토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 경우 토지의 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2009.1.6. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 18.290,480원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2001.6.29. ○○광역시 ○구 ○○동 369 대지 1,035.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 김○○(청구인의 배우자)과 함께 각 1/2지분(이하 청구인 소유의 토지지분 1/2을 “청구인 소유토지”라 한다)으로 취득하였고, 2002.7.10. 김○○ 단독명의로 쟁점토지상에 지하 1층 지상 4층의 건물(연면적 2,103.77㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 2층을 김○○의 음식점 사업장으로, 3층을 청구인의 음식점 사업장으로 사용하다가 2007.12.31. 쟁점토지 및 쟁점건물, 기타 설비 등을 25억원에 일괄양도한 후, 청구인 소유토지의 양도가액을 8억 5,000만원으로 양도소득세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하고 청구인 소유토지의 양도가액을 902,687천원으로 하여 2009.1.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 18,290,480원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 김○○은 사업포괄 양수도 계약시 토지가액 17억원, 건물 691,839천원, 기타 108,161천원 등으로 양도하였는바 쟁점토지와 쟁점건물의 소유자가 다른 상태에서 토지가액을 따로 정하였는데도 토지와 건물을 동일인이 소유하다가 함께 양도하는 경우에 적용하는 안분계산을 적용할 수 없는 점, 청구인과 김○○은 토지가액 및 건물가액을 복식부기로 기장하여 왔으며 양도소득세 신고시에도 취득가액을 환산방법이 아닌 장부가액으로 신고함으로써 양도가액 신고에 탈세 또는 절세의 의도가 없었던 점, 쟁점토지의 취득가액은 1,147,655천원이고 쟁점건물의 취득가액은 949,275천원으로 이 비율로 양도가액 안분시 청구인 소유토지의 양도가액은 684,128천원이 되어 신고한 양도가액보다 165,872천원이 적어지게 되는 점, 양도당시 쟁점토지의 기준시가는 2,651,904천원이고 쟁점건물은 1,020,328천원 합계 3,672,232천원인 반면 전체의 양도가액은 25억원으로 10억원 이상의 차이가 발생하여 기준시가의 신뢰성에 문제가 있는 점, 쟁점토지의 양도가액 17억원이 합리적인 근거가 없는 임의가액이므로 안분계산하여야 한다는 처분청의 의견은 세금징수를 위해 매매당사자의 계약의 자유를 부인하게 되는 점 등으로 고려해 보면 청구인이 신고한 양도가액을 실지거래가액으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 사업양수도 계약서상 자산총액과 부채총액을 2007.12.27. 현재의 장부가액으로 하고, 쟁점토지의 등기부등본상 거래가액이 17억원으로 기재되어 있으나 17억원이 객관적이고 합리적인 근거가 없는 점, 매매계약서에 토지 및 건물과 영업시설을 포함한 전체금액이라고만 되어 있을 뿐 구분가액이 나타나지 않으며 건물에 부속된 기계장치 등에 대해 별도로 평가를 하거나 분리양도하지 않은 점, 양수자가 토지와 건물, 기타 설비 등을 일괄취득하였다고 답변한 점 등을 보면 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명하여 기준시가로 안분계산한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 토지의 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 등 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. (2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산 】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다. (3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정 】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. (5) 부가가치세법 시행령 제48조 의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 김○○이 2001.6.29. 각 지분 1/2로 쟁점토지를 2,034,015천원에 취득하였고, 김○○ 단독명의로 2002년에 신축한 쟁점건물의 취득가액이 949,275천원이며, 쟁점토지 및 쟁점건물ㆍ기타 설비 등의 양도가액이 25억원이라는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구인과 김○○은 음식점을 운영하면서 자산을 아래와 같이 쟁점토지, 쟁점건물, 기계장치, 시설장치, 비품으로 구분기장하였다가 사업양수도 방식으로 25억원에 양도하고 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액을 장부가액인2,391,839천원으로 신고하였다. (단위:천원) 쟁점토지 쟁점건물 기계장치 시설장치 비품 합계 장부가액 1,700,000 691,839 10,544 78,000 19,617 2,500,000 청구인의 신고 양도가액 850,000

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• - 850,000 김○○의 신고 양도가액 850,000 691,839

