건물 설계변경이 있는 경우 공통 매입세액 안분계산

1.

○○세무서장이 2009.10.1. 청구인에게 한 2008년 2기 부가가치세 17,711,950원의 부과처분 및 2009년 제1기 부가가치세 13,755,620원의 경정청구에 대한 거부처분은 ○○○○건설 주식회사로부터 교부받은 2008.11.28.자 및 2009.1.22.자 수정세금계산서를 적법한 세금계산서로 보아 당해 수정세금계산서에 의하여 공통매입세액을 안분 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 ‘아

○○’라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자로서 2008.7.24. ○○시 ○○구 ○○동 466-19 대지 446.8㎡에 근린생활시설을 신축하기 위해 ○○○○건설 주식회사(이하 “○○○○건설”이라 한다)와 중간지급조건부 도급계약을 체결하고 공사를 진행하다가, 2008.11.6. 일부 주거시설을 포함하는 설계변경 허가를 받아 복합건물(근린생활시설 800.67㎡, 다가구주택 289.55㎡, 공용면적 233.76㎡, 총면적 1,323.98㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 준공하고 사용승인을 받은 후, 설계변경일 이후

○○○○건설로부터 교부받은 세금계산서(2008.11.28.자 및 2009.1.22.자 교부 분)가 당해 업체 직원의 착오로 과세분과 면세분으로 구분하지 아니하고 과세분에만 포함한 사실을 확인하고, 그에 따른 수정세금계산서를 당초 세금계산서 발부일로 소급하여 교부받아 2009.8.11. 2008년 제2기 확정기간 분, 2009년 제1기 예정기간 분 및 2009년 제1기 확정기간분에 대하여 수정신고 및 경정청구를 하였다.

• 나. 처분청은 2008년 제2기 확정기간 분은 쟁점건물의 설계변경일이 속하는 과세기간부터 공통매입세액을 안분계산 하여야 하고, 2009년 제1기 확정기간 분은 수정세금계산서를 적법하게 교부받은 것으로 볼 수 없는 이유로 2009.10.1. 청구인에게 2008년 제2기 부가가치세 17,711,950원은 경정고지하고, 2009년 제1기 부가가치세 13,755,620원을 환급하여 달라는 경정청구는 거부처분 하였다. 인세 419,713,420원을 경정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인이

○○○○건설로부터 교부받은 수정세금계산서는 ○○○○건설의 계산착오에 의하여 과세분의 공급가액과 세액이 과다하게 기재된 것을 부가가치세법 시행령제59조 제3호 및 제5호의 규정에 따라 발행된 적법한 세금계산서인데도, 이를 처분청이 잘못 판단하여 적법한 세금계산서가 아니라고 하여 수정세금계산서 전체를 부인하는 것은 부당하다. 따라서 수정세금계산서가 적법한 세금계산서이므로 당해 수정세금계산서에 의하여 공통매입세액을 안분계산 하는 것이 타당하다.

(2) 청구인은 당초 근린생활시설을 신축하면서

○○○○산업으로부터 중간지급조건부 용역에 의하여 정당하게 세금계산서를 교부받아 오다가, 2008.11.6. 일부 주거건물을 포함하는 쟁점건물을 신축하기로 설계내용을 변경하고 2009.6.16. 공사를 완료한 것이므로 당해 공사용역이 변경된 2008.11.6. 이전에 교부받은 2008.10.15.자 세금계산서는 공통매입세액으로 안분계산 할 수 없는 세금계산서인데도 설계변경일(2008.11.6)이 속하는 과세기간분이라 하여 동 변경비율을 근거로 공통매입세액을 안분 계산하여 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 교부할 수 있으나, 당초의 공급가액이 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는데도 청구인은 조사 착수일 이후에 그 사실을 인지하고 수정세금계산서의 작성일을 당초 세금계산서발행일로 소급적용하여 수정세금계산서를 교부받은 것이므로 부가가치세법 시행령제59조에 부합하지 아니한다.

