조세심판원 심판청구 부가가치세

철도시설 유지보수 과정에서 추가로 취득한 철도시설 관련 매입세액이 공제대상인지 여부

사건번호 조심-2009-전-2212 선고일 2010.03.10

철도시설 유지보수 과정에서 추가로 취득한 철도시설을 국가에 귀속시키기로 되어있는 경우 당해 철도시설은 면세로 보는 것임

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은한국철도시설공단법에 의하여 철도시설의 건설 및 효율적 관리를 위하여 설립된 법인으로서, 철도시설 유지보수 과정에서 취득하여 국가에 귀속시키기로 되어 있는 시설자산(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 과세거래로 보아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고ㆍ납부하였다.
  • 나. ○○지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하여 쟁점자산을 면세거래인 고속철도시설 또는 고속철도시설의 공급에 필수적으로 부수되는 재화라고 통보함에 따라, 처분청은 쟁점자산 관련 매입세액을 불공제하여 2008.10.14. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기 1,092,682,090원, 2005년 제2기 4,445,293,410원, 2006년 제1기 767,432,700원, 2006년 제2기 6,813,769,730원, 2007년 제2기 455.479.460원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.8. 이의신청을 거쳐 2009.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점자산은 유지보수 과정에서 취득한 자산이고, 유지보수용역은조세특례제한법제106조 제1항 제7호에 의하여 면세거래로 인정되는 고속철도시설(이하 “고속철도시설”이라 한다)과 별개의 거래이므로, 쟁점자산은 고속철도시설 또는 고속철도시설의 필수적 부수공급에 해당하지 아니한다. 조세특례제한법제106조 제1항 제7호는 고속철도시설 건설시의 매입세액을 공제하지 아니하고 기부채납시 과세하면 중복과세되는 것을 방지하기 위한 규정이고, 철도시설관리권을 설정받는 것을 그 요건으로 하나, 쟁점자산에는 철도시설관리권이 설정되지 아니하였으며, 고속철도시설과 유지보수용역은 각각 독립된 계약에 의하여 공급되는 거래로서, 고속철도시설의 국가귀속과 철도시설관리권 설정은 그 자체로서 면세거래에 해당하는 반면, 선로를 제공하고 선로사용료를 징수하는 거래 및 쟁점자산이 포함된 유지보수용역을 공급받고 유지보수비를 지급하는 거래는 별개의 과세거래이다. 또한 쟁점자산은 부가가치세법 시행령제3조에서 규정하는 4가지 부수공급 유형에 해당하지 아니하고, 주된 사업 및 과세유형, 취득목적, 취득시기, 취득비용의 원천, 취득비용의 회수기간, 국가귀속대가, 거래횟수 등 구체적 사실도 고속철도시설로 볼 수 없으므로, 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다(주위적 청구).

(2) 쟁점자산을 국가에 귀속시키고 국가로부터 아무런 대가를 받지 아니하는 것은 무상공급으로서,부가가치세법제12조 제1항 제18호 및 같은 법 기본통칙 17-0-9의 자기의 사업과 관련하여 생산ㆍ취득한 재화를 국가 등에 무상공급하는 경우로 보아 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다(예비적 청구 1).

(3) 쟁점자산이 면세거래인 주된 공급의 필수적 부수공급으로 인정된다고 하더라도, 공급시기는 향후 국가귀속절차가 완료되는 시기로 하여 납부세액을 재계산하여야 한다(예비적 청구 2).

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점자산은조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 고속철도시설 또는 고속철도시설에 필수적으로 부수되는 재화이다. 청구법인은 청구법인이 건설하여 국가에 귀속시킨 고속철도시설에 대하여조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 면세거래로 신고하였고, 쟁점자산은 방음벽, 전력설비, 신호설비, 보수기지건물 등 시설로서 고속철도시설과 같은 성질의 자산이며, 쟁점자산은 당초 고속철도시설로 건설되었어야 할 부분을 고속철도 개통 후에 추가로 보완한 공사로서 2004년 ~ 2006년에 고액의 시설자산을 취득하였다가 2007년에 그 금액이 급격히 감소한 사실로 보더라도 2006년에 고속철도시설의 보완공사가 완료되었다고 할 것이며, 쟁점자산은 취득에 장기간의 공사가 필요한 시설로서 유지보수 관련 자산에 해당하지 아니하며, 국가에 귀속시키고 철도시설관리권을 설정받은 고속철도시설 또는 필수적 부수거래로서 면세거래이고, 유지보수비로 취득하였다고 하여 달리 취급될 것은 아니므로 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 정당하다(주위적 청구).

