주유소 양도시 영업권과 함께 양도하였는지 여부와 양도가액 및 취득가액이 적정하게 평가되었는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2004.1.9. 취득한 강원도 00시 00동 000-1 번지외 5필지 대지 1,330㎡와 주유소 건물 145.61㎡(이하“쟁점주유소”라 한다)를 2006.10.12. 매매대금 13억5천만원에 양도하고, 2007.1.15. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 취득당시 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도소득세 296,640원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주유소의 매매계약서상 영업권 가액 445,454,546원(이하:쟁점영업권“이라 한다)을 구분기재하고 이에 따른 세금계산서를 발행한 사실이 있음에도 쟁점영업권에 대하여 양도소득세 신고를 누락하였다고 보고, 쟁점영업권 가액을 청구인의 양도소득금액에 합산하여 2009.2.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 191,966,780원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009,4,27, 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2006.8.18. 쟁점주유소에 대한 매매계약을 체결하면서 토지ㆍ건물 및 주유소 시설에 대하여 별도로 구분하여 매매계약을 체결하지 아니하고 총액으로 ｢부동산 매매계약｣을 체결하였으며, 쟁점주유소는 당초부터 영업권이 존재하지도 아니하였는 바, 쟁점영업권이 구분기재된 2006.9.18.자 ｢부동산 및 사업권 양도양수계약서｣는 매수인이 장부 기재를 위하여 필요하다며 작성한 계약서로 장부가액과 매매가액의 차액을 쟁점영업권으로 잘못 표시한 것임이 매수인의 확인서와 2006.8.18.자 ｢부동산 매매계약서｣ 및 계약금의 지급시기등에 의하여 확인되므로 처분청이 쟁점주유소의 거래가액에 쟁점영업권이 포함되어 있었다고 본 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주유소에 대한 당초 매매계약서에 영업권이 존재하지 않았다고 주장하고 있으나, 2006.9.18.자 ｢부동산 및 사업권 양도 양수계약서｣를 보면, 1면에 쟁점영업권 4억9천만원이 명시되어 있고, 쟁점영업권 등에 대하여 세금계산서도 2006.10.31. 발행한 사실이 있으며 영업권의 존재 여부는 양도인과 양수인 사이의 계약에 의하여 성립되는 것으로, 청구인이 쟁점영업권이 명시되어 있는 매매계약서를 작성하고 세금계산서를 교부한 사실로 미루어 청구인은 이 건 계약과정에서 영업권의 존재 사실을 인지하고 시인한 것으로 볼 수 있으므로 이 건 주유소의 매매가액에 쟁점영업권이 포함되어 있지 아니하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점주유소를 양도하면서 쟁점영업권을 함께 양도하였는지 여부와 그 양도가액 및 취득가액이 적정하게 평가되었는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산 임차권

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 ″기타자산″이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허ㆍ 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

(2) 상속세 및 증여세법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제64조 【무체재산권등의 평가】

① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 차감한 금액으로 평가한다.

② 제1항외의 공업소유권등 기타 무체재산권의 평가는 당해 재산의 취득을 위하여 소요된 가액 또는 장래의 경제적 이익등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령 (2007.2.28 대통령령 제19899호로 개정되기 전의 것) 제59조 【무체재산권등의 평가】

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. 〔최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율)〕

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항중 ″1주당 순손익액 및 1주당 추정이익″은 ″순손익액″으로 본다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 ÷ ｢소득세법 시행령｣ 제165조 제10항 제1호 에서 규정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 ÷ ｢소득세법 시행령｣ 제165조 제10항 제2호 에서 규정하는 자기자본회전율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주유소를 2004.1.9. 취득하여 이를 운영하다가 2006.10.12. 서00에게 매매대금 13억5천만원에 양도하고, 2007.1.15. 취득당시 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고납부하였으나, 처분청은 00세무서장이 통보한 쟁점영업권 양도에 따른 양도소득세 신고누락 정보자료에 의하여 2008.10.20. 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하고, 00세무서장이 통보한 ｢부동산 및 사업권 양도양수계약서｣ 상 쟁점영업권 4억9천만원이 토지 및 건물가액 등과 구분 기재된 사실과 청구인이 동 영업권 등에 대하여 2006.10.31. 세금계산서(3매)를 발행하여 2007.1.25. 2006년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다가, 2007.3.22. (-)세금계산서를 발행하여 수정신고를 한 사실 등을 확인하고, 동 영업권을 사업용 고정자산과 함께 양도된 영업권으로 보아 양도소득세 과세대상으로 판단하였는 바, (가) 당초 00세무서장이 통보한 ｢부동산 및 사업권 양도양수계약서(2006.9.18.)｣(이하 “계약서②”라 한다)의 주요내용은 다음과 같다.

