면세사업과 과세사업을 겸업하는 경우 공급가액을 기준으로 공통매입세액 안분계산하여 부가가치세 매입세액 불공제한 처분은 정당함(기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1973.10.5. 개업하여 본점인 서울특별시 ○○○(이하 “본점사업장”이라 한다)에서 ‘철제 창호 제조업’을 영위하고 있으며, 1996.10.1. 경기도 ○○○에 지점(이하 “지점사업장”이라 한다)을 설치하여 ‘철문·건물 부착물·금속공작물 제조업’을 영위하고 있는 법인으로, 청구법인은 본점사업장을 주된 사업장으로 하고, 지점사업장을 종된 사업장으로 하는 총괄납부승인을 받아 부가가치세 신고를 하면서, 실지귀속이 불분명한 공통매입세액 안분계산시 주된 사업장에서만 면세매출이 발생한다 하여 종된 사업장인 지점사업장에서 발생한 과세공급가액을 제외하고, 주된 사업장인 본점사업장에서 발생하는 총공급가액(과세공급가액 및 면세공급가액)을 기준으로 공통매입세액을 안분하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 동대문세무서장이 청구법인의 본점사업장에 대하여 세무조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라, 처분청은 청구법인의 본점사업장 면세매출액에 대응되는 매입세액은 본점사업장과 지점사업장 중 어디에서 발생된 매입세액인지 실지귀속 여부가 불분명하므로 지점사업장에서의 면세매출액이 없다 하더라도 본점사업장과 지점사업장의 전체 매출액(총공급가액)을 기준으로 안분하여야 한다고 보고, 청구법인의 본점사업장에서 발생한 면세매출 관련 공통매입세액을 본점사업장과 지점사업장의 전체 매출액(총공급가액)을 기준으로 안분하여 지점사업장의 면세매출액으로 안분된 매입세액 1,400,078,988원(이하 “젱점매입세액”이라 한다)에 대하여 매입세액 공제를 배제하고, 과소신고가산세와 납부·환급불성실가산세 등 567,725,209원을 가산하여 2008.7.7. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제1기분 144,950,800원을, 2008.8.6. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제2기분 373,812,690원, 2004년 제1기분 195,576,300원, 2004년 제2기분 140,762,810원, 2005년 제1기분 182,487,960원, 2005년 제2기분 204,395,710원, 2006년 제1기분 132,340,330원, 2006년 제2기분 194,644,970원, 2007년 제1기분 173,773,050원, 2007년 제2기분 225,059,410원을 각각 경정·고지하였다.(아래〈표〉부가가치세 과세내역 참조)

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.5. 이의신청을 거쳐 2009.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세는부가가치세법제4조 제1항이 정한 사업장과세의 원칙에 따라 각 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위인데, 처분청이 면세사업관련 매입세액 불공제액을 계산하면서 자의적으로 “공통매입세액 × 전사업장의 면세공급가액/전사업장의 총공급가액” 계산방식을 적용하는 것은 위법한 처분이며 처분청이 과세근거로 들고 있는 국세청예규(서면3팀-580, 2007.7.20.)는 내부적 업무처리지침에 불과한 것으로서 어떠한 대외적 효력도 없는 것이라 할 것이고, 부가가치세법 시행령제61조 제1항 규정은 과세사업과 면세사업을 겸용하는 경우 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 “총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율”로 안분계산 방식을 명시하고 있으며, 처분청이 공통매입세액을 “전사업장의 총공급가액에 대한 전사업장의 면세공급가액 비율”로 안분계산한 방식은전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 의한 한국철도공사에 대하여 적용하도록 제한적·열거적으로 규정하고 있는데도, 처분청이 지점사업장은 면세매출액이 없음에도 본점사업장의 면세공급가액을 안분하여 이 건 부가가치세를 고지한 처분은 명백히 위법한 것이므로 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 부가가치세 총괄납부사업자이며, 과세 및 면세의 겸영사업자인 바, 청구법인의 면세매출액에 대응되는 매입세액의 경우 본점사업장과 지점사업장 중 어디에서 발생된 매입세액인지 실지귀속이 불분명하므로 부가가치세법 시행령제61조의 규정에 의하여 부가가치세 매입세액을 안분할 때에는 종된 사업장의 경우 총공급가액을 주된 사업장과 종된 사업장의 과세 및 면세공급가액의 합계액을 기준으로 안분하여야 할 것이므로 처분청이 국세청의 해석사례(서면3팀-580, 2007.2.20.)에 따라 주된 사업장분에 대하여는 청구법인의 본점사업장이 신고한 대로 시인하고, 종된 사업장인 지점사업장의 매입세액은 주된 사업장과 종된 사업장의 과세 및 면세공급가액의 합계액을 기준으로 안분하여 과다신고된 지점사업장의 면세분 매입세액에 대하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 총괄납부승인사업자가 면세사업과 과세사업을 겸업하는 경우 공통매입세액 안분계산시 본점과 지점별로 구분하지 아니하고 전사업장의 총공급가액 및 면세공급가액을 기준으로 계산하여 공통매입세액 중 부가가치세 매입세액 불공제액을 산정한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2007.12.31 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제4조【신고·납세지】① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다. 제6조【재화의 공급】 ② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. 제17조【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제5조【주사업장 총괄납부】① 법 제4조 제2항에 규정하는 주된 사업장은 법인의 본점(주사무소를 포함한다. 이하 같다) 또는 개인의 주사무소로 한다. 다만, 법인의 경우에는 지점(분사무소를 포함한다)을 주된 사업장으로 할 수 있다. 제15조【자가공급의 범위】② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의3 제3항에 따라 총괄납부 또는 사업자단위과세의 적용을 받는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 총괄납부 승인을 얻은 사업자가 법 제16조에 다른 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조에 따라 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니한다. 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 전사업장의 면세공급가액 전 사업장의 총공급가액 (3) 부가가치세법시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 당해 재화를 공급하여 영 제48조의2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조 동항의 규정에 의하여 계산한다.