(2) 청구법인은 유지보수비로 취득한 쟁점자산을 국가에 귀속시키고 유지보수비를 징수할 수 있는 철도시설관리권을 설정받았으므로 쟁점자산은 국가에 유상 공급되었으며, 이는조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 면세거래에 해당된다(예비적 청구 1). (3)철도산업발전기본법제20조 제1항의 규정에서는 철도시설자산은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 규정하였으므로 면세재화는 매입시부터 국가에 귀속되는 것이며, 국토해양부의 승인절차는 매입시마다 이관절차를 밟을 수 없기 때문에 일괄적으로 국가에 귀속시키는 형식적인 절차에 불과하므로 매입시기를 공급시기로 보아야 한다. 청구법인은 철도시설 공급 관련 매입에 대하여는 매입시점을 거래시기로 하여 부가가치세를 신고하고 있으므로, 청구법인의 주장대로 국토해양부 승인일(기부채납절차 완료일)을 공급시기로 한다면, 청구법인의 기신고분은 모두 경정하여야 할 것이므로 쟁점자산의 공급시기는 매입시기로 하여야 한다(예비적 청구 2).

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 청구법인이 유지보수 과정에서 추가로 취득한 철도시설을 국가에 귀속시키기로 되어 있는 경우, 당해 철도시설이조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 면세거래에 해당되어 취득시 부담한 매입세액이 매출세액에서 불공제되는지 여부(주위적 청구)

② 쟁점자산은 국가에 귀속시키면서 국가로부터 대가를 받지 아니한 무상공급에 해당하여 쟁점자산을 취득할 때에 부담한 매입세액은부가가치세법제12조 제1항 제18호 등에 의하여 공제되는지 여부(예비적 청구 1)

③ 쟁점자사이 면세거래에 해당한다고 하더라도, 당초 과세거래였으나 국가귀속절차가 완료되는 시기에 면세전용시기로 보아 관련 매입세액을 재계산하여야 하는지 여부(예비적 청구 2)

  • 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(부수)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가세를 면제한다.

18. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고(확정신고)와 함께 관할 세무서장에게 신고·납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】 법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

○ 부가가치세법 시행령 제62조의2 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조제5항 및 제6항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조제1항, 이 영 제61조, 제61조의2 및 제63조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 건축물

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액 × (1 - 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액 × (1 - 25/100 × 경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율 │

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(단서 생략)

7. 한국철도시설공단법에 따른 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조제2호 에 따른 철도시설(이하 이 호에서 "철도시설"이라 한다)을 국가에 귀속시키고 같은 법 제26조에 따라 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설

○ 철도산업발전기본법 제3조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

2. "철도시설"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.

  • 가. 철도의 선로(선로에 부대되는 시설을 포함한다), 역시설(물류시설ㆍ환승시설 및 편의시설 등을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물ㆍ건축설비
  • 나. 선로 및 철도차량을 보수ㆍ정비하기 위한 선로보수기지, 차량정비기지 및 차량유치시설
  • 다. 철도의 전철전력설비, 정보통신설비, 신호 및 열차제어설비
  • 라. 철도노선간 또는 다른 교통수단과의 연계운영에 필요한 시설
  • 마. 철도기술의 개발ㆍ시험 및 연구를 위한 시설
  • 바. 철도경영연수 및 철도전문인력의 교육훈련을 위한 시설
  • 사. 그 밖에 철도의 건설ㆍ유지보수 및 운영을 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설

○ 철도산업발전기본법 시행령 제2조 【철도시설】 철도산업발전기본법(이하 "법"이라 한다) 제3조제2호 사목에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 다음 각호의 시설을 말한다.

