위하여 상호를 주식회사 ○○산업에서 주식회사 ○○테크로 변경(2003.11.25. 변경등기)하며 실제 사업장인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○을 본점 소재지로 하여 2003.12.1. 변경등기한 사실이 법인등기부에 등재되어 있다.
(4) 위 내용을 종합하면, 청구법인이 ○○도 ○○시에 동일한 상호를 사용하는 다른 법인인 주식회사 ○○산업이 있었고, 동일한 시․군내에 동일한 상호를 사용하는 법인이 전입할 경우 사업등기법 제30조에 의하여 법인변경등기를 할 수 없어서 공장 및 본점 이전시점에 바로 법인등기부상 변경등기를 하지 못하고 수도권 내에 있는 대표이사 주소지를 본점 소재지로 하여 형식적인 변경등기를 하였다는 청구주장이 신빙성이 있다. (다) 청구법인이 법인등기부상 본점 소재지인 ○○시 ○○구에서 본점업무를 수행하지 아니하고 공장 및 지점 소재지인 ○○도 ○○시 ○○면에서 사실상 본점업무를 처리하였는지 여부를 살펴본다.
1. 법인등기부상 본점 소재지로 등재되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 연립주택 ○층 ○호는 대표이사 서동하의 거주지로서 전용면적이 76.99㎡이고, ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○아파트 ○○○-○○○호 또한 ○○○의 거주지로 면적이 164.25㎡인 만큼, 청구법인이 위 연립주택과 아파트에서 인적․물적 설비를 갖추고 사업장으로 사용하였다고 보기는 어렵고, 또한 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 연립주택 ○층 ○호 및 같은 구 ○○동 ○○아파트 ○○○-○○○호에서 본점업무를 수행하였다면 통신비 등을 많이 지출하였을것이나 통신비가 월 평균 3만 ~ 4만원으로 일반 가정집 수준이고 비용으로 계상한 사실도 없으며, 2002년 이후에는 공장 및 본점에 대한 임차료가 발생하지 아니한 사실이 결산서, 통신요금 납부사실증명원 등에 의하여 확인된다.
2. 청구법인의 사업장인 ○○도 ○○시 ○○면의 공장 및 사무실 현황은 아래와 같음이 건축물대장에 등재되어 있으며, ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 구공장(면적 423.94㎡)에서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○ 신공장(면적 988.8㎡)으로 사업장을 확장․이전하기 위하여 2001.7.21. 주식회사 ○○신화와 제조설비 추가구입계약을 체결하였고 계약조건에 따라 기존설비의 이전 및 설치를 2001.12.22. 완료한 사실이 계약서, 견적서, 세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표, 구공장 건축물대장 등에 나타난다.
3. 청구법인은 2001.12.31.까지는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○에서 공장 및 사무실 임차료가 아래와 같이 발생하였으나, 2002년 이후에는 임차료가 발생하지 아니하고 사업장을 이전함에 따라 사원 숙소인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○마을 ○○○타운 ○○○-○○○호에서 임차료가 발생한 사실이 지급임차료 계정별원장(2001 ~ 2003년), 임대차계약서(사원 숙소), 세금계산서(차량 임차료) 등의 증빙서류에 의하여 확인된다.
4. 청구법인의 ○○시 전화가입권(02-○○○-00○○~2, 02-○○○-00○○~2)은 2001.12.21. 및 2001.12.22. 해지되어 02-○○○-00○○~2, 02-○○○-00○○~2로는 통화가 불가능하며, 해지된 전화번호에 타지역 서비스를 신청하여 그 번호로 전화가 오면 ○○도 ○○시 ○○면 사업장의 전화(031-983-**, 031-997-*1~5)로 연결되도록 한 사실이 서비스번호 변동이력조회표, 가입전화 가입원부 등록사항 증명서, 전화가입권해지 문의에 대한 답변문서에 의하여 확인되고, 2004.12.17. 타지역 서비스를 해지하고 전화번호 변경안내를 신청하여 사용하다가 2005.6.17. 해지하고, 2001년 12월 전화사용분은 ○○시 ○○구 ○○동으로 청구된 반면, 2002년 1월 전화사용분부터는 ○○도 ○○시 ○○면 사업장으로 청구된 사실이 수납자료조회(전화요금), 계정별원장 등에 나타난다.
