외주가공비를 연구 및 인력개발비로 볼 수 있는지 여부는 실제 공동개발 및 설계여부 재조사하여 결정함.

1. ○○○세무서장이 2009.1.7. 청구법인에게 한 2003~2006사업연도 법인세 3,195,798,740원(이의신청 결과 2003사업연도: 207,637,330원, 2004사업연도: 189,460,270원, 2005사업연도: 270,736,170원, 2006사업연도 257,815,060원은 직권감액 되었음)의 부과처분은,

• 가. 청구법인이 2003~2006사업연도 중 직원 이○○○에게 지급한 인건비를조세특례제한법제10조 소정의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 하고,
• 나. 청구법인이 외주가공비로 지출한 6,577,402,379원을 연구 및 인력개발비로 볼 수 있는지 여부와 관련하여 ① ○○○제1조와 같이 청구법인과 발주회사가 제품을 실제 공동으로 개발하였다고 볼 수 있는지 여부, ② 청구법인이 ○○○ 등을 설계하고, ○○○의 소유권을 보유하는 것을 자체기술 개발로 볼 수 있는지 여부, ③ 공동개발 및 자체기술 개발에 해당한다고 보는 경우 청구법인이 외주가공비로 신고한 금액이 계약서·○○○ 등에 의하여 확인되는 자체기술 개발을 위한 과정에서 지출되었다고 볼 수 있는지 여부 등에 대한 추가조사를 실시하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가.청구법인은 비메모리 반도체를 설계 및 생산하는 내국법인으로, 2003~2006사업연도 중 ○○○주식회사 등 발주처(이하 “발주처”라 한다)로부터 반도체칩 등의 생산을 주문받아, 인건비로 3,553,584,976원, 외주가공비로 7,636,828,643원을 지출한 후 법인세 신고시 15%인 1,678,562,313원을 연구 및 인력개발비로 세액공제하였다. 나.송파세무서장은 2008.11.10.~11.17. 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 실시하여, 청구법인이 조세특례제한법 시행령[별표 6] 1호 가목 소정의 자체기술개발을 위하여 위 인건비 및 외주가공비를 지출하지 아니하였고, 2006사업연도 중 특수관계자인 주식회사 ○○○에 대한 9,175,030,353원 상당의 매출채권(이하 “쟁점채권”이라 한다) 계상액이 업무무관가지급금에 해당한다는 내용의 통보를 처분청에게 하였다.

• 다. 이에 따라 처분청은 위 인건비 및 외주가공비 전액에 대한 세액공제를 부인하고(이의신청 결정에 따른 재조사에서 일부 인정되었고, 이하 연구 및 인력개발비로 인정되지 아니한 외주가공비를 “쟁점외주가공비”, 인건비를 “쟁점인건비”라 한다), 쟁점채권에 대한 인정이자 248,673,050원을 익금산입, 관련 지급이자 248,673,050원을 손금불산입하여, 2009.1.7. 청구법인에게 2003~2006사업연도 법인세 3,195,798,740원 (이의신청 결과 667,833,770원은 직권감액 되었음)을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.3. 이의신청을 거쳐 2009.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점외주가공비의 연구 및 인력 개발비 인정 여부 청구법인은 비메모리 반도체 설계 및 생산을 전문적으로 영위하는 ○○○(제조공장이 없는 설계전문회사) 업체이고, 주문형 비메모리 반도체의 경우 주문회사마다 원하는 기능이 달라 설계가 달라지는 관계로 상용화되기 전에 시범용으로 샘플 반도체의 제작이 필요하며, 조세특례제한법 시행규칙(2009.8.28. 기획재정부령 제96호로 개정된 것) 제7조 제1항에 소정의 기술개발 촉진법에 따라 인정받은 기업부설연구소에서 주문형반도체 ○○○개발 및 ○○○ 등 비메모리 반도체 설계·제작 과정에서 시제품 생산을 위하여 쟁점외주가공비를 지출하였던바, 이는 주문업체의 양산제품을 주문받아 외주가공한 비용이 아니라 자체기술개발을 위하여 지출된 연구 및 인력 개발비에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 쟁점인건비의 연구 및 인력 개발비 인정 여부 이○○○(합하여 이하 “쟁점직원”이라 한다)이 비록 반도체 관련 학문을 전공하지는 아니하였으나, 반도체 관련 연구 부서에 발령받아서 연구업무를 직접적으로 지원하는 업무를 종사하였으므로, 선결정례(국심 2007서1424, 2008.7.17.)의 취지에 비추어 쟁점직원에게 지급된 쟁점인건비도 연구 및 인력개발비로 보아야 한다.