1. 철도의 건설 및 유지보수에 필요한 자재를 가공ㆍ조립ㆍ운반 또는 보관하기 위하여 당해 사업기간중에 사용되는 시설

2. 철도의 건설 및 유지보수를 위한 공사에 사용되는 진입도로ㆍ주차장ㆍ야적장ㆍ토석채취장 및 사토장과 그 설치 또는 운영에 필요한 시설

3. 철도의 건설 및 유지보수를 위하여 당해 사업기간중에 사용되는 장비와 그 정비ㆍ점검 또는 수리를 위한 시설

4. 그 밖에 철도안전관련시설ㆍ안내시설 등 철도의 건설ㆍ유지보수 및 운영을 위하여 필요한 시설로서 국토해양부장관이 정하는 시설

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 고속철도시설의 국가귀속 및 과세경위 등을 살펴본다 (가) 청구법인은 철도시설 건설ㆍ관리ㆍ안전유지 업무 등 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통폐합하여 2004.1.1.한국철도시설공단법에 의하여 설립된 법인으로서, 청구법인이 설립되면서 기존의 철도청 자산 중 시설자산은 국가에 귀속시키고, 운영자산은 한국철도공사에 현물출자하였으며, 건설 중인 철도청 자산과 고속철도건설공단 자산은 청구법인이 포괄승계하였다가, 완공 후에 시설자산은 국가에 귀속시키고, 운영자산은 한국철도공사에 현물출자하였다. (나) 시설자산은 사회간접자본으로서 공공성이 있는 기반시설인 선로, 터널, 교량, 전차선, 전기설비, 철도교통관제시설 등과 그 건설 및 유지관리를 위한 건물 등 관련 자산을 말하고, 운영자산은 철도영업활동이 주된 목적인 역사(역광장 포함), 차량, 차량정비시설 등과 이와 관련된 건물 등 자산을 말한다. (다) 국가에 귀속시킨 고속철도시설에 대해서는 철도시설관리권을 설정받은 청구법인이 한국철도공사에 선로를 제공하고 선로사용료를 징수할 수 있게 되었다. 사용료 징수는 고속철도 건설재원 중 국비(경부고속철도 1단계 사업의 경우 35%)를 제외하고 청구법인의 부채원리금을 상환하기 위한 것으로서, ‘철도시설관리권 변경등록’(건설교통부 철도운영과-80, 2005.1.17.) 내역에 의하면 ① 철도시설의 신설ㆍ개량에 투자된 비용 총액 7조 7,768억원 중 청구법인이 부담한 4조 4,784억원을 회수할 수 있도록, ② 부채원금 4조 4,784억원, 동 부채의 30년간 이자(예상) 5조 1,977억원을 징수하고, ③ 이에 더하여 30년간의 유지보수비 총액(예상) 7조 6,446억원을 징수할 수 있도록 하여 합계 17조 3,207억원을 선로사용료 총액으로 산정하였다. (라) 고속철도 유지보수는철도산업발전기본법의 규정에 의하여 청구법인이 한국철도공사에 위탁하여 시행하며, 한국철도공사에 지급할 유지보수비는 한국철도공사로부터 징수하는 선로사용료(고속철도 영업수입의 31%) 중 유지보수비와 상계하여 정산하고 있다. (마) 경부고속철도 시설유지비 집행에 의하여 지출한 유지보수비 중에는 쟁점자산 취득금액이 포함되었으며, 세금계산서 수취 및 유지보수비 지급내역은 다음과 같다. <세금계산서 수취 및 유지보수비 지급 내역> (단위: 백만원) 04.2기 05.1기 05.2기 06.1기 06.2기 07.1기 07.2기 세금계산서 수취금액

