구매확인서에 의해 공급하는 재화의 영세율 적용 가능 여부

○○○세무서장이 2009.10.13. 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 25,884,330원의 부과처분은 청구법인이 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○○○에 발행·교부한 공급가액 323,780,000원의 세금계산서에 대하여 부가가치세법 제11조 에 의한 영세율을 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1997.3.20.부터 정보통신업을 영위하는 법인사업자로 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중 한국국제협력단의 납품업체로 선정된 주식회사 ○○○(이하 “○○○이라 한다)에 외국환은행인 ○○○은행장이 발급한 외화획득용 물품구매확인서에 의하여 무전기 등 통신장비를 공급하고 공급가액 323,780,000원(이하 ”쟁점매출액“이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 ”쟁점세금계산서“라 한다)를 교부한 후, 2009년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세 환급신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 결과, 한국국제협력단에 직접 공급하는 업체에만 영세율이 적용되므로 청구법인이 교부받은 위의 구매확인서는 대외무역법에 의한 발급대상이 아니라고 보아 환급을 거부하고 2009.10.13. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 25,884,330원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서와 관련한 거래에서 청구법인으로부터 통신장비를 납품받은 ○○○은 부가가치세법 시행령 제24조 제2항 제2호 의 ‘사업자가 한국국제협력단에 공급하는 재화(한국국제협력단이 법 제7조의 규정에 의한 사업을 위하여 당해 재화를 외국에 무상으로 반출하는 경우에 한한다)’의 규정에 의하여 영세율이 적용되고, 청구법인의 경우는 위 같은 조 제2항 제1호의 ‘사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화’ 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에 해당된다. 1999.12.31. 부가가치세법 시행령 개정시 제24조 제2항 제2호가 신설된 이유는 한국국제협력단의 해외원조사업을 활성화하기 위하여 사업자가 한국국제협력단에 재화를 공급하는 경우를 ‘수출로 보아’ 위 같은 법 제11조 제1항 제1호의 ‘수출하는 재화’에 포함, 영세율을 적용하여 부가가치세를 면제함으로써 그 부가가치세 상당액의 비용절감으로 무상원조가 용이하도록 하자는 것인 바, 이 건의 경우 처분청의 과세의견과 같이 ○○○이 재화의 공급자인 청구법인에게는 부가가치세를 지급하고 한국국제협력단으로부터는 그 부가가치세를 수령하지 못하도록 된다면 ○○○은 청구법인에 지급한 부가가치세 상당액을 한국국제협력단에 대한 매매대금 자체에 포함시킬 것이고, 그렇게 된다면 한국국제협력단에 영세율을 적용하여 부가가치세를 면세한 취지가 전면적으로 몰각될 것일 뿐만 아니라 재화의 중간거래자인 ○○○이 매수인인 한국국제협력단에게는 부가가치세를 지급받지 못하면서 매도인인 청구법인에게는 부가가치세를 지급하여야 한다는 것은 전가세인 부가가치세의 법원리에도 어긋나는 것이다. 또한, ○○○이 2009.5.18. 외국환은행인 ○○○은행장으로부터 발급받아 청구법인에게 교부한 외화획득용 물품 등 구매확인서는 부가가치세법 시행규칙 제9조의2 제2항 소정의 구매확인서가 명백함에도 처분청이 법리를 오해하고 있는 것이고, 이 건의 경우는 위 같은 법 시행령 제24조 제2항 소정의 수출하는 재화에 포함되어 영세율이 적용되는 경우이며, 대외무역법 시행령 제26조 (외화획득의 범위)는 대외무역법 제16조 제4항 소정의 외화획득을 위하여 사용되는 물품 등을 수입하는 경우에 대한 외화획득의 범위를 규정한 것으로 이 건과 무관한 규정인 바, 이 건 처분은 한국국제협력단에 영세율을 적용하여 부가가치세를 면제한 취지를 전면적으로 무효화한 위법한 처분이 되므로 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 사업자가 한국국제협력단에 공급하는 재화로서 한국국제협력단이 한국국제협력단법 제7조 의 규정에 의한 사업을 위하여 당해 재화를 외국에 무상으로 반출하는 경우에는 영세율을 적용하나 이 경우 사업자(청구법인)가 한국국제협력단에 재화를 공급하는 다른 사업자(○○○)에게 외국환은행장이 발급한 구매확인서에 의하여 재화를 공급하는 거래의 경우에는 대외무역법에 의한 구매확인서 발급대상이 아니므로 쟁점세금계산서 관련 거래에 대하여 부가가치세가 과세되는 일반거래로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 한국국제협력단의 납품업체에 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 거래가 영세율 적용대상 거래인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제11조【영세율 적용】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

