부가가치세 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액이 사업부문별로 그 실지귀속이 구분되는 경우에는 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분하여서는 안되고 실질귀속에 따라 면세사업과 관련된 사업부문별 면세비율로 안분하여야 함
부가가치세 공통매입세액 안분계산시 공통매입세액이 사업부문별로 그 실지귀속이 구분되는 경우에는 모든 사업장의 공급가액 비율을 기준으로 안분하여서는 안되고 실질귀속에 따라 면세사업과 관련된 사업부문별 면세비율로 안분하여야 함
심판청구를 기각한다.
(2) 2007.4.2.자(구 재정경제부령 제549호)로 신설된 부가가치세법 시행규칙 제18조 의 2 제4항의 입법취지를 볼 때, 동 시행규칙은 창설적 규정이라기보다는 선언적․확인적 규정이다. 2007.4.2.자(구 재정경제부령 제549호)로 신설된 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제4항 에서는 ○○○○○의 경우 안분산식 중 ‘전사업장의 총공급가액’이라 함은 ‘해당 과세기간의 모든 사업장’이라고 명백히 규정하고 있다. 청구법인이 제출한 위 시행규칙 개정건의서의 내용 및 ‘구, 재정경제부 공고 제2007-33호’상의 개정이유 및 2003.12.31.자 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 의 개정이유(○○○○○의 사업이 전국적으로 상호 유기적인 연관성을 가지고 있음을 감안하여 ○○○○○의 공통매입세액 안분계산방법 중 전 사업장의 총공급가액 및 면세공급가액에 대한 정의를 명확히 규정함)등을 종합하여볼 때 동 시행규칙의 신설내용은 창설적 규정이라기보다는 선언적․확인적 규정이다.
(3) 공통매입세액의 안분은 그 실질귀속이 명확하지 아니한 매입세액을 일정기준에 의하여 안분하는 것이므로, 안분산식은 기술적인 문제일 뿐이며 부가가치세의 기본전제나 대원칙과는 하등의 관련성이 없는 것이다. 부가가치세제의 기본원리상 과세사업 또는 면세사업에 직접적으로 사용되었는지를 개별적으로 명확하게 구분할 수 있는 매입세액은 그 실지귀속에 따라 구분 하되, 개별적으로 이러한 실질귀속을 구분할 수 없는 매입세액, 즉 공통매입세액은 원칙적으로 동법 시행령 제61조 제1항을 적용하여 안분하며, □□□□□□□ 및 ○○○○○의 경우에는 선택적으로 제5항에 의거 공통매입세액을 안분할 수 있도록 하는 특례(예외)를 두고 있다. 즉, 공통매입세액의 안분이라 함은 그 자체가 실지귀속을 확인할 수 없는 매입세액을 대상으로 하는 것이므로 동 안분방법은 어떻게 관련 공통매입세액을 안분할 것인지의 기술적인 문제일 뿐, 부가가치세의 기본전제나 대원칙과는 하등의 관련성이 없다. 따라서 설령 공통매입세액의 안분산식 및 내용에 대하여 입법자가 모법의 위임한계를 벗어나지 않는 테두리 내에서 나름의 합리적 판단에 의하여 입법을 할 수 있는 것이며, 이러한 기술적 문제를 가지고 동 규정이 상위규정에 위배되어 그 자체로서 위법하고 조세법률주의에 반하여 유지될 수 없는 것으로 보는 것은 법적 안정성과 예측가능성을 기본으로 하고 있는 조세법률주의를 형해화하는 처분이므로 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 청구법인이매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문 및 면세․과세 여부를 살펴보면, ① 경유 및 기관차 구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에만 공통으로 사용되고, ② 일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도선로 운행구간에만 공통으로 사용되며, ③ 고속열차차량 매입비는 고속철도 여객 운송사업 과세구간(서울역~동대구역, 용산역~서대전역) 및 면세구간(동대구역~부산역, 서대전역~목포역)에 공통으로 사용되는 등 관련 사업부문이 명확히 구분된다. 따라서, 청구법인은 사업부문별 면세비율을 적용하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실지 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 모든사업장 면세비율을 적용하여 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산하여 면세비율을 과소하게 계상한 것이다.
