쟁점토지는 쟁점국유지와 함께 공유지분으로 구성되어 있는 불완전한 토지로 청구법인이 취득할 당시부터 이미 사용이 제한되어 있는 토지에 해당되며, 법령 등에 의하여 사용이 제한된 경우로 인정할 수 없어 법인세를 부과한 처분은 정당함.
쟁점토지는 쟁점국유지와 함께 공유지분으로 구성되어 있는 불완전한 토지로 청구법인이 취득할 당시부터 이미 사용이 제한되어 있는 토지에 해당되며, 법령 등에 의하여 사용이 제한된 경우로 인정할 수 없어 법인세를 부과한 처분은 정당함.
심판청구를 기각한다.
○○○용지로 지정되어 있는 쟁점토지를 비사업용 토지 및 업무무관부동산으로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부
- 나. 관련법령 (1) 법인세법 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액
2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
- 가. 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
- 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
- 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것
7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지
③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제49조(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정된 것)【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산(생 략)
- 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
- 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산(단서 생략) 제92조의3(2005.12.31. 대통령령 제19255호로 신설된 것)【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
- 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
- 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 재정경제부령이 정하는 토지 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙(2006.3.14. 재정경제부령 제497호로 개정된 것) 제26조【업무와 관련없는 부동산의 범위】① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(생 략)
② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "당해 법인의 업무" 라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.
1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무
2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가ㆍ허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무
⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
2. 당해 부동산의 취득 후 다음 각목의 1에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)
- 가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)
- 다. 유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ면허 등을 신청한 법인이건축법제12조의 규정 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한한다)
29. 당해 부동산의 취득후 제2호 내지 제28호의 사유외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산. 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가건축법제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조【도시계획시설사업의 시행자】① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ시장 또는 군수는 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 관할 구역안의 도시계획시설사업을 시행한다.
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 시행자가 될 수 있는 자 외의 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.
⑥ 국토해양부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 제2항ㆍ제3항 또는 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자를 지정한 때에는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 그 지정 내용을 고시하여야 한다. 제88조【실시계획의 작성 및 인가 등】① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다.
② 도시계획시설사업의 시행자(국토해양부장관, 시ㆍ도지사와 대도시 시장을 제외한다. 이하 제3항에서 같다)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장의 인가를 받아야 한다.
③ 국토해양부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 도시계획시설사업의 시행자가 작성한 실시계획이 제43조 제2항의 규정에 따른 도시계획시설의 결정ㆍ구조 및 설치의 기준 등에 적합하다고 인정하는 때에는 실시계획을 인가하여야 한다. 이 경우 국토해양부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 기반시설의 설치 또는 그에 필요한 용지의 확보, 위해 방지, 환경오염 방지，경관, 조경 등의 조치를 할 것을 조건으로 실시계획을 인가할 수 있다. 제95조【토지 등의 수용 및 사용】① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.
1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건
2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리 제96조【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】① 제95조의 규정에 의한 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.
② 제1항의 규정에 의하여공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용함에 있어서 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시가 있은 때에는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제20조 제1항과 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다.(단서 생략)
(5) 화물유통촉진법 제28조【공사시행의 인가】① 복합화물터미널사업자 또는 일반화물터미널사업을 경영하고자 하는 자(이하 “화물터미널사업자”라 한다)는 건설하고자 하는 화물터미널의 구조 및 설비등에 관한 공사계획을 수립하여 복합화물터미널사업은 건설교통부장관, 일반화물터미널사업은 시·도지사의 공사시행 인가를 받아야 한다. 인가받은 공사계획 중 대통령령이 정하는 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다. 제28조의2【토지 등의 수용·사용】① 화물터미널사업자가 제28조 제1항의 규정에 의한 공사시행인가를 받아 화물터미널(국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 도시계획시설인 화물터미널에 한한다)을 건설하는 경우에는 이에 필요한 토지·건물 또는 토지에 정착한 물건이나 이에 관한 소유권외의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.
