의약품 도소매업 관련 사실과 다른 세금계산서

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006.9.1.부터 ○○○에서 주식회사 ○○○이라는 상호로 의약품 도·소매업을 영위하는 법인으로, 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○○○(이하 “○○○”라 한다)로부터 공급가액 11억 8,213만원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”이라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. ○○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)이 ○○○에 대한 세무조사 결과 ○○○를 분식회계를 한 자료상으로 확정·고발하고 관련 자료를 처분청에 통보하자, 처분청은 청구법인을 조사하여 청구법인이 ○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 법인세는 증빙불비가산세를 적용하여 2009.9.18. 청구법인에게 부가가치세 2006년 제2기 173,328,470원을, 2006사업연도 법인세 23,640,000원을 각각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서는 의약품을 현금으로 구입하고 그에 따라 수취한 세금계산서이며, 거래당시 ○○○의 영업부장 ○○○과 의약품 운반용역을 제공한 ○○○이 ○○○경찰서장의 참고인 진술조서에서 청구법인이 ○○○로부터 의약품을 실거래 하였다고 진술하였고, ○○○지방검찰청장으로부터 ‘혐의없음’으로 통보받았으며, ○○○도 청구법인과 채권채무 잔액이 없다고 확인한 것으로서 처분청이 명확한 거래처가 어디인지 밝히지 못하므로 청구법인에 대한 과세처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

○○○는 분식회계를 하고 부가가치세 경정청구에 의해 청구법인에게 의약품을 매출한 사실이 없음이 확인되었고, ○○○ 대표이사 ○○○은 2,000만원 이상의 현금거래는 없었고, 경리부 직원인 ○○○도 전산프로그램 상 ○○○의 매출처코드가 존재하지 않았을 뿐만 아니라 전산변환 등의 과정 없이 부가가치세 신고 직전 지시에 의해 세금계산서를 발행하여 거래명세표나 물품배송에 관한 인수증이 없고, 거래당시 ○○○을 본 사실이 없다고 진술하였고, 2007.3.21. 현재 외상매출 잔액이 없음은 가공거래로 원천적으로 채권채무관계가 존재하지 않은 것인 바, 의약품의 원시적 출처는 불분명하지만 ○○○과 청구법인이 거래당사자로서 의약품수급 및 대금수수사실을 확인하므로 실 거래처는 ○○○이다.

• 가. 쟁점 청구법인에게 의약품을 공급한 업체가 ○○○인지 ○○○인지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (2006.12.30. 개정)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래 표와 같다. (단위: 천원) 거래일자 구분 거래처번호 상호 공급가액 세액 2006.10.31 매입 211-86-○○○○○

○○○ 257,726 25,972 " " " " 412,781 41,279 " " " " 509,626 60,962 합계 1,182,133 118,213

(2) 처분청의 청구법인에 대한 자료상조사 종결 보고서(2009.5.)에는 다음과 같이 기술되어 있다. (가) 청구법인은 의약품 도매업을 영위하는 법인으로 의약품 매입은 대표 ○○○이 직접 관리하고, 300여개의 약국에 의약품을 공급하고, 10여명의 영업사원이 주문 접수, 배달 및 현금 수금을 1~2일내에 하고, 대금은 법인계좌 및 현금출납노트에 약국명이 아닌 영업사원 명으로 입금하며, 의약품 입·출고관리는 의약품전산프로그램에 의하나 컴퓨터 분실 등으로 2007년 9월 이전의 전산관리 자료는 없다. (나) 청구법인계좌 및 현금출납부상 ○○○에 대한 지출내역이 전혀 없고, 대표이사 ○○○은 ○○○에 직접 의약품을 주문한 사실이 없고, ○○○에게 주문하고 ○○○이 1~2% 저렴한 가격으로 현금결제를 요구하여 현금으로 대금을 지급하였으며, 거래한 의약품은 조제용 전문의약품이라고 주장하였다. (다) ○○○ 경리부 ○○○의 진술에 의하면, 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행한 후 가공으로 신고한 근거는, 2006.12.31. 현재 발행분 전액이 미수채권 잔액이며, 전산에 청구법인에 대한 매출처코드가 없고, 영업부 및 창고불출 내용이 없다는 것이며, 2007.3.21.일자 청구법인에게 채권잔액없음의 확인서는 전대표자 ○○○의 지시에 의하여 작성해 준 것이라고 하고, 경리부 직원인 ○○○의 진술에 의하면, 당시 세금계산서 발행은 영업부 및 창고에서 일일거래명세표가 월 전산 변환하여 경리부서로 올라오면 그에 따라 세금계산서를 발행하는데 청구법인 등 가공거래로 수정 신고한 거래처는 영업부나 창고로부터 올라온 자료가 없이 부가가치세신고 전에 지시에 의하여 경리부서에서만 세금계산서를 발행한 것으로 청구법인과의 거래명세표가 없을 것이며, 물품배송에 대한 인수증도 없고 ○○○을 본 적이 없다고 하였다.