(2) 부가가치세 공통매입세액의 안분계산은 부가가치세법 시행령제61조 제4항 본문 단서규정에 따라 예정사용면적의 비율에 의하는 것인 바, 이 건 쟁점건물은 준공 전에 설계변경으로 인하여 당초 예정사용 면적비율이 변경된 경우에 해당하므로 당해 변경일이 속하는 과세기간 분부터 동 변경비율을 근거로 하여 관련 공통매입세액을 안분계산 하는 것이 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 설계변경으로 인하여 당초 세금계산서 발부일로 소급하여 작성된 수정세금계산서를 교부받아 수정신고 한 경우, 당해 수정세금계산서가 적법한 세금계산서인지 여부

(2) 설계변경으로 인한 공통매입세액 안분계산 시 설계변경일이 속하는 과세기간부터 할 것인지, 설계변경일 이후부터 할 것인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정된 것) 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. <개정 2010.1.1 부칙>

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 제45조의 2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

(2) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제9조【거래 시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(정정) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

(3) 부가가치세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정된 것) 제22조 【용역의 공급시기】법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(부)의 표시를 하여 발급한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. <개정 1992.12.31 부칙, 1995.12.30 부칙>

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조 의2 【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조제4항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

2. 제61조제4항제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물의 공사도급계약서를 보면, 청구인과

○○○○건설은 2008.7.24. 최초 쟁점건물(근린생활시설)의 공사도급계약을 체결하였는바, 그 주요내용을 보면, 아래와 같다.

○ 공사기간: 2008.7.28 ～2009.2.28.

○ 도급금액: 15억 4,000만원(공사금액 14억원, 부가가치세 1억 4,000만원)

• 계약보증금(선급금): 계약금액의 20%

• 1차 기성금(지하층 콘크리트 타설 후): 계약금액의 20%

• 2차 기성금(골조공사 콘크리트 타설 후): 계약금액의 20%

• 3차 기성금(외장공사 완료 후): 계약금액의 15%

• 잔금(공사완료 후): 계약금액의 25%

○ 특약사항

• 당해 신축공사와 관련하여 도급금액 중 부가가치세는 사용승인(준공검사) 면적에 따라 안분계산 하여 최종 정산하기로 함.

(2) 쟁점건물의 건축허가서 및

○○시 ○○구청장이 발근한 쟁점건물의 설계변경 이력조회요청에 대한 회신문을 보면, 청구인은 2008.5.14. 최초 쟁점건물을 근린생활시설로만 허가받아 공사를 진행하다가 2008.11.6. 설계변경을 통하여 아래〈표〉와 같이 일부 주택부분을 신축하기로 한 사실이 나타난다. (단위:㎡) 구분 일자 근린생활시설 (과세분) 다가구주택 (면세분) 공용면적 계 건축허가 2008.5.14. 1,279.63

• - 1,279.63 설계변경 2008.11.6 790.57 293.25 233.76 1,317.58 준공 2009.6.16 800.67 289.55 233.76 1,323.98

(3) 청구인이

○○○○건설로부터 교부받은 당초 세금계산서 및 계산서를 보면, 그 교부내역은 아래 〈표〉와 같다. (단위:원) 발행일 세금계산서 계산서 계 공급가액 부가가치세 소계 ‘08.07.25 280,000,000 28,000,000 308,000,000 308,000,000 ‘08.10.15 280,000,000 28,000,000 308,000,000 308,000,000 ‘08.11.28 280,000,000 28,000,000 308,000,000 308,000,000 소계 840,000,000 84,000,000 924,000,000 924,000,000 ‘09.01.22 210,000,000 21,000,000 231,000,000 231,000,000 ‘09.06.16 38,670,264 3,867,026 42,537,290 311,329,736 353,867,026 소계 248,670,264 24,867,026 273,537,290 311,329,736 584,867,026 계 1,088,670,264 108,867,026 1,197,537,290 311,329,736 1,508,867,026

(4) 청구인의 부가가치세 신고서를 보면, 청구인은

○○○○건설로부터 쟁점건물의 설계변경일인 2008.11.6. 이후 용역의 공급시기가 도래하는 2차 중도금(2008.11.28.), 3차 중도금(2009.1.22)은 변경된 근린생활시설분과 주택 분 면적으로 구분하여 세금계산서 및 계산서를 아래 〈표〉와 같이 수정하여 교부받고, 잔금(2009.6.16.: 준공일)시에 전체도급액을 확정된 근린생활시설면적과 주택면적으로 안분 계산한 금액에서 기 교부한 금액(계약금부터 3차 중도금)을 차감하고 남은 잔액으로 세금계산서 및 계산서를 교부받아 부가가치세를 신고한 사실이 나타난다. (단위:원) 발행일 세금계산서 계산서 계 공급가액 부가가치세 소계 ‘08.07.25 280,000,000 28,000,000 308,000,000 308,000,000 ‘08.10.15 280,000,000 28,000,000 308,000,000 308,000,000 ‘08.11.28 204,239,894 20,423,989 224,663,883 75,760,106 300,423,989 소계 764,239,894 76,423,989 840,663,883 75,760,106 916,423,989 ‘09.01.22 153,179,921 15,317,992 168,497,913 56,820,079 225,317,992 ‘09.06.16 110,760,369 11,076,037 121,836,406 239,239,631 361,076,037 소계 263,940,290 26,394,029 290,334,319 296,059,710 586,394,029 계 1,028,180,184 102,818,018 1,130,998,202 371,819,816 1,502,818,018