1. 계약당사자 가)매도인: 청구인 나)매수인: 김00

2. 매매물건: 강원도 00시 00동 000-3, 000-17, 000-1, 000-4, 000-3, 000-2 토지 1,330㎡, 건물 145.61㎡, 주유기계ㆍ시설ㆍ 주유차량 및 자산 일체.

3. 매매가액: 토지 7억5천만원, 건물 4,500만원, 기계시설ㆍ주유차량(2대) 및 집기 등 자산일체 6,500만원, 쟁점영업권 4억9천만원, 합계 13억5천만원으로 하며, 계약금 2억원은 2006.9.19. 지급하고, 잔금 11억5천만원은 2006.10.12. 지급한다.

4. 기타 계약조건: 본 계약의 목적은 위 부동산과 청구인이 운영하는 쟁점주유소의 영업에 관한 일체의 권리와 의무를 매수인이 양수하고자 하는데 있다(제1조, 목적). 잔금 지급과 동시에 사업의 계속 및 모든 권리는 매수인에게 있으며, 매도인이 거래중인 모든 거래처에 대하여 매수인이 인수하여 거래를 보장한다(제2조, 사업의 승계). 위 사업과 관련하여 (구)00은행으로부터 매도인이 융자받은 융자액 3억7천만원과 (주)000000로부터 융자받은 융자액 5천만원은 매매대금에서 공제한다(제3조, 융자금의 승계). (나) 위 계약서②에 기재된 매매대금과 관련하여 청구인은 2006.10.31.자로 서00에게 건물에 대하여 공급가액 40,909,091원의 세금계산서를, 쟁점영업권에 대하여 공급가액 445,454,546원의 세금계산서를, 기계시설 및 자산일체에 대하여 공급가액 59,090,910원의 세금계산서를 각각 발행하여 2006년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다가, 사업의 양도양수시에는 세금계산서를 교부할 수 없다는 00세무서장의 지적에 따라 2007.3.22. (-)세금계산서를 발행(발행일자는 2006.10.31.자로 소급기재)하여 부가가치세 수정신고를 한 사실이 있는데, 동(-)세금계산서 발행을 대행한 세무대리인의 착오로 인하여 (-) 세금계산서의 발행인을 청구인이 아니라 2007.1.1.부터 쟁점주유소를 운영한 최00로 잘못 기재한 사실이 있다.

(2) 청구인은 2008.11.18. 과세전적부심사청구를 제기하여 00세무서장이 통보한 위 계약서②는 매수인이 장부기재를 위하여 필요하다며 사후에 작성한 계약서로서 장부가액과 매매가액의 차액을 쟁점영업권으로 잘못 표시한 것이며, 당초 계약서에는 쟁점영업권에 대한 언급이 없었다고 주장하면서 2006.8.18. 작성된 ｢부동산 매매계약서｣ (이하 “계약서①”이라 한다)와 청구인이 동 계약서상의 계약금을 지급받은 내역 등을 증빙서류로 제시하였는 바, (가) 계약서①의 주요내용은 아래와 같다.

1. 계약당사자

• 가) 매도인: 청구인 (청구인의 동생 김00의 배우자 최00가 청구인을 대리하여 계약체결)
• 나) 매수인: 서00 및 유00 부부

2. 매매물건: 강원도 00시 00동 000-3, 000-17, 000-1, 000-4, 000-3, 000-2 주유소 대지 총 1,330㎡, 위 지상건물 145.61㎡, 주유차량ㆍ주유기계 저장시설 및 집기 일체, 주유소 영업관련 허가 및 사용권 전부.

3. 매매가액: 13억5천만원(계약금 1억3,500만원은 계약시 지급하고, 중도금은 5억2천만원, 잔금은 6억9,500만원으로 하며, 부동산의 명도는 2006.9.30.로 한다.

