아파트 단지를 신축・분양하는 과정에서 토지양도자 등에게 지급한 소송합의금, 연체이자 등을 원천징수대상(기타소득, 이자소득, 사업소득)으로 보고 청구법인을 징수의무자로 하여 원천세를 과세한 처분에 대해 재조사함이 타당함
아파트 단지를 신축・분양하는 과정에서 토지양도자 등에게 지급한 소송합의금, 연체이자 등을 원천징수대상(기타소득, 이자소득, 사업소득)으로 보고 청구법인을 징수의무자로 하여 원천세를 과세한 처분에 대해 재조사함이 타당함
○○○세무서장이 2008.11.14., 2008.12.26. 청구법인 및 청구인들에게 각각 한 <별지> 기재 부과처분은 청구법인이 ○○○ 등 30인에게 지급한 금액의 합계인 4,692,765,200원이 각각 원천징수대상 이자소득, 사업소득, 기타소득인지 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
① ○○○ 시행사인 청구법인이 시공사로부터 수취한 세금계산서 및 계산서에 의하여 동 단지의 작업진행률을 계산하여 산정한 2006사업연도 및 2007사업연도 수입금액과 시공사의 작업진행률 등에 의하여 재계산한 수입금액의 차액 상당액인 2006사업연도분 43,184,835,947원과 2007사업연도분 76,532,687,498원을 익금에 산입하며 대응하는 금액인 37,540,341,589원과 68,383,660,879원을 손금에 산입하였고,
② 청구법인이 주택신축판매업을 영위하는 과정에서 ⅰ) ○○○ 외 2인에게 지급한 비영업대금이자 1,787,023,200원 ⅱ) ○○○ 외 3인에게 지급한 위약해지보상금 262,020,000원 ⅲ) ○○○ 외 5인에게 지급한 입주지체보상금 139,600,000원 ⅳ) ○○○ 외 4인에게 지급한 부동산중개용역비 755,100,000원 ⅴ) ○○○ 외 12인에게 지급한 소송합의금 등인 1,749,022,000원이 원천징수대상(각각 이자소득, 사업소득, 기타소득)임에도 그러하지 아니한 사실 등을 적출하고 과세자료를 통보하였다.
2. 청구법인과 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 예약매출 또는 예약판매는 통상 구입예약자로부터 매입대금의 일부 또는 전부를 상품의 인도 전에 지급받은 판매형태를 말하는 것이며, 우리나라 기업회계기준은 예약매출과 관련한 건설공사의 손익 귀속시기만을 정하였을 뿐이지 예약매출 자체의 손익 귀속시기를 규정하고 있지는 아니하고, 법인세법 시행령제69조 제1항 또한 용역으로서의 예약매출을 들고 있지 이 건과 같이 부동산을 포함하여 상품 또는 제품의 판매형태로서의 예약매출에 대하여는 정하고 있지 아니하므로 그 손익의 귀속시기는법인세 시행령제68조 제1항 또는 제3항과 제69조에 의하여 예약매출에 의한 상품 또는 제품의 인도일이 속하는 사업연도라고 보아 관련 법령을 해석·적용하여야 할 것이며, 현재 과세실무는 진행기준을 적용하여 손익의 귀속시기를 정하고 있으므로, 설령 그와 같이 예약매출의 손익 귀속시기를 규정한다 하더라도 예약매출과 건설용역의 특성을 함께 고려하여야 할 것인데, 건설을 담당하는 시공사는 작업진행률인 건설한 정도에 따라 손익을 인식하여야 하고 그 방법이 손익귀속의 합리적인 배분이라고 할 수 있으나, 완성된 부동산의 분양을 담당하는 시행사는 각 사업연도 익금이 분양가액이고 손금이 이에 대응하는 경비이므로 양자의 각 사업연도 손익을 계산하는 방법 또한 동일할 수가 없고, 예약매출은 인도하기 전에 대금을 지급받는다는 특색이 있지만 그렇다고 하여 상품(부동산 포함) 또는 제품의 매매인 사실이 달라지는 것은 아니므로 지급받은 대금 중 인도로 볼 수 있는 정도로 건설된 부분에 상당하는 금액만을 당해 사업연도 손익으로 인식함이 권리·의무 확정주의 내지는 실현주의에 부합하며, 이는 상품을 인도한 후 대금을 받기로 하는 장기할부판매의 경우 각 대금을 받거나 받기로 한 날이 속하는 사업연도 손익으로 하되 인도하기 이전에 받은 대금은 인도일이 속한 사업연도의 손익으로 하도록 규정한 법인세법 시행령제68조 제2항에 비추어 보아도 타당한 만큼, 시행사 몫인 예약매출의 사업연도별 수익금액은 총분양가액에 시공사의 작업진행률을 곱한 후 각 사업연도에 지급받거나 받기로 한 분양대금의 총분양가액에 대한 비율을 적용하여 산출하여야 할 것이다. 예비적 주장은 작업진행률에 의하더라도, ○○○이라 한다)와 체결한 도급계약은 시행사와 시공사 간의 일반적인 도급계약과 달리 시공사가 분양업무를 하고 분양대금을 지급받아 공사대금에 충당하는 방식을 취한 것인 만큼, 청구법인은 ○○○ 교부한 세금계산서에 의하여 계산할 수밖에 없었기 때문에 그와 같이 신고한 것에 잘못이 있다고 하기는 어려우므로 과소신고가산세 및 과소납부가산세를 부과한 처분은 취소하여야 한다는 것이다.
