청구인의 쟁점토지 취득가액을 특별조치법에 의한 소유권이전등기접수일인 2008.5.30.자 기준시가로 환산한 가액으로 산정할 수 있는지 여부 및 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 60%의 세율을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2008.5.30. 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 ○○○ 답 3,810㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 1990.1.10. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료하고, 2008.9.29. 쟁점토지를 670,000,000원에 양도한 후, 같은 날 양도가액을 670,000,000원, 취득가액을 316,388,889원, 세율을 60%(비사업용토지), 자진납부할 세액을 189,285,210원으로 하는 내용의 2008년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고를 하였으나, 2008.11.26. 처분청에게 취득가액을 등기접수일인 2008.5.30. 당시 환산가액 632,777,777원, 세율을 50%(1년 이내 단기 양도)로 산정해야 한다는 내용의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 신청 당시 ○○○에게 제출한 소유사실확인발급신청서 상에서 1990.1.10. 매매이후 계속 소유하였다고 기재하였던바, 1990.1.10. 이전 또는 당일에 잔금의 청산이 이루어졌다고 봄이 합리적이라고 보아, 2009.1.21. 청구인에게 위 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장
• 가. 청구인은 2008.5.30. 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 ○○○ 답 3,810㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 1990.1.10. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료하고, 2008.9.29. 쟁점토지를 670,000,000원에 양도한 후, 같은 날 양도가액을 670,000,000원, 취득가액을 316,388,889원, 세율을 60%(비사업용토지), 자진납부할 세액을 189,285,210원으로 하는 내용의 2008년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고를 하였으나, 2008.11.26. 처분청에게 취득가액을 등기접수일인 2008.5.30. 당시 환산가액 632,777,777원, 세율을 50%(1년 이내 단기 양도)로 산정해야 한다는 내용의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 신청 당시 ○○○에게 제출한 소유사실확인발급신청서 상에서 1990.1.10. 매매이후 계속 소유하였다고 기재하였던바, 1990.1.10. 이전 또는 당일에 잔금의 청산이 이루어졌다고 봄이 합리적이라고 보아, 2009.1.21. 청구인에게 위 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.10. 심판청구를 제기하였다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 특별조치법에 따라 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료할 당시 ○○○가 작성한 현장확인 보고내용, ○○○에게 제출한 소유사실확인발급신청서, 인우보증서에 의하면 청구인은 1990.1.10.일부터 쟁점토지를 매수하여 계속 소유하였고, 청구인은 1990.1.10. 쟁점토지에 대한 사실상 소유권을 취득하였음에도 특별한 사유 없이 장기간(18년 4개월) 소유권 이전등기를 하지 아니하다가, 등기부상 명의자인 ○○○가 사망한 이후에야 소유권을 이전하였던바, 이 건 양도 관련 잔금청산일이 1990.1.10.이 아님에 대하여 청구인이 입증하여야 하므로, 잔금청산일이 불분명하다는 이유만으로 등기접수일인 2008.5.30.을 취득시기로 볼 수는 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 이 건 양도관련 청구인의 쟁점토지 취득가액을 특별조치법에 의한 소유권이전등기접수일인 2008.5.30.자 기준시가로 환산한 가액으로 산정할 수 있는지 여부

(2) 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 60%의 세율을 적용할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 제104조의 3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제163조【양도자산의 필요경비】

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

(3) 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법 제1조【목적】 이 법은 부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부의 기재가 실제 권리 관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 따라 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제3조【적용범위】 이 법은 제2조 제1호에 규정된 부동산으로서 1995년 6월 30일 이전에 매매ㆍ증여ㆍ교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. 제5조【토지의 이동신청 등】

① 부동산의 사실상의 양수인, 상속받은 부동산의 소유자 또는 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 자기명의로 대장소관청에 토지의 이동 또는 건축물표시변경의 신청을 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따른 신청서에는 제10조 제2항의 규정에 따른 보증서(이하 “보증서”라 한다)를 첨부하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 따른 양수인 및 소유자는 대장의 등록사항에 오류가 있음을 발견한 때에는 대장소관청에 그 정정을 신청할 수 있다. 이 경우 지적법 제24조 제4항 의 규정에 따른 등기필증, 등기부등본ㆍ초본 또는 등기관서에서 제공한 등기전산정보자료와 건축관계법령에 따른 건물의 등기필증 또는 등기부등본은 제10조의 규정에 따른 확인서(이하 “확인서”라 한다)로 갈음한다. 제10조【확인서의 발급】

① 미등기부동산을 사실상 양수한 사람과 이미 등기되어 있는 부동산을 그 부동산의 등기명의인 또는 상속인으로부터 사실상 양수한 사람, 부동산의 상속을 받은 사람 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 따른 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서를 발급받아야 한다.

② 제1항의 규정에 따른 확인서를 발급받으려는 사람은 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 해당 부동산소재지 동ㆍ리에 대통령령이 정하는 기간 이상 거주하고 있는 사람 중에서 보증인으로 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청을 하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 따른 신청서를 접수한 대장소관청은 보증인들에게 허위보증의 벌을 경고한 다음 보증취지를 확인하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 따른 보증취지를 확인한 대장소관청은 해당 부동산에 대하여 현장조사를 실시하여 보증사실의 진위를 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정에 따른 현장조사로 보증사실의 진정성을 확인한 대장소관청은 그 신청사실 및 대통령령이 정하는 사항을 2월 이상 공고한 후 확인서를 발급하여야 한다. 다만, 공고기간 이내에 제11조의 규정에 따른 이의신청이 있는 부동산에 관하여는 그 이의에 대한 처리가 완결되기 전에는 확인서를 발급하지 못한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법제96조 제1항 제1호 가목, 나목에 의하면 양도차익을 산정함에 있어 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 함이 원칙이고, 다만 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 산정할 수 있다 할 것이다. (나) 청구인의 당초 양도소득 과세표준 예정신고서에 의하면 청구인은 취득가액을 316,388,889원으로 하면서 취득가액의 종류를 실지거래가액으로 기재한 사실이 나타나는바, 신고확정세목인 양도소득세의 경우 처분청이 위 신고내용을 부인하는 등 특별한 사정이 없는 이상 청구인의 신고내용에 따라 청구인의 쟁점토지 실제 취득가액을 316,388,889원으로 보아야 할 뿐만 아니라, 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 경료할 당시에 제출된 청구인이 작성한 소유사실확인발급신청서, ○○○이 작성한 보증서에 의하면 청구인은 적어도 1990.1.10.이전에 쟁점토지를 취득하였다고 보인다.

(2) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 등기부등본, 토지대장, 청구인의 주민등록정보에 의하면 쟁점토지는 지목이 “답”인 농지인 사실, 청구인은 이 건 양도당시 쟁점토지 소재지가 아닌 ○○○에 거주한 사실이 나타나는바, 쟁점토지는 비사업용토지에 해당한다고 보이므로, 이 건 양도에 대하여는 비사업용토지에 대한 세율인 60%가 적용되어야 한다고 보이며, 설령 청구인이 쟁점토지를 1년 미만 보유하였다고 보는 경우에도 소득세법제104조 제1항에 의하면 하나의 양도 자산이 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용하여야 하므로, 이 건 양도에 대하여는 60%의 세율을 적용하여야 한다 할 것이다.

(3) 따라서, 이 건 양도와 관련하여 청구인이 당초 신고한 내용이 맞다고 보여지므로, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.