(3) 청구법인은 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 및 동법 시행규칙 제18조의2 제4항에서 청구법인에 대하여 공통매입세액을 ‘해당 과세기간의 전 사업장’의 공급가액을 기준으로 안분할 수 있는 것으로 명기하고 있고 동 법령은 청구법인의 사업적 특수성을 고려하여 입법된 것으로써 청분청이 조세법률주의 및 법령의 입법취지와 부합 하지 않는 결정을 하였다고 주장하나, 조세법 전반의 실질과세 원칙과 전단계매입세액공제방식과 관련하여 면세분 매입세액의 불공제를 근간으로 하는 부가가치세제의 기본원리 상 매입세액계산은 실지귀속을 원칙으로 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한해 공통매입세액계산을 하도록 한 것으로서, 과세․면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에도 재화나 용역이 실제 사용되는 관련 사업장에 대해서만 공통매입세액을 안분하는 것이 법취지에 가장 부합하는 것이다.
(4) 2007.4.2.자로 신설된 부가가치세법 시행규칙제18조의2 제4항과 관련한 청구법인의 개정건의서를 보면, 청구법인은 전기통신사업자와는 달리 관련 사업별 공통매입세액 안분이 어려운 사유의 예시로 “청구법인의 특성상 컴퓨터, 책상, 피복 등은 사실상 과련 사업장을 특정하기가 어려워 공통매입세액 안분계산 적용에 어려움이 있고, 위 컴퓨터, 책상, 피복 등을 관련 사업별로 구분없이 일률적으로 모든 사업장 면세비율로 안분하면 오히려 불공제되는 공통매입세액이 늘어난다”고 주장하였고, 구 재정경제부 세제실장은 동 건의를 받아들여 단순히 컴퓨터, 책상, 피복 등 관련 사업장을 특정하여 정의하기가 어려운 재화나 용역에 대해서는 납세자의 협력비용 절감을 위해 예외적으로 모든 사업장 면세비율로 계산할 수 있도록 계산상의 편의를 부여한 것이지, 공통매입세액과 관련 없는 것이 분명한 사업장까지 포함하여 안분계산할 수 있다는 취지로 입법한 것은 아니라는 것으로 감사원장의 2009.3.6.자 이건 관련 질의에 대하여 답변하고 있다. 따라서, 동 시행규칙의 취지는 단지 시행령의 “전 사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명한 것뿐이고, 실지귀속을 구분할 수 있거나 관련 사업장이나 관련없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속과 상관없이 전 사업장에 대하여 계산할 수 있도록 한 것이 아니다. 설령, 위 시행규칙의 개정취지가 위와 달리 청구법인에 대하여는 모든 공통매입세액의 안분계산을 실지귀속과 상관없이 전체 사업장의 총공급가액으로 할 수 있도록 인정하였다는 것이라면, 위 시행규칙은 같은 법 시행령 제61조 제1항 및 제5항의 상위규정에 위배되어 그 자체로 위법하고 조세법률주의에 반하여 유지될 수 없는 것이다.
(5) 구 재정경제부장관과 국세청장은 청구법인과 같이 수종의 재화․용역을 공급하고 있으며 청구법인이 동 조항에 삽입되기 이전부터 같은 조항에 규정되어 있던 전기통신사업자에 대해서도 일관되게 공통매입세액 안분계산은 공통매입세액에 사업부문별 면세비율의 의하여 안분계산 하도록 해석․적용하고 있다(재소비46015-58, 2000.2.2, 부가 46015-283, 2000.2.11. 참조). 따라서, 청구법인이 경유 등 주요 매입 재화와 용역이 실제로 귀속되는 관련 사업을 구분하지 아니한 채 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차지하는 비율로 면세사업과 관련된 매입세액 비율을 계산한 것에 대하여 처분청에서 실지귀속에 따라 매입세액을 유형별로 나눈 후 사업부문별 면세비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 적법한 것이다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제4조(사업장의 범위) ① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.
10. 한국철도공사법에 의한 한국철도공사가 영위하는 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 지역별로 총괄하는 장소 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×(면세공급가액÷총공급가액)
⑦ 제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 의한 한국철도공사의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18626호로 2004.12.31. 개정된 것) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×(전 사업장의 면세공급가액÷전 사업장의 총공급가액)
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 고속철도건설촉진법에 의한 고속철도의 운영사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.(대통령령 제18175호로 2003.12.30. 개정된 것) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×(전 사업장의 면세공급가액÷전 사업장의 총공급가액) (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조 의 2(매입세액의 안분계산)①영제61조제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.
