거래사실이 있으나 실제 공급자가 아닌 다른 공급자의 세금계산서를 수취하였을 경우 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

000세무서장이 2008.7.2. 청구인에게 한 2004년 1기 부가가치세 33,777,610원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1997.2.4. 개업하여 계량기, 유량계 및 자동제어장치 등 정밀기계 제조업을 영위하는 법인으로, 2004년 1기 중 주식회사 00000(이하 󰡒00000󰡓라 한다)로부터 2004.5.11.자 공급가액 207,084,810원의 세금계산서(이하 󰡒쟁점금액󰡓및 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 00세무서장은 00000에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서 관련 청구인의 실지 거래처는 주식회사 00000(이하 󰡒00000󰡓라 한다)라 하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2008.7.2. 청구인에게 2004년 1기 부가가치세 33,777,610원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.28. 이의신청을 거쳐 2008.12.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2004년 1월경 00000와 무선통신을 이용한 원격 계측 및 제어시스템에 관한 업무제휴협약을 체결하고 같은 해 1.31. 물품구매 기본계약 및 OEM 물품 개별계약을 체결하였으나, 00000가 00000와 합병할 예정이라면서 청구인과의 위 협약 등에 관한 권리와 의무를 00000가 인수하는데 동의해 달라고 요청하여 청구인은 00000의 위 협약 등에 관한 인수 내지 승계에 승낙하는 한편, 이를 명확히 하기 위해 00000와 협약 등을 체결했던 2004년 1월경으로 소급하여 00000와 동일한 업무제휴협약 및 물품구매 기본계약 등을 체결하였고, 그 후 청구인은 2004.5.11. 00000의 계약상 지위를 승계한 00000로부터 00000에게 발주하였던 계측 ･ 통신 단말기 등의 물품을 인도받았고 2004.5.18. 위 물품들에 대한 대금 227,793,291원 중 발주 직후 00000에게 지급하였던 선급금을 제외한 잔금 123,759,009원을 00000에게 지급하였다. 청구인은 00000와 계측 ･ 통신 단말기 등의 물품에 대한 공급계약을 체결하였지만 이후 00000가 적법한 계약인수를 통해 00000의 청구인과의 협약 및 계약당사자로서의 지위를 승계하고 그에 따라 청구인과 00000 사이에 정상적인 거래가 있었던 바, 쟁점세금계산서는 실제거래에 따른 진실된 세금계산서이므로 이 건 처분은 부당하다. 설령 쟁점세금계산서 관련 실질적인 공급자가 00000라 하더라도, 청구인은 이 건 거래를 함에 있어 이를 알지 못하였고 알지 못한데 아무런 잘못이 없는 선의의 거래당사자라고 할 것인 바, 당시 00000의 대표이사였던 000이 수차례 00000와 반드시 합병한다고 하였고, 00000에서 근무했던 000 등이 고용승계되어 00000에서 근무하는 등 실제 00000로 00000 직원들의 고용승계가 진행중이었으므로 청구인으로서는 00000가 00000를 합병 내지 인수할 것이라고 믿을 수 밖에 없었고, 위 000이 청구인과의 협약 등에 대해 00000의 명의로 다시 체결해줄 것을 요청하여 2004년 1월경으로 소급하여 00000와 동일한 업무제휴협약 등을 체결했던 청구인으로서는 이미 00000와 업무 제휴협약 등을 체결하여 위 합병을 의심할 필요도 없었다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2004.1.31. 00000와 계약체결 후 선급금을 지급한 상태에서 00000의 계약상 지위가 00000로 변경된 것으로서 이 건 거래가 실제거래라고 주장하나, 경찰청 신문조서를 보면 2004년 1월경까지 00000와 00000가 합병을 추진하다 무산되었고, 2004년 3월경 00000의 동업자이던 000이 퇴사하여 2004.5.24. 주식회사 0000를 설립한 내용이 확인되며, 00000 대표이사 000과 00000 대표이사 000은 실물거래없이 00000가 00000에게 1억 8천만원의 매출세금계산서를 교부하였다고 진술하고 있고, 이 건 대금 지급내용을 보면 선급금조로 2004.2.5. 및 2004.2.10. 총 1억 403만원을 00000에 직접 송금하고 잔금은 2004.5.18. 직원 000에게 1억 2,375만원을 송금하였으며, 동 잔금은 2004.5.20. 00000에 입금된 후 같은 날 00000 직원 000에게 출금되었다. 위 내용을 종합하면 00000가 2004.5.11. 쟁점세금계산서를 교부하고 관련 원가를 맞추기 위하여 00000로부터의 매입세금계산서(1억 8천만원)을 교부받은 것으로 보이고, 잔금이 00000 직원 000에게 출금된 것으로 보아 쟁점금액 거래에 있어 실질적인 공급자는 00000라 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인은 00000와 실제로 거래하였고, 설사 쟁점세금계산서 관련 실제 공급자가 00000라 하더라도 청구인은 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 쟁점금액에 대한 과세자료 처리 복명서(2008.6.23.)에 의하면 세금계산서 경로는 00000⟶00000⟶청구인이나, 대금결제 경로는 청구인⟶000⟶00000⟶000(00000 직원)에게 반환된 사실이 확인되고, 00000 대표이사 000 및 경리 직원, 00000 대표이사 000이 00000⟶00000 간의 거래를 가공거래라고 인정하였으므로 청구인이 00000로부터 매입하였다는 주장은 신빙성이 없으며, 자료상 조사관서에서도 청구인에게 실제 매출한 자를 00000로 확인하는 등, 청구인이 00000로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 00000로부터 교부받아야할 위장매입자료이므로 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 기재되어있다.