• 130,365 52,309 131,611 15,871 59,268 14,230 연도별 합계 107,272 182,676 147,482 73,500 합계 107,272 403,658 ※ 2004년에는 국가(철도청)가 고속철도 유지보수사업을 집행(면세) ※ 고속철도 선로사용계약서 제8조(선로 등 사용료)에 의거 선로 등 사용료는 원칙적으로 경부고속철도 영업수입의 31%로 하되, 연도별로 2004년 1,298억원, 2005년 2,031억 7,400만원, 2006년 1,682억 5,000만원을 받음. 다만, ‘고속철도 유지보수 위수탁계약’ 등에 의하여 정산한 유지보수비가 변동이 있을 경우 선로사용료도 변동된 유지보수비와 같은 금액으로 하여 지급할 유지보수비와 상계하며, 2007.12.31.에 2004 ~ 2006년도 선로사용료를 정산하였음. (바) 전액 국비로 건설되는 일반철도는 국가(국토해양부)가 한국철도공사로부터 직접 선로사용료를 징수하다가(2005년), 2006년부터 청구법인으로 하여금 선로사용료를 징수하도록 하였고, 일반철도의 유지보수는 국토해양부가 한국철도공사에 위탁하여 시행하고 있으며, 일반철도에 대하여 청구법인이 한국철도공사로부터 징수하는 선로사용료는 연간 유지보수비 총액(예상)에서 국가가 한국철도공사에 직접 지급하는 금액(전체 유지보수비의 30%)을 차감한 금액이므로, 일반철도 선로사용료와 유지보수비는 상계되어 세금계산서만 주고 받는다. (사) 청구법인은 한국철도공사에 고속철도 선로를 제공하고 선로사용료를 징수하는 ‘고속철도 선로 등 사용계약’을 2005.4.26., 2006.12.27., 2007.12.31., 2008.5.9. 등 매년 체결하였고, 한국철도공사에 유지보수업무를 위탁하고 유지보수비를 지급하는 내용의 ‘고속철도시설의 유지보수 위수탁계약’을 2006.2.20., 2007.2.6. 등 매년 체결하였으며, 청구법인은 고속철도 및 일반철도의 선로사용료를 매출로, 고속철도와 일반철도의 유지보수비를 매입으로 하여 부가가치세를 신고하였다. (아) ‘고속철도시설 유지보수 위수탁계약’에 따라 유지보수비를 집행함으로써 시설자산이 증가한 경우 한국철도공사는 시설자산을 청구법인의 재산으로 취득할 수 있도록 내부규정에 따른 취득가액 100만원 이상이고 내용연수 3년 이상인 고정자산을 청구법인의 재산으로 취득, 관리하지 아니하였다가, 2008년 7월경 감사원의 처분요구를 받고 유지보수비로 취득한 자산의 목록을 작성하였으며, 추후 국토해양부의 승인절차를 거쳐 국가에 귀속시킬 예정이다. (자) 고속철도는 2004.4.1. 개통되었으나 청구법인은 한국철도공사가 설립된 2005.1.1. 이후 세금계산서를 수취하였으며, 고속철도와 관련하여 2005년 제1기 ~ 2007년 제2기 과세기간 중 유지보수비로 취득한 자산의 취득가액은 합계 1,018억원이며, 자산의 종류는 건물, 기계장치, 장비차량, 노반시설, 전력설비, 통신시설, 신호설비 등이다. <연도별 시설자산 증가내역> (단위: 백만원) 2004년 2005년 2006년 2007년 합계 건물 및 시설 2,591 35 2,626 기계장치 281 1,854 16 2,151 장비차량 526 3,015 13,795 17,336 노반시설 1,842 17,436 15,001 392 34,671 전력설비 16,535 6,014 12,694 684 35,927 통신시설 6,538 4,982 11,463 602 23,585 신호설비 1,223 3,417 5,662 2,173 12,475 집기비품 22 9 31 합계 26,967 39,318 58,650 3,867 128,802 26,967 101,835 (차) 처분청은 국세청에 과세기준자문을 의뢰하여 “철도시설관리권을 설정받는 방식으로 철도시설을 국가에 공급하면서 선로사용료를 정한 경우 당해 철도시설의 유지보수 과정에서 추가적으로 취득하여 국가에 귀속시키는 철도시설에 대하여는조세특례제한법제106조 제1항 제7호에 따라 부가가치세를 면제하는 것”이라는 답변(국세청 법규과-3966, 2008.9.22.)을 받았다. (카) 청구법인은 국토해양부에 질의하여 “고속철도시설자산의 국가 귀속에 따른 시설부채의 원리금 상환을 위하여 한시적으로 철도시설관리권을 설정하고 있으므로, 청구법인이 한국철도공사에 위탁하여 시행하고 있는 고속철도 유지보수와 관련하여 별도의 유지보수비 증액이 수반되지 않는 유지보수로 인한 자산증가분의 국가 귀속은 철도시설관리권 설정과는 직접적인 관련이 없다.”