(2) 청구법인에게 이 건 원천분을 과세할 당시 소득자들이 지급받은 금액을 종합소득세로 신고·납부하였는지에 관계 없이(만약 소득자가 신고·납부를 하였다면 이중으로 과세하는 것이 되고, 그러하지 아니하다면 2008.11.14. 이 건을 과세할 당시 이미 종합소득 과세표준확정신고·납부기간이 지났으므로 무신고·무납부를 이유로 하여 소득자들에게 과세하는 것이 타당함) 청구법인에게 원천징수의무가 있다고 보아 고지한 처분은 잘못된 것이며, 청구법인이 지급한 금액에 대하여 처분청은 이자소득·원천징수분 사업소득 및 기타소득으로 보았으나, 그 지급경위 등에 의하면 배당금이거나 원천징수대상이 아니거나 또는 그 실질이 토지양도가액임이 확인되므로 위와 같이 사실과 다르게 구분하여 청구법인에게 원천징수의무를 부과한 처분은 부당하다.
(3) 청구인 ○○○ 단독으로 자본금을 불입하고 청구법인을 경영한 이상 그에게 제2차 납세의무를 지우는 것은 타당하지만, 가정주부로서 가사 일에만 종사하고 법인의 경영에는 관여한 사실이 없으며, 단지 배우자인 청구인 ○○○가 복수의 주주를 만들기 위하여 임의로 주식등변동상황명세서상에 주주로, 법인등기부등본에 감사로 각각 등재한 청구인 ○○○ 제2차 납세의무자에 해당되지 아니한다.
(2) 청구법인이 이 건 심판청구 취지에서 취소하여야 한다고 주장한 처분인 2004년~2007년 원천분 이자소득세, 2003년~2006년 원천분 사업소득세, 기타소득세 중 ○○○ 외 2인에게 지급한 위약해지보상금 및 ○○○ 외 5인에게 지급한 입주지체보상금에 상당하는 분은 ○○○단지 토지매매와 관련이 없는 것이고, 동 토지의 매매와 관련하여 ○○○ 외 12인에게 추가로 지급한 대금(1,749,022,000원)이 이자, 양도소득세, 소송합의금이라 할지라도 이는 명칭에 불과할 뿐 실질은 토지가액의 앙등에 따른 추가지급액이라 주장하나, 청구법인이 토지매도인에게 별도로 지급한 금원의 구체적인 사유는 계약불이행에 따른 지연이자, 소송취하에 따른 합의금, 당초 계약의 해지로 인한 계약금 등의 포기금액 등으로 이는 토지매매대금과는 별도이므로 청구법인 주장은 이유 없다.
