무자료 매입금액을 손금에 산입할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 58-7에서 의료기기 및 의료기기 소프트웨어 등을 구입하여 병원 등에 납품하는 사업자로서 주식회사 ○○○○○로부터 2002년 제2기 99,940천원, 2003년 제1기 59,975천원, 2003년 제2기 117,000천원 합계 276,915천원(공급가액)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 각 사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여 법인세를 신고하였다.
• 나. ○○○세무서장은 주식회사 ○○○○○에 대하여 세무조사를 실시하여 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 발행된 가공의 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 ○○○세무서장의 과세자료 통보에 따라 2009.2.5. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 35,075,650원, 2003사업연도 법인세 65,648,110원을 각각 경정 ․ 고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.1. 이의신청을 거쳐 2009.10.15. 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 주식회사 ○○○○○로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부받았으나 이는 무자료매입에 대한 자료를 받은 것으로서 실제 매입처는 ○○○○(대표 ○○○)이고, 관련물품은 ○○○의 의뢰에 의하여 ○○전자상가에서 청구법인으로 운반한 업체는 개별용달 ○○○(○○○-○○-○○○○○, ○○87자○○○○, ○○)으로 확인됨에도 쟁점세금계산서에 의한 거래를 가공거래로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 실제 거래하였다고 주장하는 ○○○○는 일반 소형 PC수리 및 판매업을 영위한 소규모사업자로서, 2008.12.29. 당시 ○○○○의 임대인이었던 ○○○(○○○○○○-○)과 유선통화한 바, ○○○○는 ○○시 ○○구 ○○동 1076-24에 소재한 건물의 1층 일부(약 10평)정도를 사용하였고, 동네에서 쉽게 볼 수 있는 가정용 컴퓨터 수리 및 중고컴퓨터의 판매를 한 사업자로 기억하고 있다고 진술하였으며, ○○○○의 ○○○은 영세사업자로서 고가의 의료기기용 컴퓨터와 관련부품을 취급했다고 보기 어렵고 세금의 납부능력 또한 없는 것으로 판단되는 등 청구법인의 주장을 신뢰하기 어려우므로 쟁점세금계산서에 의한 금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실물거래없는 가공의 세금계산서를 교부받았으나 ○○○○로부터 무자료 매입금액을 손금에 산입하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득 ․ 수익 ․ 재산 ․ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 ․ 수익 ․ 재산 ․ 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분법인은 1997.1.3. ○○시 ○○구 ○○동에서 개업하여 의료기기 및 의료기기용 소프트웨어와 컴퓨터 등을 병원 등에 납품하는 법인으로서 주식회사 ○○○○○로부터 수취한 아래 <표1>의 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 교부받은 사실에 대하여는 처분청과 다툼이 없다. <표1> 쟁점세금계산서 수취내역 구 분 공급가액 세액 합계 2002년 제2기 2002.10.16. 16,950,000 1,695,000 18,645,000 2002.10.29. 18,700,000 1,870,000 20,570,000 2002.11.06. 12,425,000 1,242,500 13,667,500 2002.11.18. 15,280,000 1,528,000 16,808,000 2002.12.18. 17,680,000 1,768,000 19,448,000 (단위: 원) 2002.12.27. 18,905,000 1,890,500 20,795,500 소 계 99,940,000 9,994,000 109,934,000 2003년 제1기 2003.04.28. 14,560,000 1,456,000 16,016,000 2003.05.12. 26,748,000 2,674,800 29,422,800 2003.06.09. 18,667,000 1,866,700 20,533,700 소 계 59,975,000 5,997,500 65,972,500 2003년 제2기 2003.07.09. 13,780,000 1,378,000 15,158,000 2003.08.20. 15,260,000 1,526,000 16,786,000 2003.09.23. 10,960,000 1,096,000 12,056,000 2003.10.08. 29,740,000 2,974,000 32,714,000 2003.11.19. 23,670,000 2,367,000 26,037,000 2003.12.12. 23,590,000 2,359,000 25,949,000 소 계 117,000,000 11,700,000 128,700,000 합 계 276,915,000 27,691,500 304,606,500