4. 특약사항: ① 매수인은 잔금 지급일로부터 2년간 현재의 주유소 영업자에게 보증금 1억원, 월 8백만원으로 주유소를 임대한다.

② 매도인은 잔금 지급과 동시에 쟁점주유소 영업관련 명의변경이 필요한 사항에 대하여 책임지고 매수인에게 명의변경해 주어야 한다.

③ 현존 (구) 00은행 채무 3억7천만원 (주)000000 채무 5천만원, 임대보증금 1억원 총 5억2천만원은 중도금으로 갈음하고, 총매매잔금은 6억9,500만원으로 한다.

④ (구)0000 채무, (주)000000 채무 외의 채무가 있을시 매도인은 잔금지급기일 이전에 완제하여 매수인의 부동산 인수에 장애를 발생시켜서는 안되며, 위반시 그에 따른 손해에 대하여는 매도인이 매수인에게 배상책임을 진다.

⑤ 동 매매계약을 매도인인 청구인의 위임을 받은 최00가 매도인을 대리하여 매수인과 체결하고 매매계약 하자시 모든 민ㆍ형사상의 책임은 대리인 최00와 매도인인 청구인이 연대하여 책임진다. (나) 청구인은 위 2006.8.18.자 ｢부동산 매매계약서｣ 에 의하여 쟁점주유소를 양도하였고, 2006.8.18.(금) 서00으로부터 계약금 1억3,500만원을 수표로 지급받아 2006.8.21.(월) 청구인의 신한은행 계좌로 입금하였다고 주장하며, 예금통장 사본을 제출하였는 바, 청구인의 계좌에 2006.8.21. 135,310,000원이 입금된 사실이 확인되었다. (다) 청구인은 쟁점주유소를 운영하였던 기간(2007.1.15.까지 쟁점주유소를 운영하였음)인 2003~2006년 귀속 종합소득세를 외부조정에 의하여 기장신고하였으나 영업권을 계상한 사실은 없고, 매수인 서00은 쟁점주유소를 취득한 후 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고 청구인을 대리하여 쟁점주유소의 매매계약을 체결하였던 최00에게 쟁점주유소를 보증금 1억원 / 월세 8백만원에 임대하다가 2007.8.24.부터 쟁점주유소를 직접 운영하고 있는데, 서00이 외부조정에 의하여 기장신고한 2007년 귀속 종합소득세 확정신고서에 의하면, 서00의 대차대조표에 계상된 유형자산은 토지 750,000,000원, 건물 40,909,091원, 기계장치 44,790,910원, 차량운반구 14,700,000원이고, 무형자산은 쟁점영업권 445,454,546원으로 기재되어 있다. (라) 청구인은 2007년에 발행한 (-)세금계산서의 발행인이 청구인이 아닌 최00로 기재된 이유에 대하여 동 (-)세금계산서의 발행을 대리하였던 세무대리인의 실수로 인하여 착오기재된 것이라고 소명하였고, 처분청에서 00세무서장에게 확인한 바, 매수인인 서00은 청구인이 2006.10.31. 발행한 세금계산서에 대하여 부가가치세 환급신고를 하였으나, 관할 00세무서장이 사업의 양도양수임에도 세금계산서를 수취한 것으로 보아 해당 매입세액을 공제하지 아니한 사실이 확인되었으며, 처분청에서 서00에게 확인한 바, 서00은 청구인으로부터 위 매입세금계산서의 교부를 취소하겠다는 유선통지를 받은 사실이 있으나, 그렇게만 알고 있었고 청구인으로부터 (-) 세금계산서를 직접 수취한 사실도 없다고 소명하였다. (마) 쟁점주유소의 실지 취득가액에 대하여 청구인은 취득당시 계약서는 보관하고 있지 않지만, 약 8억4천만원에 쟁점주유소를 취득 하였다고 소명하였고, 양도당시의 ｢부동산 매매계약서｣ 상 매매대금 13억5천만원은 당시 토지시세(평당 250만원~280만원)를 감안하여 토지가액을 10억원으로 계상하고, 건물가액을 7천만원, 나머지 주유시설 등을 2억8천만원으로 계상하였다고 소명하였으며, 처분청이 서00에게 쟁점주유소 매매대금의 산출내역에 대하여 소명을 요구한데 대하여, 서00은 쟁점영업권은 4억9천만원이며, 산정근거는 “평당 약 2백만원에 거래된다는 주변시세를 기준으로 토지가액을 7억5천만원으로 정하고, 건물 및 기계시설의 가액을 장부가액 기준 1억1천만원으로 산정한 나머지 금액인 4억9천만원을 쟁점영업권으로 계산하여 부동산 및 사업권 양도양수계약서를 작성하였다”는 취지의 소명서(2008년10월)를 작성하여 처분청에 제출하였다. (바) 이상의 조사내용에 따라 처분청은 청구인이 2006.9.18. 작성한 계약서②에 쟁점영업권이 구분기재되었고, 동 영업권에 대하여 2006.10.31. 세금계산서를 발행한 사실에 비추어 볼 때, 쟁점영업권은 존재하는 것으로 판단하고, 다만 청구인이 쟁점주유소 취득과 관련한 쟁점영업권의 존재에 대하여 입증하지 못할 뿐, 실제 쟁점주유소의 취득가액에도 쟁점영업권이 포함되었을 것으로 보이므로 쟁점영업권의 양도가액을 양도당시의 ｢상속세 및 증여세법｣ 상 영업권 평가액과 취득당시의 영업권 평가액으로 환산한 가액을 당해 영업권의 취득가액으로 인정하는 것이 타당하다고 결정하였다.

