공통매입세액을 안분계산함에 있어 예정사용면적 비율로 안분계산한 경우 확정면적에 의해 정산함

○○○세무서장이 2008.12.5. 청구인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 4,392,120원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인(명세별첨)은 ○○○ 지상에 건물 2,532.62㎡(장례식장 2,504.46㎡, 음식점 28.16㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 2007.11.1. 사업(서비스, 음식, 소매업/장례예식, 한식, 매점)을 개시하였으며, 장례예식장업은 부가가치세 면세대상이고, 그 외 업종은 부가가치세 과세대상으로서, 청구인은 2007년 제2기 부가가치세 확정신고 및 2008년 제1기 부가가치세 예정신고시 쟁점건물 신축일 이전의 공급가액이 없어, 쟁점건물에 대한 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산하였다가 공통매입세액을 확정사용면적비율로 하여 2008.7.25. 처분청에 2008년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점건물에 대한 2008년 제1기 확정신고시 공급가액이 발생하였으므로 당해 공통매입세액을 확정사용면적비율이 아닌, 공급가액비율로 정산하여 2008.12.5. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 4,392,120원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 시행령제61조 제1항 규정에 의하면, 공통매입세액은 원칙상 실지 귀속에 따라 계산하지만, 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에는 공급가액을 기준으로 안분계산하며, 부가가치세법 시행령제61조 제4항에 의하면, 공급가액이 없는 경우에는 매입가액, 예정공급가액, 예정사용면적기준의 순서에 의해 공통매입세액을 안분계산하며, 단서규정에 의해 건물의 신축 또는 취득과 관련해서는 예정사용면적기준이 매입가액, 예정공급가액 기준에 우선하여 매입세액을 안분계산하는 것으로 규정하고 있다. 이와 같이 공급가액을 알 수 없어 단서규정에 의해 예정사용면적기준으로 매입세액을 안분계산한 건물에 대해서 그 후 과세기간에 사용면적이 확정되는 경우에는 부가가치세법 시행령제61조의2 제2호 규정에 의해 그 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때, 당초 행한 매입세액 안분계산액을 확정사용면적 기준에 따라 정확하게 정산을 하여야 하며, 청구인의 경우 2007년 제2기 부가가치세 확정신고시 당해 사업장에는 어떠한 공급가액도 발생하지 않았으므로 법령에 따라 당해 공통매입세액 예정사용면적기준에 따라 안분계산하였으며, 이와 같이 예정사용면적기준에 의해 안분계산한 매입세액은 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고시 확정사용면적에 따라 정산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세 면세대상인 건물과 부가가치세 과세대상인 건물을 함께 신축하면서 발생하는 공통매입세액을 면세ㆍ과세 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없어 부가가치세법 시행령제61조 제4항 제3호의 예정사용면적비율로 안분계산한 이후 각각의 과세기간에 계속하여 과세사업 및 면세사업의 공급가액이 발생된 경우 당해 과세기간에 적용할 안분계산방법은 예정사용면적비율로 안분계산한 후 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되는 경우는 공급가액비율로 안분계산하는 것이고 처분청이 2008년 제1기 확정신고시 공급가액이 발생하였으므로 당해 공통매입세액을 확정사용면적비율이 아닌 공급가액비율로 정산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물 취득관련 공통매입세액을 과세사업(한식, 매점)과 면세사업(장례예식)으로 안분계산함에 있어 예정사용면적 비율로 안분계산하였다가 그 이후 과세기간의 공급가액비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】

② 제61조 제4항 제3호 또는 제61조의 2 제2호를 적용받은 재화 또는 제62조의 2에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 제1항에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전과세기간의 사용면적비율이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다. (2007.2.28. 개정) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전과세기간의 과세사용면적 (당해재화의 × ──────────────────── 공급가액) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전과세기간의 총사용면적 ＝과세표준

○ 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31. 단서신설) 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (1995. 12. 30. 단서신설)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 제61조의 2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (1995. 12. 30. 개정)

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 (1995. 12. 30. 개정) 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 [1－ ─────────────────] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점건물 취득관련 공통매입세액을 과세사업(한식, 매점)과 면세사업(장례예식)으로 안분계산함에 있어서 2007년 제2기에는 쟁점건물의 공급가액이 없었으나, 2008년 제1기 확정신고시 공급가액이 발생하였으므로 당해 공통매입세액을 확정사용면적비율이 아닌, 공급가액비율로 정산하여 부가가치세를 경정고지하였으며, 이에 대해 청구인은 부가가치세법 시행령제61조의 2 규정에 의하여 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 확정면적에 의해 안분계산하는 것이 타당하다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(1) 처분청의 환급신고 검토서(2008.12.2.)에 의하면, 2008년 1기 확정신고(고정자산 환급분)에 대해 검토한 바, 당기에 과세 및 면세공급가액이 발생하였으므로 공급가액 비율로 재안분 계산하고 공통매입세액(139,836,755원)에 면세공급가액(35,749,400원)이 총공급가액(98,786,309원)에서 차지하는 비율을 곱하여 산정된 금액 50,604,989원을 면세관련매입세액으로 보고 면세관련매입세액에서 기불공제매입세액을 차감한 금액을 추가불공제매입세액으로 보아 부가가치세를 경정고지하였다.

(2) 공통매입세액 안분계산과 관련하여 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 계산은 실지 귀속에 따라 계산하되, 귀속이 불분명한 공통매입세액은 총공급가액에서 차지하는 비중에 따라 계산한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령제61조 제4항에서 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의하여 계산한다고 규정하면서 단서 규정에서 다만, 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 규정하면서 제1호에서 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 제2호에서 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 제3호에서는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 규정하고 있다.

(3) 한편 부가가치세법 시행령제61조의 2 규정【공통매입세액의 정산】에 의하면, 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다고 규정하면서 단서 규정에서 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다고 규정하고 있고 제2호에서 부가가치세법 시행령제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우는 확정면적에 의하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 관련 규정 등을 종합해 보면, 부가가치세법 시행령제61조 제4항에서 “과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의하여 계산한다.”고 규정하고 있고, 제3호에서 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 우선하여 적용한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령제61조의 2에서 매입세액을 안분계산한 경우는 확정면적에 의하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있으므로 부가가치세법 시행령제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 계산한 이 건의 경우에는 확정면적에 의해 안분계산하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건물의 취득관련 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 2008년 제1기 확정신고시 공급가액이 발생하였다 하여 당해 공급가액 비율로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.