(2) 00000에 대한 조세범칙조사 종결복명서(2007년 8월 00세무서 조사공무원) 및 보충조서 등에 의하면, 조사결과 00000의 00000로부터의 무선원격검침시스템(공급가액 1억 8,096만원)의 매입은 실거래 없는 허위의 매입자료로 확인되고, 동 매입과 관련 청구인에게 매출한 2004년 1기의 쟁점금액은 가공매출로 확인되며 그 실매출자는 00000로 되어 있고, 이와 관련하여 물품공급에 따른 대금을 00000가 2004.2.5. 8,503만원, 2004.2.10. 1,900만원, 합계 1억 403만원을 수령하고, 2004.5.18. 000이 1억 2,375만원을 수령한 후 이틀 뒤인 2004.5.20. 1억 2,360만원을 00000에 송금하였으며 00000는 동일자로 1억 2,360만원을 00000 직원인 000에게 재송금한 사실이 있고, 00000가 수령한 1억 403만원을 00000가 회수하였다는 증빙을 제시하지 못하고 있으며(000은 2004.3.31.까지 00000에 근무하다 2004.4.1. ~ 2004.5.31.까지 00000에 근무함), 경찰청 신문조서에서 00000 대표이사 000 및 경리직원, 00000 대표이사 000은 가공거래임을 진술한 것으로 기재되어 있다. 위와 관련, 00000 대표이사 000은 2003년말부터 2004년1월경까지 00000와 회사를 합병하려고 추진하다 무산되고, 2004년 3월경 00000의 동업자이던 000이 퇴사하면서 동종 계열업체인 주식회사 0000를 설립하자 사업이 급격히 기울어 2004년 11월경부터 00000에서 계약직으로 개발업무를 보았으며 2007년 2월부터 00000의 정직원으로 등재되었다고 경찰청 신문조서에서 진술하고 또한 00000의 대표자인 000의 부탁으로 00000에 무선원격검침시스템을 공급하는 것처럼 하여 허위로 세금계산서를 발행하였다고 진술하였으며, 00000 대표이사인 000은 경찰청 신문조서에서 00000 대표 000에게 부탁하여 가공세금계산서를 발급받은 사실을 인정하고, 00000의 경리업무를 담당하던 000도 경찰청 신문조서에서 00000에서 가공세금계산서를 수취한 사실을 인정한 것으로 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 업무제휴협약서, OEM 물품 개별 계약서 및 물품구매 기본 계약서에 의하면, 청구인은 2004년 1월 00000와 󰡐무선통신을 이용한 원격 계측 및 제어시스템󰡑에 대해 업무제휴 협약을 체결하고 계측 및 통신 단말기 등의 물품을 공급받기로 계약한 것으로 되어 있는 바, 00000주식회사(현 청구인)와 00000간의 업무 제휴 협약서(2004.1월)에는 제1조(계약의 목적)에 본 계약은 00000가 개발한 󰡐무선통신을 이용한 계측 및 제어시스템󰡑에 대한 청구인과의 업무제휴에 관한 제반사항을 규정함에 그 목적이 있다고 하고 있고, 제2조(정의)에 00000가 개발한 무선통신을 이용한 원격 계측 및 제어시스템은 다음과 같은 제품 구성으로 정의하며 본 업무제휴에 대한 대상으로 한다고 되어 있으며, 그 아래에 계측/통신 단말기(WDT-200G), 중계기(WDR-200G), 자료수집기(WDR-200G), 자료수집기(WMR-200G), 관리시스템(DMS System)등이 기재되어 있다.

(4) 청구인은 00000에게 계측･통신 단말기 등 물품(대금 227,793,291원)을 발주하고서 선급금으로 2004.2.5. 85,030,440원, 2004.2.10. 19,003,842원을 00000에게 지급하고, 2004.5.18. 물품들에 대한 대금 227,793,291원 중 00000에게 지급했던 선급금을 제외한 잔금 123,759,009원을 00000에게 지급 (00000의 직원인 000의 통장계좌로 입금)하였다고 하면서 관련 송금확인증, 입출금전표, 전자확인증 등을 제출하였는 바, 기업은행 송금확인증에는 2004.2.5. 청구인이 00000에게 85,030,440원을 이체한 것으로 기재되어 있고, 국민은행 전자확인증에는 2004.5.18. 청구인이 000에게 123,759,009원을 이체한 것으로 되어 있다.