(2) 청구법인 쟁점세금계산서상의 실물은 ○○시 ○○구 ○○동 소재 ○○○○(대표 ○○○)로부터 매입하였으나 ○○○이 세금계산서 교부를 거부하여 부득이하게 쟁점세금계산서를 교부받은 것이므로 ○○○○ ○○○으로부터 실제 매입한 금액을 손금으로 인정해 달라고 주장하면서 아래와 같은 증거서류를 제시하였다. (가) 2009년 1월 ○○○○ ○○○이 작성한 거래사실확인서(인감증명 첨부)에는 2002년 하반기부터 2003년에 걸쳐 의료기기용 컴퓨터 관련 부품을 청구법인에 납품하고, 납품대금은 현금으로 결제받아 ○○전자상가 등으로부터 구입한 대금을 바로 결제하는 방식으로 거래한 사실이 있으며, 세금계산서는 낮은 마진으로 인하여 발행치 못했다는 내용이 나타난다. (나) 청구법인이 ○○○○로부터 매입한 물품을 배달하였다는 ○○○(○○○○○○-○)이 2009.6.5. 작성한 확인서에는 2002년 11월경부터 2003년 10월경까지 ○○구 ○○동 소재 ○○○○(대표 ○○○)의 의뢰에 의하여 ○○전자상가에서 컴퓨터 관련부품을 용달의뢰 받아(월 1회정도로 기억됨) ○○동 소재 청구법인으로 화물을 배달한 사실이 있으며 배달요금은 ○○○○로부터 수령하였다는 내용이 나타난다. (다) 청구법인은 ○○○○로부터 실물을 무자료로 매입하고 그에 따른 대금을 아래 <표2>와 같이 지출하였다고 주장하면서 제시한 ○○은행 계좌(○○○-○○-)에는 당일자에 당해금액의 인출내역이 나타난다. <표2> 청구법인과 ○○○○의 거래내역 및 매입대금 결제내역 (단위: 천원) 거래일자 금 액 지급 내역 2002.11.22 69,690 11.22. ○○은행에서 주식회사 ○○○○○로 입금후 당일출금하여 지급 2002.11.29 31,802 11.29. ○○은행 인출지급 2002.12.05 8,441 12.05. ○○은행 인출금 8,840천원으로 지급 2002년 계 109,934 2003.04.04 40,243 04.04. ○○은행에서 주식회사 ○○○○○로 입금후 당일출금하여 지급 2003.06.26 25,728 06.26 ○○은행 인출금 36,483천원으로 지급 2003.08.06 47,600 08.06 ○○은행 인출금 49,943천원으로 지급 2003.10.09 35,973 10.09 ○○은행에서 주식회사 ○○○○○로 입금후 당일출금하여 지급 2003.10.15 45,127 10.15 ○○은행 인출금 46,930천원으로 지급 2003년 계 194,671 합 계 304,605 공급대가 (라) 2002.10.1. 청구법인과 ○○○○간에 체결된 물품공급계약서에는 ○○○○는 의료기기용 컴퓨터 및 부품(제1조, 계약목적물)을 청구법인의 창고 또는 청구법인이 지정하는 장소로 납품하는 것으로 하고, 납품관련 모든 물류비는 ○○○○의 부담으로 하며(제3조, 납품처), 청구법인은 ○○○○에게 계약목적물 인도시 물품대금에 대하여 물품인도와 동시에 현금으로 지급(제5조, 대금지급)하도록 계약되어 있음이 나타난다. (마) 청구법인은 국내에서 조달한 의료기기용 컴퓨터 부품(하드웨어)에 해외에서 수입한 소프트웨어를 조립하여 발주자에게 납품하며 위 발주자는 ○○대학교병원 등 28개 업체에 2002년 제2기부터 2003년 제2기까지의 전체 매출액 1,508백만원 중 662백만원을 공급하고 있다고 주장하며 2002년 및 2003년 매출 ․ 매입내역서를 제출하였다. 청구법인이 제시한 2002년도 매출 ․ 매입거래 내역서에는 ○○○○로부터 2002.11.22. 66,631천원, 2002.11.29. 31,802천원, 2002.12.5. 16,491천원을 매입한 후 수입용 의료기기와 함께 조립하여 완제품으로 2002.11.22. 매입분은 ○○○○병원 등 8곳, 2002.11.29. 매입분은 ○○메디칼 등 2곳, 2002.12.5. 매입분은 ○○의료원 등 3곳에 납품한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 2002년 제2기부터 2003년 제2기까지의 부가가치세 신고내역을 살펴보면 평균 부가가치율은 16%로서 업종별 전국평균 부가가치율 26%보다 낮고, 매입금액에서 쟁점세금계산서상의 금액을 차감하는 경우 36%로서 업종별 전국평균 부가가치율인 26%보다 높게 나타난다. 또한, 청구법인의 2002사업연도 및 2003사업연도의 소득금액을 살펴보면 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 소득금액 비교 (단위: 천원) 사업연도 수입금액 신고소득 경정소득 소득금액 소득율(%) 소득금액 소득율(%) 2002 1,305,134 35,807 2.74 135,747 8.45 2003 964,283 19,956 2.07 197,031 20.4 2년평균 2,268,417 55,763 2.46 332,778 14.67

