상품권사업을 고유의 목적사업으로 보기 어렵고 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있는 점에서 상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것임
상품권사업을 고유의 목적사업으로 보기 어렵고 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있는 점에서 상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것임
1. ○○○세무서장이 2009.7.23. 청구법인에게 한 2004년 제2기 교육세 21,653,150원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 ○○○의은행여신거래기본약관에 근거한○○○을 제정하여 청구법인과 채무자 사이의 모든 여신거래에 적용하고 있고, 청구법인의○○○제13조에서는 “채무자가 변제하거나 중앙회가 상계 또는 대리환급변제충당을 하는 경우에 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나 중앙회는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라는 규정을 두고 있으며, 위 약관에 근거한 청구법인의채권관리업무방법에서는 “법적절차에 의하여 회수한 대금이 채권 전액의 충당에 부족되고 채무자의 일반재산으로부터 채권 전액의 회수가 불가능한 경우에는 비용, 원금, 이자의 순서로 충당”하도록 규정하고 있어 당사자간에 특별한 약정이 있는 것에 해당하고, ○○○도여신거래기본약관상 “금융기관이 불특정다수인인 차주와의 대출금 약정에 의하여 은행이 내부규정으로 정한 순서와 방법에 의하여 대출금을 원금, 이자 순으로 충당한 경우에는 “특별한 약정”이 있는 것으로 보는 것으로 해석하고 있으므로(○○○ 2009.7.31.) 이에 따라 청구법인이 회수한 채권 중 법적절차에 회수한 금액을 원금, 이자의 순서로 충당한 것이므로 쟁점금액은 이자수익이 아니라 원금에 해당함에도 처분청이 이를 이자수익으로 보아 교육세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) “상품권에 관한 대행용역”이란 상품권 발행권자가 상품권의 발행, 판매 등에 있어 상품권 발행경험 부족 및 판매망의 부재 등으로 인하여 자체적으로 업무를 수행할 수 없어 상품권 발행권한이 없는 제3자에게 동 업무를 위탁한 경우 수탁자가 상품권 발행권자로부터 상품권 발행 및 판매대행용역을 제공한 대가로 받는 것(○○○ 판결 참조)이나, 청구법인의 경우는 고유업무의 하나로 일반적인 상품권 발행대행용역과는 달리 상품권 발행 권한을 가지고 농산물상품권을 발행하여 ○○○ 등에게 용역을 제공하고 발행권자의 입장에서 쟁점상품권수수료를 수취한 것이며, 과세관청의 해석(○○○ 2006.4.20.)에 의하면, 청구법인의 경우와 같이 상품권의 발행자가 상품권 가맹사업자와의 약정에 의하여 “상품권 발행자가 발행한 상품권 액면금액”과 “상품권 가맹사업자가 상품권 소지자에게 재화 또는 용역을 제공하고 받은 상품권을 상품권 발행자에게 제시하고 지급받은 금액”과의 차액은 그 본질이 상품권 발행자가 가맹사업자에게 용역을 제공하고 받는 대가인 상품권 발행자의 발행수익으로부가가치세법제7조 제1항에 의한 부가가치세 과세대상으로 해석하고 있고, 2010.4.20.에 비로소 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 제5호의 농협중앙회 관련 면세사업범위에서 “상품권 발행사업”을 추가로 제외함으로써 동 규칙 시행일인 2010.7.1. 이전에는 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 부가가치세 면세사업 범위에 속하는 용역제공으로 보아야 하며, 설령 쟁점수수료가 상품권 관련 용역제공이라 하더라도 이는 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 단서에서 규정하는 고유업무에 속한 것임에도 처분청이조세특례제한법제106조에서 부가가치세 면제대상에서 제외하고 있는 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 본문의 상품권에 관한 대행용역을 제공하고 수령한 대가로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(1) 약정이라는 것은 양 당사자간에 한 당사자가 제안 또는 통지를 하고 그 제안 또는 통지내용을 다른 당사자가 인지한 후 승낙함으로써 성립하는 것으로, 청구법인이○○○제13조 제1항 후단에 충당순서를 달리할 수 있다고 규정한 것은 비용, 이자, 원금 순서로 충당하기로 한 당초의 약관을 변경할 수 있는 여지를 두고 있는 것에 불과한 것이고, 청구법인의 충당순서 변경 채권 관련 서류상 어디에도 청구법인이 채권변제금액의 충당순서를 변경하기 위하여 채무자에게 특정한 약정을 제안 또는 통지한 사실이 없어 채무자의 승낙에 의한 특별한 약정을 변경하였다고 볼 수 있는 근거가 없어, 이자, 원금 순서로 충당하기로 한 당초 약정에 따라 또는민법제479조 및 법인세법 시행규칙제56조의 규정에 따라 쟁점금액을 이자발생액부터 충당한 것이므로, 청구법인이 원금부터 충당함에 따라 누락된 이자수입액인 쟁점금액을 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 상품권은 상품권 소비자의 취향에 따라 다수의 가맹점, 다수의 품목 중에서 선택하여 사용되는 것으로 해석한 예규(○○○ 2002.5.2.)