(3) 쟁점채권을 업무무관 지급금으로 볼 수 있는지 여부 청구법인의 지배주주인 ○○○의 대주주 김○○○이 청구법인의 자산을 횡령하여 ○○○로 유출시키는 과정에서 쟁점채권이 발생하였던바, 이러한 행위를법인세법제52조 소정의 부당행위 계산부인 대상에 해당한다고 보거나, 쟁점채권을 법인세법 시행령제53조 소정의 업무무관가지급금으로 보아서는 아니된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점외주가공비의 연구 및 인력 개발비 인정 여부 청구법인이 자체기술개발을 수행한 후 그 결과물인 연구보고서 등이 확인된 금액은 이의신청에 따른 재조사당시 연구 및 인력개발비로 인정되었으나, ○○○개발계약서·○○○ 제작지원 개발계약서 등만으로는 자체기술개발에 투입되었는지 여부가 확인되지 아니하는 쟁점외주가공비를 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다.

(2) 쟁점인건비의 연구 및 인력 개발비 인정 여부 쟁점직원은 실제로 연구활동을 수행하지 아니하고 반도체 영업업무 및 관리직으로 근무한 것으로 확인되므로, 연구 및 인력개발비로서 세액공제 대상에 해당하지 아니한다.

(3) 쟁점채권을 업무무관 지급금으로 볼 수 있는지 여부 청구법인은 특수관계자인 ○○○가 필요로 하는 원자재 등을 매입하여 이익실현 없이 매출하는 과정에서 발생한 쟁점채권을 지연 회수하였던바, 미회수 기간 동안 쟁점채권에 대한 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여야 한다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점외주가공비를 연구 및 인력개발비로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점인건비를 연구 및 인력개발비로 볼 수 있는지 여부

③ 쟁점채권을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다. 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (4) 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (5) 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은 2003~2006사업연도 법인세 신고시 인건비 3,553,584,976원, 외주가공비 7,636,828,643원 합계 11,190,413,619원을 연구 및 인력개발비로 보아, 15%인 1,678,562,313원을 세액공제하였다. (2)처분청은 당초 청구법인이 신고한 인건비·외주가공비 전액이 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다고 보아 과세하였으나, 이의신청 결정에 따른 재조사 과정에서 쟁점직원을 제외한 나머지 직원에 대한 인건비 3,227,581,847원, 연구보고서 등으로 자체기술개발의 결과물이 확인된 외주가공비 1,059,426,264원을 연구 및 인력개발비로 인정하였다.

(3) 청구법인은 위 계약서 이외에도 ○○○ 등 9개의 계약서를 제출하였는데 그 내용은 대부분 반도체 개발과 관련되었고, ○○○ 6매를 제출하였다.

(4) 청구법인의 심판청구 대리인 세무사 이○○○과 청구법인의 영업지원팀 과장 고○○○은 2010.9.15. 우리 원 조세심판관 회의에 출석하여 “청구법인이 자체기술개발에 쟁점외주가공비를 지출하였다고 볼 만한 근거로는 ○○○ 등 발주처와 체결한 계약서 등이 있고, 처분청도 이의신청에 따른 재조사 당시 연구결과물인 연구보고서○○○가 확인된 부분에 대하여는 자체기술 개발로 보아 연구 및 인력개발비로 인정해 주었는데, 이의신청에 따른 재조사 과정에서 청구법인의 본사가 이전한 관계로 연구보고서 등을 제대로 제출하지 못하였으나, 현재 쟁점외주가공비와 관련하여 계약서 등을 찾을 수 있다”라는 취지로 의견진술을 하였다.

(5) 처분청이 2009년 6월경 작성한 법인세 부분조사 종결보고서(이의신청 재조사 의뢰분)에 의하면 “청구법인의 전담연구원이 비메모리 반도체의 칩을 만들기 위한 여러 프로젝트 연구에 투입되었고 연구 결과물이 보고서 형태로 제시되었으며, 비메모리반도체 생산과정을 살펴보면 고객의 요구에 부합하는 성능을 가진 비메모리반도체 칩을 만들 수 있도록 설계 개발과 디자인을 한 후 여러 공정을 걸쳐 완성된 비메모리반도체 칩을 외주 업체에 판매하는바, 실제 연구원에게 지급된 인건비는 자체기술개발을 위하여 지출된 인건비로 볼 수 있으나, 일부 직원(쟁점직원)은 실제 연구활동을 수행하지 않은 것으로 확인되므로 연구 및 인력개발비에 포함되지 아니하였다”라고 나타난다.