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• 1,541,839

(3) 처분청이 2008년 9월 청구인의 양도소득세 신고에 대해 조사하여 경정한 내용은 다음과 같다. (가) 양도당시 쟁점토지의 기준시가는 2,651백만원, 쟁점건물의 기준시가는 1,020백만원 합계 3,671백만원으로 금융채무 등으로 인해 기준시가보다 저가로 양도하였다. (나) 양수자는 토지와 건물을 일괄로 매입하였고, 쟁점토지의 기준시가가 높아 25억원에 취득하였으며, 현재 음식점으로 장어집을 운영하고 있으나 쟁점건물 양편으로 음식점이 있어 장사가 잘 안되고 금융채무등을 상환하기도 벅차 양수가액인 25억원에 양도하려고 부동산 중개소에 매물로 내놓은 상태이다. (다) 청구인은 당초 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가와 비슷한 37억원에 양도하려 하였으나 매수자가 없어 25억원에 양도하였고, 장부가액으로 배분하였다. (라) 처분청은 청구인이 토지 및 건물, 시설장치 등의 금액을 장부가액을 기준으로 배분하였지만, 건물에 부속된 시설물과 구축물도 모두 건물에 포함되는 것이고 비품 등에 대해서는 별도로 평가를 하거나 분리해서 양도한 것이 아니고 토지와 건물을 일괄 양도하면서 임의적으로 작성한 것이므로 25억원을 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액으로 보아 청구인 소유토지의 양도가액을 안분하여 902,687천원으로 계산하였다. 2,500,000천원 × 2,651,904천원(쟁점토지 양도당시 기준시가)/ (2,651,904천원 + 1,020,328천원 쟁점건물 기준시가)] / 2(청구인 소유지분 1/2) = 902,687천원 (마) 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 1,805백만원, 건물가액을 694백만원 합계 25억원으로 안분하였고, 김○○에 대해서는 건물의 양도차손이 커 양도차익이 없는 것으로 계산하였다.

(4) 처분청은 청구인 소유토지의 양도가액 8억 5,000만원이 합리적인 가격이라고 주장하며 아래와 같은 자료를 제시하고 있다. (가) 청구인과 김○○은 쟁점토지 및 쟁점건물ㆍ기타설비를 포괄하여 양도한 사업양수도 계약서(청구인과 김○○은 2007.12.27. 현재의 장부상 사업상 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액을 대가로 하여 사업일체를 양도함, 양도ㆍ양수금액은 25억원, 2007.12.27. 현재의 자산내역은 토지 1,700,000천원, 건물 691,839천원, 기계장치 10,544천원, 시설장치 78,000천원, 비품 19,617천원 합계 25억원)를 제시하였다. (나) 유형자산 감가상각비 명세서를 제시하였는바, 상각누계액 합계 379,219(건물 16,580천원, 기계장치 15,959천원, 차량운반구 등 107,564천원, 시설장치 195,961천원)이고 미상각잔액은 1,155,937천원인 것으로 나타나며, 감각상각액이 적은 이유에 대해 금융기관의 채무차입에 따른 이자비용이 큰 관계로 비용 계상할 필요가 적었던 것으로 답변하고 있다. (다) 쟁점토지 및 쟁점건물에 대해 채권최고액 31억원의 근저당권을 설정하였고, 쟁점토지를 17억원에 양도하였다는 등기부등본을 제시하였다. (라) 양수자가 쟁점토지가액을 14억원으로 하자고 제안하였으나 청구인이 17억원에 양도하였다는 등기부등본을 제시하였다.

(5) 한편, 우리심판원에서 청구인에게 문의한 바에 의하면 기계장치는 식당 전체에 공급하는 오리고기를 굽는 별도의 장치로, 시설장치는 건물옥상에 설치한 대형 꽃게 모양의 광고판으로 답변하였다.

(6) 청구인 및 처분청이 제시하는 자료로 파악되는 양도가액 등은 아래와 같다. (단위:천원) 쟁점토지 쟁점건물 기계장치 시설장치 비품 합계 장부가액 1,700,000 691,839 10,544 78,000 19,617 2,500,00 청구인 소유토지의 신고 양도가액 850,000 (토지 1/2)

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• - 850,000 김○○의 신고양도가액 850,000 691,839

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• 1,541,839 취득가액 1,084,740 949,275

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• 2.034.015 처분청이 안분한 금액 1,805,375 (청구인 소유토지 902,687) 694,624

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• 2,500,000 (양도가액) 기준 시가 양도시 2,651,904 (1/2은 1,321,901) 1,020,328

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• 3,672,232 취득시 880,515 795,225

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• 1,675,740

(7) 살피건대, 청구인 소유토지의 양도당시 쟁점토지의 기준시가는 2,651,904천원이고 쟁점건물의 기준시가는 1,020,328천원 합계 3,672,232천원이었음에 비해 청구인과 김○○이 양도한 쟁점토지 및 쟁점건물ㆍ기타설비 등의 전체 양도가액은 25억원으로 기준시가 대비 68%에 불과한 점, 기계장치 및 시설장치ㆍ비품의 경우 사업용자산으로 쟁점건물의 부속물로 보기는 어려운데도 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액에 포함시켜 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액으로 배분하여 안분계산한 점, 이에 근거하여 쟁점토지와 쟁점건물만을 합산한 2,391,839천원을 기준시가로 안분계산하여 보면 쟁점토지의 양도가액이 1,727,267천원으로 계산되어 신고한 쟁점토지의 양도가액 17억원과 차이가 크지 않은 점 등을 고려해 볼 때, 쟁점토지의 양도가액 17억원은 상거래상 통상의 거래가액 범위에 해당한다고 하겠으므로 처분청의 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.