주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주주가 소유하고 있는 비상장주식을 양도하고 완전모회사의 코스닥등록 주식을 취득하는 경우 양도소득세 과세대상 인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 비상장법인인 ○○셀(주)는 2005.10.11. 코스닥등록법인인 ○○셀세인(주){구 ○○전자(주)}와상법제360조의 2의 주식의 포괄적 교환으로 ○○셀(주)의 비상장주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 ○○셀세인(주)의 신주와 교환하여 ○○셀세인(주)의 완전자회사가 되었고, 비상장법인 (주)○○프로젠은 2006.2.10. ○○셀세인(주)와 한 주식의 포괄적 교환으로 (주)○○프로젠의 비상장주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 역시 ○○셀세인(주)의 신주와 교환하여 ○○셀세인(주)의 완전자회사가 되었다.

○○셀세인(주)와의 주식교환 내역 교환일자 양도주식수 신주배정수 교환비율 1주당가액

○○셀(주) 2005.10.11 4,106,922주 20,998,774주 1:5.11302 9,229원 (주)○○프로젠 2006.2.10 300,000주 1,904,670주 1:6.3489 41,633원

• 나. 대전지방국세청은 2008년 6월 ○○셀세인(주)에 대한 법인세 통합조사에서 ○○셀(주)와 (주)○○프로젠의 주주들이 주식교환(양도)에 따른 양도소득을 무(과소)신고한 사실을 확인하고 ○○셀(주)의 주주 134인 중 김○○ 외 33인과 (주)○○프로젠의 주주 홍○○ 외 13인 합계 48인을 실지조사하여 양도소득세를 부과하도록 처분청에 통보하고, 조사대상이 아닌 나머지 주주 99인에 대해서는 조사과정에서 확인한 양도가액과 취득가액을 처분청에 통보하자, 처분청은 그에 따라 2009.1.8. 청구인 몫(7,360주)의 양도에 대하여 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 4,135,590원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주식교환에 의하여 비상장주식을 우회 상장하였더라도 양도소득세는 실현된 이익에 대하여만 과세할 수 있으며, 비상장주식인 구주의 공정가치 또는 등록주식인 신주의 가액을 양도가액으로 보는 경우에도 교환 후 신규 취득한 등록주식은 매각이 이루어져야 이익이 실현될 수 있는 것이므로, 매각되지 않은 상태의 신규 등록주식은 실현이익이나 양도차익을 산출할 수 없고, 따라서 양도소득세 과세대상이 될 수 없다. 특히 대주주가 부담하는 보호예수의무를 감안하면 장래이익이 확실하지 않으므로 이 건 과세는 취소되어야 한다.

(2) 양도소득세 과세가 정당한 경우에도 청구인의 주식취득가액이 매매계약서 및 통장사본에 의하여 확인되므로 유상증자로 인한 주식 2,800주의 취득가액을 25,200천원으로 하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인 주장(1) 관련 (가) 소득세법 제88조 제1항 에 의하면 ‘양도’를 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하였고, 국세청 예규(서면4팀-648, 2005.4.27. 외)는 ‘교환’에는상법의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환이 포함된다고 해석하고 있다. (나) ○○셀(주)와 (주)○○프로젠이 ○○셀세인(주)와 각각의 주식교환계약을 체결하고 ○○셀(주)와 (주)○○프로젠의 주주들이 계약에 따라 각자의 비상장주식을 ○○셀세인(주)의 신주와 교환하는 과정에서 청구인이 쟁점주식을 ○○셀세인(주)에 양도하고 그 대가로 ○○셀세인(주)의 신주를 교부받은 것은 양도소득세 과세대상이 되는 소득세법상 교환으로 보아야 한다. (다) 교환에 의하여 취득한 협회등록주식(이하 “신주”라고 한다)은 쟁점주식을 양도한 대가로 받은 것으로서 신주의 처분에 따른 이익실현 여부 또는 대주주의 신주보호예수에 따른 장래이익의 불확실성 등은 쟁점주식의 교환이 양도소득세 과세대상인지 여부를 판단하는 데 영향을 미치지 아니한다. (라) 또한 주식교환을 양도로 보아 과세하는 경우 양도가액은 교환으로 취득한 주식의 가액으로 결정함이 타당하며(국심 2006서3449, 2007.6.21), 조사관서는 양도소득세 조사시 관련법인 간에 체결된 주식교환계약서와 회계법인이 작성한 주식교환ㆍ이전비율 평가의견서에 근거하여 양도가액 및 양도차익을 계산하였으므로, 양도차익의 산출이 불가능하여 과세할 수 없다는 청구인의 주장은 이유 없다. (마) 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다

