쟁점농지 양도시기(대금청산한 날)가 2005년도 개별공시지가 공고일(2005.5.31.) 이후인 2005.6.1. 이후이므로 양도당시의 기준시가는 2005년도 개별공시지가로 적용하는 것이 타당하고, 쟁점농지가 2005.1.5.자로 주거지역등으로 편입되었으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정에 의해 주거지역등 편입일까지의 양도소득에 대하여 감면하는 것이 타당하므로 당초 처분은 정당하다.
쟁점농지 양도시기(대금청산한 날)가 2005년도 개별공시지가 공고일(2005.5.31.) 이후인 2005.6.1. 이후이므로 양도당시의 기준시가는 2005년도 개별공시지가로 적용하는 것이 타당하고, 쟁점농지가 2005.1.5.자로 주거지역등으로 편입되었으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정에 의해 주거지역등 편입일까지의 양도소득에 대하여 감면하는 것이 타당하므로 당초 처분은 정당하다.
심판청구를 기각한다.
(1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 입법취지에 위배된다. 일반적으로 농지가 택지개발사업 등의 목적으로 주거지역에 편입된 지역은 기준시가 등 토지가격이 급등하게 되는데, 토지가격이 급등한 지역까지 자경농지의 특례를 인정하게 되면 당초 입법취지와는 달리 부동산투기 등 부당한 이득을 얻는 경우가 발생하므로, 그 이후부터는 양도소득세를 감면하지 않는다는 취지이다. 다시 말하면, 농지가 관련법규에 의하여 주거지역 등으로 편입되면 농지가 아닌 주거지역 등의 공시지가가 적용되어 보상가도 높게 산정되므로 주거지역에 편입됨으로 인해 얻게 되는 소득에 대하여는 자경농지의 특례를 인정하지 않겠다는 것이다. 따라서, 양도소득세 계산에 있어서의 양도당시의 기준시가란 보상가액 산정시의 기준시가로 해석되어야 하고, 그래야만 우연한 기회에 양도시기가 달라짐으로 인해 발생하는 불합리한 점이 방지될 수 있는 것이다. 예컨데, 이 건의 경우와 같이 보상가액은 이미 2004.1.1.자 공시지가를 적용하기로 협의하고 그대로 보상금이 지급되었는데(이는 2005.5.31.이전에 양도행위가 이루어진 것을 전제하는 것임), 협의취득으로 인한 보상금의 지급이 2005.6.1.이후에 지급되었다는 이유만으로 2005.1.1.자 공시지가를 적용하여 양도소득세가 계산할 경우, 청구인들은 보상받지도 못한 돈을 기준으로 양도소득세를 납부하여야 하는 불합리한 점이 발생하고, 이는 만일 보상금이 2005.5.31.까지 지급된 경우에는 2004.1.1.자 공시지가가 적용된다는 점을 대비할 때 이와 같은 결론이 형평의 원칙에 맞지 않는다. 더욱이 보상금의 지급시점은 ○○○의 사업상의 형편이라는 지극히 주관적인 사정에 따라 달라질 수 있다는 점을 감안하면 이 건 부과처분은 위법하다.
(2) 주거지역 등에 편입된 날로부터 양도일까지 소득이 발생하지 않았다. 쟁점농지의 보상시 적용된 공시지가는 위에서 언급한 바와 같이 2004년도 공시지가이고, 주거지역 등에 편입된 때가 2005년 1월경이며, 단지 ○○○의 사업진행정도에 따라 보상금을 수령한 시기가 2005년 8월경부터 같은 해 9월경인 것 뿐인데, 청구인들이 수령한 보상금의 산정기준이 2004년도 공시지가임을 고려할 때 쟁점농지가 도시지역으로 편입됨으로 인해 발생한 양도소득이 없다. 즉, 위 조세특례제한법상 자경농지의 특칙이 적용되기 위하여는 양도일 현재 농지이어야 하는데, 이때 양도의 의미는 ‘양도계약 체결 당시’를 의미하는 것이고, 농지란 현황이 농지로 사용되고 있는 때를 의미하는 것인바, 청구인들은 ○○○가 이 건 토지가 포함된 ○○○ 일원 254,000평을 사업부지로 하여 주택 5,230세대를 건축하기로 하는 택지개발사업을 진행하기로 하고, 2005.4.15.부터 같은 달 29일까지를 보상계획공고 및 열람절차를 진행할 당시뿐 아니라 실제 보상금을 수령할 시점까지 이 건 토지에서 농사를 짓고 있었으므로 이는 주거지역 등의 양도가 아니라 농지의 양도이고, 보상금 역시 이와 같은 농지를 전제로 하여 2004년 공시지가를 기준으로 계산된 것이므로, 청구인들은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 규정하는 양도소득을 얻은 사실이 없는 것이다.