(3) 청구인 ○○○ 배우자로 청구법인의 등기부등본에 감사로 등재되어 있으며, 근로소득원천징수영수증을 보면 청구법인이 ○○○에게 2006년에 87백만원, 2007년에 142백만원, 2008년에 148백만원의 근로소득을 지급한 사실이 확인되고, 감사로 등재시에는 청구인 ○○○ 인감증명이 첨부되어 있으며, 청구법인의 경영에 관여한 적이 없다는 사실을 입증할 만한 객관적 증빙자료를 달리 제출하지 못하고 있고, 제2차 납세의무를 지는 과점주주는 법인의 경영을 사실상 지배하는 자(○○○)의 배우자 또는 그와 생계를 같이하는 직계존비속이면 족하고 스스로 경영에 참여할 필요는 없으므로 청구인 ○○○를 제2차 납세의무자로 지정하고 체납액을 납부통지한 처분은 적법하다.
① 아파트 등의 예약매출에 있어서 시행사인 청구법인이 시공사에게 공사를 일괄도급하는 경우 시공사의 작업진행률로 수입금액을 산정하여 과세한 처분의 당부 및 그와 같이 신고를 하지 아니한 것에 대하여 신고·납부불성실가산세를 부과(예비적 청구)한 처분의 당부
② 아파트 단지를 신축·분양하는 과정에서 토지양도자 등에게 지급한 소송합의금, 연체이자 등을 원천징수대상(기타소득, 이자소득, 사업소득)으로 보고 청구법인을 징수의무자로 하여 원천세를 과세한 처분의 당부
③ 대표이사 및 감사인 청구인들(부부)을 청구법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분의 당부
3. 대통령령이 정하는 사업소득에 대한 수입금액
5. 기타소득금액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.
4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액
13. 저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 ※ 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.
1. 개인이 재정경제부령이 정하는 물적시설없이 근로자를 고용하지 아니하고 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (가) 저술ㆍ서화ㆍ도안ㆍ조각ㆍ작곡ㆍ음악ㆍ무용ㆍ만화ㆍ삽화ㆍ만담ㆍ배우ㆍ성우ㆍ가수와 이와 유사한 용역 (나) 연예에 관한 감독ㆍ각색ㆍ연출ㆍ촬영ㆍ녹음ㆍ장치ㆍ조명과 이와 유사한 용역 (다) 건축감독ㆍ학술용역과 이와 유사한 용역 (라) 음악ㆍ재단ㆍ무용(사교무용을 포함한다)ㆍ요리ㆍ바둑의 교수와 이와 유사한 용역 (마) 직업운동가ㆍ역사ㆍ기수ㆍ운동지도가(심판을 포함한다)와 이와 유사한 용역 (바) 접대부ㆍ댄서와 이와 유사한 용역 (사) 보험가입자의 모집, 저축의 장려 또는 집금 등을 하고 실적에 따라 보험회사 또는 금융기관으로부터 모집수당ㆍ장려수당ㆍ집금수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받는 용역과 서적ㆍ음반 등의 외판원이 판매실적에 따라 대가를 받는 용역 (아) 저작자가 저작권에 의하여 사용료를 받는 용역 (자) 교정ㆍ번역ㆍ고증ㆍ속기ㆍ필경ㆍ타자ㆍ음반취입과 이와 유사한 용역 (차) 고용관계 없는 자가 다수인에게 강연을 하고 강연료ㆍ강사료 등의 대가를 받은 용역 (카) 라디오ㆍ텔레비전 방송 등을 통하여 해설ㆍ계몽 또는 연기를 하거나 심사를 하고 사례금 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받는 용역 (타) 작명ㆍ관상ㆍ점술 또는 이와 유사한 용역 (파) 개인이 일의 성과에 따라 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받는 용역 (3) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매: 그 상품 등을 인도한 날
3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.
② 법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우로서 판매 또는 양도한 자산의 인도일(제1항 제3호에 해당하는 자산은 동호 단서에 규정된 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 당해 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 수익과 비용으로 계상한 경우에는 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 불구하고 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 이 경우 인도일 이전에 회수하였거나 회수할 금액은 인도일에 회수한 것으로 보며, 법인이 장기할부 기간 중에 폐업한 경우에는 그 폐업일 현재 익금에 산입하지 아니한 금액과 이에 대응하는 비용을 폐업일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (5) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 작업진행률 = ────────────────────── 총공사예정비
② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.
계약금액 × 작업진행률 － 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액
당해 사업연도에 발생된 총비용
③ 영 제69조 제2항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다. ※ 참고 법인세법 기본통칙 40-69…7【아파트 등을 분양하는 경우의 작업진행률 계산】① 주택ㆍ상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도를 영 제69조 제2항의 규정에 의하는 경우에 당해 아파트 등의 부지로 사용될 토지의 취득원가는 규칙 제34조의 규정에 의한 작업진행률 계산시 산입하지 아니한다.