에 근거하여 특정 가맹점의 특정 품목에 한정하여 사용되는 다양한 상품권 발행자들도 계열법인 및 관계사로부터 수수료(1.5%~5%)를 수취하고 이에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하고 있는바, 상품권 자체는 유가증권에 해당되어 거래시 세금계산서 및 계산서 발행 교부의무는 없지만 상품권 위탁판매 및 발행수수료와 가맹점으로부터 수취하는 제 수수료는 부가가치세 과세대상임에도 불구하고, ○○○ 등을 제외한 일반가맹점으로부터 수취한 상품권 수수료는 세금계산서를 교부하고 있음에도 불구하고 ○○○ 등에 대하여는 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세도 신고누락한 것은 논리상 일관성이 없는 부당한 것으로, 쟁점상품권수수료를 조세특례제한법 시행규칙[별표10]의 정부업무대행단체의 면세사업의 단서조항에 의하여 부가가치세 면세사업에서 제외되는 상품권 관련 대행용역 및 유사용역(부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 및 제4호)에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(1) 청구법인이 채권과 관련하여 회수한 쟁점금액에 대하여 충당순서에 관한 특별약정(원본, 이자 순으로 충당)이 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
(2) 쟁점상품권수수료를 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호에 규정된 ‘상품권에 관한 대행용역을 제공하고 수령한 대가’로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점① (가) 교육세법 제3조【납세의무자】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다.
1. 국내에서 금융ㆍ보험업을 영위하는 자 중 별표에 규정하는 자 (이하 “금융ㆍ보험업자”라 한다) 【별표】 금융ㆍ보험업자(제3조 제1호 관련) 각 호 금융ㆍ보험업자 11 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회(신용사업의 수익에 한한다) 제7조【금융ㆍ보험업자의 수익금액의 귀속시기】금융ㆍ보험업자의 수익금액의 귀속시기에 관하여는법인세법제40조 및 제43조의 규정을 준용한다. 제8조 【과세기간】① 금융ㆍ보험업자의 수익금액에 부과되는 교육세의 과세기간은 다음 각호와 같다.
1. 제1기: 1월 1일부터 3월 31일까지
2. 제2기: 4월 1일부터 6월 30일까지
3. 제3기: 7월 1일부터 9월 30일까지
4. 제4기: 10월 1일부터 12월 31일까지 (나) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (다) 법인세법 시행규칙 제56조【원천징수대상 이자소득금액의 계산】법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 소득세법 시행령제51조 제7항의 규정을 준용한다. (라) 소득세법(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것) 제16조【이자소득】① 이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
3. 국내에서 받는 예금(적금ㆍ부금ㆍ예탁금과 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자와 할인액
13. 제1호 내지 제12호의 소득과 유사한 소득으로서 금전의 사용에 따른 대가의 성격이 있는 것
② 이자소득금액은 당해연도의 총수입금액으로 한다.
③ 제1항 각호의 규정에 의한 이자소득 및 제2항의 규정에 의한 이자소득금액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.
② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.
③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (마) 소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정된 것) 제45조【이자소득의 수입시기】이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.
