학교법인이 설치 ・ 운영하는 사립고등학교의 근로소득지급명세서 제출의무

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에 위치한 ○○고등학교를 설치 ․ 경영하는 법인이며, ○○고등학교는 교직원에 대한 2008년 귀속 갑종근로소득세를 원천징수하여 납부하였으나 연말정산 후 근로소득지급명세서(93건, 3,516,745,698원)를 법정제출기한인 2009.3.12.까지 제출하지 아니하고 2009.5.7. 제출하면서 가산세를 납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 2006.6.1. ○○고등학교에 근로소득지급명세서 기한후 제출에 따른 가산세를 자진납부하라는 공문을 발송하였으나 납부하지 아니하여 법인세법제7조 제7항에 의거 2009.8.19. 청구법인에게 지급명세서제출불성실가산세 70,334,910원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.9. 이의신청을 거쳐 2009.12.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 사립학교법에 따라 ○○고등학교를 유지관리 ․ 경영하기 위하여 설립되어 급여를 받는 임직원 없이 무보수의 이사들이 운영하는 비영리 학교법인으로 처분청에 고유번호(-82-04)로 등록된 법인이고, ○○고등학교는 초 ․ 중 ․ 고등교육법에 의하여 설립되어 처분청에 다른 고유번호(-82-02)로 등록된 학교법인으로서 학교교직원에 대한 원천징수 의무 및 지급조서 제출의무가 학교장에게 있는 바, 청구법인과 ○○고등학교는 적용법령과 회계가 다른데도 동일한 법인으로 보아 ○○고등학교의 납세의무를 청구법인에게 부담시키는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 사립고등학교는 사립학교법에 근거하여 설립된 학교법인이 초 ․ 중등교육법에 따라 설립할 수 있어 사립학교 설립근거 법률은 사립학교법과 초 ․ 중등교육법이 동시에 적용되는 바, 청구법인의 등기사항전부증명서에도 청구법인의 설립목적은 ○○고등학교를 설치 ․ 경영한다고 되어 있고 자산총액은 225억 2,490만원으로 되어 있어 청구법인이 사립학교의 운영주체이고 학교는 운영객체이며, 학교법인은 법인 본점이고 그 법인에 속한 학교는 지점으로 신고되어 있어 법인세법상 법인세는 법인의 본점에서 신고 ․ 납부하도록 되어 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 학교법인인 청구법인이 설치 ․ 운영하는 ○○고등학교의 근로소득지급명세서 지연 제출에 따른 가산세를 청구법인에게 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제1조 【정 의】

2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인
• 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법 인으로서 그 주주 ․ 사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)
• 다. 「국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)

○ 법인세법 제9조 【납세지】

④ 제73조 ․ 제98조 ․ 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수한 법인세의 납세지는 대통령령으로 정하는 당해 원천징수의무자의 소재지로 한다. 다만, 제98조 및 제98조의3에 따른 원천징수의무자가 국내에 그 소재지를 가지지 아니하는 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조 ․ 제120조의2 또는 소득세법제164조 ․ 제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조의2 제1항에 따른 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제120조 【지급명세서의 제출의무】

① 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다.

② 소득세법제164조의 규정은 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여 이를 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제7조 【원천징수의무자의 납세지】

① 법 제9조 제4항 본문에서 “대통령령으로 정하는 당해 원천징수의무자의 소재지”란 다음 각 호의 장소를 말한다.

1. 원천징수의무자가 개인인 경우에는 소득세법 제7조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 소재지

2. 원천징수의무자가 법인인 경우에는 당해 법인의 본점 ․ 주사무소 또는 국내에 본점이나 주사무소가 소재하지 아니한 경우의 사업의 실질적 관리장소(이하 “본점 등”이라 한다)의 소재지(법인으로 보는 단체에 있어서는 제6조 제1항의 규정에 의한 소재지로, 외국법인의 경우에는 당해 법인의 주된 국내사업장의 소재지로 한다). 다만, 법인의 지점 ․ 영업소 기타 사업장이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 사업장의 소재지(그 사업장의 소재지가 국외에 있는 경우를 제외한다)로 한다.

3. 제2호 단서에도 불구하고 법인이 지점 ․ 영업소 기타 사업장에서 지급하는 소득에 대한 원천징수세액을 본점 등에서 전자계산조직 등에 의하여 일괄 계산하는 경우로서 국세청장의 승인을 받은 경우와 부가가치세법 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 관할 세무서장에게 등록한 경우에는 해당 법인의 본점 등을 해당 소득에 대한 법인세 원천징수세액의 납세지로 할 수 있다. 이 경우 해당 법인의 본점 등에서의 일괄납부승인의 요건 및 절차에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제162조 【지급명세서의 제출】

① 법 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 소득세법 제164조 와 동법 시행령 제213조 및 동법 시행령 제214조의 규정을 준용하여 지급명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 소득에 대하여는 지급명세서를 제출하지 아니할 수 있다.

