토지와 별도로 계약을 체결하고 취득한 개발사업권 가액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로서 2006.12.28. 도시개발사업 공동사업자인 주식회사 ○○건설(이하 “○○건설”이라 한다)로부터 경기도 ○○시 ○○○구 ○○동 산103 일대(이하 “○○2구역”이라 한다)의 토지 6,457.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하면서 ○○건설로부터 별도로 사업권(이하 “쟁점사업권”이라 한다)을 100억원(이하 “쟁점사업권 금액”이라 한다)에 매입하고 부가가치세 신고시 관련 매입세액 10억원을 매출세액에서 공제하였다.
• 나. 처분청은 처분청은 쟁점사업권 금액을 쟁점토지의 매입대가로 보고 관련 매입세액 10억원을 불공제하여, 2008.12.5. 청구법인에게 2006년 제2기 부가가치세 1,261,700,000원을 경정∙고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 ○○건설, 디○○○○○주식회사(이하 “디○○○○○”라 한다)와 ○○1구역의 도시개발사업을 공동으로 시행하여 현재 주택을 분양하고 있고, 인근 ○○2구역은 부지를 매입하는 단계로서 ○○2구역도 개발할 예정이므로 외형상 쟁점사업권과 관련된 인허가 사항이 없다고 하여 쟁점사업권 금액을 토지가액으로 판단함은 실질과세 원칙에 반한다. 쟁점사업권 금액을 토지에 포함하면 쟁점토지는 2,152,077원/㎡이 되어 2006년 5월 및 6월 청구법인의 인근토지 매입가액 1,119,229원/㎡ 및 907,445원/㎡에 비해 지나치게 높고, 쟁점토지 가액 603,536원/㎡이 인근 ○○1구역의 감정평가가액 1,200,000원 ~ 1,700,000원/㎡보다 낮다는 이유로 특수관계에 있지 아니한 법인 간에 합의된 사업권 금액을 토지가액으로 보는 것은 부당하다. 쟁점사업권 관련 질의에서 국세청은 2006.4.20. ‘토지가격 상승에 기인한 면도 있지만 미래에 신축분양할 수익에 기인한 사업권(영업권)으로 부가가치세법 제1조 에 규정한 ’재산적 가치가 있는 무체물에 해당되어 과세대상’이라고 답변하였고, 청구법인과 ○○건설은 주택건설업체로서 부동산매매 차익은 사업목적이 아니라는 점 등으로 보아도 쟁점사업권 금액을 쟁점토지 가액에 포함하는 것은 부당하므로 관련 매입세액 공제를 부인하고 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점사업권을 취득할 당시 도시개발사업이 진행되거나 인허가가 신청 또는 결정된 사실이 없었으므로 쟁점사업권을 사업권으로 볼 수 없고, 주식회사 ○○감정평가법인(이하 “○○감정평가법인”이라 한다)이 ○○2구역에 인접한 ○○1구역에 대한 2006.10.1. 시점의 감정평가가액이 1,200,000원 ~ 1,700,000원/㎡임에 반해 쟁점토지가액은 603,536원/㎡에 불과하고 쟁점토지 가액이 ○○건설의 2002 ~ 2004년 중의 취득가액과 동일한 점으로 보아 쟁점사업권 금액에는 토지가격 상승분이 포함된 것으로 봄이 타당하다. 또한 청구법인은 쟁점사업권 금액에 대하여 구체적인 산정근거를 제시하지 못하였고, 쟁점토지 매매시점에 그 가액을 객관적으로 평가한 사실이 없어 쟁점사업권 금액이 사업권의 매매금액인지 여부가 불분명하며, 국세종합상담센터의 답변은 개인적인 의견에 불과하므로 쟁점사업권 금액에 대한 세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 도시개발사업 예정 토지를 취득하면서 당해 토지와 별도로 계약을 체결하고 취득한 쟁점사업권의 금액을 토지 관련 비용으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제1조【과세대상】

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. 〇 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 〇 부가가치세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제1조【재화의 범위】

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력∙열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다. 〇 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 경기도 ○○시 ○○○구 ○○동 산103 일대인 ○○2구역의 도시개발사업을 추진하는 건설업체로서, 공동사업자인 ○○건설 및 디○○○○○와 함께 2002년부터 2004년까지의 과세기간 중 ○○2구역의 토지를 각각 30분의 3, 30분의 7, 30분의 20의 비율로 취득하였다가, 2006.12.29. ○○건설로부터 경기도 ○○시 ○○○구 ○○동 산103 외 17필지 6,457.5㎡를 3,897,037,179원에 취득하였고, 이와 별도로 2006.12.29. ○○건설로부터 쟁점사업권을 100억원에 취득한 후에, 2007.1.24. 2006년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점사업권의 매입세액 10억원을 매출세액에서 공제하여 1,015,919,880원의 세액을 환급 신고하였고, ○○건설도 2007.1.25. 쟁점사업권의 매출세액 10억원을 포함하여 부가가치세 1,065,789,740원을 신고∙납부하였으며, 공동사업자 토지취득 지분율은 아래<표>와 같다. <표> 공동사업자 토지취득 지분율 매매전 매매후 면적(㎡) 지분 면적(㎡) 지분 청구법인 2,767.5 30분의 3 9,225 30분의 10

