공급받는 자가 임의적으로 수정한 경우 적법한 세금계산서로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○구 ○○동 1181에 사업장을 두고 부동산임대업을 영위하는 법인으로, 동 사업장 소재지의 토지 1,086㎡ 및 지상건물 7,440.83㎡(이하 “ 쟁점부동산”이라 한다) 매수와 관련하여 쟁점부동산의 당초 소유자로서 위탁자인 (주)○○로부터 쟁점부동산을 수탁받은 ○○○○신탁주식회사와 2005.12.27. 매매대금 5,967,178,010원에 부동산 매매계약을 체결하고, 2005.12.29. 청구법인의 명의로 소유권이전등기를 한 후, (주)○○로부터 공급가액(건물분) 4,331,780,100원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 1매를 2005.12.29. 교부받아 관련매입세액을 공제하여 2005년 제2기 부가가치세 433,178,010원의 환급을 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 사업자등록신청일은 2006.1.23.이므로 2005.12.29. 교부된 쟁점세금계산서의 매입세액은 사업자등록신청일로부터 20일 전의 등록전 매입세액에 해당한다는 사유로 동 매입세액을 불공제하고 신고불성실 가산세를 43,317,800원을 가산하여 경정ㆍ고지하자, 청구법인은 쟁점부동산의 실제 공급시기는 2006.1.17.이며 공급자의 착오로 잘못 교부된 것이므로 실질내용에 따라 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여야 한다는 취지의 심판청구(조심 2006전2242)를 2006.7.3. 제기하였다.
• 다. 2008.12.15. 우리 원의 심판결정에서, 쟁점부동산의 실제 공급시기는 2006.1.17.로 보는 것이 타당하나, 2005.12.29.자로 교부된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 당초 처분은 정당한 것으로 판단하자, 청구법인은 2009.1.14. 2006년 제1기 부가가치세 매입처별세금계산서합계표를 수정ㆍ제출하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 공급자의 수정세금계산서 교부없이 공급받는 자가 임의로 수정제출한 매입처별세금계산서합계표는 적법한 세금계산서 교부로 볼 수 없다 하여 2009.3.11. 경정청구 거부통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서상 작성연월일은 2005.12.29.로 되어 있으나 청구법인이 사업자등록증을 2006.1.23. 발급받았으므로 작성연월일이 2005.12.29.로 되어 있으면서 사업자등록번호가 기재되어 있는 쟁점세금계산서는 현실적으로 존재불가한 세금계산서로서 쟁점세금계산서의 실제 작성연월일은 2006.1.23.이고 실제 공급시기는 2006.1.17.로 특별한 의도가 없는 거래시기에 대한 세법상의 무지 및 단순한 공급자의 실수에 따른 것이며 오히려 부가가치세를 선납하게 되어 선의의 피해를 입은 것이므로 실질과세원칙과 부가가치세 거래징수제도에 비추어 쟁점부동산의 실지 공급시기가 2006.1.17.임이 확인되므로 2006년 제1기 부가가치세 매출세액에서 관련 매입세액을 공제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서의 실제 공급시기가 2006.1.17.일지라도, 청구법인이 기 제기한 심판청구에 대한 결정서(조심 2006전2242, 2008.12.15.)에서, 2005.12.29.자로 교부된 쟁점세금계산서는 공급시가가 다른 세금계산서로 매입세액을 불공제함이 타당한 것으로 결정되었음에도 그 후에 세금계산서합계표만을 공급받는 자가 임의적으로 수정하여 제출하는 것은 적법한 수정세금계산서라 볼 수 없고, 착오기재된 세금계산서의 내용이 실제 거래로 확인된다 하더라도 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한하여 매입세액 공제가 가능한 것이므로, 청구법인에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 공급자의 수정세금계산서를 교부받지 아니하고 공급받는 자인 청구법인이 수정한 매입처별세금계산서합계표에 의하여 수정신고 형식으로 경정청구할 수 있는지 여부

② 쟁점세금계산서를 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 발행ㆍ교부한 정당한 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 등 (1) 부가가치세법 (2006.12.31. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 【등록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 제21조 【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (2) 부가가치세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제58조【위탁판매등의 경우의 세금계산서의 교부】① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의등록번호를 부기하여야 한다. 제59조 【수정세금계산서】법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조제2항제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