(3) 쟁점농지의 양도시기는 보상공고 및 열람절차 종료일인 2005. 4.29.로 보아야 한다. 처분청은 청구인들이 ○○○로부터 양도대금을 정산받은 날(잔금청산일)이 쟁점농지의 양도일이고 주거지역 등으로 편입된 날로부터 양도일까지 발생한 개별공시지가 상승분에 대하여는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정에 따라 과세하여야 한다는 의견이나, ○○○는 2005.4.15.부터 같은 달 29일까지를 보상계획공고 및 열람절차를 진행하고, 그 계획에 따라 2004년 기준 공시지가로 보상금을 책정함으로써 쟁점농지와 관련한 협의절차를 사실상 종료하였으므로, 쟁점농지의 양도시기를 보상공고 및 열람절차 종료일인 2005.4.29.로 보아야 한다.
(4) 신의칙 위반에 해당되어 위법하다.
○○○는 공문을 통해 청구인들이 8년 자경농의 자격을 갖춘 경우 양도소득세 감면이 된다는 점을 분명히 하였고, ○○○ 양도소득세가 감면되므로 대토를 하지 않아도 된다는 점을 분명히 하였으며, 청구인들은 이를 기초로 감면신청을 하였고(쟁점농지는 2007년 9월경까지 토지이용계획원상 용도가 변경되지 아니하였으므로 청구인들은 당연히 양도소득세 감면대상이 되는 것으로 판단한 것임), 당초 과세관청 역시 청구인들의 감면신청을 받아들인 사실이 있다. 그런데, 이후 처분청은 선례가 없다는 이유만으로 청구인들의 요구를 받아들이지 아니하였는 바(가산세는 부과하지 않음), 이와 같은 제반사정은 이 건 부과처분이 신의칙에 위반한다는 점을 입증하는 것이라 할 것이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구인은 쟁점농지가 2005.1.5.자로 주거지역에 편입되고, 2005.6.1. 이후에 양도되었으나, 수용가액이 2004.1.1.자 개별공시지가를 기준으로 하여 산정되었으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서규정을 적용하는 것이 부당하다고 주장하나, 세법은 본래 다양한 경제활동을 대상으로 일정한 기준을 정하여 과세표준 및 세액을 산정하기로 국민들의 합의를 통하여 법률로 정하여 놓은 것으로, 개별 건별로 사정을 고려하여 세법규정을 예외적으로 적용하는 것은 조세법률주의에 위배되므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.
(2) 청구인들은 2004.1.1.자 개별 공시지가를 기준으로 보상가액이 산정되었으므로 2005.1.5.자 주거지역 편입일 이후에는 지가 상승이 없다고 주장하나, 청구인들이 2004.1.1.자 공시지가를 기준으로 산정된 토지보상액에 이의가 있으면 ○○○에 이의를 제기하거나, 공시지가 산정에 이의가 있으면 ○○○에 이의를 제기하는 것은 별론으로 하더라도 이 건 부과처분이 부당함을 주장하는 것은 타당하지 않다.
(3) 청구인들은 쟁점농지의 양도시기를 보상공고 및 열람절차 종료일인 2005.4.29,로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법상 양도시기는 잔금청산일이므로 받아들일 수 없다..
① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.
(2) 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
(3) 구 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제162조 (양도 또는 취득의 시기)
① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
(4) 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정하기 전의 것) 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
(5) 구 조세특례제한법시행령(2005.12.30. 대통령령 19213호로 개정하기 전의 것) 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가) (6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제23조 (공법상 제한을 받는 토지의 평가)
② 당해 공익사업의 시행을 직접목적으로 하여 용도지역 또는 용도지구 등이 변경된 토지에 대하여 변경되기전의 용도지역 또는 용도지구 등을 기준으로 평가한다.
