쟁점토지가 「국토의계획및이용에관한법률」에 의하여 공업지역으로 편입되는 날을 국토해양부장관이 도시관리계획 결정사항을 관보에 고시한 날로 보아 양도소득세 감면세액을 계산한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.5.1. □□시 전3,283㎡, 같은 곳 367-13 전 1,279㎡, 같은 곳 367-14 전 691㎡, 같은 곳 381-4 전 502㎡, 같은 곳 524-5 유지 248㎡, 같은 곳 산 41-1 임야 27,372㎡를 취득하여 2005.10.14. ○○전자주식회사에 양도하고 양도토지 중 같은 곳 363-3 전 3,283㎡, 같은 곳 367-13 전 1,279㎡ 및 같은 곳 381-4 전502㎡ 합계 5,064㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 감면세액 86,403,730원을 산출세액에서 차감하여 2005.12.1. 양도소득세 100,262,830원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 소재지가 2005.5.28. 도시지역내 일반공업지역에 편입되었으므로 공업지역의 편입일 이후 양도소득에 대하여는 감면규정의 적용이 배제되는 것으로 하여 2009.4.17. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 25,164,040원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 「국계법이라 한다」은 2002.2.4. 법률 제6655호로 국토이용관리법및 도시계획법이 폐지되면서 제정된 법률로서 폐지된 도시계획법은 ‘도시계획결정’에 대한 효력발생에 대한 규정을 두고 있지 아니하다가 200.1.28. 법률 제6243호로 전부개정시 법 제25조 제1항에 도시계획결정은 고시가 있는 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다고 규정하였고, 이후 도시계획법이 폐지되고 국계법의 제정시 법 제31조로 도시관리계획 경정의 효력에 관한 규정을 두고 있는 바, 도시계획법에서 도시계획 결정의 효력에 대한 규정을 두고 있지 아니한 당시(2000.1.28. 법률 제6234호로 전부개정되기 전의 것)의 도시계획결정(2000.6.30. 이전 결정)에 있어서는 당시 시행된 구조세감면구제법 제55조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제54조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘도시계획법에 의한 주고지역 등에 편입된 날’은 관련 법조항 전체를 유기적․체계적으로 종합판단하여 지역․지구 및 구역 또는 도시계획시설 등 도시계획결정사항 등에 대한 고시를 한 때로 볼 수 있다 할 것이나, 도시관리계획 결정의 효력에 관하여 규정을 두고 있는 경우에는 그 규정에 따라 효력발생일을 ‘주거지역 등에 편입된 날’로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 국계법에 의하여 도시지역내 일반공업지역에 편입된 날을 2005.5.28.부터 5일 후인 2005.6.2.로 보아야 한다는 주장이나, 조세특례제한법 시행령 제66조 의 규정에 의한 “공업지역에 편입된 날”이란 국계법 제31조 제1항의 규정에 의한 효력발생일이 아닌 도시관리계획 결정내용(지역지구구역도시계획시설, 위치, 면적규모 등)을 국토해양부장관 또는 시․도지사가 관보에 고시한 날을 말하는 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의하여 공업지역으로 편입되는 날을 국토해양부장관이 도시관리계획 결정사항을 관보에 고시한 날로 보아 양도소득세 감면세액을 계산한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2004. 12. 31. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령(2006.2.8. 대통령령 제19321호 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면 】

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (주거지역등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 - 기준시가) 양도소득금액 × ------------------------------------------ (양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2006.8.5. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것) 제30조【도시관리계획의 결정】

⑥ 건설교통부장관 또는 시․도지사는 도시관리계획을 결정한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 건설교통부장관 또는 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장․광역시장․시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장․광역시장은 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2006.8.5. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것) 제31조【도시관리계획 결정의 효력】

① 도시관리계획 결정은 제30조 제6항에 따른 고시가 있는 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 청구인이 1985.5.1. 취득하여 2005.10.14. 양도하였으며 이 건 양도소득세의 경정과 관련하여 처분청이 □□시장에게 질의하여 회신받은 공문서(□□시 개발정책과-1629, 2009.3.13.)에 의하면, ‘쟁점토지 소재지 일대는 2005.5.28. 고시 2005-100호에 의하여 일반공업지역으로 편입고시가 있었으며 국계법 제31조에 의거 도시관리계획 결정은 제30조 제6항의 고시가 있은 날부터 5일 후에 효력이 발생한다 라는 조문이 있음을 알려드립니다’라고 회신한 내용이 기재되어 있다.

(2) 청구인은 국계법제31조 제1항에서 ‘도시관리계획의 결정은 제30조 제6항의 규정에 의한 고시가 있은 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다’고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 소재지가 일반공업지역으로 편입된 날은 당해 고시가 있은 날인 2005.5.28.로부터 5일 후인 2005.6.2.로 보아야 하고, 따라서 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어서 2005.5.31. 고시된 2005년 개별공시지가를 적용하여야 한다고 주장하고 있다. (3) 조세특례제한법 제69조 및 조세특례제한법 시행령 제66조 의 규정에 의한 “8년 자경농지의 양도에 대한 양도소득세의 감면”규정을 적용함에 있어 농지의 양도일 현재 특별시, 광역시(광역시에 있는 군은 제외함) 또는 시(도농복합형태의 시의 읍면지역은 제외함)에 있는 농지로서 국계법에 의하여 주거지역․상업지역 및 공업지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 동 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하며 이들 지역에 편입된지 3년이 경과되지 아니한 농지에 대하여는 이들 지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 바, 이 경우 “주거지역․상업지역․공업지역에 편입된 날”이란 국계법에 의하여 도시관리계획 결정내용을 해양교통부장관이 관보에 고시한 날로 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심2008전4130. 2009.3.17. 참조). 따라서, 쟁점토지 소재지가 2005.5.28. 도시지역내 일반공업지역에 편입되었으므로 쟁점토지가 공업지역으로 편입된 날 이후의 양도소득에 대하여는 감면규정의 적용이 배제되는 것으로 하여 청구인에게 이건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.