⑨ 법 제17조제2항제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 부가가치세 경정청구 거부처분 경위를 보면, 2005.12.27. (주)○○ 소유의 쟁점부동산을 (주)○○로부터 수탁받은 ○○○○신탁(주)과 청구법인이 매매대금 5,967,178,010원의 매매계약을 체결하고, 2005.12.29. 청구법인 명의로 소유권을 이전등기하고, 2006.1.23. 청구법인은 처분청에 사업자등록을 신청하였다. 청구법인은 공급시기가 2005.12.29.자로 4,331,780,121원 상당의 건물분 매입세금계산서(쟁점세금계산서) 1매를 교부받은 것으로 하여 동 매입세액 433,178,010원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 2005년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 사업자등록신청일인 2005.1.23.로부터 20일전에 교부된 등록전매입세액에 해당한다 하여 2006.4.18. 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세 43,317,800원을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인은 2006.7.3. 쟁점부동산의 실지 공급시기는 이용이 가능하게 된 2006.1.17.이므로 등록전매입세액에 해당하지 아니한다는 취지의 심판청구(조심 2006전2242)를 제기하였고, 2008.12.15. 우리 원 심판결정에서, 쟁점부동산의 실지 공급시기는 청구주장과 같이 2006.1.17.로 판단하였으나, 공급시기를 2005.12.27. 기재하여 교부된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 불공제함이 타당한 것으로 판단하였다. 청구법인은 공급자로부터 수정세금계산서 교부없이 매입처별세금계산서합계표를 임의로 수정하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 2006녀 제1기 부가가치세 매입세액으로 하여 이를 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것으로 2009.1.14. 2006년 제1기 부가가치세 경정청구를 하였고, 처분청은 공급자의 수정세금계산서 교부없이 공급받은자가 임의로 수정ㆍ제출한 매입세금계산서합계표는 적법한 세금계산서교부로 볼 수 없다하여 2009.3.11. 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지하였다.

(2) 청구법인은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2 및 동법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우라 하더라도 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액공제가 가능한 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점세금계산서는 공급자 측의 세법지식의 무지로 쟁점부동산의 소유권이전등기일로 잘못 기재된 것으로서, 상기에 규정한 바에 따르면, 단순한 거래시기 착오의 세금계산서임이 확인된다면 사실상 거래시기에 귀속하여 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장한다.

(3) 청구법인이 2009.1.14. 2006년 제1기 부가가치세 경정청구를 하면서 제출한 매입처별세금계산서합계표(갑)에 의하면, 당초 2005년 제2기 부가가치세를 신고하면서 2005.12.27. 공급시기의 쟁점세금계산서상 공급자, 공급가액, 세액을 2006년 제1기에 공급받은 것으로 수정하여 제출한 사실이 확인된다.

(4) 우선 쟁점①에 대하여 살펴보면, 수정세금계산서는 그 발행 사유가 발생한 경우에 부가가치세법 제21조 에 의하여 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 수정교부할 수 있는 것이며, 이 규정은 공급가액의 증가 또는 차감 사유가 발생한 경우 세금을 추가로 거래징수하거나 반환하는 것과 연계되어 세금계산서와 관련된 강행규정으로 보이는 바, 이 사건의 경우와 같이 공급자가 발행한 수정세금계산서에 의하지 아니하고 공급받는 자인 청구법인이 한 매입처별세금계산서합계표를 수정하여 신고하는 형태의 경정청구는 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2 및 동법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우라 하더라도 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액공제가 가능한 것으로 주장하나, 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2 본문에서 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하는 것으로 보이고, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하나, 이는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 부가가치세 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 부가가치세 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것인 바, 청구법인이 기 제기한 심판청구사건(조심 2006전2242)의 결정에서, 당초 2005.12.27. 공급시기로 기재된 쟁점세금계산서의 공급시기는 청구법인이 실제 공급시기라고 주장한 2006.1.17.로 보는 것이 타당할 것이나 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서, 해당 매입세액을 불공제하 처분은 잘못이 없는 것으로 판단한 바 있으므로 이후에 청구인이 2006년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세금계산서합계표를 수정하여 처분청에 경정청구하였다 하더라도 쟁점세금계산서상의 공급시기와 실지 공급시기가 사실과 다른 세금계산서임에는 달리 볼 이유가 없어 보이고, 또한, 쟁점세금계산서의 실제 작성연월일과 실제 공급시기가 다른 사유가 공급자측의 세법 지식의 무지로 인하여 발생한 단순한 거래시기의 착오에 의한 것이라고 볼 만한 특별한 이유도 없어 보이므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급시기를 2006년 제1기에 공급받은 것으로 하여 매입처별세금계산서합계표를 수정하여 한 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.