농민으로부터의 농산물매입액이라 하더라도 지급일 전에 예금계좌에서 현금등으로 인출한 사실이 매입시점과 유사하므로 손금에 산입하여야 하고, 주주총회에서 승인한 보수지급규정에 근거하여 지급한 인건비는 손금에 산입하는 것이 타당함.
농민으로부터의 농산물매입액이라 하더라도 지급일 전에 예금계좌에서 현금등으로 인출한 사실이 매입시점과 유사하므로 손금에 산입하여야 하고, 주주총회에서 승인한 보수지급규정에 근거하여 지급한 인건비는 손금에 산입하는 것이 타당함.
1. ○○세무서장이 2009.5.15. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분 167,179,840원, 2006사업연도분 163,680,620원, 2007사업연도분 213,459,470원의 부과처분은 각 사업연도의 소득금액계산시 2005사업연도분 228,878,100원, 2006사업연도분 282,360,200원, 2007사업연도분 278,404,500원을 손금에 산입하여는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 학교단체급식제공업체인 청구법인은 농산물의 생산특성상 예측불가능한 자연재해나 기존 농산물매입처의 갑작스런 사정으로 인한 공급부족 및 가격의 급등에 따른 사업차질을 회피하기 위하여 농민들과 직접 거래하였으나, 농민들이 자료발생을 꺼림에 따라 사실과 다른 계산서의 수취로 자금을 조성하여 청구법인의 차명 예금계좌로 관리하다가 동 계좌에서 2~3일전에 미리 인출하여 보관하던 현금을 소지하고 농산물의 산지에 출장하여 농민들로부터 직접 농산물을 구매하고 현장에서 그 대금을 현금으로 지급하는 방식으로 2005사업연도부터 2007사업연도까지 김○○ 외 18인의 농민 등으로부터 388,760,200원에 상당하는 농산물을 계산서 없이 매입한 것으로, 조사청이 조사과정에서 해당 농민들로부터 일자별 품목과 거래수량, 판매단가 및 거래금액 등을 확인하였음에도 41,415천원을 제외한 나머지 347,342,800원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)의 지급사실이 불분명하다고 하여 부외원가로 인정하지 않고 법인세를 과세하고, 이를 청구법인의 대표자 등에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것은 부당하다.
(2) 신선하고 좋은 식자재를 저렴하게 매입하기 위해 청구법인의 대표이사 오○○과 한○○ 및 이○○은 주말 및 공휴일 등 휴일을 반납하고 농산물이 소재하는 농촌을 직접 방문하여 구매작업을 수행함으로써 원재료 매입선 다변화 등 사업확장에 있어 이들의 공로가 있는바, 이를 인정하여 주주총회에서 승인한 보수지급규정에 근거하여 기본급 외에 성과급성 추가급여로 총 446,300,000원[2005사업연도 98,000,000원(오○○ 24,000,000원, 이○○ 36,000,000원, 한○○ 38,000,000원), 2006사업연도 151,300,000원(오○○ 43,300,000원, 이○○ 56,000,000원, 한○○ 52,000,000원), 2007사업연도 197,000,000원(오○○ 59,000,000원, 이○○ 60,000,000원, 한○○ 78,000,000원), 이하 “쟁점②금액”이라 한다]을 장부에 기재하지 않고 추가지급한 사실이 월별 급여내역서 및 금융자료에 의하여 확인되므로, 청구법인의 각 사업연도 소득금액계산시 쟁점②금액을 부외 인건비인 손금으로 인정하고, 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 금액에서 차감하여야 한다.
(3) 2005사업연도부터 2007사업연도까지 사실과 다른 계산서를 수취하는 방식으로 조성한 쟁점가공매입금액 중 일부를 청구법인의 차명 예금계좌(오○○, 이○○ 명의)로 입금·관리하다가 2007사업연도에 ○○대학교 식수대시설비로 281,871,815원, 2008사업연도에 ○○○ 대지 416.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2,580,900,000원에 취득하면서 취득대금으로 381,428,185원(이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 사용한 사실이 있으므로, 쟁점③금액은 2005~2007사업연도에 사외유출된 것이 아니라서 2005~2007년 귀속 오○○의 상여처분금액에서 제외하여야 한다.