(1) 청구인들이 쟁점농지를 양도하고 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)의 규정에 따라 양도소득세가 감면되는 것으로 보아 동법 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도)의 규정에 따라 양도소득세 1억원을 감면받고 1억원을 초과하는 금액을 신고납부한 사실이 심리자료에 나타난다.
(2) 처분청은 쟁점농지가 주거지역 등에 편입된 날인 2005.1.5.자 개별공시지가(2004.1.1.분)에 비해 양도일(대금청산일)인 2005.6.1. 이후 개별공시지가(2005.1.1.분)가 상승하였으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 및 구 조세특례제한법시행령 제66조 제7항 의 규정에 따라 쟁점농지의 취득일로부터 주거지역 등에 편입된 날까지의 양도소득에 대하여만 감면을 적용하고 주거지역 등에 편입된 날 이후의 개별공시지가 상승분에 대하여는 감면을 적용하지 아니하는 방법으로 청구인들의 양도소득세를 경정결정하였고, 동 경정결정시 가산세는 적용하지 아니한 사실이 심리자료에 나타난다.
(3) 2005.1.1.자 쟁점농지의 개별공시지가는 2005.5.31.자로 공시된 사실이 심리자료에 나타난다.
(4) ○○○이 청구인들의 쟁점농지를 감정평가한 내용이 다음과 같이 ○○○의 확인서 및 감정평가서에 나타난다. (가)가격시점이 2005.6.30.이고 동 일자는 2005년도 개별공시지가 공고일인 2005.5.31. 이후 시점이다. (나) 쟁점농지의 보상평가 당시에는 용도지역이 자연녹지·농림·관리지역에서 주거지역 등으로 변경되었으나 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제23조 제2항 에 의거 당해 공익사업의 시행을 직접목적으로 하여 용도지역 등이 변경된 토지에 대하여 변경되기전의 용도지역 등을 기준으로 평가한다는 규정에 의거 변경되기전 용도지역 즉, 자연녹지·농림·관리지역 등으로 평가하였다. (다) 감정가액은 주거지역 편입일인 2005.1.5. 현재 공시된 개별공시지가(2004.1.1. 기준)에 가격시점(2005.6.30.)까지의 지가변동률, 지역요인, 개별요인 등을 감안하여 산출되었다. 일례로 ○○○ 의 경우 2004.1.1.자 ㎡당 개별공시지가는 29만4,000원이고, 감정가액은 54만100원이며, 2005.1.1.자 개별공시지가는 40만6,000원이다.
(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 청구인은 쟁점농지가 주거지역등에 편입된 날로부터 양도일까지 소득이 발생하지 않았으므로 양도시기를 열람절차종료일로, 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정시의 기준시가로 해석하여야 하고, ○○○이 양도소득세가 감면된다는 취지의 의사를 표명하였으므로 처분청의 이건 양도소득세 부과처분은 신의칙에 위반된다고 주장하나, 구 소득세법 제96조 제1항 에 의하면 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다고 규정되어 있고, 동법 제98조 및 동법시행령 제162조 제1항에 의하면 양도시기가 대금을 청산한 날로 규정되어 있는 바, 청구인들 소유의 쟁점농지 양도시기(대금청산한 날)가 2005년도 개별공시지가 공고일(2005.5.31.) 이후인 2005.6.1. 이후이므로 양도당시의 기준시가는 2005년도 개별공시지가로 적용하는 것이 타당하고, 쟁점농지가 2005.1.5.자로 주거지역등으로 편입되었으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정에 의해 주거지역등 편입일까지의 양도소득에 대하여 감면하는 것이 타당한 점○○○, 청구인이 2004.1.1.기준 개별공시지가로 보상가액이 책정되었다고 주장하나, 주거지역 편입일인 2005.1.5. 현재 공시된 개별공시지가(2004.1.1. 기준)에 가격시점인 2005.6.30.까지의 지가변동률 등을 감안하여 실질적인 지가상승이 있는 것으로 감정가액이 산출되어 있는 점○○○이 양도소득세가 감면된다는 취지의 공문을 보낸 것은 과세당국의 권한있는 유권해석이 아니므로 신의칙에 위반된다고 볼 수 없는 점 등으로 보아 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.○○○
결정 내용은 붙임과 같습니다.