라는 답변(국토해양부 철도운영과-1122, 2008.8.22.)을 받았다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 쟁점자산은 건물, 기계장치, 장비차량, 노반시설, 전력설비, 통신시설, 신호설비 등으로서 고속철도시설과 동일한 종류의 자산이며, 고속철도시설의 일부로 건설 또는 취득하여 국가에 귀속시켜야 할 시설이었으나 당초 미비한 상태에서 국가에 귀속시킨 후 부족한 부분을 추가로 보완하여 취득한 자산으로 보인다. 연도별 자산 취득가액이 2004년부터 2006년까지는 고액이었다가 2007년에 현저히 감소한 사실을 보더라도 2004년 개통 직후에는 많은 부분에서 미비하던 고속철도시설이 추가 보안공사를 통하여 점차 보충되었다고 보아야 할 것이므로 쟁점자산은 고속철도시설이라 할 것이다. (나) 청구법인은 고속철도시설을 국가에 귀속시키고 국가로부터 철도시설관리권을 설정받았으며, 자산의 종류가 철도시설로서 동일하고 고속철도시설의 일부분을 구성하고 있는 쟁점자산도 철도시설관리권을 설정받았다고 해야 할 것이다. 쟁점자산은 청구법인이 유지관리하는 철도시설로서 당초의 고속철도시설과 함께 한국철도공사로 하여금 사용하게 하고 사용료를 징수하는 철도시설이므로 청구법인이 국가로부터 설정받은 철도시설관리권은 쟁점자산에도 효력이 미친다고 보아야 할 것이며, 철도시설관리권 설정 내역에 포함되어 있는 유지보수비를 지출하여 취득하였으므로 쟁점자산은 철도시설관리권이 설정된 자산으로서 국가에 유상공급된 것으로 보야야 할 것이다. (다) 과세유형은 재화 또는 용역의 취득목적 등에 따라 구분되어야 할 것으로서 당초의 고속철도시설과 취득시기가 다르다거나 유지보수비를 지출하여 취득하였다고 하여 달라지는 것은 아니므로, 고속철도시설과 동일한 목적으로 취득한 쟁점자산은 고속철도시설에 해당하는 것으로 보인다. (라) 따라서 쟁점자산은 국가에 귀속시키게 되고 철도시설관리권을 설정받은 고속철도시설이므로, 처분청이 쟁점자산을조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 면세거래로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점①에서 본 바와 같이 고속철도시설을 국가에 귀속시키면서 국가로부터 철도시설관리권을 설정받았고 이에 근거하여 고속철도시설 건설에 사용된 부채의 원리금 및 유지보수비 상당의 선로사용료를 징수하였으며, 유지보수비를 지출하여 쟁점자산을 취득하였으므로 쟁점자산은 국가로부터 대가를 받은 재화로서 유상공급으로 보야야 할 것이다. (나) 국가에 유상공급한 쟁점자산은 그 자체로서조세특례제한법제106조 제1항 제7호의 면세거래에 해당하여 관련 매입세액을 불공제할 대상이므로, 쟁점자산을 국가에 무상공급한 것을 전제로 하여부가가치세법제12조 제1항 제18호 등에 의하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가)철도산업발전기본법제20조 제1항의 규정에서는 철도시설자산은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 규정하였으므로 면세재화는 매입시부터 국가에 귀속되는 것이며, 국토해양부의 승인절차는 매입시마다 이관절차를 밟을 수 없기 때문에 일괄적으로 국가에 귀속시키기 위한 형식적인 절차에 불과하므로 매입시기를 공급시기로 보아야 할 것으로 보인다. (나)부가가치세법제9조는 재화나 용역의 공급시기를 재화의 인도 및 역무의 제공을 완료한 때 등으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 세금계산서를 수수하고 부가가치세 신고시 당초 고속철도시설의 매입세액을 취득시점에서 면세관련 매입세액으로 불공제한 것과 마찬가지로 쟁점자산의 매입세액도 취득시점에 불공제함이 타당하다. (다) 따라서 철도시설은 국가가 소유함이 원칙이고 쟁점자산은 국가 귀속 대상인 고속철도시설로서 취득시부터 면세거래라 할 것이므로, 행정절차에 불과한 국가 귀속 절차가 완료되는 시기를 면세전용시기로 하여 세액을 재계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)