공사수익에 대하여 진행기준을 적용하는 것이 적정한지 여부 및 경정처분에 의하여 증가한 소득이 조특법 제7조의 대상인지 여부

○○○세무서장이 2008.12.16. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 107,858,890원의 부과처분은

1. 청구법인이 2007사업연도에 과소신고한 수입금액 2,615,230,000원과 이에 대응되는 원가 2,353,707,000원 및 접대비 한도초과 손금불산입액 11,743,200원과 관련된 과소신고가산세를 적용함에 있어서 국세기본법제47조의3 제1항의 일반과소신고가산세를 적용하고,

2. 동 수입금액, 대응원가 및 접대비를 반영하여 증가된 소득금액을 조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면대상 소득금액으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1995.7.1. 개업하여 ○○○에서 ‘건축용 목제품 제조업 등’을 영위하는 법인으로, 처분청은 2008년 10월경 ○○○지방국세청장이 청구법인에 대하여 2007사업연도 법인세 조사를 실시하고, 청구법인이 작업진행률에 의하여 소득금액을 계산하여야 함에도 인도기준에 의하여 소득금액을 신고함에 따라 수입금액 2,615,230천원 (이하 “쟁점수입금액”이라 한다)과 이에 대응되는 원가 2,353,707천원 (이하 “쟁점대응원가”라 한다)에 대하여 법인세를 과소신고하였고, 접대성 경비를 복리후생비로 신고함에 따라 접대비 한도초과액 11,743천원 (이하 “쟁점접대비”라 한다)을 과다 손금산입하였다고 조사하여 과세자료를 통보함에 따라 쟁점수입금액과 쟁점대응원가 및 쟁점접대비를 반영한 과소신고금액 273,266천원 (이하 “쟁점과소신고금액”이라 한다)에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 2008.12.16. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 107,858,890원을 경정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점과소신고금액은 청구법인이 공사수익을 인도기준에 의하여 적법하게 회계처리한 사항을 처분청이 세무조사시 임의로 작업진행률을 적용하여 익금 및 손금에 산입한 금액과 복리후생비로 회계처리한 금액을 접대비성 경비로 보아 접대비 한도초과액으로 손금불산입한 금액으로 이에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 가산세를 부과한 처분은 부당하므로 일반과소신고가산세를 적용하여 경정하여야 한다.

(2) 청구법인은 2007사업연도 법인세 과세표준 신고시 중소기업에 대한 특별세액감면신청서를 제출하고 세액을 감면받았으므로 세무조사시 경정처분에 의하여 증가한 소득도 중소기업에 대한 특별세액감면 대상소득으로 보아 감면세액을 재계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2007사업연도 소득금액을 계산함에 있어 작업진행률에 의하여야 함에도 인도기준에 의하여 소득금액을 계산함으로써 결과적으로 쟁점수입금액 및 쟁점대응원가와 관련된 소득금액을 과소신고한 사실을 스스로 확인하고 있으며, 이와 같이 소득금액을 조절하기 위해 손익의 귀속연도를 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액은 부당한 방법으로 과소신고한 경우에 해당하므로, 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 정당하다. 다만, 쟁점접대비는 청구법인이 복리후생비로 신고하였지만 업무와 관련된 지출액에 해당하므로 이에 대하여 부당과소신고가산세를 적용한 것은 적법하지 못한 과세처분이다.

(2) 이와 같이 소득금액을 조절하기 위해 귀속연도를 달리 적용한 행위는 부당한 방법으로 과소신고한 경우에 해당하고, 이에 해당하는 경우에는 중소기업에 대한 특별세액 감면대상에서 제외함이 타당하므로, 쟁점수입금액 및 쟁점대응원가와 관련된 소득금액을 중소기업에 대한 특별세액 감면대상 소득금액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 작업진행률에 의하여 계산하여야 할 소득금액을 인도기준에 의하여 계산하고, 접대성 경비를 복리후생비로 신고함에 따라 과소신고된 소득금액에 대하여 국세기본법제47조의3 제2항의 부당과소신고가산세를 과세한 처분의 당부

② 처분청의 경정에 따라 증가된 소득금액을 조세특례제한법제7조의 중소기업특별세액 감면대상 소득금액으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 (2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제40조 (손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 (2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제69조 (용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역 (도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일 (용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간 (그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도 (이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. (3) 법인세법 시행규칙 (2008.3.31. 기획재정부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제34조 (작업진행률의 계산 등) ④ 영 제69조 제2항 단서에서 "재정경제부령이 정하는 경우" 라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (4) 국세기본법 (2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것) 제47조의3 (과소신고가산세) ① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 (이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액 (이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액”이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미달한 때에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액 (이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액" 이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제47조의2 제3항ㆍ제5항 및 제6항의 규정은 과소신고가산세의 부과에 관하여 준용한다.