② 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다. 제28조의5【국·공유재산의 매각 등】화물터미널건설부지안에 있는 국가 또는 지방자치단체 소유재산은 국유재산법 또는 지방재정법의 규정에 불구하고 화물터미널사업자에게 수의계약으로 매각할 수 있다. 이 경우 건설교통부장관 또는 시·도지사는 제28조 제1항의 규정에 의한 공사시행인가를 하기 전에 당해 재산의 매각에 관하여 미리 관계행정기관의 장과 협의하여야 한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은○○○ 조성사업을 하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후 동일한 필지내에 있는 쟁점국유지를 취득하는 조건으로 ○○○시장으로부터 사업시행자 지정을 받았으나, ○○○는 ○○○시청으로부터 사업시행인가를 받아야 쟁점국유지를 매각할 수 있다고 청구법인에게 회신하여 관계기관간 상호 모순되는 조건을 제시하여 ○○○ 조성사업이 지연되다가 결국 청구법인이 자금압박으로 인하여 쟁점토지를 불가피하게 양도한 것임에도, 처분청이 주관적 추정에 의하여 쟁점토지를 비사업용토지 및 업무무관부동산으로 보아 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
(2) 전체토지(○○○필지 대지 70,073.6㎡)는 1985.9.11. 유통업무설비지역내 ○○○부지로 지정되어 있어 다른 용도로는 사용할 수 없는 토지이며, 청구법인이 33,272.5㎡(쟁점토지), ○○○가 34,168.6㎡(쟁점국유지)를, ○○○이 1,818.2㎡, 배○○○이 814.3㎡를 각각 공유자 지분으로 소유하고 있고, 전체토지의 이용계획안(○○○ 2006.12.21.)에 의하면 용도는 배송센타가 8,390.0㎡, 관리시설이 3,480.0㎡, ○○○이 47,403.6㎡, 차량서비스시설이 10,800.0㎡이며, ○○○조성사업을 추진하기 위해서는 청구법인이 소유하고 있는 쟁점토지를 포함하여 쟁점국유지 등 전체토지의 확보가 반드시 필요한 사실 등이 심리자료에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인이 쟁점토지를 취득 및 양도한 경위는 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 전소유자 김○○○은 쟁점토지를 ○○○(○○○의 자회사)에 부동산담보신탁하였고, 위탁자인 김○○○이 대출약정상 기한이익을 상실함에 따라 금융기관들이 수탁자인 ○○○에 환가처분을 요청하자 ○○○의 2006.4.6. 공매(입찰)공고와 2006.6.16. 소유권이전등기 등을 거쳐 청구법인이 쟁점토지를 취득한 사실 등이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 사업계획서를 작성〔시행사: 청구법인, 시공사: ○○○, 설계 및 감리: ○○○사무소 등〕하여 2006.11.21. ○○○시장에게 제출하였고, ○○○시장은 사업시행자 지정일부터 6개월 내에 쟁점국유지를 매수하여 사업시행인가신청서를 제출하는 조건으로 2006.12.21. 청구법인을 ○○○ 조성사업 시행자로 지정하여 청구법인은 2006.12.27. ○○○에 쟁점국유지의 매수를 신청한 사실이 심리자료에 나타난다. (다) ○○○는 2007.1.17. “청구법인이 매수신청한 쟁점국유지에 대하여 현재 관련서류와 매각관련법규에 대하여 검토중”에 있고, “정부의 2007년도 국유재산관리계획(2007년 2월말 예상)이 확정된 후 국유재산매각심의위원회의 매각승인절차가 통과되면 감정평가기관에 가격산정을 의뢰하여 산정한 감정가격을 근거로 매각절차를 진행할 예정”이며, “청구법인과 전 소유자 김○○○의 관계를 확인하기 위하여 청구법인의 임원 중 김○○○의 친인척이 있으면 재직 여부를 통보하여 주고, 청구법인 주주명부를 송부하여 주시기 바란다”는 내용을 창구법인에게 통보하였다(이하 “1차회신”이라 한다). (라) 2007.1.30. 청구법인은 ○○○시장으로부터 쟁점토지 중 8,847㎡에 대하여 화물 및 여객운송차고지 사용승인을 받은 사실, ○○○가 ○○○부지 조성사업의 타당성을 질의하자 ○○○는 2007.2.1. ○○○에게 “쟁점국유지는 토지이용계획서상 도시계획시설(유통업무시설)로 이미 지정되어 있고, 청구법인이 사업시행자로 지정된 점을 볼 때 인가·허가에 큰 문제는 없는 것으로 판단되고, 사업에 대한 인가·허가 중 실시계획인가를 득하게 되면 시공사가 선정될 예정이고 또한 ○○○에 의하여 초기사업비 재원을 마련할 계획이며, ○○○ 시설 중 일부는 분양하여 그 수입금으로 전체 사업비에 충당할 계획이고, 사업이 본격적으로 진행되기에는 다소 기간이 소요될 것으로 예상되지만 현재 성업중인 ○○○상가와 연계되어 우수한 입지여건을 가지고 있으며, 대형자동차 관련시설이 들어설 경우 분양성 및 사업성이 양호할 뿐 아니라 지역발전에도 크게 기여할 것으로 기대”된다는 내용으로 회신한 사실 등이 심리자료에 기재되어 있다. (마) 한편, ○○○가 2007.1.24. ○○○시장에게 청구법인이 사업시행자로 지정되었는지 여부 및 지정조건 등에 대하여 질의하자, ○○○시장은 2007.2.2. “청구법인이 사업시행자로 지정되었으나, 지정조건은 사업시행자 지정일로부터 6개월 이내에 국유지를 매수하는 것이며 매수하지 못하는 경우 사업시행자 지정은 취소되며, 