사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2001.11.21.부터 현재까지 소프트웨어개발업을 영위 하고 있는 법인으로서, 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식 회사 ○○○정보시스템(이하 ○○○정보시스템’이라 한다)으로부터 공급가액 900,000,000원 상당의 세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제받았다.
• 나. ○○○세무서장은 ○○○정보시스템을 자료상거래 혐의자로 조사한 결과, 주식회사 △△△(이하‘△△△’라 한다)가 녹음장비(이하 ‘쟁점 장비’라 한다)를 청구법인에게 공급하였음에도, ○○○시스템이 세금계산서를 교부한 것으로 확인하고 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 처분청은 위의 통보자료에 의해 매입세액을 불공제하여 2009.8.7. 청구법인에게 2004년 제2기 부가가치세 152,577,000원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점장비를 제조사인 △△△로부터 직접 매입하면서 ○○○정보시스템으로부터 세금계산서를 수취한 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 청구법인과 ○○○정보시스템이 2004.12.23. 체결한 쟁점장비물품계약서상 쟁점장비의 ‘하자보증’ 및 ‘유지보수’에 대한 책임이 ○○○시스템에 있음이 확인되고, 쟁점장비의 원천 제조사인 △△△와 ○○○정보시스템간에 쟁점세금계산서 대금과 관련한 채권·채무양도계약이 체결되었음에 따라 청구법인은 쟁점세금계산서의 대금을 ○○○정보시스템이 아닌 △△△에게 지급할 수 밖에 없었으며, △△△·○○○정보시스템 및 청구법인 간에는 특수관계가 없어 위장 거래를 할 아무런 사유가 없었던 점 등으로 보아 쟁점세금계산서를 명의위장자료로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 ○○○정보시스템이 체결한 쟁점장비계약서 내용 및 ○○○시스템과 △△△와의 거래내용을 보면, ○○○정보시스템은 △△△로부터 쟁점장비를 공급가액 900,000,000원에 구매하여 당일 다시 청구법인에게 동일한 가격인 공급가액 900,000,000원에 판매하였는 바, ○○○정보시스템은 동 건 거래로 인하여 전혀 수익이 발생하지 아니하였고, 물품구매계약서의 특별조건상 유상유지보수 계약체결 및 추가 구매시에는 ○○○정보시스템을 배제하고 △△△와 청구법인간 직접 협의하여 진행하기로 한 점, △△△, ○○○정보시스템, 청구법인 3자간 채권의 양도양수계약을 체결하여 청구법인이 쟁점세금계산서의 대금을 직접 △△△에 지급하는 등 상거래관행상 볼 수 없는 조건 이고, ○○○정보시스템 대표이사인 고○○이 ○○○세무서 조사담당자 에게 쟁점세금계산서를 가공자료라고 진술한 내용 등으로 보아 청구법인이 쟁점장비를 △△△로부터 직접 매입하면서 ○○○정보시스템의 외형부풀리기 등 분식회계를 위해 3자간에 거래가 이루어진 것 처럼 가장한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지 여부
• 나. 관련 법률 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건을 처분한 데 대하여 청구법인은 정당한 세금계산서라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(1) ○○○세무서장이 2008년 12월 쟁점세금계산서를 발행한 ○○○정보시스템을 조사한 복명서를 보면, ○○○정보시스템은 2003년 제1기~2006년 제1기 부가가치세 과세기간 중 발행한 공급가액 224억9,000만원의 세금계산서 중 18.0%인 공급가액 40억5,900만원 상당이 가공세금계산서이고, 동 과세기간 중 수취한 공급가액 146억1,200만원의 세금계산서 중 25.2%인 공급가액 35억6,600만원 상당이 가공세금계산서이며, 2004년 제2기에 발행한 공급가액 50억7,700만원의 세금계산서 중 39.7%인 공급가액 20억1,400만원이 가공세금계산이고, 동 과세기간에 수취한 공급가액 31억8,900만원의 세금계산서 중 57.4%인 공급가액 18억3,100만원이 가공세금계산서인 것으로 조사되었다.

(2) 처분청 조사자료에 의하면, ○○○정보시스템은 2004.12.29. △△△에게 공급가액 900,000,000원의 세금계산서를 발행(매입)하고, 동일자에 청구법인으로부터 동 금액과 같은 쟁점세금계산서를 수취(매출)한 것으로 나타나고, ○○○정보시스템과 청구법인이 2004.12.23. 체결한 쟁점장비물품계약서를 보면, 쟁점장비의 ‘하자보증’ 및 ‘유지 보수’에 대한 책임이 ○○○정보시스템에 있음이 확인되는 바, ○○○정보시스템은 동 건 거래로 인하여 전혀 수익이 발생하지 아니하였음에도 쟁점장비의 하자보수 및 유상유지 보수책임만 지게되어 있다.

(3) 제조사의 수행보증각서를 보면, ‘원천 제조사인 △△△는 2004.12.23. 청구법인에게 납품되는 쟁점장비에 대한 제반 기술적 성능 및 기능에 대하여 품질을 보증하고, 장비의 내용연수 기간(8년) 동안 물품의 운용에 필요한 모든 부품을 책임지고 공급하여야 하며, 계약업체인 ○○○정보시스템과 더불어 제반 계약사항을 성실히 이행할 것을 확약하면서 ○○○정보시스템이 계약을 제대로 이행하지 못할 경우에는 장비납품 뿐만 아니라 기 납품된 장비의 하자보증, 기술지원 등 일체의 의무를 △△△가 직접 수행하거나 대행업체를 통하여 수행할 것이며, 이를 위반할 경우 그에 따른 모든 손해배상책임을 진다’고 기재되어 있는 것으로 미루어 보아 이를 정상거래로 보기 어려워 보인다.

(4) ○○○세무서 조사담당 직원과 ○○○정보시스템 대표이사 고○○이 2009.2.9. 작성한 문답서에 의하면, ‘고○○은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서이고, 그 당시 주거래은행에서 사업전망을 물으며 외형이 떨어지면 대출금을 상환하라는 취지의 전화가 와서 실물거래가 있는 △△△와 청구법인의 중간에서 물품중개를 한 것이며, 매출과 매입을 동 금액으로 계상하였기 때문에 본인이 조세포탈이나 거래처의 탈세를 방조한 내용은 아니었습니다’라고 진술 하였다.

(5) 청구법인은 쟁점장비 거래와 관련한 △△△와 ○○○정보시스템간에 체결한 물품계약서와 ○○○정보시스템 대표이사 고○○의 진술내용을 반증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(6) 위의 내용을 종합하면, ○○○정보시스템은 2004.12.29. 쟁점 장비를 △△△로부터 공급가액 900,000,000원에 공급받아 당일 청구 법인에게 동 금액에 판매하여 수익이 발생하지 아니하였음에도, 쟁점장비에 대한 ‘하자보증’ 및 ‘유지보수’ 등 책임만이 발생하여 사회통념상 정상거래로 보기 어렵고, ○○○정보시스템 대표이사인 고○○과 ○○○ 세무서 직원이 작성한 문답서 등으로 보아 청구법인이 △△△로부터 쟁점장비를 직접 공급받으면서 ○○○정보시스템의 매출부진에 따른 금융기관의 대출금 회수에 대비하기 위해 청구법인, ○○○정보시스템, △△△ 3자가 공모하여 ○○○정보시스템의 외형부풀리기 등 분식회계를 목적으로 ○○○정보시스템이 청구법인에게 실물거래 없이 쟁점세금 계산서를 발행한 것으로 보이는 바, 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.