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 국세기본법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19893호로 개정된 것) 제27조 (무신고가산세) ② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장

2. 허위증빙 또는 허위문서 (이하 이 조에서 “허위증빙 등”이라 한다)의 작성

3. 허위증빙등의 수취 (허위임을 알고 수취한 경우에 한한다)

5. 재산을 은닉하거나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위 제27조의2 (과소신고가산세) ① 법 제47조의3을 적용하는 경우 과소신고한 과세표준은 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준과 납세자가 신고한 과세표준과의 차액을 한도로 한다. 이 경우 소득세 또는 법인세의 과세표준을 결손으로 신고하거나 부가가치세의 과세표준을 환급받을 세액이 있는 것으로 신고한 때에는 과소신고한 과세표준은 결손이나 환급받을 세액이 없는 것으로 보아 계산한다.

② 법 제47조의3 제2항 제1호 단서를 적용하는 경우 부당과소신고수입금액은 제27조 제2항 각 호의 부당한 방법으로 과소신고한 수입금액을 합산하여 계산한다.

③ 법 제47조의3 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 다음 각 호의 비율이 1보다 큰 경우에는 1로, 0보다 작은 경우에는 0으로 한다.

1. 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준 (소득세 또는 법인세의 과세표준을 결손으로 신고한 경우와 부가가치세의 과세표준을 환급받을 세액이 있는 것으로 신고한 경우에 그 결손신고금액과 환급세액을 과세표준에 합한 금액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)에서 차지하는 비율