(4) 청구법인이 실물을 매입하였다는 ○○○○에 대한 처분청의 확인내용을 살펴보면, ○○○○는 2001.9.20. 개업하여 2004.6.30. 직권 폐업된 컴퓨터 도소매 및 수리업을 영위하던 개인사업자로서 ○○시 ○○구 ○○동 1076-24 소재 사업장을 임대한 ○○○(○○○○○○-○)과 2008.12.29. 유선통화한 바 ○○○○는 건물 1층 일부(약 10평정도)를 사용하였으며 동네에서 쉽게 볼 수 있는 가정용 컴퓨터 수리 및 중고 컴퓨터 등의 판매를 하였던 사업자로 기억하고 있다고 진술하였다.

○○○○의 2002년 제2기부터 2003년 제2기까지의 부가가치세 신고내역을 살펴보면 대부분의 매출이 최종소비자들의 현금 및 신용카드매출(총 매출액의 72.26%)이고, 연간 매출총액이 1억원정도의 소규모 사업자로서 일반적으로 동네에서 쉽게 볼 수 있는 컴퓨터 수리점으로 고가의 의료장비를 매출하는 사업자로 보기 어렵고, 부가가치세 납부세액 또한 납부하지 아니하여 결손처분한 것으로 나타난다.

○○○○의 거래처를 살펴보면, 청구법인과는 거래내역이 나타나지 아니하고, 고액의 매출 ․ 매입이 전혀 발견되지 아니하여 소규모 사업자인 ○○○○가 청구법인이 매입하였다는 3개 과세기간에 3억원이 넘는 제품을 무자료로 매출하였다는 사실을 인정하기 어렵다고 판단하였음이 나타난다. 처분청은 ○○○○ 대표자 ○○○과 2009.1.5. 10시 30분, 11시경 두차례에 걸쳐 유선통화한 바, ○○○은 청구법인과의 거래사실을 주장하면서도 어떤 용도의 물건을 판매하였는 지, 어디서 매입하였는지, 대금을 어떻게 수취하였는지에 대한 구체적인 대답을 하지 못한 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 청구법인에게 당초 과세자료 소명요구시 실사업자가 ○○○이라고 전혀 언급한 사실이 없었고, 실물의 매입이 있었다는 증빙으로 제출한 물품공급계약서, 발주서, 납품확인서는 청구법인이 소유하고 있었을 것임에도 당초에는 제출하지 아니하였으며, 일반적인 물품공급계약서라면 계약금액이 있어야 함에도 계약금액이 없고, 발주서 역시 금액이 없으며, 납품확인서에도 총액만 있을 뿐 품목별 금액이 없는 등 정상적인 서류로 보기 어렵고, 청구법인이 제출한 대금지급 소명내용을 살펴보면, ○○○○에 대한 3억원의 매입대금을 통장거래 없이 현금으로 지급하였다고 주장하나 고액의 현금을 자료상인 주식회사 ○○○○○의 통장으로 송금한 후 바로 출금하여 ○○○○에게 직접 현금으로 지급하였다는 주장은 신뢰하기 어렵고, 과세기간 도중 거래분에 대해서는 정확한 금액을 출금하여 지급하면서 과세기간 종료시점의 거래는 조금 더 많은 금액을 출금하여 일부를 지급하는 등 통장상의 비슷한 출금액으로 숫자를 맞추어 소명한 정황이 있어 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵다고 판단하였음이 나타난다.

(6) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 주식회사 ○○○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서가 실물 거래없는 가공의 세금계산서라는 사실은 인정하면서 쟁점세금계산서 상당의 실물을 ○○○○로부터 실제 매입하였다고 주장하나, ○○○○에 대한 처분청의 확인내용에 따르면 ○○○○는 컴퓨터 도소매 및 수리업을 영위하는 사업자로서 사업장은 약 10평정도의 소규모로 운영하였음이 ○○○○의 사업장 임대업자인 ○○○의 진술에 의해 확인되고, 연간 매출액이 1억원 정도로서 매출의 70% 이상이 최종소비자를 대상으로 하였음이 부가가치세 신고서에 의해 나타나므로 소규모 사업자인 ○○○○가 3개 과세기간에 3억원 정도에 해당하는 고가의 의료기기용 컴퓨터를 청구법인에게 공급하였다고 보기에는 부족한 점이 있고, 매입대금 또한 전부 현금으로 지급하였다는 주장 또는 신뢰하기 어려우므로 청구법인이 ○○○○로부터 무자료로 매입하였다는 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.