1. 법 제16조 제1항 제13호의 규정에 의한 이자와 할인액 약정에 의한 상환일. 다만, 기일전에 상환하는 때에는 그 상환일
4. 보통예금ㆍ정기예금ㆍ적금 또는 부금의 이자
5. 제1호 내지 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 당해 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다. (바) 민법 제476조【지정변제충당】① 채무자가 동일한 채권자에 대하여 같은 종류를 목적으로 한 수개의 채무를 부담한 경우에 변제의 제공이 그 채무전부를 소멸하게 하지 못하는 때에는 변제자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 그 변제에 충당할 수 있다.
② 변제자가 전항의 지정을 하지 아니할 때에는 변제받는 자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 변제에 충당할 수 있다. 그러나 변제자가 그 충당에 대하여 즉시 이의를 한 때에는 그러하지 아니하다.
③ 전 2항의 변제충당은 상대방에 대한 의사표시로써 한다. 제479조【비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서】① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다. (사) 약관의 규제에 관한 법률 제4조【개별약정의 우선】약관에서 정하고 있는 사항에 관하여 사업자와 고객이 약관의 내용과 다르게 합의한 사항이 있을 때에는 그 합의 사항은 약관보다 우선한다.
(2) 쟁점② (가) 부가가치세법 제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.
③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.
④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액
5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자
③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다. (나) 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (다) 농업협동조합법 제57조【사업】① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청의 교육세 과세표준 결정결의서 등 과세심리자료에 의하면, 조사청은 청구법인이 법적 절차에 의해 대출금의 일부를 회수한 경우 충당순서를 이자, 원금 순이 아닌 원금, 이자 순으로 변경함으로써 2004년 제2기 교육세 과세기간 중 3,936,936,664원의 교육세 과세표준을 누락한 것으로 조사하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 청구법인에게 2004년 제2기 교육세 21,653,150원을 경정·고지한 것으로 나타난다. (나) 민법제479조 제1항에서 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제476조(지정변제충당) 규정을 보면, 제1항에 채무자가 수개의 채무를 부담한 경우에 변제의 제공이 그 채무전부를 소멸하게 하지 못하는 때에는 그 당시 어느 채무를 지정하여 그 변제에 충당할 수 있으며, 변제자가 충당지정을 하지 아니할 때에는 변제받는 자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 변제에 충당할 수 있고, 이 경우 변제자에 대한 의사표시로써 하도록 규정하고 있으며, 법인세법 시행규칙 제56조 에서 금융업을 영위하는 내국법인이 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 보도록 규정하고 있다. (다) ○○○ 소관의 약관의 규제에 관한 법률제19조의2에 의하면, 사업자 및 사업자단체는 건전한 거래질서를 확립하고 불공정한 내용의 약관이 통용되는 것을 방지하기 위하여 일정한 거래분야에서 표준이 될 약관을 마련하여 그 내용이 이 법에 위반되는지 여부에 관하여 공정거래위원회에 심사를 청구하도록 되어 있으며, 은행여신거래 기본약관(○○○ 표준약관 제10006호)제13조 제1항에는 “채무자가 기한의 이익을 상실한 채무를 변제하거나, 은행이 제10조에 의한 상계를 할 경우에, 채무전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나, 은행은 채무자가 불리하지 않은 범위내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있다. (라) ○○○의 은행업감독규정제86조 및 은행업 감독업무시행세칙제60조에 의하면, 금융기관이 약관을 제정 또는 변경하고자 하는 경우에는 관련서류를 시행예정일부터 10영업일전까지 감독원장에게 제출하여 심사하도록 되어 있고, 이의 심사를 통해 