(3) 위 과세전적부심사청구에 대한 결정내용에 따라 처분청이 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제59조 제2항 에 규정된 영업권의 평가방법에 의하여 쟁점영업권의 취득가액을 산정한 결과, 취득당시 (2004.1.9.)의 영업권 가액이 △2,222만원으로 평가되고, 양도당시 (2007.1.15.)의 영업권 가액이 △2,874만원으로 평가되므로 처분청은 쟁점주유소 취득당시의 영업권 가액을 영(0)으로 보았다.

(4) 청구인은 이 건 심판청구시 위 과새전적부심사청구시 제출하였던 서류 일체와 함께 매수인의 확인서 및 견적서 등을 추가로 제출하였는 바, 청구인이 제출한 매수인 서00의 확인서(2009.4.9.)에는 ‘서00이 청구인으로부터 쟁점주유소를 양수하면서 쟁점영업권으로 구분 기재한 금액은 매도인의 장부에 시설비로 계상한 금액이 적어 실제로 주유소 시설비로 인수하였으나 장부상 표기만 쟁점영업권으로 한 것’이라는 취지의 확인내용이 기재되어 있고, 첨부된 견적서(2007.4.)에는 ‘인근주유소의 신축공사에 따른 견적금액이 약 4억8,433만원’으로 기재되어 있다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, (가) 청구인은 과세전적부심사청구시 제출한 계약서①이 진정한 것이고, 당초 00세무서장이 통보한 계약서②는 매수인이 장부기재를 위하여 임의로 작성한 계약서에 불과하므로 쟁점주유소의 양도가액에 쟁점영업권이 포함된 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 위 2건의 계약서에 모두 청구인의 인장이 날인되어 있는 점, 청구인이 계약서 ①에 의하여 계약금을 납부하였으나, 계약서②에 의하여 세금계산서를 발행하였으며, 매수인이 계약서②에 의하여 세무신고를 하고, 장부를 기장한 점 등으로 보아 위 2건의 계약서는 매매당사자의 합의에 따라 순차로 작성한 계약서로 보이고, 청구인은 이 건 거래당시 쟁점주유소의 양도가액에 쟁점영업권이 포함된 사실을 인지하고 이를 시인한 것으로 보인다. (나) 청구인은 주유소의 설치 허가시에는 거리제한이 없으며, 자연녹지 및 절대농지만 아니면 허가가 가능하므로 주유소의 매매시에는 토지 및 건물 가액만을 기준으로 하는 점과 쟁점주유소의 양도당시 영업권 가액을 ｢상속세 및 증여세법｣ 상의 평가방법에 따라 평가한 결과 그 평가액이 음수(-)로 확인된 점 등을 감안할 때, 쟁점주유소의 양도당시 쟁점영업권의 가액을 영(0)으로 보아야 한다는 취지의 주장도 하고 있으나, 쟁점주유소의 양도당시 쟁점영업권 가액은 매매당사자의 합의에 의하여 결정된 실지거래가액으로 보이므로 쟁점주유소의 양도당시 쟁점영업권의 가액을 영(0)으로 평가하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.