(3) 조사관서의 ○○○에 대한 자료상혐의자조사 종결보고서(2008.5.)에는 다음과 같이 기술되어 있다. (가) 1999.10.29. 개업한 ○○○는 ○○○에서 도매업체로부터 의약품을 매입하여 도·소매로 판매하는 업체로 전 대표자 ○○○이 원활한 은행대출을 위해 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 가공매입·매출을 통한 분식회계가 확인되었으며, 수정·경정신고서상 ○○○에 대한 2006년 제2기 11억 8,213만원 등 19개 업체에 대한 가공세금계산서 발행분 115억 7,600만원, 주식회사 ○○○ 외 25개 업체로부터의 수취분 55억 400만원의 가공세금계산서 수취가 확인되어 자료상으로 확정하여 ○○○경찰서에 직고발하고 관련 자료를 거래처 관할세무서로 자료 파생하였다. (나) 청구법인과의 실거래 주장 거래처의 소명내용을 검토한 바, 세금계산서 및 거래명세표만 제출하였고, 거래금액이 고액임에도 불구하고 금융거래증빙이 없으며, 전대표자 ○○○이 거래금액 2,000만원 이상의 현금거래는 거의 없다고 진술한 바, 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.

(4) 처분청은, 청구법인이 ○○○로부터 쟁점매입금계산서만 받고, 의약품 실물구입처는 ○○○으로 보아 2009.5.20. ○○○의 관할 ○○○세무서에 과세자료를 통보한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 ○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서는 실제 의약품구입을 하고 그에 따라 수취한 세금계산서이며, 대금결제 또한 ○○○에 각 약국의 외상매출의 현금회수분을 모아 현금으로 지급한 정상적인 거래이고, 거래당시 ○○○의 영업부장 ○○○과 의약품 운반용역을 월10회 정도 제공한 ○○○이 ○○○경찰서장의 참고인 진술조서에서 청구법인이 ○○○로부터 의약품을 실거래하였다고 진술하였고, ○○○지방검찰청장으로부터 ‘혐의없음’으로 통보받았고, ○○○도 청구법인과 채권채무 잔액이 없다고 확인한 것이며, 처분청이 명확한 거래처가 어디인지를 밝히지 못하고 위장거래로 본 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다며, ○○○ 2007년 공인회계사 감사보고서 및 재무제표의 주석, ○○○의 경찰서 참고인 진술서, ○○○의 미수잔액확인서, 검찰의 가공자료 혐의 없음 통지서, 입금표 및 매출전표 현황자료 등을 제시하였다.

(6) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인의 거래처인 ○○○는 2006사업연도 상품매출액 중 91억 7,512만원, 2005사업연도 상품매출 중 13억 936만원의 거액의 분식회계를 한 후 수정신고 한 것으로 조사관서의 조사시 ○○○의 대표자 ○○○은 2,000만원 이상의 현금거래는 없었다고 진술한 점, 경리부직원인 ○○○는 청구법인에 대한 매출처 코드가 없었고 이 건 거래와 관련된 거래명세표나 물품배송에 관한 인수증이 없었다고 진술한 점, 청구법인계좌 및 현금출납부상 ○○○에 대한 지출내역이 없고 대표자 ○○○은 ○○○에 직접 의약품을 주문한 사실이 없었던 점 등에 비추어 청구법인이 ○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 법인세는 증빙불비가산세를 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.