사업시행자는국토의 계획 및 이용에 관한 법률제91조에 의한 실시계획인가를 받고 고시되어야공익사업을 위한 토지 등의 취득 및보상에 관한 법률제20조 제1항 및 제22조에 의한 사업인정 및 고시가 있은 것으로 보아 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있고, 쟁점국유지 소유자는국토의 계획 및 이용에 관한 법률제86조 및 제88조 에 의한 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 받아 ○○○ 조성사업만을 할 수 있으며, 청구법인이 사업시행자 지정신청시 제출한 사업계획서상의 자금조달계획은 ○○○대출업무를 주관하는 ○○○가 유가증권을 발행하여 토지를 매입하고 ○○○의 공사지급보증에 의한 ○○○대출로 전환시 사업부지 전체를 담보신탁관리하여 ○○○이 책임준공하는 것으로 되어 있으며, 취소하기전까지는 사업시행자로서의 지위는 유지된다”고 회신한 사실이 심리자료에 의하여 인정된다. (바) ○○○는 2007.4.10. 청구법인에게 2차 회신을 하여 “매수신청한 쟁점국유지에 대하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률제88조 및 제91조에 의한 사업실시계획인가를 받은 후에 동 국유지에 대한 매수를 신청”할 것을 요구하면서 청구법인의 쟁점국유지 매수신청을 반려한 사실, 2007.4.12. 청구법인은 전체토지 중 배○○○ 지분(814.3㎡)을 19억원에 매수하기로 계약을 체결하고 계약금으로 280백만원을 지급한 사실, 청구법인은 2007년 1월부터 2007년 5월까지 도시계획시설의 설계 및 PF사업대출 금융기관협의○○○ 등을 한 사실, 청구법인은 2007.6.8. ○○○시장에게 사업시행자 지정의 연장을 신청한 사실, ○○○시장은 2007.6.26. 청구법인에게 쟁점국유지 매수기한을 2007.12.31. 이내로 하고 사업인가신청기한을 2008.12.31. 이내로 하여 사업시행자 지정기간을 연장하는 고시를 한 사실, 청구법인은 2007년 8월 전체토지와 연접한 기존 ○○○상가 입주업체로부터 신축예정인 유통업무설비에 입점한다는 취지의 “입점의향서”를 제출〔98개 업체, 168구좌(1구좌당 90㎡)〕받은 사실, 청구법인은 2007.10.29. ○○○과 쟁점토지 양도 계약을 체결〔매매대금 390억원(토지 및 사업권 등의 권리 포함)〕한 사실, ○○○저축은행은 2007.12.20. 청구법인에게 차입금원금 및 미납이자를 만기일까지(2008.1.5.) 상환할 것을 독촉한 사실, 청구법인은 2007.12.28. ○○○에게 쟁점토지를 양도한 사실 등이 심리자료에 나타난다.
(4) 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지 및 업무무관부동산으로 보아 토지양도차익에 대하여 법인세를 부과하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 2008.6.5. 청구법인에게 법인세를 부과하겠다는 취지의 과세예고통지를 하자, 청구법인은 2008.6.30. 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점토지 전체(33,272㎡)는 업무무관자산으로 보았으나 차고용으로 사용이 확인된 8,847㎡는 주차시설로 사용된 기간 동안은 업무무관자산에서 제외한다는 결정을 하였는데, 과세전적부심사청구에 대한 주요 결정내용을 보면 다음과 같다. (가) ○○○는 쟁점토지의 전 소유자인 김○○○의 ○○○가 소유한 토지의 무단사용으로 인한 변상금 2,149백만원이 미납되어 쟁점국유지 매수신청서가 반려되었으며, 김○○○은 2005.5.9. ○○○시장으로부터 ○○○부지 사업시행자로 지정받을 당시 지정일로부터 1년 이내에 ○○○의 국유토지(쟁점국유지)를 매수하는 조건이 부여된 사실이 심리자료에 나타난다. (나)법인세법제55조의2 제3항에서 “토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다”고 규정하고 있으나, 이미 사용이 제한되어 있는 토지를 취득한 행위에는 투기목적이 있으므로 당해 토지는 비사업용 토지에서 제외하지 아니한다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 254억원에 취득하여 390억원에 단기간에 양도하였는 바, 청구법인은 쟁점토지의 취득 이전부터 사업추진 및 쟁점국유지 매수가 어렵다는 것을 인지하고 있었던 것으로 보이고, 사업시행 여부도 불투명하고 자금여력도 없는 청구법인이 타인의 자금을 이용하여 쟁점토지를 매수한 것은 이해하기 어려운 점, ○○○로부터 2007.4.10. 