2. 과세표준 중 부당과소신고과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율

3. 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율 (6) 조세특례제한법 (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업
• 나. ～ 소. (생 략)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업 (이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업 (이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. ～ 바. (생 략)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제128조 (추계과세시 등의 감면배제) ③ 소득세법 제80조 제2항 또는법인세법제66조 제2항의 규정에 의하여 경정 (제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우를 제외한다)을 하는 경우와국세기본법제81조의6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항，제33조의 2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조，제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (7) 조세특례제한법 시행령 (2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제122조 (과소신고소득금액의 범위) ① 법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 국세기본법제47조의3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 2008년 10월 ○○○지방국세청의 조사공무원이 작성한 ‘고소득 자영업자 조사보고서’를 보면, 2005년․2006년․2007년 3개 사업연도를 조사대상기간으로 하여 2007사업연도 수입금액 조사에 있어 작업진행률에 의한 수입금액 21,538,749천원과 청구법인이 인도기준에 의하여 신고한 수입금액 18,923,519천원과의 차액 2,615,230천원을 수입금액 과소신고한 것으로 되어 있고, 그 대응원가 2,353,707천원을 손금으로 추인하는 것으로 되어 있으며, 복리후생비 등으로 계상한 접대비성 경비 11,743천원을 손금불산입하는 것으로 되어 있다 (기타 2005사업연도 접대성 경비 3백만원, 2006사업연도 접대성 경비 5백만원 및 노무비 가공경비 34백만원을 손금불산입한 것으로 되어 있다). (나) ○○○지방국세청장이 작업진행률에 의한 2007사업연도 쟁점수입금액 누락액을 익금에 산입한 건설현장 재공품 명세서 내역을 보면 아래 <표1>과 같다. <표1> 건설현장 재공품 명세서 건설사명 공사기간 계약금액 진행금액① 세금계산서 발행금액② 차액③ (①－②) 원가 율④ 재공품 (③×④) 대림산업(주)외 27 2006.1.3.~2009.2.29. 35,605,553 21,538,749 18,923,519 2,615,230 90% 2,353,707 계 35,605,553 21,538,749 18,923,519 2,615,230 2,353,707 (다) 처분청이 작성한 2007사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서의 과소신고소득 및 미달세액 계산서를 보면, 수입금액누락액 2,615,230천원과 접대비 손금불산입액 11,743천원 합계 2,626,973천원에서 손금에 산입한 대응원가 2,353,707천원을 차감한 273,266천원을 부당과소신고소득으로 하여, 총과소신고금액 (273,266천원)이 과세표준 (656,146천원)에서 차지하는 비율을 산출세액 (152,036천원)에 곱하여 계산된 금액 (63,319천원)의 100분의 40에 상당하는 25,327천원을 부당과소신고가산세액으로 경정하는 것으로 되어 있다. (라) 청구법인은 1995.7.1. 사업개시 후 계속하여 작업진행률 기준이 아닌 인도기준으로 각 사업연도의 수익을 인식하여 신고하였고 <표1>의 건설현장 재공품 명세서는 공사현장별 재고자산을 평가하기 위한 방법으로 원가 및 공사누적액 등의 확인절차 없이 임의의 공사진척도에 동일한 원가율 90%를 적용한 재공품가액을 산정하여 결산에 반영한 것으로 처분청이 부당과소신고가산세를 과세한 처분은 부당하다는 주장을 하고 있으며, 청구법인이 신고한 2005년～2007년 사이 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서와 각 과세기간별 부가가치세 신고서 상의 수입금액을 보면 아래 <표2>와 같다. <표2> 법인세 및 부가가치세 신고 수입금액 (단위: 천원) 과세연도 법인세① 부가가치세 차 액 (②－①) 비 고 계② 과 세 면 세 2007년 25,686,137 25,700,727 11,878,350 13,822,377 14,590 간주임대료 2006년 15,405,560 14,424,336 7,177,997 7,246,339 18,776 간주임대료 2005년 14,360,944 14,363,619 4,098,091 10,865,538 2,675 간주임대료 (마) 살피건대, 청구법인은 <표2>와 같이 각 사업연도 법인세 및 각 과세기간별 부가가치세 신고시 수입금액이 일치 (간주임대료 제외시)하는 점에 비추어 청구법인은 사업개시일 이후 계속하여 인도기준에 의하여 수입금액을 인식하여 온 것으로 보이고, 청구법인이 작성한 <표1>의 건설현장 재공품 명세서의 경우 그 공사현장별 공사기간이 2006.1.3.부터 개시된 현장 등 11개의 현장이 2006년도에 공사가 개시된 것으로 나타나는 점에 비추어 작업진행률에 의한 쟁점수입금액이 2007사업연도에 전액 귀속되는 것으로 보기도 어려운 점이 있으며, 청구법인이 재공품을 계산하기 위한 각 현장별 원가율을 90%로 일률적으로 적용한 점, 국세기본법 제47조의2 제2항 에서 규정하는 ‘부당한 방법’으로 과세표준을 과소신고한 경우의 수입금액 계산은 같은 법 시행령 제27조의2 제2항의 규정에 의하여 같은 법 시행령 제27조에서 규정하는 방법으로 과소신고한 수입금액이 포함된다고 할 것인데, 여기에는 청구법인과 같이 세법에 규정된 소득금액 계산방법을 잘못 적용하여 소득금액이 과소신고된 경우는 포함하고 있지 아니한 점을 감안할 때 청구법인이 소득금액을 과소신고하기 위하여 허위증빙 또는 허위문서의 수취 및 허위장부의 작성 등의 부정한 방법을 사용한 것은 아니므로 쟁점과소신고금액에 대하여는 일반과소신고가산세를 적용하여 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 2007사업연도 법인세과세표준 신고시 계산한 중소기업에 대한 특별세액감면액의 계산내역을 보면, 각 사업연도 산출세액 (83,720천원)에 제조업부분 감면소득 (298,025천원)이 과세표준금액 (382,880천원)에서 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액 (65,165천원)에 제조업부분의 감면비율 100분의 20을 적용하여 산출한 세액 (13,033천원) 상당액을 감면세액으로 하여 신고한 것으로 나타난다. (나)조세특례제한법제128조 (추계과세시 등의 감면배제) 제3항의 규정에서법인세법제66조 (결정 및 경정) 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는국세기본법제47조의3 (과소신고가산세) 제2항 제1호에 따른 부당과소신고금액에 대하여는 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (다) 살피건대, 쟁점과소신고금액이 부당과소신고금액에 해당하는 경우에는조세특례제한법상 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있으나, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점과소신고금액은 일반과소신고가산세의 적용 대상으로 판단되므로 당초 신고한 감면소득보다 감면소득금액이 증액결정된 경우 중소기업에 대한 특별세액감면은 증액결정된 소득금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.