② 제1항의 토지 취득원가는 동항의 규정에 의하여 계산된 작업진행률에 의하여 안분하여 손금에 산입한다. (6) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】① 법인(주식을자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에 상장한 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 그 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
② 제1항 제2호에서 “과점주주”란 주주 또는 유한책임사원 1명과 그와 대통령령으로 정하는 친족이나 그 밖의 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 말한다. (7) 주택법 제24조 【주택의 감리 등】① 사업계획승인권자는 제16조 제1항에 따른 주택건설사업계획을 승인하였을 때와 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장이 제42조 제2항 제2호에 따른 리모델링의 허가를 하였을 때에는 건축사법 또는 건설기술관리법에 따른 감리자격이 있는 자를 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 주택건설공사를 감리할 자로 지정하여야 한다. 다만, 사업주체가 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ지방공사 또는 대통령령으로 정하는 자인 경우와 건축법 제25조 에 따라 공사감리를 하는 도시형 생활주택의 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항에 따라 감리할 자로 지정받은 자(이하 “감리자”라 한다)는 자기에게 소속된 자를 대통령령으로 정하는 바에 따라 감리원으로 배치하고, 다음 각 호의 업무를 수행하여야 한다.
1. 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인
2. 시공자가 사용하는 건축자재가 관계 법령에 따른 기준에 맞는 건축자재인지 여부의 확인
3. 주택건설공사에 대하여 건설기술관리법 제24조에 따른 품질시험을 하였는지 여부의 확인
4. 시공자가 사용하는 마감자재 및 제품이 제38조제3항에 따라 사업주체가 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 마감자재 목록표 및 영상물 등과 동일한지 여부의 확인
5. 그 밖에 주택건설공사의 시공감리에 관한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항
③ 감리자는 제2항 각 호에 따른 업무의 수행 상황을 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 사업계획승인권자 및 사업주체에게 보고하여야 한다.
④ 감리자는 제2항 각 호의 업무를 수행하면서 위반 사항을 발견하였을 때에는 지체 없이 시공자 및 사업주체에게 위반 사항을 시정할 것을 통지하고, 7일 이내에 사업계획승인권자에게 그 내용을 보고하여야 한다. (8) 주택법 시행령 제27조 【감리자의 업무】① 법 제24조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 업무를 말한다.
1. 설계도서가 당해 지형 등에 적합한지 여부의 확인
2. 설계변경에 관한 적정성의 확인
3. 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등의 검토·확인
4. 방수·방음·단열시공의 적정성 확보, 재해의 예방, 시공상의 안전관리 그 밖에 건축공사의 질적 향상을 위하여 국토해양부장관이 정하여 고시하는 사항에 대한 검토·확인
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면,
1. 청구법인은 아래의<표1>과 같이 시공사인 ○○○ 발행한 세금계산서 등에 의하여 작업진행률을 계산하여 각 사업연도 수입금액을 산정하였다.