④ 영 제61조 제5항의 산식에서 “전 사업장의 총공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, “전 사업장의 면세공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.<신설 2007.4.2.>
(1) 청구법인은 과세사업자인 고속철도 여객운송사업(KTX, 서울역에서 동대구역 및 용산역에서 서대전역 구간), 화물운송사업, 철도유지보수 수탁사업 및 임대․과고 등 기타사업과 면세사업인 일반철도 여객운송사업(새마을호, 무궁화호 열차), 광역전철운송사업 및 고속철도 여객운송사업(동대구역에서 부산역 및 서대전역에서 목포역 구간)을 영위하고 있다.
(2) 청구법인이 매입한 주요 재화와 용역이 사용되는 사업부문을 보면, ⅰ)경유 및 기관차구입비는 면세사업인 일반철도 여객운송과 과세사업인 화물운송에 공통으로 사용되고, ⅱ) 일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도 여객운송과 과세사업인 화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 중 일반철도선로 운행구간에 공통으로 사용되며, ⅲ)고속열차차량 구입비는 고속철도 여객운송사업 과세구간(서울역~동대구역, 용산역~서대전역) 및 면세구간(동대구역~부산역, 서대전역~목포역)에 공통으로 사용되는 것으로 심리자료에 나타난다. (3)청구법인은 공통매입세액에 대한 면세비율을 모든 사업장 면세비율로 계산하여 과세기간별로 32.16%에서 45.14%의 단일률을 구한 후 이를 공통매입세액에 곱하여 불공제 매입세액을 산정하였고, 처분청은 사업부문별 면세비율을 적용하여 면세관련 불공제 매입세액을 산정한 것으로 심리자료에 나타나며, 예시로 2007년 1기분에 대한 사업부문별 경정내역을 보면 다음과 같다. (단위: 천원) 구분 관련 사업 매입세액 당초 면세비율 (모든 사업장) 경정 면세비율 (사업부문별) 불공제 세 액 선로사용료 고속, 일반 37,087,363 32.16% 71.27% 14,502,916 경유 화물, 일반 7,307,843 32.16% 59.80% 2,019,906 고속차량 고속철도 4,116,000 32.16% 20.36% -485,562 일반차량 일반철도 2,452,291 32.16% 59.80% 677,819 합계 50,963,497 16,715,079
(4) 2003.12.30. 대통령령 제18175호로 부가가치세법 시행령제61조 제5항에 고속철도사업자를 추가하였고 2004.12.31. 대통령령 제18626호로 고속철도사업자를 한국철도공사로 개정하였는 바, 그 개정요강을 보면 다음과 같이 나타난다. (가) 2003.12.30. 자 대통령령 제18175호 관련 개정요강을 보면, 제목은 “고속철도사업자의 공통매입세액안부계산 방법 신설”로, 개정내용은 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 에 고속철도 운영사업자를 추가하는 것으로 되어 있으며, 개정이유는 “고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산 할 수 있도록 함”이라고 기재되어 있다. (나) 2004.12.31.자 대통령령 제18626호 관련 개정요강을 보면, 제목은 “고속철도사업자가 지정됨에 따라 고속철도사업자를 한국철도공사로 개정”으로, 개정이유는 “2005년 1월 철도청이 한국철도공사로 전환됨에 따라 부가가치세 과세대상에 화물, 광고 및 선로보수 위탁사업이 추가되었고, 추가되는 과세용역들은 전국의 철도노선을 기반으로 전 사업장이 유기적인 관계를 통하여 공급”으로, 적용시기는 “2005.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용한다”라고 기재되어 있다.