○ 소득세법 제7조 【원천징수 등의 경우의 납세지】

① 원천징수하는 소득세의 납세지는 다음 각 호의 규정에 의한다.

3. 소득세를 원천징수하는 자가 법인인 경우에는 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지

4. 소득세를 원천징수하는 자가 법인인 경우로서 그 법인의 지점 ․ 영업소 기타 사업장이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 제3호의 규정에 불구하고 그 사업장의 소재지(그 사업장의 소재지가 국외에 있는 경우를 제외한다). 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지를 소득세 원천징수세액의 납세지로 할 수 있다.

○ 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위안에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 의한 원천징수를 하여야 할 자를 “원천징수의무자”라 한다.

○ 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 따라 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조의 규정에 따른 납세조합, 제7조 또는 법인세법 제9조 에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 부가가치세법 제4조 에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급명세서를 그 지급일(제73조 제1항 제5호의 소득으로서 대통령령이 정하는 소득과 제135조 제2항 ․ 제3항, 제147조 제2항부터 제4항까지의 규정을 적용받는 소득에 대하여는 당해 소득금액 또는 수입금액에 대한 과세연도 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 연도의 다음 연도 2월말일(제4호에 따른 근로소득의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장 ․ 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령이 정하는 일용근로자의 근로소득은 그 지급일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음달 말일(4분기에 지급한 근로소득은 다음 연도 2월 말일)까지 제출하여야 한다.

○ 사립학교법 제3조 【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】

① 학교법인이 아닌 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사립학교를 설치 ․ 경영할 수 없다.(단서 생략)

○ 사립학교법 제10조 【설립허가】

① 학교법인을 설립하고자 하는 자는 일정한 재산을 출연하고, 다음 각호의 사항을 기재한 정관을 작성하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육과학기술부장관의 허가를 받아야 한다. 이 경우 기술대학을 설치 ․ 경영하는 학교법인을 설립하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 미리 산업체가 일정한 재산을 출연하여야 한다.

3. 설치 ․ 경영하고자 하는 사립학교의 종류와 명칭

6. 임원의 정원 및 그 임면에 관한 사항

8. 수익사업을 경영하고자 할 때에는 그 사업의 종류 기타 사업에 관한 사항

12. 기타 이 법에 의하여 정관에 기재하여야 할 사항

○ 사립학교법 제16조 【이사회의 기능】

① 이사회는 다음 각호의 사항을 심의 ․ 의결한다.

1. 학교법인의 예산 ․ 결산 ․ 차입금 및 재산의 취득 ․ 처분과 관리에 관한 사항

3. 학교법인의 합병 또는 해산에 관한 사항

5. 학교법인이 설치한 사립학교의 장 및 교원의 임면에 관한 사항

6. 학교법인이 설치한 사립학교의 경영에 관한 중요사항

8. 기타 법령이나 정관에 의하여 그 권한에 속하는 사항

○ 사립학교법 제29조 【회계의 구분】

① 학교법인의 회계는 그가 설치 ․ 경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

○ 사립학교법 제53조 【학교의 장의 임면】

① 각급학교의 장은 당해 학교를 설치 ․ 경영하는 학교법인 또는 사립학교경영자가 임면한다.

○ 사립학교법 제53조의2 【학교의 장이 아닌 교원의 임면】

① 각급학교의 교원은 당해 학교법인 또는 사립학교경영자가 임면하되, 다음 각호의 1에 의하여야 한다.

1. 학교법인 및 법인인 사립학교경영자가 설치 ․ 경영하는 사립학교의 교원의 임면은 당해 학교의 장의 제청으로 이사회의 의결을 거쳐야 한다.

○ 초 ․ 중등 교육법 제3조 【국 ․ 공 ․ 사립학교의 구분】 제2조 각호의 학교(이하 “학교”라 한다)는 국가가 설립 ․ 경영하는 국립학교, 지방자치단체가 설립 ․ 경영하는 공립학교(설립주체에 따라 시립학교 ․ 도립학교로 구분할 수 있다), 법인 또는 사인이 설립 ․ 경영하는 사립학교로 구분한다.

○ 초 ․ 중등 교육법 제4조 【학교의 설립 등】

① 학교를 설립하고자 하는 자는 시설 ․ 설비등 대통령령이 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.