2. 이에 대하여 처분청은 시공사인 ○○○ 작업진행률 등을 감안하여 아래 <표2>와 같이 청구법인의 작업진행률 및 수입금액을 재계산한 결과 2006사업연도 43,185백만원, 2007사업연도 72,533백만원을 익금산입하는 등 하여 이 건 법인세 과세처분을 하였는데, 시공사와의 작업진행률에서 차이가 발생하는 것은 청구법인의 자체 분양경비에서 기인하며, 작업진행률의 계산과정 및 이에 따라 산정한 익금·손금산입 계상금액에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다. (나) 이러한 처분청의 과세처분에 대하여 청구인은 아래 <표3>과 같이 각 사업연도 수입금액을 경정하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이는 ① 시행사인 청구법인에 대하여는 예약매출관련 건설공사(용역)에 관하여 규정한 법인세법 시행령제69조 제2항을 적용할 것이 아니라 예약매출(재화) 그 자체에 대하여는 별도의 규정이 없는 이상, 같은 시행령 제68조 제1항 또는 제3항 및 제69조 제1항을 적용하여 아파트 인도일이 속하는 2008사업연도에 모든 수입금액을 인식하거나, ② 과세실무에서 일반적으로 적용하고 있는 작업진행률에 의하더라도 수입금액은 총 분양예정가액 중 각 사업연도에 받았거나 받기로 한 분양대금(곧 기존의 분양계약률이 아니라 분양률에 의하여야 한다)에 시공사의 작업진행률을 곱한 금액(아래의 산식과 같다)을 기준으로 하여 각 사업연도의 수입금액을 인식하여야 한다는 논리이다. <산식> 수익금액: 총분양예정가액 × 분양률 × (시공사의)작업진행률 - 누적수익 (다) 한편, 위 (가) - 1)에서 적시한 청구법인의 회계처리와 관련하여 처분청의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
1. 청구법인의 내부문건인 “2007년도 법인세 처리방안 검토(2008.3.18.)”에는 청구법인이 시공사 작업진행률(2007.12.31. 현재 85. 97%), 분양대금 납입금, 공사비에 대한 세금계산서 발행금액 등의 3가지 기준으로 수입금액을 인식하는 경우 각 사업연도의 손익을 계산한 후 조세부담을 감소하기 위한 방안을 모색하였던 것으로 나타나는데, 그 과정에서 청구법인도 작업진행률을 기준으로 하여 회계처리하는 것이 원칙이고 시행사인 ○○○ 그와 같이 하여 공사비 미수금을 이미 반영하고 있다는 사실을 인지하고 있었고, 그와 같이 수입금액을 인식하지 아니하고 납입금 기준 또는 공사비 세금계산서 발행금액 기준으로 수입금액을 계상할 경우 법인세를 일부 감액하거나 또는 면제받을 수 있지만, 그 경우 회계감사의견이 의견거절 또는 부적정으로 되리라는 사실은 예측한 내용이 기재되어 있다.
2. 한편, 청구법인에 대하여 ○○○ 작성한 2007사업연도와 2008사업연도의 감사보고서에 의하면, 회계감사과정에서 청구법인이 감사의 범위를 제한함으로 인하여 분양매출액을 인식하기 위하여 필수적인 작업인 공사진행률의 산정절차를 진행할 수 없었으며, 전체적인 감사절차를 통하여서도 동 진행률을 합리적으로 추정할 수가 없었고, 위와 같은 내용의 중요성을 고려하여 위 사업연도의 청구법인 재무제표에 대한 감사의견을 거절하였던 것으로 나타난다. (라) 살피건대, 법인세법 시행령제69조 제2항에서 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 당해 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 청약을 받아 분양하는 아파트 등의 예약매출에 의한 건설공사계약에도 적용되는 기업회계기준서 제12호(건설형 공사계약)는 공사결과를 신뢰성 있게 추정할 수 있는 때에는 진행기준을 적용하여 공사수익을 인식한다고 규정하고 있으며,주택법제24조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 의하면 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인, 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등의 검토·확인 등의 감리업무를 수행하고 그 상황을 사업계획승인권자 및 사업주체에게 보고하도록 규정하고 있으므로, 아파트 신축분양사업의 시행사인 청구법인의 수익과 비용을 산출함에 있어 동 사업을 완료한 정도인 작업진행률을 기준으로 하여야 하고(국심 2005서2639, 2006.8.31. 합동회의, 같은 뜻임), 그 작업진행률은 아파트 신축공사를 완료한 정도가 가장 잘 반영한다고 보이는 만큼, 청구법인이 감리자로부터 보고받을 수 있는 시공사인 ○○○ 공사진행률에 의하여 작업진행률을 산정하는 것이 신뢰성이 있으며 합리적이라 할 것이므로(조심 2009중1573, 2010.5.24. 외 다수 같은 뜻임) 각 사업연도에 수령하거나 수령할 분양금액을 기준으로 수입금액을 인식하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다. (바) 한편, 가산세는 의무의 이행을 당사자에게 기대한다는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무의 해태를 탓할 수가 없는 정당한 사유가 있는 경우 및 진정으로 불가피한 사정이 있고 가산세를 부과하는 것이 부당하거나 또는 가혹한 경우에는 그러할 수 없다 할 것인 바(국심 2007서4949, 2008.5.28., 같은 뜻임), 청구법인이 시공사가 발행한 세금계산서 등을 기준으로 작업진행률을 계산하여 수입금액을 산정한 과정에 의하면, 시공사의 작업진행률에 의하여 각 사업연도의 수입금액을 계산하여야 한다는 사실을 알고 있었고, 당시에도 시공사의 정확한 작업진행률 등을 인식하고 있었던 것으로 나타나므로 청구법인이 그와 같이 수입금액을 인식하지 아니하는 것에 대하여 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정할 수는 없으므로 과소신고가산세 및 과소납부가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구법인의 주장 또한 받아들일 수 없다 할 것이다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 과세처분 근거 및 증빙은 다음과 같다.