(5) 청구인은 00000 대표이사였던 000이 청구인에게 한국경제신문에 게재된 합병공고 등을 보여주며 00000와 합병할 예정에 있으니 청구인에게 00000가 청구인과 00000 간의 협약등에 관하여 00000의 지위를 승계하는데 동의해 달라고 요청하였고, 또한 위 000은 청구인에게 00000와 00000 사이의 합병에 따라 00000는 00000의 연구소 조직으로 편입되었으며, 자신은 상무이사로 보직이 변경되었다면서 위 협약 등에 대하여 00000의 명의로 다시 체결해 줄 것을 요청하여 00000와 위 업무제휴협약 등을 체결하였던 2004년 1월경으로 소급하여 00000와 동일한 업무제휴협약 등을 체결하였다고 하면서, 한국경제신문 내용, 회의록, 업무제휴협약서를 제출하였다. 2003.7.30.자 한국경제신문 내용(A13면)을 보면, 합병공고 부분에 00000에서는 2003.7.10. 00000에서는 같은 달 11일 각 주주총회 결의로 00000는 00000와 합병하여 그 권리의무를 승계하고 00000는 해산하기로 결의한 것으로 기재되고, 주권제출공고 부분에 00000는 2003.7.11. 주주총회에서 00000와 합병하여 해산하기로 결의한 것으로 기재되어 있다. 한편, 청구인이 제출한 󰡐도시가스 원격검침󰡑이라는 제목의 청구인 회의록(일시 2004.2.17. 13:00~15:00)에는, 󰡐EWT가 TGW로 합병됨에 따라 협약서 및 OEM 계약서 상호 변경 요청(EWT는 연구소 조직으로 남고, 000 사장은 상무 이사로 변경됨)󰡑이라고 기재되어 있으며, 청구인이 제시한 청구인과 00000 사이의 업무 제휴 협약서(2004.1월)에도 앞의 청구인과 00000 간의 협약서와 동일한 내용이 기재되어 있다.

(6) 우선, 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 실제로 00000와 거래를 하였다고 주장하고 있으므로 이에 대해 살펴본다. 00000에 대한 조세범칙조사 종결복명서 및 보충조서 등에 의하면, 물품대금과 관련하여 2004.5.18. 1억 2,375만원을 000이 청구인으로부터 수령한 후 이틀 뒤인 2004.5.20. 1억 2,360만원을 00000에 송금하고 00000는 동일자로 1억 2,360만원을 00000 직원 000에게 재송금하였으며, 경찰청 신문조서에서 00000 대표이사 000, 00000 대표이사 000 등은 00000로부터의 00000에 대한 거래가 가공거래라고 진술함으로써, 00000로부터 무선원격검침시스템을 매입하여 청구인에게 쟁점금액에 납품한 것으로 처리한 것은 가공거래로 쟁점금액의 실매출자는 00000로 기재된 점 등을 감안할 때, 쟁점세금계산서와 관련하여 청구인이 실제로 00000와 거래한 것으로 보기는 어려워 보인다.

(7) 다음으로, 쟁점세금계산서 관련 실제 공급자가 (00000가 아니라) 00000라 하더라도 청구인은 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장에 대해 살펴본다. 청구인은 조세심판관회의(2009.2.11.)에 참석하여 한 의견진술 등을 통해, 00000 대표이사였던 000이 한국경제신문에 게재된 합병공고 등을 보여주며 00000와 합병할 예정이 있으니 00000가 청구인과의 협약 등에 관해 00000의 지위를 승계하는데 동의해 달라 요청하였고, 위 000은 00000와 00000의 합병에 따라 00000는 00000의 연구소 조직으로 편입되고 자신은 상무이사로 보직변경되었다면서 위 협약 등에 대해 00000명의로 다시 체결해 줄 것을 요청하여 00000와 협약 등을 체결했던 2004년 1월경으로 소급하여 00000와 동일한 업무제휴협약등을 체결하였다고 하면서, 00000의 00000 합병에 관한 한국경제신문 합병공고 등 내용, 󰡐EWT가 TGW로 합병됨에 따라 협약서 및 OEM 계약서 상호 변경 요청 (EWT는 연구소 조직으로 남고, 000 사장은 상무 이사로 변경됨)󰡑이라고 기재된 회의록 내용, 청구인과 00000 간의 업무제휴협약서를 제출하였다. 또한 잔금 123,759,009원을 00000 직원 000에게 지급하였다며 관련 국민은행 전자확인증을 제출하고 있으며, 위 000에게 지급된 금액이 다시 누구에게 출금되는지 등을 청구인이 알기는 어려울 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인은 쟁점금액 거래시 거래상대방을 00000로 알고 거래한 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 청구인에게 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분을 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.