건물의 양도차익 산정시 부동산임대사업에서 계상하였던 감가상각비를 쟁점 건물의 취득가액에서 차감하여야 하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2000.12.15. ○○○ 대지 579.5㎡를 ○○○로부터 취득한 후 2003.12.1. 동 지상에 건물5,194.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다) 을 신축하여 부동산임대사업을 하다 2007.7.9. 쟁점부동산을 ○○○에게 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. ○○○국세청장은 청구인에 대한 양도소득세 신고내용을 조사하여 청구인이 2004년~2006년 종합소득세 신고시 계상하였던 쟁점건물의 감가상각비 2004년 120,874,589원, 2005년 118,371,983원, 2006년 115,583,329원, 합계 354,829,901원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 쟁점건물의 양도소득세 신고시 취득 가액에서 공제하지 아니한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 처분청은 위 과세자료 통보에 따라 2008.11.3. 청구인에게 2007년 귀속 양도 소득세 54,976,390원을 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점건물의 임대사업과 관련하여 2004~2006년 귀속 종합소득세 신고시 ○○○의 대출심사 규정으로 인하여 부득이 쟁점건물의 감가상각비 353백만원을 필요경비로 계상하였으나, 쟁점금액을 감가상각비에 계상하지 않아도 부동산임대 소득은 결손상태로 청구인의 종합소득과 양도소득에서 건물감가상각비를 필요경비로 이중 공제받은 사실이 없으므로 이 건 양도소득세 결정시 쟁점건물의 취득원가에서 감가상각비를 차감하지 아니하고 양도소득세를 신고한 것을 인정하여 하며, 청구인의 2004~2006년도 종합소득세 수정신고를 인정하지 않은 것은 국세기본법 제45조 의 규정을 위배되므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제97조 제2항 에서 “양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득ㆍ사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.”고 규정하고 있는바, 쟁점금액은 부동산임대 소득 계산시 청구인이 이를 필요경비에 산입하였으므로 취득가액에서 차감한 것이 타당하며, 감가상각비는 결산서상 필요경비로 계상한 경우에 한하여 필요경비로 인정되고 있는 결산조정사항으로 수정신고 또는 경정청구대상이 될 수 없으며, 청구인이 쟁점금액을 장부에 계상한 사실이 종합소득세 신고서 등에 의하여 확인되므로 쟁점금액을 쟁점건물의 취득가액에서 차감하여 양도차익을 산정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 양도차익 산정시 부동산임대사업에서 계상하였던 감가상각비를 쟁점 건물의 취득가액에서 차감하여야 하는지 여부
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 년도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제1항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면 청구인은 2000.12.15. 쟁점토지를 취득하여 동 지상에 건물을 신축하고 부동산임대사업을 영위하다가 2007.7.9. 쟁점부동산을 ○○○에게 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였으나, ○○○국세청장은 청구인이 종합소득세 신고시 계상하였던 쟁점건물의 부동산임대사업 감가상각비 354,829,901원(2004년 120,874,589원, 2005년 118,371,983원, 2006년 115,583,329원)을 쟁점건물의 양도소득세 신고시 취득가액에서 공제하지 아니한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 하여 이 건 과세한 처분이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점건물의 임대사업과 관련하여 2004년~2006년 귀속 종합소득세 신고시 부득이 쟁점건물의 감가상각비 353백만원을 필요경비로 계상하였으나, 쟁점금액을 감가상각비에 계상하지 않아도 부동산임대소득은 결손상태로 청구인의 종합소득과 양도소득산정시 건물감가상각비를 필요경비로 이중 공제받은 사실이 없으므로 이 건 양도소득세 결정시 쟁점건물의 취득원가에서 감가상각비를 차감하지 아니 하고 양도소득세를 신고한 것을 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 제출한 쟁점건물의 임대사업 회계장부(손익계산서)에 의하면 감가 상각비로 2004년 과세연도에 120,874,589원, 2005년 과세연도에 118,371,983원, 2006년 과세연도에 115,583,329원, 합계 354,829,901원이 계상된 사실이 나타 난다. (나) 청구인의 2004년~2006년 종합소득세 신고내용 중 부동산임대소득 이월결손금내역을 보면 2004년 △468,192천원, 2005년 △ 801,566천원, 2006년 △401,201천원의 결손이 발생한 것으로 신고하였고, 2004년~2006년도 종합소득세 수정신고시 쟁점건물의 감가상각비를 필요경비에서 제외하여 신고하였으나, 처분청은 이를 인정하지 않은 사실이 심리자료에 나타난다. (다) 종합하건대, 청구인은 쟁점건물의 임대사업과 관련하여 2004년~2005년 과세연도에 쟁점건물의 감가상각비로 354,829,901원을 계상하였으나, 동 감가상각비를 계상하지 않더라도 부동산임대소득이 결손이므로 쟁점건물의 양도소득세 과세시 부동산임대소득 산정시 계상하였던 감가상각비를 쟁점건물의 취득가액에서 차감 하여서는 안 된다고 주장하나, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 과세표준신고를 한 후에는 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없다고 보이며, 청구인은 2004년~2006년 과세연도에 감가상각비 354,829,901원을 종합소득세 신고시 이미 재무제표에 반영하여 필요경비에 산입하였고, 그 결과 부동산임대 소득에서 결손이 발생하였다 할지라도 그 결손금은 이후 과세연도에 발생하는 부동산임대소득에서 공제받을 수 있으므로 처분청이 쟁점건물의 양도차익 산정시 부동산임대사업에 계상된 감가상각비를 쟁점건물의 취득가액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4.결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.