1. 대표이사는 청구법인이 2002.5.2. 개업한 이후부터 주택신축판매업을 영위하고 있고, ○○○단지 신축부지의 조성을 위한 토지매입과 관련하여 2006.11.19. ○○○에게 소송합의금 명목으로 57,500,000원을 지출하는 등 2003.12.4.부터 2007.8.31.까지 토지양도자 13인에게 소송합의금·지체상금·고소취하금 등의 명목으로 합계 1,749,022,000원을 지급하였는데, 이를 기타소득으로 보아 원천징수하여 신고·납부하여야 함에도 그러하지 아니하였다는 취지의 확인을 하였다.
2. 관련하여 제출한 증빙은 아래의 <표4>와 같아 외형상 지급내역이 ‘합의금’ 등이라 기타소득에 해당하는 것으로 보인다.
3. 한편, 청구법인이 심판청구시 제출한 확인서에는 대표이사 ○○○가 위 1)에서 적시한 원천징수대상 기타소득 외에, ㉮ 2004년~2007년 기간 중 비영업대금이자의 명목으로 ○○○에게 1,500,000,000원, ○○○에게 205,000,000원, ○○○에게 82,023,200원 합계 1,787,023,200원을, ㉯ 2006년 및 2007년에 위약해지금의 명목으로 ○○○에게 78,620,000원, ○○○에게 91,620,000원, ○○○에게 91,540,000원 합계 262,020,000원을, ㉰ 2006년과 2007년에 입주지체상금의 명목으로 ○○○에게 34,000,000원, ○○○에게 22,400,000원, ○○○에게 33,200,00원, ○○○에게 3,600,000원, ○○○에게 24,000,000원, ○○○에게 22,400,000원 합계 139,600,000원을 각각 지급한 사실이 있으나, 이를 이자소득, 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하여야 함에도 불이행하였고, ㉱ 아파트 신축부지의 조성을 위한 토지의 매입과 관련하여 2003년부터 2006년까지 ○○○에게 360,000,000원, ○○○에게 35,000,00원, ○○○에게 183,000,000원, ○○○ 77,000,000원, ○○○에게 100,000,000원 합계 755,100,000원을 지급하였고, 이를 사업소득으로 보아 원천징수하여 신고·납부를 하여야 함에도 그러하지 아니하였다는 취지가 기재되어 있다. (나) 한편, 청구인은 위 (가)에서 적시한 바 있는 총 30인에 대하여 그 지급금액이 원천징수대상 이자소득, 사업소득, 기타소득이 아니라고 주장하면서 각 건에 대하여 증빙을 제출하였고, 그 내용은 아래 <표5>, <표6>, <표7>, <표8>과 같은 바, <표5>부터 <표7>까지와 관련한 과세처분에 대하여는 처분청이 과세근거자료 자체를 제출하지 아니하고 있어 청구법인이 주장하는 사실관계가 타당한지 여부를 확인할 수가 없으며, <표8>은 ○○○단지와 관련한 내용인데, 이는 청구법인이 토지를 취득할 당시 정부의 정책으로 인하여 토지양도자가 양도소득세 부담의 증가 및 지가상승을 이유로 매매계약의 해약 또는 매매대금의 증액을 요구하였고, 그에 따라 지급한 위약금 등 명목의 금액은 그 실질이 토지양도대금이라는 취지이나 그러한 주장 및 증빙에 대하여 처분청이 항변자료를 제출하지 아니하였다. (다) 위 쟁점에 대한 현재까지의 진행경과를 보면, 다음과 같다.
1. 청구법인이 2008.12.30. 심판청구를 제기하면서 ○○○단지 사업부지의 취득과 관련하여 지급한 금액(관련자: ○○○ 등 13인)은 그 실질이 토지취득가액(소유자의 양도대금)이라 주장하면서 일부 증빙만을 제출하여, 처분청도 위 13인에 대한 항변자료만을 제출하였다.