(6) 청구법인과 처분청이 제출한 인사기록카드 등 관련 증빙에 의하면 쟁점직원 중 홍○○○(1969년생)는 2003.9.15.부터 2006년까지 청구법인○○○에 근무하였는데, 청구법인에 입사하기 전에는 생산직, 물류관리직, 오디오제작 업무 등에 종사하였고, 이○○○은 2002.12.9.부터 2006년 까지 청구법인(영업부)에 근무하였는데, 청구법인에 입사하기 전에는 ○○○대학교 전자·정보통신·반도체공학부를 졸업하여, 반도체 기술지원, 영업 업무 담당 등에 종사하였으며, 최○○○(1982년생)은 2004.11.15.부터 2005년까지 청구법인○○○에 근무하였는데, 청구법인에 입사하기 전에는 ○○○대학교 경영학과를 졸업하고 특별한 경력이 없고, 임○○○(1980년생)은 2004.7.16.부터 2005년까지 청구법인(경영지원팀)에 근무하였는데, 청구법인에 입사하기 전에는 ○○○대학 관광중국어통역과 및 ○○○대학교 중어중문학과를 졸업한 후, 2004.1.~2004.7. 주식회사 ○○○에서 해외업무를 담당하였으며, 문○○○(1976년생)은 2004.12.1.부터 2006년까지 청구법인에 근무하였는데 청구법인에 입사하기 전에는 ○○○대학교 생물공학과를 졸업하고 특별한 경력이 없는 것으로 나타난다.

(7) 청구법인이 제출한 ○○○의 인수서상 쟁점직원 중 이○○○이 청구법인측 확인자로 서명하였음이 나타나고, 쟁점직원 중 임○○○의 역할에 대하여 청구법인은 대만 등 해외와 영업을 함에 있어서 통역 등을 담당하였다고 소명하였다.

(8) 청구법인은 특수관계자인 ○○○가 필요로 하는 원자재 등을 매입하여 이익 실현 없이 동일한 가격으로 외상매출하였는데, 2006년말 기준으로 ○○○에 대한 매출채권은 206,306,979원, 미수금은 902,416,378원으로, ○○○에 대한 매출채권은 6,874,965,182원, 받을 어음은 1,277,740,343원, 미수금은 1,022,324,828원으로 나타난다.

(9) 2007.4.3.자 전자신문에 의하면 ○○○가 2007.4.2. ○○○을 출시하는 등 영업활동을 계속하였다고 보이고, ○○○의 경영권이 2008.6.25. 이○○○에게 넘어갔고, 송파세무서장은 2008.11. 세무조사 당시 ○○○가 실질적인 폐업상태라고 보았으며, 실제 2009.2.3. 당좌거래가 정지되는 등 2008년경 ○○○의 재무상태는 좋지 아니하였다고 볼 수 있으나, 2010년 9월 현재 ○○○의 홈페이지(2010.9.6.까지 관리자가 글을 올림) 및 서비스 센터가 운영되는 등 계속적인 영업활동은 영위하고 있다고 보인다.

(10) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 당초 청구법인이 신고한 외주가공비 전액을 연구 및 인력개발비에서 부인하였으나, 이의신청에 따른 처분청의 재조사 과정에서 연구보고서 등으로 자체기술개발의 결과물이 확인된 외주가공비 1,059,426,264원을 연구 및 인력개발비로 인정하였던 점, 청구법인은 심판청구 이후 세무조사과정 및 이의신청 당시 제출하지 아니한 ○○○일부 등을 새로운 증빙으로 제출하였는데, 전문적인 내용이 요약된 제출 증빙만으로 반도체 설계 등과 관련하여 자체기술 개발이 이루어졌는지 여부를 판단하기 어려운 점, 이의신청에 따른 재조사를 받을 당시 위 증빙이 제출되지 못한 사유가 청구법인의 본사가 이전한 관계로 연구보고서 등을 적시에 제출하지 못하였기 때문으로 볼 수 있는 점 등을 종합하였을 때, ① ○○○ 제1조와 같이 청구법인과 발주회사가 제품을 실제 공동으로 개발하였다고 볼 수 있는지 여부, ② 청구법인이 ○○○ 등을 설계하고, ○○○의 소유권을 보유하는 것을 자체기술 개발로 볼 수 있는지 여부, ③ 공동개발 및 자체기술 개발에 해당한다고 보는 경우 청구법인이 외주가공비로 신고한 금액이 계약서·○○○등에 의하여 확인되는 자체기술 개발을 위한 과정에서 지출되었다고 볼 수 있는지 여부 등에 대한 추가조사를 실시하여, 쟁점외주가공비가 자체기술 개발을 위하여 지출된 연구 및 인력개발비인지 여부를 확정함이 합리적이라고 보인다.