5. 청구법인은 2001년 12월 이전에는 ○○시 ○○구 ○○동 우체국 및 ○○전화국에서 우편물 발송 및 전화요금 납부 등의 업무를 처리하였으나, 2002년 1월 이후부터는 ○○도 ○○시 ○○동 우체국 및 ○○도 ○○시 ○○우체국, 중소기업은행 ○○지점 등에서 처리한 사실, 전기료는 2001년 12월 이후부터의 전기료는 ○○도 ○○시 ○○면 사업장에서만 발생하거나 비용처리한 사실, 수도료는 2002년 1월까지는 ○○수도사업소(○○시 ○○면에 수도가 가설되지 아니한 관계로)에서 청구되고 다른 지역에서 청구되거나 비용처리한 사실이 없음이 계정별원장 및 지출과 관련한 증빙서류(통신비․전력비․가스수도료․수도광열비) 등에 의하여 확인된다.
6. 위 내용을 종합하면, 청구법인은 당초 사업장인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○의 임대차계약이 2001년에 해지되자 2002.7.15. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○에 공장 및 본점 등기를 하고자 하였으나 같은 지역에 동일한 상호를 사용하는 법인이 이미 등록되어 있어 공장 및 지점만 등기하고 본점 소재지는 ○○시 ○○구에 소재한 대표이사 거주지에 등기하였다는 청구법인 주장이 설득력이 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인은 지점사업자 등록일인 2002.7.15. 이전에 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○에서 사실상 본점 업무를 수행한 것으로 보인다. (라) 처분청은 청구법인이 2003.10.17. 국세청장에게 질의하여 받은 회신(서이46012 11904, 2003.10.31.)에 2002년 7월 공장을 ○○도 ○○시로 이전하여 지점등기하고 본점은 2003년 10월 같은 지역으로 이전하여 사업을 개시하였다는 질의내용을 근거로 하여 구공장을 폐쇄한 뒤 1년 이상 경과한 후에 본점을 이전하였다는 의견이나, 동 질의내용을 살펴보면 조세특례제한법 제63조 에서 공장시설(본점 포함)을 전부 이전하고 2003.12.31.까지 사업을 개시하면 세액감면한다고 규정하고 있어 그 공장시설은 같은법 시행령 제60조에서 규정하는 공장과 다른 개념으로 보아 세액감면요건을 갖추고 본점을 2003.12.31.까지 수도권 외의 지역으로 이전하기만 하면 감면을 한다는 의미인지 여부와 관련하여 청구법인이 사실관계를 나열하지 아니하고 사업자등록증상 이전일을 기준으로 일부 수정(사업자등록증상 이전일은 2003.11.28.이고 질의서는 2003.10.로 표기)하여 질의한 것인지, 본점 이전일이 법인등기부상 이전일인지 사실상 이전일인지 여부에 대한 질의내용은 아닌 것으로 보임에도, 구체적 사실관계를 고려하지 아니하고 청구법인이 2003년 10월 ○○도 ○○시 ○○면으로 본점을 이전한 사실을 시인하였다고 단정하는 것은 불합리하여 보인다. (마) 본점 이전일은 법인등기부 및 사업자등록변경일 등을 기준으로 판단하는 것이 원칙이나 법인등기부와 달리 본점을 실제 이전한 사실이 확인된다면 실질과세원칙을 적용하여 법인등기부상 이전일이 아니라 실제 이전일을 본점 이전일로 보아야 할 것이다(국심 2007전5018, 2008.4.25. 같은 뜻임).
(3) 살피건대, 실질과세원칙상 본점 이전일은 법인등기부상 등기이전일이 아니라 실제 이전일인 점, 사업장 이전 지역인 ○○도 ○○시 ○○면에 동일한 상호를 사용하는 법인이 이미 있어 사실상 공장 및 본점을 이전하고도 사업자등록증 및 법인등기부를 변경하지 못한 불가피한 사유가 있었던 점, ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 구공장에서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○ 신공장으로의 이전을 완료한 2001.12.22.이 구공장 폐쇄일 및 신공장 설립일로 보이는 점, 법인등기부상 본점(○○시 ○○구 ○○동 및 ○○동)은 대표이사가 거주하는 주택으로 2002년 이후부터 본점 업무를 수행한 흔적인 비용지출 내역이 없고 ○○도 ○○시 사업장에서 2002년 1월부터 임차료, 전화료 등의 비용이 발생한 점, 청구법인이 법인등기부와는 달리 ○○도 ○○시에서 사실상 본점 업무를 수행한 증빙자료를 제시하고 있는 반면, 처분청은 법인등기부상 본점 소재지에서 본점 업무를 수행하였다는 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○에서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○로 본점을 이전한 후 2002년 1월경부터 사실상 본점 업무를 수행한 것으로 인정된다.
(4) 그렇다면, 청구법인이 구공장 폐쇄일로부터 1년 이내에 공장 및 본점을 이전하여 사업을 개시하지 아니하였다 하여 조세특례제한법 제63조 에 의한 수도권 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면의 적용을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.