제정된 청구법인의○○○제13조 제1항에는 “채무자가 변제하거나, 중앙회가 제10조에 의한 상계 또는 대리환급변제충당을 하는 경우에, 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나 중앙회는 채무자가 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있으며, 당해 규정과 관련하여 청구법인은 ○○○으로부터 변경 권고 등을 받은 사실이 없는 것으로 나타난다. (마) ○○○제13조 제1항에 의하면, “채무자가 변제하거나 중앙회가 제10조에 의한 상계 또는 대리환급변제충당을 하는 경우에 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나 중앙회는 채무자에게 불리하지 않은 범위내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있고, 위 약관에 근거하여 청구법인의 내규인 채권관리 업무방법제7장(충당순서변경·이자감면) 제2조 제1항에는 “법적절차에 의하여 회수한 대금(상계에 의한 회수대금, 근저당권 설정최고액의 변제금, 법적절차면제 승인을 받은 채권 포함)이 채권전액의 충당에 부족되고 미처분 담보물이나 채권자의 일반재산으로부터 채권 전액의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우는 충당순서변경금액 기준으로 전결권자의 승인을 받아 비용·원금·이자의 순으로 정리한다”라고 되어 있다. (바) 청구법인의 대출거래 약정서에는 “본인(대출자)은 ○○○와 아래의 거래조건에 따라 대출거래를 함에 있어 ○○○이 적용됨을 승인하고, 다음 각 조항을 확약한다”라고 되어 있고, “채무자는 ○○○ 및 이 약정서 사본을 확실히 수령하고 주요내용에 대한 충분한 설명을 듣고 이해하였음”으로 되어 있다. (사) ○○○의 은행여신 검사업무편람에는 여신회수편 ｢채권의 변제충당순서｣에서 일반적으로 채무관계인의 자진변제시 가지급금, 미수이자, 원금의 순으로, 법적절차에 의한 배당금은 가지급금, 원금, 미수이자의 순으로 변제충당함을 원칙으로 하는 것으로 나타난다. (아) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 변제충당에 관한 민법제479조의 규정은 임의규정이므로 약정에 의하여 변경 가능하고, 변제충당의 약정이 있는 경우 채권자가 약정에 기하여 스스로 적당하다고 인정하는 순서와 방법에 좇아 변제 충당한 이상 변제자에 대한 의사표시와는 관계없이 충당의 효력이 있다 할 것○○○판결 같은 뜻)이다. 청구법인은 ○○○으로부터 심사받은○○○제13조 제1항 후단에 변제자에게 불리하지 않는 범위내에서 충당순서를 달리 할 수 있도록 규정하고 있고, 당해 내용은 ○○○의은행여신거래 기본약관과 동일하며, 청구법인의 내부규정인 채권관리 업무방법에는 회수한 대금이 채권전액의 충당에 부족되고 미처분 담보물이나 채권자의 일반재산으로부터 채권 전액의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우는 충당순서변경금액 기준으로 전결권자의 승인을 받아 비용·원금·이자의 순으로 정리하도록 되어 있는바, ○○○을 포함한 이른바 일반거래약관은 계약당사자가 이를 계약의 내용으로 하기로 하는 명시적 또는 묵시적 합의를 하였기 때문에 계약의 내용에 편입되어 계약당사자에게 구속력을 갖게 되는 것이고, ○○○제13조 제1항 중 “중앙회는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라는 규정과 청구법인의 대출거래약정서에 채무자가 청구법인과 대출거래를 함에 있어 ○○○이 적용됨을 승인하는 것으로 나타나므로, 거래당사자인 청구법인과 채무자간에 변제충당에 관하여 채권자인 청구법인이 인정하는 순서와 방법에 따라 충당하기로 약정한 것이고, 이는 변제충당의 순서와 방법에 대하여 채권자에게 권한을 부여하기로 약정한 것으로 유효한 약정에 해당한다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 위의 약관에 따라 청구법인에게 부여된 변제충당의 순서와 방법에 대한 결정권한을 행사하여 청구법인의 내부규정인 채권관리업무방법에서 정한 순서와 방법에 따라 원금, 이자 순서로 충당하는 것은 거래당사자인 청구법인과 채무자간의 약정에 따른 것으로 법인세법상 특별한 약정이 있는 경우로 봄이 상당하다 할 것이다. 또한, 감독기관인 ○○○도 은행여신 검사업무편람을 통해 법적절차에 의한 배당금 등은 원금부터 충당하도록 명시적으로 규정하고 있는 점, 과세관청에서도 금융업을 영위하는 내국법인이 대출채권과 그 이자채권의 일부만을 회수하는 경우 그 충당의 순서는 법인세법 시행규칙제56조 규정에 따르는 것으로, 당해 법인이 불특정 다수의 채무자와 모든 여신거래에 적용되는⌜여신거래기본약관⌟에 의하여 동 법인의 내부규정으로 정한 순서와 방법에 따라 대출채권 및 이자채권을 충당한 경우에는 같은 조에 규정한 “특별한 약정”이 있는 것으로 해석(○○○ 2009.7.31.)