(2) 청구인 주장(2) 관련 청구인이 주장하는 주식의 취득가액은 세무조사 과정에서 확인되어 양도소득 계산에 이미 반영되었으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 상법 제360조 의 2에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사(○○셀)의 주주가 소유하고 있는 비상장주식을 양도하고 완전모회사(○○셀세인)가 발행하는 협회등록 주식을 취득하는 경우 양도소득세가 과세되는지 여부

② 양도소득세 계산시 통장거래내역에 의하여 확인되는 가액을 주식 취득가액으로 적용하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령

○ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제88조【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(이하생략)

○ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 “협회중개시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등

○ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

○ 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제163조【양도자산의 필요경비】

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세

○ 상법 제360조 의 2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하“완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다 (가) 비상장법인인 ○○셀(주) 및 (주)○○프로젠은 코스닥상장법인인 ○○셀세인(주)과 ‘주식 및 경영권 양수도 계약’을 체결하고, ○○셀(주) 및 (주)○○프로젠의 주주가 보유한 비상장주식을 ○○셀세인(주)의 주주에게 양도하고 대신 ○○셀세인(주)이 발행한 신주를 취득하여 ○○셀(주) 및 (주)○○프로젠은 ○○셀세인(주)의 완전자회사가 되었고, ○○셀세인(주)은 ○○셀(주) 및 (주)○○프로젠의 완전모회사가 된 사실이 법인등기부등본 등에 의하여 확인된다.

○○셀세인(주)와의 주식교환 내역 교환일자 양도주식수 신주배정수 교환비율 1주당가액

○○셀(주) 2005.10.11 4,106,922주 20,998,774주 1:5.11302 9,229원 (주)○○프로젠 2006.2.10 300,000주 1,904,670주 1:6.3489 41,633원 (나) 청구인은 쟁점주식의 양도대가로 취득한 신주가 매각되지 아니하여 이익이 실현되지 아니하여 양도차익을 산출할 수 없고, 특히 대주주의 경우 보호예수의무를 감안하면 장래이익이 확실하지 아니하여 과세할 수 없다고 주장하므로 이를 살펴본다. 1)소득세법제88조 제1항은 ‘양도’를 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 사실상 유상으로 이전되는 것으로 규정하고 있고,소득세법제94조 제1항 제3호는 주권상장법인 또는 코스닥상장 법인이 아닌 법인의 주식 등의 양도로 인하여 발생한 소득을 양도소득으로 보도록 규정하였으며, 또한 상법제360조의 2 내지 제360조의 14의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환시 완전자회사의 주주가 소유하고 있는 비상장주식을 양도하고 완전모회사가 발행하는 상장주식 또는 코스닥상장 주식을 취득하는 경우소득세법상 ‘교환’에 해당되어 양도소득세가 과세되고, 쟁점주식을 ○○셀세인(주) 의 주주에게 양도하고 그 대가로 신주를 교부받았으므로 쟁점주식은 양도소득세의 과세대상에 해당된다. 한편, 신주의 이익실현 여부나 보호예수의무에 따른 장래이익의 불확실성은 과세대상 여부의 판단에 영향을 미치지 아니한다.

2. ‘교환’으로 인하여 양도하는 자산의 양도가액은 교환 당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실지거래가액에 의하여 계산하는 것으로서, 쟁점주식 및 신주는 법인 간에 체결된 주식교환계약서와 ○○회계법인 및 ○○회계법인이 증권거래법 시행규칙제36조의 12 등의 규정에 따라 작성한 주식교환ㆍ이전비율 평가의견서에 근거하여 양도가액 및 양도차익의 계산이 가능하므로 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세의 계산이 가능하다. 구 분

○○회계법인(2005.7.26.)

○○회계법인(2005.11.24.)

○○셀세인(주)

○○셀(주)

○○셀세인(주) (주)○○프로젠 기준주가 1,805원 6,557원 본질가치 9,229원 41,633원 자산가치 769원 1,436원 1,332원 4,663원 수익가치 18,270원 83,626원 상대가치 주식교환가액/1주 1,805원 9,229원 6,557원 41,633원 주식교환비율 1.00000 5.11302 1.00000 6.3489 (다) 따라서, 처분청이 청구인에게 청구인의 몫의 주식 양도에 대하여 양도소득세 를 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인이 주장하는 주식(유상증자로 인한 2,800주의 취득가액 25,200천원)은 이 건 양도소득세 계산시 반영되었음이 결정결의서에 의하여 확인되므로 이 부분 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.