3. 선박 또는 항공기의 외국항행용역

4. 제1호부터 제3호까지 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제24조【수출의 범위】① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다)

2. 사업자가 한국국제협력단법에 의한 한국국제협력단에 공급하는 재화(한국국제협력단이 동법 제7조의 규정에 의한 사업을 위하여 당해 재화를 외국에 무상으로 반출하는 경우에 한한다) (3) 부가가치세법 시행규칙 제9조의2【내국신용장 등의 범위】② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 대외무역법 시행령 제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

(4) 대외무역법 제18조【구매확인서의 발급 등】① 지식경제부장관은 외화획득용 원료ㆍ기재를 구매하려는 자가 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 에 따른 영(零)의 세율을 적용받기 위하여 확인을 신청하면 외화획득용 원료ㆍ기재를 구매하는 것임을 확인하는 서류(이하 "구매확인서"라 한다)를 발급할 수 있다.

② 지식경제부장관은 구매확인서를 발급받은 자에 대하여는 외화획득용 원료ㆍ기재의 구매 여부를 사후관리하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 구매확인서의 신청ㆍ발급절차 및 사후관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조【권한의 위임·위탁】① 이 법에 따른 지식경제부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 소속기관의 장, 시ㆍ도지사에게 위임하거나 관계 행정기관의 장, 세관장, 한국은행 총재, 한국수출입은행장, 외국환은행의 장, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법인 또는 단체에 위탁할 수 있다. (5) 대외무역법 시행령 제26조【외화획득의 범위】① 법 제16조 제4항에 따른 외화획득의 범위는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따라 외화를 획득하는 것으로 한다.

제31조【구매확인서의 신청·발급 등】① 법 제18조 제1항에 따른 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지식경제부장관에게 제출하여야 한다.

1. 구매자ㆍ공급자에 관한 서류

2. 외화획득용 원료ㆍ기재의 가격ㆍ수량 등에 관한 서류

3. 법 제16조 제1항에 따른 외화획득용 원료ㆍ기재라는 사실을 증명하는 서류로서 지식경제부장관이 정하여 고시하는 서류

② 지식경제부장관은 제1항에 따른 신청을 받은 경우 신청인이 구매하려는 원료ㆍ기재가 제26조에 따른 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인하여 발급 여부를 결정한 후 구매확인서를 발급하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에서 규정한 것 외에 구매확인서의 발급 등에 필요한 세부 사항은 지식경제부장관이 정하여 고시한다. 제91조【권한의 위임·위탁】⑪ 지식경제부장관은 법 제52조 제1항에 따라 제31조에 따른 구매확인서의 발급 및 사후 관리에 관한 권한을 외국환은행의 장 및 전자무역 촉진에 관한 법률 제6조 에 따라 지식경제부장관이 지정한 전자무역기반사업자에게 위탁한다.

(6) 대외무역관리규정(지식경제부고시 제2009-229호) 제2조【정의】이 규정에서 사용하는 용어의 뜻으 다음과 같다.

18. “구매확인서”란 물품 등을 외화획득용 원료, 외화획득용 용역, 외화획득용 전자적 형태의 무체물 또는 물품으로 사용하기 위하여 국내에서 구매하려는 경우 외국환은행장 또는 전자무역촉진에 관한 법률제6조에 따라 지식경제부장관이 지정한 전자무역기반사업자(이하 “전자무역기반사업자”라 한다)가 내국신용자에 준하여 발급하는 증서를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의한 사실관계를 보면, 청구법인은 1997.3.20. 개업하여 통신장비를 관공서, 자동차회사, 군부대 등에 납품하고 주문에 의한 제조도 하는 등 대부분 국내거래를 하고 있는 업체로서, 처분청은 쟁점세금계산서와 관련한 조기환급 현지확인복명서(2009년 8월)에서 쟁점매출액 관련 영세율 적용여부에 대하여 개도국 및 후진국의 경제·사회발전을 지원하기 위하여 설립된 한국국제협력단에 납품업체로 선정된 ○○○에 청구법인이 물품을 공급하는 거래는 대외무역법에 의한 구매확인서 발급대상(수출하는 재화·용역)이 아니므로 부가가치세 영세율 적용대상이 아니라 하여 환급을 부인하고 이 건 과세한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 ○○○이 외국환은행인 ○○○은행장으로부터 발급받아 교부한 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 것이므로 영세율이 적용되어야 하고, 또한 한국 국제협력단에 대하여 영세율을 적용한 법 취지에도 부합된다고 주장하면서 일반물품 공급계약서, 외화획득용 원료·물품 등 구매확인서 등을 증빙자료로 제출하고 있다. (가) 일반물품공급계약서를 보면, 2009.3.20. ○○○(갑)이 한국국제협력단의 입찰공고 ○○○호[○○○]에 따른 ○○○ 대외무상원조업무를 공동진행함에 있어 청구법인(을)과 물품공급계약을 체결한 것으로 계약금액은 3억2,378만원(수출품 매매기준에 의한 부가가치세 미발생시 부가가치세는 없는 것으로 함)이고, 계약일로부터 60일 이내에 납품완료하는 등의 내용으로 물품공급계약을 체결한 것으로 확인된다. (나) 외화획득용 원료·물품 등 구매(공급)확인서(발급번호 P04D490500250갑)를 보면, 2009.5.18. 외국환은행장인 ○○○은행장이 대외무역관리규정 제4-2-7조에 의거 신청사항을 확인하여 발급한 것으로 구매확인신청자는 ○○○이고, 공급자는 청구법인이며, 구매원료·물품 등은 휴대용 무전기 338대, 차량용 무전기 55대, 3억2,378만원 상당이고, 선적기일은 2009.5.30.로 되어 있다.