(5) 2007.4.2. 구 재정경제부령 549호로 부가가치세법 시행규칙제18조의 2에 제4항을 신설하였는 바, 그 개정요강 및 청구법인이 제출한 개정건의서의 요지는 다음과 같이 나타난다. (가) 개정요강을 보면, 제목은 “한국철도공사의 공통매입세액 안분계산방법을 ”공통매입세액을 전사업장의 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 매입세액불공제“하던 것을 ”전사업장의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액 대비 전사업장의 면세사업에 대한 수입금액의 비율로 안분계산하여 매입세액불공제“하는 것으로 하여 총공급가액 및 면세공급가액의 정의를 규정하는 것으로, 개정이유는 ”한국철도공사는 전국적으로 각철도사업부문이 상호 유기적인 연관성을 가지고 있어 공통매입세액안분계산시 공통매입세액에 관련된 사업의 총공급가액 및 면세사업의 매출액 구분이 곤란하여 별도로 규정함으로써 전사업장의 총공급가액 및 면세공급가액에 대한 정의를 명확히 규정하여 납세편의를 제고하기 위함“으로, 적용시기는 ”2007.4.2.이 속하는 과세기간에 공급하거나 공급받는 분부터 적용“이라고 기재되어 있다. (나) 청구법인이 구 재정경제부장관에게 제출한 개정건의서의 요지는 다음과 같다. 현행 부가가치세법 시행령제61조 제5항에서 한국철도공사 전사업장의 유기적 관계를 감안하여, 공통매입세액을 전사업장의 총공급가액 및 전사업장의 면세공급가액에 의하여 계산할 수 있도록 하고 있으나, ‘전사업장의 총공급가액’ 및 ‘전사업장의 면세공급가액’에 대한 정의가 없어 공통매입세액 안분계산 적용에 어려움이 있다. 철도사업은 철도노선을 통하여 모든 사업장의 매출과 매입이 상호 유기적 관계를 맺고 있으므로 각 사업장의 개별 건별 공통매입세액과 관련된 과세사업 매출액 및 면세사업 매출액을 구분하기가 현실적으로 곤란하다. 따라서, ‘전사업장의 총공급가액’ 및 면세수입금액으로 안분계산 할 수 있도록 시행규칙을 개정(신설)하여 주어야 한다.
(6) 감사원의 질문에 대한 2009.3.12.자 기획재정부 재산소비세제정책관의 답변요지를 보면, 다음과 같이 나타난다. (가) 부가가치세법 시행령의 취지는 매입세액의 계산은 실지귀속을 원칙으로 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한해 공통매입세액 안분계산을 하도록 한 것이다. 이러한 시행령의 취지에 따라 공통매입세액 안분계산을 하더라도 실지귀속을 최대한 따져 보아야 할 것이다. 그러한 이우에도 매입한 재화나 용역의 특성상 실지귀속 구분이 어렵고 관련 사업장을 특정할 수 없는 경우에 한해 전체 사업장에 대해 계산하도록 한 것이 시행규칙 규정의 취지이다. 따라서 한국철도공사의 경우에도 매입세액 계산시 실지귀속을 최대한 따져 보아야 할 것이므로 이러한 법 원칙을 벗어난 매입세액의 계산은 법취지에 위배된다고 볼 수 있다. (나) 시행규칙 규정은 단지 시행령의 “전사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐이고, 실지귀속을 구분할 수 있거나 관련 사업장이나 관련 없는 사업장을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속과 상관없이 전 사업장에 대하여 계산할 수 있도록 한 것은 아니므로 시행령에 위배된다고 보기 어렵다.
(7) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 청구법인의 주장이 타당한 지 본다. 청구법인은 고속철도 운영사업자의 특성상 매입한 자산 등이 여러 개 사업장에 함께 관련되고 대부분의 시설이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 사업장별로 계산이 어려우므로 전체 사업장을 기준으로 매입세액을 안분계산 할 수 있도록 부가가치세법 시행령 제61조 제5항 이 개정된 것이고, 일반사업자에 대한 특례로서 동항을 규정한 것이므로 청구법인에 대하여는 공통매입세액 계산시 모든 사업장 면세비율로 안분하여야 한다고 주장하나, 동항에 규정된 “전 사업장”의 개념은 “공통매입세액에 관련된 사업부문별 전 사업장”으로 보여지고, 동 규정의 입법취지로 볼 때 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액_의 안분계산은 우선 사업부문별로 실지귀속을 최대한 따져 보고, 그러한 이후에도 매입한 재화나 용역의 특성상 사업부문별 실지귀속을 구분하기 어렵고 관련 사업장 또는 사업부문을 특정할 수 없는 경우에 한하여 공통매입세액에 관련된 모든 사업장의 공급가액비율을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한 것으로 보인다. 따라서, 부가가치세법 시행규칙제18조의2 규정은 “전사업장의 공급가액”이라는 용어의 의미를 재차 설명하고 있을 뿐이고, 공통매입세액이라고 하더라도 관련 사업부문을 특정할 수 있는 경우까지 실지귀속에 불구하고 모든 사업장 면세비율을 적용하여 매입세액을 계산할 수 있도록 한 것은 아니라 할 것이므로 처분청이 사업부문별 면세비율을 적용하여 청구법인의 공통매입세액을 안분계산한 후 면세관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.