○○건설 6,457.5 30분의 7 0 0 디○○○○○ 18,450 30분의 20 18,450 30분의 20 합계 27,675 27,675

(2) 쟁점사업권 금액이 토지가액에 포함되어야 하는지 살펴본다. (가) 사업권 양수도 약정서 및 청구법인의 통장(○○ 239-25-**-*)등에 의하면, 청구법인과 ○○건설은 2006.1.20. ‘○○2구역 도시개발사업권 양수도 사전협의서’를 작성하여 청구법인이 2006.12.31.내에 쟁점사업권을 양수하는 협상대상자의 지위를 확보하는 조건으로 ○○건설에 70억원을 지급하고 ○○건설은 이를 보관하기로 하였고, 2006.12.11. ‘○○2구역 도시개발사업권 양수도 약정서’를 작성하여 청구법인은 쟁점사업권을 100억원에 양수하며 사전협의서상의 보관금 70억원을 대가지급에 갈음하고 잔금 40억원을 2006.12.31.까지 지급하기로 약정하였으며, ○○건설에 2006.1.20. 70억원 및 2006.12.29. 40억원을 지급하였다. (나) 부동산매매계약서 등에 의하면, 쟁점토지 가액 603,536원/㎡은 2002년 ~ 2004년 중 ○○건설의 쟁점토지 취득가액 598,834원/㎡과 유사한 가액이고, 인접한 ○○1구역 토지에 대한 2006.10.1. 가격시점의 ○○감정평가법인의 감정평가가액인 120만원 ~ 170만원/㎡과 청구법인이 2006.5.3. ○○○○주식회사로부터 취득한 경기도 ○○시 ○○○구 ○○동 688-3 답 외 3필지 2,754㎡의 가격 1,119,229원/㎡ 및 청구법인이 2006.6.9. ○○○씨 ○○○파 종중으로부터 취득한 경기도 ○○시 ○○○구 ○○동 산122-1 임야 3,425㎡의 가격 907,445원/㎡에 비하여 낮으며, 쟁점사업권 금액을 포함하면 쟁점토지는 2,152,077원/㎡이 되어 위 감정평가가액 및 인근 토지 가액보다 높다. (다) 도시개발법상 도시개발구역의 지정은 도시개발 사업면적이 100만㎡ 이상인 경우에는 국토해양부장관이 승인하고, 100만㎡ 미만인 경우에는 도지사의 위임을 받아 시장이 승인하며, ○○시 도시계획과에 의하면 ○○○○지구의 도시개발사업은 개발구역이 100만㎡ 미만으로 나뉘어 ○○1구역과 ○○2구역으로 분리하여 진행되고 있으며, ○○1구역은 청구법인, ○○건설 및 디○○○○○가 공동시행하고 ○○○건설주식회사와 ○○건설주식회사가 시공하여 아파트 분양이 끝났으나, ○○2구역은 토지를 매입하는 단계로서 ○○2구역의 개발구역 지정 등 도시개발사업의 인∙허가가 신청되거나 결정된 내용은 없는 것으로 확인된다. (라) 청구법인이 국세청 국세종합상담센터에 대한 질의는, ‘아파트 분양사업의 공동사업자 중 1이 사업의 지분을 매각할 계획이며 그동안 매입한 건설부지의 토지가격이 상승하였고 그 상승분이 부지의 매입관련 차입금의 이자지급액을 상회하므로 동 가격상승분에 대한 공동사업자의 지분을 인정하여 사업권대가를 요구하는데, 이 경우 사업권은 ① 장차 아파트를 신축하여 분양하는 사업에 대한 공동사업의 예상소득에 대한 권리이기는 하나 아직 건설부지의 매입이 진행 중이고, 건축관련 행위(설계포함)는 전혀 이루어지지 않았으며 동 사업권의 가격형성은 전적으로 건설부지의 토지가격 상승에 기인하므로 토지가격의 일부에 지나지 아니하여 부가가치세 과세대상이 아닌지, ② 토지와 별개이며 부가가치세 과세대상인지 중 어느 것인지’이고, 이에 대한 국세종합상담센터의 2006.4.20. 답변은, ‘토지가격 상승에 기인한 면도 있지만 미래 아파트를 신축 분양할 수익에 기인한 사업권(영업권)으로 부가가치세법 제1조 의 재산적 가치가 있는 무체물에 해당하여 과세대상으로 보인다.’라고 하면서, ‘본 답변은 제시된 자료만을 근거로 하여 작성되었으며, 법적 효력을 갖는 유권해석(결정, 판단)이 아니다.’라고 덧붙였다. (마) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 쟁점토지 가액은 당시 인근 ○○1구역 토지의 감정평가가액 및 청구법인의 인근 토지 취득가액보다 낮아 시가로 보기 어렵고, 매도자의 2 ~ 4년 전의 취득가액과 유사한 가액으로서 매도자로서는 개발이 진행 중인 토지를 거의 이익을 남기지 아니하고 매도한 결과가 되는데, 이는 일반적인 토지 매매거래 관행에 합치하지 아니하여 토지가격 상승분이 쟁점사업권 금액에 포함된 것으로 보이고, 토지개발이라는 기대이익은 특별한 사유가 없는 한 토지가액에 포함되어 거래된다고 보는 것이 합리적이며, 쟁점토지 매매거래 당시에는 도시개발사업에 관련된 인∙허가신청이 접수되거나 인∙허가가 진행되는 사실이 없어 사업권의 존재를 인정하기 어렵고, 쟁점토지 및 쟁점사업권을 객관적으로 평가하지 아니한 상태에서 토지가액의 약 2.5배에 달하는 쟁점사업권 금액은 그 타당성을 인정하기 어려우므로, 쟁점사업권 금액은 쟁점토지 취득가액에 포함되는 것으로 봄이 합리적이다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점사업권 금액을 쟁점토지 취득 관련 비용으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.