(3) 먼저, 이 건 거래가 한국국제협력단에 공급하는 재화에 해당되어 영세율을 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 보면, 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제24조 제2항 제2호에 의하면, 사업자가 한국국제협력단법에 의한 한국국제협력단에 공급하는 재화(한국국제협력단이 동법 제7조의 규정에 의한 사업을 위하여 당해 재화를 외국에 무상으로 반출하는 경우에 한한다)에 대하여 영세율을 적용한다고 규정하여 동항 제1호에 정한 구매확인서에 의하여 공급하는 재화가 아니더라도 영의 세율을 적용할 수 있다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인은 한국국제협력단에 재화를 공급하는 다른 사업자인 ○○○에 재화를 공급하는 경우이므로 위의 제2호에 의한 영세율의 적용대상에 해당되지는 아니하다고 판단된다.

(4) 다음으로, 청구법인은 이 건 거래시 ○○○이 대외무역법 제18조 에 의하여 발급받아 교부한 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 것이므로 영세율을 적용하여야 한다는 주장이고, 이에 대하여 처분청은 동 구매확인서가 동 법에 의한 발급대상이 아니므로 하자있는 구매확인서라고 하여 영세율 적용대상 재화의 공급이 아니라는 의견이므로 이에 대하여 본다. (가) 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 와 같은 법 시행령 제24조 제1항 제1호 및 제2항 제1호에서 영세율이 적용되는 ‘수출하는 재화’는 내국물품을 외국으로 반출하는 것이며, 내국물품을 외국으로 반출하는 것에는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화를 포함하는 것으로 규정하고 있고, 대외무역법 시행령 제34조 제1항 제1호 의 외화획득의 범위에는 ‘수출’이 포함되는 것으로 규정되어 있으며, 여기서 ‘수출’은 대외무역법 시행령 제2조 에 ‘매매·교환·임대차·사용대차·증여 등을 원인으로 국내에서 외국으로 물품을 이동하는 것 등’으로 정의되어 있어 유상수출만을 의미하는 것이 아닌 것으로 보여지므로 이 건 구매확인서가 외화획득용 원료·물품 구매확인서가 아니라고 보기는 어렵다. (나) 설령, 이 건의 구매확인서에 의한 거래가 처분청의 과세의견대로 대외무역법에 의한 구매확인서 발급대상이 아니어서 하자있는 구매확인서에 의한 거래라 하더라도, 이 건은 ○○○이 한국국제협력단과 체결한 ○○○ 지원기자재 물품공급계약(○○○호)을 근거로 하여 외국환은행인 ○○○은행장의 확인을 받아 발행되고 그에 따라 실제거래가 이루어졌음이 이 건 구매확인서 및 쟁점세금계산서 등에 의하여 확인되며, ○○○은행장이 이 건 구매확인서를 발급절차상의 하자 등을 이유로 취소한 사실도 없으므로 다른 반증의 제시가 없는 한 청구법인은 ○○○으로부터 구매확인서를 수취함에 있어 그 구매확인서가 발급절차상 하자 여부에 대하여 모르고 수취한 선의의 거래자라 할 것이므로, 처분청이 발급절차상에 하자가 있었다는 이유로 이 건 구매확인서에 의한 재화의 공급에 대해 영세율 적용을 배제한 처분은 부당하다고 판단된다(국심 2006중16, 2007.5.10. 대법원 2004두12056, 2005.2.18. 같은 뜻임).

(5) 그렇다면, 처분청이 쟁점세금계산서 관련 거래에 대하여 하자있는 구매확인서에 의한 거래로 보고 영세율 적용대상이 아니라 하여 환급을 부인한 처분한 잘못이므로 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세법 제11조 에 의한 영세율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.