(1) 청구법인이 농민들과 직접거래의 입증자료로 제시한 농민 18인의 거래사실 확인서 및 농산물 매입액 결제내역을 확인한바, 거래사실 확인서 외에는 해당 농민들과 청구법인간에 농산물의 거래가 있었음을 입증할 만한 원시기록(장부, 수첩, 메모 등)이 없고, 농산물매입과 관련된 금액의 결제내역도 청구법인의 예금계좌에서의 출금일자 및 출금액과 농민들과의 거래일이 일치하지 않고 있어 청구법인이 제출한 금융자료와 거래사실 확인서만으로는 농민들로부터 실지 농산물을 매입한 사실이 확인된다 볼 수 없어 쟁점①금액을 부외원가가 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 보수지급규정 사본을 제시하고 있으나 조사당시 관련서류는 없었던 점으로 볼 때 사후적으로 작성한 것으로 보이고, 보수지급규정에는 임직원의 직책별 급여한도만 정해져 있을 뿐 임직원에 대한 근로자별 연봉계약서 또는 인별 급여를 책정한 품의서나 급여를 정한 이사회회의록 등 객관적인 자료에 의해 구체적인 급여액이 확인되지 않으므로 법인세법 시행령제43조에서 규정하고 있는 급여지급기준이 존재한다고 볼 수 없으며, 조사청의 조사과정에서 작성한 문답서(8-5)에 의하면 청구법인의 대표이사 오○○은 실물거래없이 수취한 계산서와 관련하여 조성한 자금을 이○○과 한○○, 오○○의 예금계좌로 입금한 후 농산물 등의 매입에 사용하였다고 주장한 바 있고, 오○○ 등에게 지급한 급여라고 주장하는 쟁점②금액의 출처를 보면 대부분 가공매입금액을 결제한 것처럼 위장한 차명계좌인 이○○의 ○○○조합 예금계좌○○○와 한○○의 ○○○ 예금계좌○○○를 통해 지급되었음이 확인된 점으로 볼 때 쟁점②금액은 성과급성 급여라기보다는 가공세금계산서 등을 통해 조성된 비자금을 보수지급규정이나 지급액에 대한 책정기준없이 청구법인의 임원인 오○○ 외 2인에게 부당하게 유출시킨 것에 해당하는 것이므로 쟁점②금액을 오○○ 외 2인에 대한 부외 인건비라는 청구주장은 인정할 수 없다.
(3) 청구법인이 2007사업연도와 2008사업연도에 오○○과 이○○ 명의 예금계좌에서 인출한 금액으로 쟁점토지 등의 일부대금을 지급한 것은 사실이나 동 자금이 관리되던 예금계좌는 실제 청구법인의 차명 예금계좌가 아니라 가공계산서 등의 수취로 조성된 비자금을 사외유출시켜 오○○에게 귀속시킨 예치금 계좌로 보이고, 비록 조사청의 조사착수일(2008.12.11.) 이전에 쟁점토지의 계약금(2008.10.16.) 258,000천원과 중도금(2008.10.23.) 516,000천원이 지급되었으나 잔금 1,806,900천원(대출금 15억원 포함)은 2008.12.26. 지급된 사실로 볼 때, 법인세법 시행령제106조 제4항에서 정한 바에 따라 수정신고 기한내에 사외유출된 금액을 회수하여 익금산입한 후 법인세를 수정신고하지 않은 경우에 해당하여 쟁점③금액은 가공거래발생시점에 사외유출된 것으로 보아야 하므로 사외유출된 시점으로부터 상당기간이 지난 시점에 사외유출된 금액이 청구법인의 사업용자산 취득대금으로 사용되었다는 사실만으로는 청구주장을 인정할 수 없다.
① 쟁점①금액을 부외 농산물매입액으로 보아 해당 사업연도 소득금액계산시 손금산입 및 상여처분금액에서 제외할 수 있는지 여부
② 쟁점②금액을 부외 인건비로 보아 해당 사업연도 소득금액계산시 손금산입할 수 있는지 여부
③ 쟁점가공매입금액이 입금되었던 오○○ 명의 예금계좌에서 2007~2008사업연도에 쟁점③금액을 출금하여 사업용자산을 취득한 경우 쟁점③금액을 2005~2007사업연도 유보로 소득처분할 수 있는지 여부 나 관련 법령
(1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액. 다만, 대통령령이 정하는 성과급은 그러하지 아니하다. (2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제21조【제세공과금의 손금불산입】다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다) 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액
2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 (2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되지 전의 것) 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액
4.~18. 생 략
19. 제1호 내지 제18호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 (2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제20조【성과급 등의 범위】 ① 법 제20조 제1호에서 “대통령령이 정하는 성과급”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 1.~3. 생 략
4. 내국법인이 근로자(제43조 제6항의 규정에 의한 임원을 제외한다)와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금
②·③ 생 략
④ 제1항의 규정에 의한 성과급의 손금산입은 그 잉여금처분금액을 당해 사업연도의 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고서에 손금으로 산입하는 방법에 의한다. (2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제22조【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】① 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
2. 부가가치세법제17조 제2항 제3호의2(접대비와 이와 유사한 비용)의 규정에 의한 매입세액
3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것
② 부가가치세법제17조 제3항의 규정에 의하여 공제받은 의제매입세액과 조세특례제한법제108조의 규정에 의하여 공제받은 매입세액은 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다. 제50조【업무와 관련이 없는 지출】법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 규정하는 것을 말한다.
1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이에 관련되는 지출금. 다만, 법인이 중소기업의 사업영역보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률 제9조 의 규정에 의한 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에게 이양하기 위하여 무상으로 당해 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등을 제외한다.