제2차회신을 받은 후에 적극적으로 쟁점국유지의 매수를 위하여 노력한 흔적이 없는 점, 청구법인은 사업용도가 제한되어 있는 쟁점토지를 공매를 통하여 저가로 취득한 뒤 사업시행자로 지정받아 매매가격을 상승시켜 양도하여 단기시세차익을 실현할 목적이 있었던 것으로 보이며, 청구법인에게 사업목적이 있었다 하더라도 쟁점토지는 공유재산인 전체토지의 일부이므로 매입당시부터 불완전한 것이고, 법인세법 시행령제92조의11 제1항 제1호에서 규정한 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하지 아니하는 점 등을 고려하면, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세예고통지한 것은 타당하다. (라) 청구법인은 시공사로 참여할 예정이었던 관계회사 및 전 소유자 김○○○을 통하여 사업의 추진 및 쟁점국유지의 매수가 어렵다는 것을 인지하고 있었음에도 쟁점토지를 매입하여 전혀 사업에 사용하지 아니하다가 단기간에 양도한 점으로 보아 쟁점토지를 업무목적으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 인정하기는 어렵고, 또한 쟁점토지는 공유지분이 있기 때문에 불완전한 것이었으며, 이 건은 법인세법 시행령제49조 제1항 제1호 단서 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항에서 규정하는 ○○○령이 정하는 부득이한 사유에도 해당하지 아니하는 만큼, 쟁점토지를 업무무관부동산으로 보아 차입금 지급이자 등 관련비용을 손금불산입하여 법인세를 부과할 예정이라는 내용으로 청구법인에게 과세예고통지한 것은 달리 잘못이 없다.
(5) 청구법인이 1차 회신을 받을 때에는 국유재산관리처분기준을 개정한 후 쟁점국유지를 매각할 예정임을 밝혔고 개정되기 전의 국유재산관리, 처분기준에 의하면 쟁점국유지의 매각이 가능하였다고 주장하는 것에 대하여 ○○○이 2009.7.1. ○○○에게 의견을 문의하자, ○○○는 2009.7.29. “개정되기전의 국유재산관리처분기준 제8조에 따라 청구법인에게 쟁점국유지를 매각하기 위하여는국토의 이용 및 계획에 관한 법률제86조 및 제88조를 충족하여야 하는데, 청구법인이 ○○○시장으로부터 사업시행인가를 득하지 못하게 됨에 따라 매각절차를 진행할 수 없었고 청구법인에 대한 1차 회신은 안내문으로 2차 회신과 동일한 것이다”라는 내용으로 답변하였다. (6) 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제1호 및 제2호(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준) 에서 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 신청한 자가건축법제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간을, 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지는 착공이 제한된 기간을 각각 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다.
(7) 법인세법상 차입금 지급이자를 손금불산입하는 대상이 되는 업무무관부동산에서 제외하는 경우에 해당되는 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산이라 함은, 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정작용의 일환으로 인하여 허가를 일절 하여 주지 아니하고 있기 때문에 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우까지 포함되는 것이나, 토지를 취득하기 이전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 또는 제한되어 있었다면 이를 적용할 만한 여지는 없다 하겠다(○○○ 1995.2.24. 외 다수 같은 뜻임).
(8) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 쟁점토지는 쟁점국유지와 함께 공유지분으로 구성된 불완전한 토지로서 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 사용이 제한된 토지라 할 수 있는 점, 쟁점토지는 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 쟁점토지 이전 소유자 김○○○은 2005.5.9. ○○○시장으로부터 ○○○부지 사업시행자로 지정받을 당시 지정일로부터 1년이내에 ○○○ 국유토지를 매수하여야 하는 조건으로 지정받은 점, 청구법인은 쟁점토지 양수당시 전사업자인 김○○○을 통해 ○○○로부터 쟁점국유지의 매수가 어렵다는 사실과 그에 따라 ○○○ 사업의 추진이 불가능하다는 사실을 인지하고 있었다고 볼 수 있는 점, ○○○시의 사업시행인가조건 및 ○○○의 매각조건간의 견해 차이는 각 기관의 규정에 따른 것으로 법령 등에 의하여 사용이 제한된 경우로 인정할 수 없는 점, 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산이라 함은 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정작용의 일환으로 인하여 허가를 일절 하여 주지 아니하고 있기 때문에 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우까지 포함되는 것이나, 토지를 취득하기 전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 있었다면 이러한 규정을 적용할 여지가 없는 점 등을 고려하여 보면, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지 및 업무무관부동산으로 보아 법인세를 부과한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판원합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.