② 사립학교를 설립하고자 하는 자는 특별시 ․ 광역시 또는 도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)의 인가를 받아야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2005.11.23. ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 설립되었고, 대한민국의 교육이념에 입각하여 중등교육 및 외국어에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 하고 위 목적을 달성하기 위하여 ○○고등학교를 설치 ․ 경영한다고 되어 있으며 자산 총액은 22,524,904,000원으로 되어 있다.

(2) 국세청에서 발급한 고유번호증에 의하면 청구법인은 고유번호 -82-385, ○○고등학교는 고유번호 -82-524이고, 국세청 사업자현황을 보면 청구법인은 본점, ○○고등학교는 지점으로 되어 있고 1994.2.26. ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 개교한 것으로 나타난다.

(3) 원천징수이행상황신고서에 의하면, ○○고등학교는 2009.5.7. 학교장을 원천징수의무자로 하여 원천징수금액과 연말정산 금액을 신고하였으나 가산세는 납부하지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은

○○고등학교와는 서로 다른 고유번호증을 가지고 있고 적용법령과 회계가 다른데도 동일한 법인으로 보아 ○○고등학교의 납세의무를 청구법인에게 부담시키는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법제127조 제1항은 국내에서 거주자나 비거주자에게 갑종에 속하는 근로소득금액을 지급하는 자는 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제164조 제1항은 소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득을 국내에서 지급하는 자(법인 포함)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급명세서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(근로소득은 다음 연도 3월 10일)까지 원천징수 관할세무서장 ․ 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제76조 제7항 은 납세지 관할세무서장은 소득세법 제164조 에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 기한내에 이를 제출하지 아니하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령제7조 제1항은 원천징수의무자의 소재지를 원천징수의무자가 법인인 경우에는 당해 법인의 본점 ․ 주사무소의 소재지로 하되 법인의 지점 ․ 영업소 기타 사업장이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 사업장의 소재지로 한다고 규정하고 있다. (나) 사립학교법제10조 제1항은 학교법인을 설립하고자 하는 자는 일정한 재산을 출연하고, 설치 ․ 경영하고자 하는 사립학교의 종류와 명칭 등을 기재한 정관을 작성하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육과학기술부장관의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제3조 제1항은 학교법인이 아닌 자는 초 ․ 중 ․ 고등학교 및 대학교에 해당하는 사립학교를 설치 ․ 경영할 수 없다고 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제1항은 학교법인의 회계는 그가 설치 ․ 경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제53조의2 제1항은 각급학교의 교원은 당해 학교법인이 임면하되, 학교법인이 설치 ․ 경영하는 사립학교의 교원의 임면은 당해 학교의 장의 제청으로 이사회의 의결을 거쳐야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제70조의2 제2항은 각급학교의 소속사무직원은 학교의장의 제청으로 학교법인이 임면한다고 규정하고 있으며, 청구법인이 제출한 2008년 결산총괄표를 보면 세입세출을 나타내는 청구법인의 결산총괄표와 ○○고등학교의 결산총괄표로 구분되어 작성되어 있는 것으로 나타난다. (다) 초 ․ 중등교육법제3조는 학교는 국가가 설립 ․ 경영하는 국립학교, 지방자치단체가 설립 ․ 경영하는 공립학교, 법인 또는 사인이 설립 ․ 경영하는 사립학교로 구분하고 있고, 같은 법 제4조 제2항은 사립학교를 설립하고자 하는 자는 특별시 ․ 광역시 또는 도 교육감의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 법인세법제76조 제7항에 의하여 내국법인이 지급명세서를 기한내에 제출하지 아니한 경우에는 가산세를 법인세로서 징수하도록 규정하고 있는 바,

○○고등학교는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인인 청구법인이 초 ․ 중등교육법에 따라 설치 ․ 경영하는 학교인 점, 청구법인이 ○○고등학교의 자산과 교직원의 임면권을 가지고 있는 점, 국세청에 청구법인은 본점, ○○고등학교는 지점으로 등록되어 있는 점 등으로 보아 ○○고등학교가 초 ․ 중등교육법에 의하여 설립되고 법인회계와 학교회계를 구분하여 운영되며 근로소득세를 원천징수하여 납부한 사실이 있다 하더라도 ○○고등학교는 청구법인이 설치 ․ 경영하는 학교로서 독립적인 법인으로 보기 어렵다. 따라서, 처분청이 ○○고등학교가 납부하지 아니한 지급명세서제출불성실가산세를 청구법인에게 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.