미등록사업자로부터 재활용폐자원을 매입한 금액의 매입세액 공제가능 여부

○○○세무서장이 2008.12.18. 청구인에게 한 부가가치세 29,298,040원(2006년 제1기 10,745,380원, 2006년 제2기 11,786,210원, 2007년 제1기 4,035,500원, 2007년 제2기 2,730,950원)의 부과처분은

1. 2006년 제1기 및 제2기 과세기간 중 <표2>의 최○○○ 5인으로부터의 매입액 215,516,000원(2006년 제1기 110,457,000원, 2006년 제2기 105,059,000원)과 2007년 제1기 및 제2기 과세기간 중 최○○○ 3인로부터의 매입액 101,229,000원(2007년 제1기 59,224,000원, 2007년 제2기 42,005,000원)은 신고 및 납부불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 경기도 ○○○라는 상호로 도소매/고철을 영위하는 사업자로서 최○○○ 등으로부터 2006년 제1기 과세기간에 199,427,000원, 2006년 제2기 과세기간에 215,833,000원, 2007년 제1기 과세기간에 192,999,000원, 2007년 제2기 과세기간에 201,985,000원의 재활용폐자원을 공급받아 조세특례제한법 시행령제110조 제5항의 규정에 의한 재활용폐자원 및 중고품에 대한 매입세액을 공제(2006년 제1기 14,772,347원, 2006년 제2기 15,987,601원, 2007년 제1기 10,924,471원, 2007년 제2기 11,433,113원 합계 53,117,532원)하였다.
• 나. 처분청은 중부지방국세청의 감사결과 재활용폐자원의 공급자 중 연간 공급가액 48,000천원 이○○○로부터의 매입분은 재활용폐자원 매입세액 공제대상에서 제외하는 것으로 하여 2008.12.18. 청구인에게2006년 제1기 부가가치세10,745,380원, 2006년 제2기 부가가치세11,786,210원, 2007년 제1기 부가가치세4,035,500원, 2007년 제2기 부가가치세2,730,950원을 각각 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여2009.2.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 최○○○ 등으로부터 재활용폐자원을 공급받고 이에 대한 대가를 실제 지급하였음이 금융증빙 등에 의해 확인되고, 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 최○○○ 등의 주민등록번호가 타사업자에게 도용되어 유출된 것이므로 최○○○ 등으로부터 취득한 재활용페자원에 대한 매입세액을 부인함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 최○○○ 등은 부가가치세법 제25조 및 같은 법 시행령 제74조에서 규정한 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상으로 확인되므로 이는 사업자등록 여부에 관계없이 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 과세사업자에 해당한다고 보아야 할 것이므로 이 건의 경우 재활용폐자원의 실제매입 여부에 불구하고 재활용폐자원 및 중고품에 대한 매입세액 공제대상에서 제외함이 타당하다.

• 가. 쟁점 1역년의 공급대가가4,800만원 이상인 미등록사업자로부터 재활용폐자원을 매입한 금액이 조세특례제한법 제108조 에서 규정한 부가가치세 매입세액공제 특례규정의 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제108조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용하는 경우 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 때에는 부가가치세 확정신고시 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대하여는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 교부받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액을 제외한다)을 차감한 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 부가가치세법 제18조 의 규정에 따른 예정신고 및 동법 제24조 제2항의 규정에 따른 환급신고시 이미 재활용폐자원 매입세액공제를 받은 금액이 있는 경우에는 동법 제19조의 규정에 따른 확정신고시 정산하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제110조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

2. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업 등록을 한 자

3. 한국환경자원공사법에 의한 한국환경자원공사

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제50조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

(4) 부가가치세법 제25조【간이과세】① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 "공급대가"라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "간이과세자"라 한다)에 대하여는 제4장부터 제6장까지의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 고려하여 대통령령이 정하는 사업자

⑤ 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 부가가치세법 시행령 제74조【간이과세의 범위】① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 4천800만원을 말한다.

(6) 국세기본법 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조에 의하면, 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자(1역년 공급대가가4,800만원에 미달하는 개인사업자)로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용하도록 규정하고 있다.

(2) 청구인이 재활용폐자원을 매입한 최○○○ 등 5명은 미등록사업자로 나타나고, 2006년 제2기에 22,413천원을 매입한 임○○○는 일반과세자로 나타나며, 미등록사업자로 나타나는 최○○○ 등 5명의 연간 공급내역을 살펴보면 아래 <표1>과 같이 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상인 것으로 나타난다.

○○○

(3) 청구인은 위 최○○○ 등 5명과 일반과세자인 임○○○로부터 2006년 제1기 110,457,000원, 2006년 제2기 126,472,000원, 2007년 제1기 59,224,000원, 2007년 제2기 42,005,000원의 재활용폐자원을 각각 공급받았는 바, 과세기간별 매입내역은 아래 <표2>와 같다.

○○○

(4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 최○○○ 등5명은 미등록사업자로서 청구인 외에도 다른 사업자들에게 계속적ㆍ반복적으로 재활용폐자원을 공급하며 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 사실이 재활용폐자원 매입세액공제신고서 등에 의하여 확인되는 만큼, 최○○ 등 5명은 사업자등록 여부에 관계없이 부가가치를 창출해 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 부가가치세법 제2조 에서 규정한 일반과세자에 해당하는 것으로 보이고○○○, 임○○○의 경우 일반과세자임이 처분청에서 제시한 심리자료에 나타나므로 처분청이 최○○○ 등 5명과 임○○○로부터 매입한 금액에 대하여 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 다만, 세법상 가산세는 과세권한의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인 바, 2006년도와 2007년도에 청구인에게 4,800만원 이하의 재활용폐자원을 공급한 최○○○ 등 5명은 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실이 없고, 처분청에서도 직권으로 등록한 사실이 없어서 청구인이 이들로부터 정상적인 매입세금계산서를 받을 수 없었을 뿐 아니라, 청구인으로서도 이들의 1역년 공급대가가 총 4,800만원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었으므로 청구인이 이들로부터 매입한 가액을 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것○○○이므로 처분청이 청구인에 대하여 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.