지정지역 내 고가주택을 공익사업의 사업시행자에게 양도(수용)한 경우 기준시가에 의해 과세할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 소득세법 제104조의2 제2항 규정에 의한 지정지역내인 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 ***번지에 소재하는 대지 343㎡, 건물 46.71㎡(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 1985.6.26. 취득하여 2006.12.18. 대한주택공사에 보상금액 873,248천원에 협의이전하고 양도소득세를 신고․납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법에 의한 ○○○○도시개발사업 인정고시일(2006.6.26.)로부터 2년 이전에 취득하였으나 쟁점주택이 고가주택에 해당된다 하여 소득세법제96조 제2항 제1호 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2009.2.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 40,983,610원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택을 1985.2.19. 취득하였으며, 건설교통부가 2006.6.26. 사업인정고시하여 2006.12.18. 수용하였으므로 조세특례제한법 제85조 규정을 충족하므로 지정지역내 공익사업용부동산을 양도한 경우에 해당하며, 소득세법제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제7항, 같은 법 제104조의3 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제168조의12에 의하면 도시지역 내의 경우 주택이 정착된 면적의 5배를 주택의 부수토지로 정하고 있으며 달리 주택의 부수토지에 대한 정의는 없어 이 건 토지는 도시지역 내에 있으므로 주택이 정착된 면적의 5배만을 주택의 부수토지로 보아야 한다. 따라서 이 건의 경우 토지 전체면적(343㎡)의 양도가액 859,329,210원 중 주택정착면적(46.71㎡)의 5배(233.55㎡)에 해당하는 585,120,516원이 토지가액이며 지장물(건물)가액 13,919,580원과 합하여 고가주택의 기준인 6억원에 미달하므로 고가주택의 양도에 해당하지 아니한다. 2005.12.31. 법률 제7939호로 조세특례제한법제85조 개정시 종전 "소득세법제96조 제1항 제6호의2 규정에 의한 지정지역내의 부동산"에서 "소득세법제104조의2 제1항 규정에 의한 지정지역 내의 부동산"으로 개정되고, 소득세법제96조 제1항 제6호의2 규정은 동조 동항 제7호로 변경된 것으로 보아 조세특례제한법 제85조 규정은 소득세법제96조 제2항 제7호만의 특례규정이 아니라 실지거래가액적용대상을 열거하고 있는 소득세법제96조 제2항 전부에 대한 특례규정이며, 조세특례제한법은 특별법이므로 소득세법보다 우선 적용되어야 하므로 비록 쟁점주택의 양도를 고가주택의 양도로 본다고 하더라도 조세특례제한법제85조에 의거 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 지정지역 내 부동산(주택)을 양도하고 조세특례제한법제85조 규정을 적용받는 경우와 그 양도한 부동산이 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에도 해당하는 경우에는 당해 부동산의 양도가 공익목적 여부에 관계없이 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 지정지역 내 고가주택을 공익사업의 사업시행자에게 양도(수용)한 경우 조세특례제한법제85조 규정을 적용하여 기준시가에 의해 과세할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 등

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률제8146호로 삭제되기 전의 것) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역내(2005.12.31. 법률 제7939호로 개정되기 전에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 규정에 의한 지정지역내)의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조 의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정，보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004.12.31. 신설) (2) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정) 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

7. 제104조의 2 제2항 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용토지의 경우 제104조의 2 【지정지역의 운영】(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 건)

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 "지정지역 안의 부동산"이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다. 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

5. 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) (3) 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 "지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배 제156조【고가주택의 범위】(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 제168조의12【주택부수토지의 범위】 법 제104조의3 제1항 제5호에서 "지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다.(2005.12.31. 신설)

1. 도시지역안의 토지 5배(2005.12.31. 신설)