하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 대출금의 일부를 변제받은 경우 원금, 이자 순으로 충당함은 세법상 적법하다 할 것이므로 청구법인이 이자, 원금 순으로 충당하지 아니한 데 대하여 처분청이 쟁점금액을 이자로 보아 교육세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 자신을 발행권자로 하는 농산물상품권을 발행하여 판매하고, 소비자가 ○○○ 등이나 일반가맹점에서 재화와 용역을 공급받고 그에 대한 대가로 지급한 상품권을 회수하여 정산함에 있어, 2004년 제1기 부가가치세 과세기간동안 일반가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하였으나, ○○○ 등 ○○○계열 판매점으로부터 상품권을 회수하면서 수취한 쟁점상품권수수료[상품권 액면금액의 1.50%), 682,131,866원]에 대해서는 청구법인의 고유목적사업의 하나인조세특례제한법제106조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 ○○○ 등에게 세금계산서를 교부하지 아니하였고, 부가가치세 신고시에는 ○○○ 등을 제외한 일반가맹점에게 교부한 세금계산서에 대하여만 고유목적외 사업으로 보아 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 상품권 자체는 유가증권에 해당되어 거래시 세금계산서 및 계산서 발행 교부의무는 없지만, 상품권 위탁판매 및 발행수수료와 가맹점으로부터 수취하는 제 수수료는 부가가치세 과세대상이며, 청구법인의 지점인 ○○○는 자기사업이므로 상품권수수료에 대하여 부가가치세를 면제하는 것은 타당하나, 일반가맹점으로부터 수취한 상품권 수수료는 세금계산서를 교부하고 신고하였음에도 청구법인과는 별도법인인 ○○○ 회원조합에서 운영하는 ○○○ 및 주유소 등으로부터 수취한 쟁점상품권수수료에 대하여 세금계산서를 교부불이행 및 신고누락한 것은 조세특례제한법 시행규칙[별표10]의 정부업무대행단체의 부가가치세 면제사업의 단서조항에 규정된 부가가치세 면제사업에서 제외되는 상품권 관련 대행용역 및 유사용역(부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 및 제4호)범위에 대하여 오해한 결과로 쟁점상품권수수료는 부가가치세 신고누락에 해당한다고 보아 이 건 과세한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 청구법인 고유의 상품권인 농산물상품권을 발행하여 판매하고 그 대가를 청구법인의 계열법인 등 가맹점으로부터 수수료 형태로 수취하여 수익을 창출하고 있고, 2008.8.1.부터는 일반유통가맹점과도 가맹계약을 맺어 제3자 발행 상품권의 형태로 운영하여 오고 있으며, 부가가치세 신고시 과세관청이 상품권 발행ㆍ판매와 관련하여 가맹점으로부터 수령하는 일정률의 가맹점수수료에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것으로 유권해석해 온 점(○○○1996.9.12. 등)을 감안하여, 청구법인이 발행ㆍ판매한 상품권과 관련하여 청구법인계열 가맹사업자로부터 수취하는 수수료는 고유업무의 일환인 상품권의 직접판매분으로 보아 조세특례제한법제106조에 의한 부가가치세가 면제되는 것으로 하고, 나머지 일반가맹점으로부터 수취하는 수수료는 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세신고시 수수료를 청구법인의 매출액으로 신고한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 홈페이지에 의하면, 청구법인이 발행한 상품권은 농·축산물뿐만 아니라 가공식품, 각종 생활용품 등 청구법인이 직접 운영하는 유통센터 및 자회사·회원조합에서 운영하는 매장○○○에서 판매하는 다양한 물품을 구입할 수 있는 것으로 파악되고 있다. (마) 청구법인은 청구법인이 제공하는 용역에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우는 ① 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 단서에서 특별히 열거한 용역을 제공하는 경우와 ② 청구법인의 고유업무에 해당하지 않는 용역을 제공하는 경우로, 청구법인의 상품권 발행은 농산물 소비촉진, 생활물자의 구매 및 영농자재의 구매 등을 위한 것으로서,농협협동조합법제134조 제1항 제2호 및 제13호에 의한 “회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등 사업을 위한 부대사업”이며, 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 단서에서의 ‘대행용역’이라 함은 상품권 사업자가 아닌 자가 상품권사업자를 대신하여 상품권과 관련된 발행 또는 판매를 대신 