(11) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) [별표 6] 1. 기술개발란 가목 ①, 조세특례제한법 시행규칙제7조 제1항, 제6조 제2항에 의하면 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에게 지급된 금원은 자체기술개발을 위한 인건비로서 연구 및 인력개발비에 포함된다”라는 취지로 규정하였고, 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 범위에서 소득세법 시행규칙제16조 제3항 제2호 및 제3호 소정의 건물의 방호ㆍ유지ㆍ보수ㆍ청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자, 식사제공·차량의 운전에 종사하는 자는 제외된다 해석함이 합리적이라 할 것이다(조세특례제한법기본통칙 10-9…1 제1항 참고). (나) 이의신청에 따른 처분청의 재조사과정에서 청구법인의 전담부서에서 근무한 대부분의 직원들에게 지급된 인건비가 연구 및 인력개발비로 인정되었던 점, 쟁점직원 중 홍○○○은 청구법인의 반도체 설계와 관계되는 ○○○사업부에 근무하였던바 연구업무를 직접적으로 지원하였다고 볼 수 있는 점, 쟁점직원 중 이○○○의 경우 대학에서의 관련 분야(전자·정보통신·반도체공학)를 전공하였고 청구법인 입사 전에도 관련 분야(반도체기술지원)에서 근무하였을 뿐만 아니라, 청구법인이 제출한 ○○○의 인수서상 쟁점직원 중 이○○○이 청구법인측 확인자로 서명하였던 점 등을 고려하였을 때, 쟁점직원 중 홍○○○이 소득세법 시행규칙제16조 제3항 제2호 및 제3호 소정의 단순한 관리업무만을 수행하는 직원에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이나, 쟁점직원 중 임○○○의 경우 근무부서(경영지원팀, 문○○○의 경우 근무부서도 인사기록카드에서 확인되지 아니함) 및 전공(관광중국어통역과, 생물공학과)를 고려하였을 때, 자체기술을 위하여 근무하였다고 보기는 어렵다고 보인다.

(12) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 특수관계자간에 채권의 회수가 지연된 경우에도 정상적인 사인간 거래의 경제적 합리성, 사회통념 및 상관습에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때에는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보지 아니하는 것이나, 청구법인이 2006사업연도 중 ○○○를 지원하는 과정에서 쟁점채권을 보유하게 되었고, 이후 2007사업연도까지 ○○○가 정상적인 사업활동을 하는 중에도 회수를 하지 아니하였던 점, 청구법인이 2006사업연도 당시 ○○○부터 쟁점채권을 회수할 수 없었던 다른 특별한 사정이 제시되지 아니하여, 청구법인이 ○○○로부터 쟁점채권의 회수를 지연함에 경제적 합리성이 있었다고 보기 어려운 점 등을 종합하였을 때, 청구법인은 업무와 무관하게 특수관계자인 ○○○에게 쟁점채권을 대여하였다고 봄이 합리적이므로, 쟁점채권 관련 인정이자를 익금에 산입하고, 관련 지급이자의 손금산입을 부인함이 타당하다고 보인다.

(13) 따라서, 이 건 과세처분 중 쟁점외주가공비 관련 부분은 ① ○○○ 제1조와 같이 청구법인과 발주회사가 제품을 실제 공동으로 개발하였다고 볼 수 있는지 여부, ② 청구법인이 ○○○ 등을 설계하고,○○○의 소유권을 보유하는 것을 자체기술 개발로 볼 수 있는지 여부, ③ 공동개발 및 자체기술 개발에 해당한다고 보는 경우 청구법인이 외주가공비로 신고한 금액이 계약서·○○○ 등에 의하여 확인되는 자체기술 개발을 위한 과정에서 지출되었다고 볼 수 있는지 여부 등에 대한 추가조사를 실시하여 쟁점외주가공비를 연구 및 인력개발비로 볼 수 있는지 여부를 결정하여야 하고, 쟁점인건비 중 홍○○○에게 지급된 부분은 연구 및 인력개발비에 해당한다고 보아야 할 것이나, 쟁점직원 중 임○○○에게 지급된 인건비를 연구 및 인력개발비에서 제외하고, 쟁점채권이 업무와 무관하게 특수관계자인 ○○○에게 대여되었다고 본 부분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.