2. 도시지역밖의 토지 10배(2005.12.31. 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점주택을 1985.2.19. 취득하고, 건설교통부는 쟁점주택이 소재하고 있는 지역을 ○○○○도시개발사업지구로 사업인정고시하였고, 대한주택공사가 쟁점주택을 2006.12.18. 수용한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 대한주택공사 경기지사가 발행․교부한 토지수용(협의매수)확인서상에 쟁점주택의 토지가액이 859,329,210원, 지장물가액이 13,919,580원으로 되어 있어 이 건 토지는 도시지역 내에 있으므로 주택이 정착된 면적의 5배만을 주택의 부수토지로 보아야 하므로 토지 전체면적(343㎡)의 양도가액 859,329,210원 중 주택정착면적(46.71㎡)의 5배(233.55㎡)에 해당하는 585,120,516원과 지장물(건물)가액 13,919,580원을 합하여 고가주택의 기준인 6억원에 미달하므로 고가주택의 양도에 해당하지 아니하며, 쟁점주택을 1985.2.19. 취득하고, 건설교통부가 2006.6.26. 사업인정고시하여 대한주택공사가 2006.12.18. 수용하였으므로 조세특례제한법 제85조 의 규정을 충족하며, 조세특례제한법제85조의 규정은 소득세법 제96조 제2항 제7호 만의 특례규정이 아니라 실지거래가액적용대상을 열거하고 있는 소득세법제96조 제2항 전부에 대한 특례규정이며 조세특례제한법은 특별법이므로 소득세법보다 우선 적용되어야 하므로 비록 쟁점주택의 양도를 고가주택의 양도로 본다고 하더라도 조세특례제한법제85조에 의거 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 청구인의 위와 같은 주장에 대하여 처분청은 지정지역 내 부동산을 양도하고 조세특례제한법제85조 규정을 적용받는 경우와 그 양도한 부동산이 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에도 해당하는 경우에는 당해 부동산의 양도가 공익목적 여부에 관계없이 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이 타당하다는 의견이므로 이에 대하여 본다.

(4) 청구인은 쟁점주택의 양도가액 중 주택정착면적의 5배에 해당하는 토지면적에 상당하는 양도가액과 건물가액을 합쳐 6억원을 초과하지 않으므로 고가주택에 해당하지 아니한다고 주장하나, 2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전 소득세법제156조 제1항에서 "법 제89조 제1항 제3호에서 ‘가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택’이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다."고 규정하고 있어 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도가액 전부를 합쳐 6억원을 초과하는 경우 고가주택에 해당되는 것으로 해석된다.

(5) 또한, 소득세법제96조 제2항 제1호 내지 제9호에서 양도가액을 실지거래가액에 의하도록 열거하고 있는데, 그 중 제1호에서 법 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택, 제7호에서 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산에 대해서 양도가액을 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있다.

(6) 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조 의 규정에는 택지개발예정지구 지정고시일 등의 이전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 등에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산출하는 지정지역(소득세법 제96조 제2항 제7호) 내의 부동산에 대하여 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 할 수 있다고 규정하고 있다.

(7) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 쟁점주택이 지정지역 내에 위치하는 부동산이나 지정지역으로 지정되기 이전 및 도시개발사업지구 지정고시일부터 2년 이전에 취득하여 조세특례제한법제85조의 규정에 의하여 소득세법제96조 제2항 제7호의 지정지역에 따른 실거래가액에 의하여 양도소득세를 산출하여야 하는 규정은 적용할 수 없으나, 조세특례제한법제85조의 규정에는 소득세법제96조 제2항 제1호에서 규정하는 고가주택에 대하여도 기준시가로 산출할 수 있다는 내용은 확인되지 아니하는 바, 고가주택의 경우에는 지정지역 해당여부나 공익목적 양도와 관계없이 소득세법제96조 제1항 단서의 규정에 의하여 실지거래가액에 의하여 과세된다고 할 것이다(국심 2007서 2754, 2007.9.17. 같은 뜻임). 따라서 처분청이 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.