신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 및 1세대1주택 비과세

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2001.8.27. 취득한 ○○○(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2008.5.23. 13억원에 양도하고 2008.7.28. 양도가액 6억원에 상당하는 양도차익에 대해서는 1세대1주택 양도소득세 비과세를 적용하고, 6억원을 초과하는 금액에 상당하는 양도차익에 대해서는 조세특례제한법제99조의3 “신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례”(이하 “신축주택감면”이라 한다)를 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 33,577,890원과 농어촌특별세 11,115,510원을 각각 예정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2009.7.2. 청구인이 쟁점아파트를 조세특례제한법제99조의3 제2항의 일몰기한(2007.12.31.)이 경과한 후에 양도하여 쟁점아파트의 양도일 현재 청구인은 또 다른 신축주택인 ○○○를 보유한 2주택 소유자로 보아 쟁점아파트에 대한 1세대1주택 양도소득세 비과세 적용을 배제하고 쟁점아파트 양도차익 전체에 대해 신축주택감면을 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 95,038,410원과 농어촌특별세 20,000,000원을 경정·고지하였다가, 기납부세액 미공제, 감면세액 계산오류 등의 사유를 들어 양도소득세 34,146,400원, 농어촌특별세 14,347,300원으로 각각 감액경정 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.31. 이의신청을 거쳐 2009.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제2항은 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있는 바, “신축주택 외의 주택”이란 신축주택감면 대상이 아닌 일반주택을 의미하여 위 규정은 일반주택과 신축주택을 함께 보유한 거주자에게 적용하는 것으로, 청구인이 신축주택 2채를 보유한 상태에서 그 중 1채를 양도한 이 건의 경우 일몰제 적용대상이 아닌데도 “신축주택 외의 주택” 개념을 “신축주택”으로 까지 확대 해석하여, 쟁점아파트에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용을 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 것으로서, 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시의조세특례제한법제99조의3 제2항은 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있는 바, 이 건은 청구인이 쟁점아파트를 2007.12.31. 까지 양도하는 경우에 한하여 다른 신축주택을 청구인의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의한 1세대1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용받을 수 있으나, 청구인은 쟁점아파트를 일몰기한(2007.12.31.)이 경과한 후에 양도하였으므로 동 규정이 적용되지 않는다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3의 양도소득세 과세특례 적용대상 신축주택으로서 1세대1주택 양도소득세 비과세 요건을 충족하던 아파트 2채를 보유한 청구인이 그 중 1채를 양도한 데 대하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.5.23. 쟁점아파트를 양도할 당시 아래와 같이 주택 2채를 소유하고 있었다. 구 분 소 재 지 취득일 비 고 쟁점아파트 (주택조합)

○○시 ○○구 ○○동 ** ○○ *-*** 2001.8.27. (사용승인일) 신축주택 보유아파트 (분양주택)

○○시 ○○구 ○○가 - ○○ - 2002.1.21. (계약일) 신축주택

(2) 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부계산서 등 관련 서류에 의하면, 청구인은 쟁점아파트를 2008.5.23. 매매가액 13억원에 양도하고 1세대 1주택의 양도에 해당하는 것으로 보아 거래가액 6억원에 상당하는 양도차익은 양도소득세를 비과세하는 것으로 하고, 거래가액이 6억원을 초과하는 분에 상당하는 양도차익에 대해서는 조세특례제한법제99조의3 “신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례”를 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 33,577,890원과 농어촌특별세 11,115,510원을 각각 예정신고·납부하였다.

(3) 이에 대해 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 조세특례제한법제99조의3 제2항에 규정된 일몰기한인 2007.12.31.이 경과한 후에 양도할 당시 또다른 신축주택을 보유하고 있어 1세대 1주택 비과세 규정 대상이 아니라 하여 쟁점아파트 양도차익 중 거래가액 6억원에 상당하는 양도차익에 대해서도 1세대1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용하지 않고 양도차익 전체에 대해 신축주택감면만을 적용하여 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.

(4) 1세대 1주택 양도에 따른 양도소득세 비과세 적용시의 주택수 계산에서 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 조세특례제한법제99조의3 제2항의 규정은 2000.12.29. 신설되었다가, 외환위기 이후 건설경기 활성화를 위해 도입된 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 제도의 감면혜택이 과도하고, 다주택자를 중과하는 그 당시 부동산 정책방향과 상치되어 이를 시정하고자 2006.12.30. 종전의 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”를 “같은 호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”는 내용의 일몰 규정을 신설하는 등으로 개정하였다.

(5) 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 것으로서, 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시조세특례제한법제99조의3 제2항은 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있는 바, 이는 신축주택과 기존의 일반주택을 보유한 거주자가 그 일반주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우 1세대1주택 양도소득세 비과세 적용 대상여부 판정시, 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 것이므로, 이 건처럼 신축주택 2채를 보유한 거주자가 그 가운데 1채를 양도하는 경우에는 신축주택감면 적용대상이 될 뿐이지 양도당시 1세대2주택에 해당되면 1세대1주택 양도소득세 비과세 규정은 적용될 여지가 없는 것으로 보아야 할 것이다.

(6) 따라서 쟁점주택 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용을 배제한 처분청의 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.