④ 영 제61조 제5항의 산식에서 “전 사업장의 총공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 의한 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, “전 사업장의 면세공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간이 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1973.10.5. 개업하여 ‘철제 창호 제조업’을 영위하는 서울특별시 ○○○ 소재한 본점사업장과 1996.10.1. 개업하여 ‘철문·건물 부착물·금속공작물 제조업’을 영위하는 경기도 ○○○ 소재한 지점사업장이 있는 법인으로서 본점사업장을 주된 사업장으로 하고 지점사업장을 종된 사업장으로 하는 부가가치세 총괄납부승인(○○○)을 받아 부가가치세를 신고·납부하고 있다.

(2) 청구법인의 종된 사업장에서는 주로 창호를 제조하고 있고, 판매 및 시공은 주로 본점사업장에서 하고 있으며, 부가가치세 신고는 각 사업장별로 하고 납부는 본점사업장에서 총괄납부를 하고 있으나, 본점사업장에서만 면세매출이 발생하여 면세와 관련한 매입세액 불공제는 본점사업장의 공급가액만을 기준으로 계산한 사실이 청구법인이 제출한 이의신청서 및 처분청의 심리자료 등에 나타난다.

(3) 청구법인의 본점사업장 관할 동대문세무서장은 청구법인의 본점사업장의 총괄납부의 부가가치세 신고내용 중 면세매출분에 대한 공통매입세액 안분계산 시 종된 사업장의 매출 및 매입 등의 금액이 차감된 사실을 확인하고 처분청에 과세자료로 통보하였고, 이에 처분청은 2008.6.23.부터 2008.7.11까지 종된 사업장인 지점사업장에 대하여 부가가치세 조사를 실시하고, 청구법인이 2003년 제1기부터 2007년 제2기까지의 부가가치세 신고를 하면서 공통매입세액 안분계산 미 실시로 인하여 쟁점매입세액 상당의 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받았다고 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(4) 청구법인의 사업추진 과정을 보면, 종된 사업장인 지점사업장은 주로 철제 창호를 제조하여 본점사업장으로 세금계산서를 교부하지 않은 상태로 반출(일부는 제3자에게 과세로 판매하기도 함)하고 본점사업장에서 설치·시공을 하며, 과세 및 면세매출이 동시에 발생하고 있으나, 면세매출에 대응이 되는 매입세액의 경우 본점사업장의 매입과 종된 사업장의 매입 중 어디에서 발생된 매입세액인지 실지귀속이 불분명한 사실이 ‘청구법인의 이의신청서 및 처분청의 심리자료’ 등에 나타난다.

(5) 살피건대, 이 건의 쟁점은 총괄납부승인을 받은 사업자가 부가가치세 면세분에 대한 공통매입세액의 안분방법에 있어 부가가치세법시행령 제61조 제1항 의 산식 중 총공급가액의 범위를 지점분만으로 볼 것인지 아니면 본점과 지점분의 합계분으로 볼 것인지에 있다고 할 것이다. 부가가치세법제4조는 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하도록 규정하고 있고, 동조 제2항은 주사업장 총괄납부승인을 얻은 사업자는 주사업장에서 총괄하여 납부할 수 있도록 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령제61조 제1항은, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액분에 면세공급가액을 곱하여 계산하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인의 주장대로 사업장단위로 공통매입세액을 안분하게 되면, 지점에서 제조된 제품이 본점으로 이동된 후 본점에서는 그 제품이 과세매출과 면세매출이 발생함에도 당해 제품 관련 매입세액은 모두 공제되어 결국 면세 관련 매입세액도 공제되어부가가치세법제17조 제2항 제4호는 물론 부가가치세 과세체계에도 맞지 아니한다. 나아가, 총괄납부제도는 동일한 사업자인데도 본점과 지점간에 납부할 세액과 환급받을 세액이 동시에 발생하는 경우 납부할 세액은 납부하고 환급받을 세액은 별도로 신청하여야 하는 번거로움이 따르고 사업자의 자금사정에도 영향을 미치게 되는 것이므로 납부할 세액과 환급받을 세액을 상호 가감하여 납부할 세액만을 납부하게 함으로써 사업자의 부가가치세 협력의무를 덜어줌과 동시에 과세관청의 행정력도 줄이고자 함이 그 입법취지라고 할 것이다. 그렇다면, 총괄납부사업자의 경우라 하여 부가가치세법시행령제61조 제1항 규정을 적용함에 있어 지점분에 대한 공통매입세액의 안분산식을 주된 사업장과 종된 사업장의 과세 및 면세공급가액의 합계액으로 적용하지 아니하고 사업장 단위로 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다고 하겠다.(조심 2008서3126, 2009.2.5. 같은 뜻) 따라서, 처분청이 면세사업과 과세대상사업을 겸업하는 청구법인의 전사업장을 기준으로 총공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 공통매입세액 중 불공제액을 산정하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.