제공하는 경우이나, 청구법인은 상품권발행사업자로서 상품권 발행 용역을 직접 제공한 것이어서 ‘대행용역’이 될 수 없는 것이므로, 쟁점상품권수수료는 고유목적사업을 위한 용역의 제공으로 부가가치세가 면제되는 용역의 제공일 뿐 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호에 의한 상품권 대행용역이 아니라고 주장하고 있다. (바) 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에 의하면, 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제(제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한)하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제106조 제7항 제5호에 의하면,농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회를 정부업무를 대행하는 단체로 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행규칙제48조 [별표10] 제5호에서, 정부업무대행단체의 면제사업 범위농업협동조합법에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회가 제공하는 부가가치세 면제사업대상 중 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업을 제외하는 것으로 규정하고 있다. (사) ○○○는 2010.4.20. 조세특례제한법 시행규칙」제48조 [별표10] 제5호를 개정하면서 “현재 정부업무대행단체로서 면세되는 사업 중 ○○○의 상품권 발행사업, ○○○의 저수지 및 주변 준설사업 등 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외함”이라고 개정이유를 밝히고, ○○○에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회의 상품권 발행사업에 대해 2010.7.1.부터 부가가치세가 과세되는 것으로 개정하였다. (아) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제7항 제5호에서 “○○○에 의한 조합과 중앙회”를 정부업무대행단체로 규정하고 있으며, 같은 조 제8항에서 “법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 ○○○이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다”라고 규정하고 있어, 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에 의한 부가가치세 면세는 재화 또는 용역의 제공이 정부업무대행단체의 고유의 목적사업이어야 함을 전제로 하고 있는바, 청구법인은 청구법인의 상품권 발행이 농산물 소비촉진, 생활물자의 구매 및 영농자재의 구매 등을 위한 것으로서,○○○제134조 제1항 제2호 및 제13호에 의한 “회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등 사업을 위한 부대사업”으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 상품권 발행사업은 청구법인의 사업범위를 규정하고 있는 ○○○제134조와 청구법인의 정관에 구체적으로 열거되어 있지 않고, 청구법인이 발행한 상품권은 농민은 물론 일반인도 아무런 제한없이 구입하여 사용할 수 있을 뿐만 아니라 농·축산물을 비롯한 가공식품, 각종 생활용품 등 청구법인이 직접 운영하는 유통센터 및 자회사·회원조합에서 운영하는 매장○○○에서 판매하는 다양한 물품을 구입할 수 있으며, 2008.8.1.부터는 음식점, 숙박업소 등 일반유통가맹점과도 가맹계약을 맺어 제3자발행상품권의 형태로 운영되고 있어 부가가치세가 과세되는 일반 상품권과 달리 청구법인이 발행한 상품권에 대해서만 부가가치세를 면세해야 할 만한 특별한 사정이나 이유를 찾을 수 없어 청구인의 상품권사업을 청구법인의 고유의 목적사업으로 보기 어려우므로 2010.4.20. 개정된 조세특례제한법 시행규칙제48조 [별표10]에 비로소 상품권 발행사업이 면세사업에서 제외되는 것으로 개정되어 2010.7.1.부터 시행되기 때문에 그 이전인 이 건 과세기간에는 부가가치세를 과세해서는 안된다는 청구법인의 주장을 더 나아가 살펴볼 필요가 없이 쟁점상품권수수료는 조세특례제한법제106조 제1항 제6호의 요건을 충족하지 못하고 있고, 청구법인도 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있어 쟁점상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것이므로 처분청이 쟁점상품권수수료에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.