○○종합자원과 실제로 거래하고 쟁점세금계산서를 수취하였고, 설사 ○○종합자원과 거래한 것이 아니라 하더라도 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기대되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(1) 처분청의 과세자료 처리 복명서에 의하면 쟁점세금계산서에 대하여 소명자료 검토결과 (CU-SCRAP) 수입검사성적서상 거래처는 ○○종합자원이나 검수확인란에 ○○자원(별도계약분)이 부기되어 있고, ○○종합자원은 전액 자료상으로 고발되었으며 매출과 매입 모두 부인되었는 바, 청구법인이 실제로는 ○○자원과 거래하였으나 ○○종합자원으로부터 쟁점세금계산서를 수령한 것으로 보인다고 기재되어 있다. 처분청이 제출한 청구법인의 ‘CU-SCRAP 수입검사성적서’에 의하면 ○○종합자원과의 거래와 관련하여 ‘상차 ○○자원(별도계약분), 상차 ○○자원’ 등이 부기되어 있고, 다른 거래처와의 거래에 있어서는 그러한 표기는 보이지 아니한다.
(2) ○○○세무서장의 ○○종합자원에 대한 자료상 조사복명서에 의하면, 사업장 조사결과 ○○종합자원 사업장 소재지(○○광역시 ○구 ○○동 220-4) 현지에 임하여 확인한 바, 현재 아파트 모델하우스와 ○○건설기계 소유 지게차 등이 있고, 당해 사업장 소재지의 토지 소유자인 이○○에게 확인한 바, ○○종합자원에 사업장을 임대하여 준 사실이 없고 기계장치가 보관되어 있는 곳 외에는 공터이었다고 확인하였으며 2003년 3월 ○○종합자원 사업자등록 정정신청시 제출한 부동산임대차계약서상 임대인인 신○○에게 문의한 바, 신○○은 상기 사업장 중 일부를 토지 소유자 이○○로부터 임차하여 건설기계를 보관하고 있으나 ○○종합자원에 임대한 사실이 없으며 ○○종합자원의 대표 구○○ 또한 전혀 모르는 사람이라고 확인한 것으로 기재되어 있다. 또한, ○○종합자원 거래처에 대하여 거래내용을 조회하고 ○○종합자원 계좌에 대하여 금융조회한 결과 ○○종합자원과 무관한 박○○이 ○○종합자원 명의로 세금계산서를 발행하고 수취한 실질적인 행위자임이 확인되어 세무서로 나와줄 것을 요청하였으나 불응하였고, 거래처인 ○○메탈스 등에 대한 조사결과 ○○종합자원의 계좌를 확인한 바 대금이 입금되는 즉시 현금 출금되거나 당해 거래처 관련인 등에게 재입금된 것으로 기재되어 있다. 따라서, 위와 같이 ○○종합자원은 사업장이 없고 실제 사업을 영위하지 아니하였는 바, ○○종합자원이 발행하고 수취한 매출․매입 세금계산서를 전액 (실물거래 없는) 가공 세금계산서로 확정하고, ○○종합자원 및 대표이사 구○○ 등을 즉시 고발 조치하는 것으로 되어 있다.
(3) 청구법인은 ○○종합자원과 실제로 거래하고 쟁점세금계산서를 수취하였고, 설사 ○○종합자원과 거래한 것이 아니라 하더라도 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하면서, 청구법인의 ○○은행 통장 사본, 품명이 ‘CU-SCRAP’으로 기재된 ○○종합자원에 대한 인수증과, ‘CU-SCRAP 수입검사성적서’, 스크랩 입고 확인서, 계량증명표 등을 제출하였는 바, 청구법인의 ○○은행 통장(계좌번호: 141-043547-XX-XXX) 사본에는 2003.12.23. 250,752,425원, 2004.3.10. 374,666,171원, 2004.3.31. 371,243,345원이 ‘○○종합자11’에 PC뱅킹을 통하여 출금된 것으로 기재되어 있다.
(4) 살피건대, 청구법인은 ○○종합자원과 실제로 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하고 있으나, ○○종합자원에 대한 ○○○세무서장의 조사내용을 보면 그 사업장 소재지에 대한 토지 소유자에게 확인한 결과 ○○종합자원에 사업장을 임대하여 준 사실이 없다고 확인하는 등 실제 사업장이 없는 것으로 조사되었고, 거래처에 대한 조사에서도 ○○종합자원의 계좌를 확인한 바, 대금 입금 즉시 그 거래처 관련인 통장 등으로 재입금되는 등, ○○종합자원이 발행하고 수취한 매출․매입 세금계산서에 대하여 전액 가공세금계산서롤 조사되었으며, 이 건 거래와 관련하여 청구법인의 ‘CU-SCRAP 수입검사성적서’에 의하면 ‘상차 ○○자원(별도계약분)’ 등이 부기되어 있는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 실제로 ○○종합자원과 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보기는 어려운 것으로 보인다. 또한, 청구법인은 ○○종합자원의 사업자등록증, 업종 등을 사전에 확인하였다고 주장하면서 선량한 관리자의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하고 있으나, 처분청이 제시한 자료에 의하면 ○○종합자원은 사업장이 없고 실제 사업을 영위하지 아니한 사업자로 확인되었고 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 ○○종합자원의 사업자등록증 등을 확인하는 등, 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여 ○○종합자원이 정상적인 사업자인지를 확인한 것으로 보이지 아니하는 바, 청구법인의 선의의 거래당사자에 해당한다는 위의 청구주장 또한 이를 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.