(5) 처분청의 경정고지서 및 경정청구거부통지서를 보면, 처분청은 당초 세금계산서와 수정세금계산서와의 금액의 증감에 변동이 있고, 청구인이 환급조사 착수일 이후에 그 사실을 인지하고 수정세금계산서를 소급하여 교부받은 것이므로 수정세금계산서를 부인하고 당초 세금계산서에 근거하여 공통매입세액을 안분계산 하는 한편, 쟁점건물의 설계변경일(2008.11.6.) 이전에 교부받은 2008.10.15. 자 세금계산서도 당해 설계변경일이 속하는 과세기간 분부터 동 변경비율을 근거로 하여 관련 공통매입세액을 안분계산 하여 과세한 사실이 나타난다.

(6) 쟁점 (1)에 대하여 본다. 처분청은 청구인이 환급조사 착수일 이후에 그 사실을 인지하고 수정세금계산서의 작성일을 당초 세금계산서 발행일로 소급적용하여 수정세금계산서를 교부받은 것이므로 적법한 세금계산서가 아니고, 당초 세금계산서에 근거하여 공통매입세액을 안분 계산하는 것이 정당하다는 의견이고, 청구인은

○○○○건설로부터 교부받은 수정세금계산서는 ○○○○건설의 계산착오에 의하여 과세분의 공급가액과 세액이 과다하게 기재된 것을 부가가치세법 시행령 제59조 제3호 및 제5호의 규정에 따라 발행된 적법한 세금계산서인데도 처분청이 이를 부인하는 것은 부당하다고 주장한다. 살피건대, 중간지급조건부로 공급하는 과세건물을 신축하기로 계약을 체결한 후, 공사를 진행하다가 주택부분을 포함하는 설계변경(과세분→ 과세분 +면세분)으로 인하여 당초 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액에 관하여 착오사유가 발생한 경우 부가가치세법제16조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제59조 제5호의 규정에 따라 당초 세금계산서의 작성일자를 기재하여 수정세금계산서를 교부받아 부가가차세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 수정신고를 할 수 있다고 하겠고, 위 관련법령을 보면, 수정세금계산서의 교부는 공급가액이 변동이 발생한 경우 또는 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에 한다고만 규정되어 있는 것으로 보아 청구주장은 이유가 있어 보인다. 따라서 청구인이 ○○○○건설로부터 교부받은 2008.11.28. 자 및 2009.1.22.자 수정세금계산서를 적법한 세금계산서로 보아 당해 수정세금계산서에 의하여 공통매입세액을 안분계산 하는 것이 타당하다고 판단된다.

(7) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구인은 2008.11.6. 일부 주거건물을 포함하는 쟁점건물을 신축하기로 설계내용을 변경하고 공사를 완료한 것이므로 당해 공사용역이 변경된 2008.11.6. 이전에 교부받은 2008.10.15.자 세금계산서인데도 당해 세금계산서가 설계 변경일(2008.11.6)이 속하는 과세기간분이라 하여 동 변경비율을 근거로 공통매입세액을 안분계산 하는 것은 부당하다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제61조 제4항 본문 단서규정에 의하면 건물을 신축하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우 부가가치세 매입세액의 안분계산은 총 예정사용면적에 대한 면세사업자에 관련된 예정사용면적의 비율로 한다고 규정하고 있는 바, 건물의 준공 전에 설계변경으로 인하여 당초 예정사용면적 비율이 변경된 경우 그 설계 변경일이 속하는 과세기간 분부터 동 변경비율을 근거로 하여 관련 공통매입세액을 안분계산 하는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서 이 건의 경우 청구인이 ○○○○건설로부터 교부받은 2008.10.15. 자 세금계산서는 쟁점건물의 설계변경일(2008.11.6)이 속하는 과세기간분에 해당하므로 관련 공통매입세액을 안분계산 하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.