2. 1년 이상 경과한 2010.2.22. 청구법인은 청구이유보완서를 제출하면서 추가증빙으로 원천징수대상자 30인에 대한 개별적인 소명 및 관련 자료(합의서, 계약서, 법원판결문, 조정조서 등)를 제시하였다.
3. 우리 원이 2회에 걸쳐(2010.3.5., 2010.11.22.) 공문으로 답변서 제출을 요구하였으나 처분청이 그러하지 아니한 이유는 조사한 후 상당한 시일이 경과하여 작성이 곤란하기 때문인 것으로 보인다. (라) 살피건대, 당초 처분청에서 징취한 확인서 등에 의하면 관련 금액이 원천징수대상(이자소득·사업소득·기타소득)임을 청구법인 대표이사가 확인하였으나, 청구법인이 각 건별로 이에 대한 항변자료를 제출한 반면 처분청은 그에 대한 답변자료를 제시하지 못하고 있는 상황인 바, 다수인이 관련된 쟁점에서 처분청이 입증자료를 제출하지 아니하여 구체적인 사실관계를 확정할 수 없는 이상 더 이상 심리를 진행하기 곤란하며, 특히 ○○○단지의 경우 청구주장을 인용할 경우 관련자 13인에 대한 양도소득세 과세문제가 남게 되어 더욱 그러하고, 아울러 청구법인의 대표이사가 스스로 당초 원천징수대상소득임을 인정하는 내용의 확인서를 제출한 이상, 청구주장 중에 일부가 타당한 측면이 있다 하여 처분 자체를 취소할 수도 없는 만큼, 이 건 원천분 이자소득·사업소득·기타소득 과세처분은 청구인이 제출하는 증빙을 기반으로 하여 객관적인 사실관계 를 처분청이 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 바람직한 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 출자자의 제2차 납세의무 조사서, 각 사업연도 회계감사보고서 등에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다.
1. 당초 처분청은 2008.12.26. 청구법인의 체납액 중 청구인들 지분비율에 해당되는 금액을 납부통지하였다가, 청구인들이 2009.3.23. 제기한 이의신청의 심리에서 일부의 주장(청구법인의 재산으로 먼저 충당한 후 부족분에 대하여 하여야 한다)을 인정하여 2009.8.27. 당초 처분을 취소한 후 아래<표9>와 같이 재계산하여 납부통지를 하였다.
2. 청구법인의 주주구성 현황은 <표10>과 같고, 청구인 ○○○와 배우자인 청구인 ○○○가 청구법인 발행주식총수의 64.33%(60,000주 중 38,600주)을 보유하고 있어 과점주주에 해당된다. (나) 처분청이 제출한 청구법인의 등기부등본, 청구인 ○○○ 대한 근로소득세 원천징수영수증 등에 의하면, 청구인 ○○○는 2005. 12.20. 청구법인의 감사로 취임하여 2008.3.31. 중임하였으며, 2006년에 87,736,000원, 2007년에 142,208,000원, 2008년에 148,274,000원의 근로소득을 청구법인으로부터 지급받은 것으로 되어 있다. (다) 살피건대, 청구인 ○○○ 본인은 가정주부로서 가사 일에만 종사하고 법인의 경영에는 관여한 사실이 없으며, 단지 배우자인 청구인 ○○○가 주주로 등재하였을 뿐이므로 제2차 납세의무자로 보아 체납액을 납부통지한 처분은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제39조 는 제2차 납세의무를 지는 과점주주에 대하여 주주 1인과 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다고 규정하고 있으므로, 청구인 ○○○ 청구법인 발행주식총수의 100분의 50을 초과하여 소유하고 있는 사실이 이미 확인되는 이상 청구인들은 과점주주로서 제2차 납세의무자에 해당한다 할 것이며, 청구인 ○○○가 실제 청구법인의 경영에 관여하였는지 여부는 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주인지 여부를 판정함에 있어 달리 문제가 되지 아니하는 주장일 뿐만 아니라 청구법인으로부터 일정한 근로소득을 수령한 것으로 나타나는 만큼, 그러한 주장을 인정하기는 어려운 것으로 보인다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.