2. 당해 법인의 주주 등(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주를 제외한다) 또는 출연자인 임원 또는 그 친족(국세기본법 시행령 제20조 제1호 내지 제8호에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출 (2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고，조세특례제한법제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
3. 제1호의 규정에 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것
④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 쟁점① (가) 청구법인은 2001.3.3. ○○○을 본점 소재지로 하여 단체급식업과 부대사업 일체를 목적으로 하여 자본금 50,000,000원의 규모로 설립된 법인으로, 대표이사는 오○○, 이사는 한○○(오○○의 사위로 딸 이○○의 남편), 감사는 이○○(오○○의 남편)으로 하여 임원진을 구성하여 운영하고 있으며, 처분청 조사당시인 2009.2.13. 현재 청구법인의 설립일 이후 거래업체가 증가하여 ○○대학교 외 17개업체에 단체급식을 제공하고 있는 것으로 나타나고 있고, 조사청의 세무조사시 청구법인이 작성한 가공계산서의 수취와 관련된 사실확인서에 의하면 2005사업연도부터 2007사업연도까지 ⏏⏏ 등 9개 업체로부터 총 1,448,804,135원에 상당하는 사실과 다른 계산서 등을 수취한 것으로 확인된다. (나) 중학교, 고등학교 교직원과 학생들에게 식재료비를 65% 이상 지출하여 1식 4찬 내지 3찬으로 급식을 제공하면서 1인당 급식비로는 2,700원(교직원 3,000원, ○○○중학교 기준)으로 위탁급식공급계약을 체결하였으나, ○○○ 등 대형 식자재 납품업체로부터 식자재를 전량 공급받으면서 식자재비 지출비율 65%를 맞추면 식자재 구입단가가 높아져 학생들과 교직원들로부터 받는 1인당 급식비 2,700원(교직원 3,000원)으로는 일일 권장 Kcal를 제공할 수 없어 품질이 떨어지는 식자재 공급업체로부터 식자재를 공급받을 수밖에 없는 사정이 있기에, 이 문제를 해결하고자 대표이사 오○○과 이사인 한○○이 조금이라도 식자재의 구입단가를 낮추면서 신선하고 품질좋은 식단을 학생들에게 제공하여 청구법인의 이미지 제고 및 신뢰성을 주고자 한○○ 등이 주요 식자재 매입처인 ○○○ 등으로부터 탑차 등을 빌려 농산물 재배지에 직접 가서 농민들로부터 채소류, 쌀, 고추, 마늘 등을 산지가격으로 현금지급하는 방식으로 2005사업연도~2007사업연도까지 총 388,760천원에 상당하는 농산물을 매입하였으나 계산서 발급능력이 없는 농민들을 상대로 식자재를 매입하다 보니 필요경비에 산입할 원가증빙(계산서 등)을 수취할 수 없어 부득이하게 ○○청과 등 농산물 사업자로부터 실지거래없이 계산서를 수취한 것이므로 쟁점①금액인 347,342,800원을 부외경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있다. (다) 학교단체급식제공업체인 청구법인은 식자재로 사용하는 농산물의 가격안정을 위하여 사실과 다른 계산서의 수취로 조성한 자금을 청구법인의 차명예금계좌에 입금하여 관리하면서 농산물 매입 2~3일전에 현금으로 인출하여 보관하고 있다가 토요일이나 일요일에 미리 연락한 농산물거래처에 출장하여 김○○ 외 18인의 농민으로부터 총 388,760,200원(2005사업연도 154,577,300원, 2006년 148,778,400원, 2007년 85,404,500원)에 상당하는 농산물을 계산서 없이 매입하고 그 대금을 현장에서 현금으로 지급하였다는 주장에 대하여, 조사청은 현지확인조사과정을 거쳐 김○○ 외 18인으로부터 농산물을 매입한 일자별 품목과 거래수량, 판매단가 및 거래금액 등 388,760,200원에 상당하는 농산물을 실제 거래하였다는 확인서를 징취하였으나, 확인자 중 노트사본이나 메모 등 기타기록에 의하여 청구법인과의 거래내역이 확인되는 김○○과 신○○와의 거래금액인 41,417,400원(김○○ 19,706,600원, 신○○ 21,710,800원)만을 손금으로 인정하고 나머지 쟁점①금액(347,342,800원)은 객관적인 증빙(대금지급 또는 관련전표 및 장부기록 등)이 없다 하여 매입사실을 부인하였고 그 내역은〈표1〉과 같다.
○○○ (라) 처분청이 제시한 현지확인보고서에 의하면, 농민들이 청구법인에게 농산물을 직거래 판매하는 경우 운송비, 하차비 수수료 등 비용절감으로 인하여 시장에 판매하는 것보다 10% 이상 이익이 발생하는 것으로 나타나고 있고, 청구법인은 쟁점①금액을 부외원가로 인정하여야 한다고 주장하면서 조사청이 확인한 김△△ 등으로부터 받은 거래사실확인서와 농산물 거래대금을 지급하였다는 금융증빙을 제시하고 있으며, 김△△ 등 17인에 대한 국세청의 소득 및 부동산 취득·양도자료 및 각인의 사실확인서를 검토한 결과 김△△ 등 17인은 모두 농작물을 재배하거나 농작물의 취급·판매가 가능한 자로 확인되고 있으며, 2005~2007년까지 347,342,800원에 상당하는 유기농 재배법에 의한 무농약 농산물을 청구법인에게 판매한 사실이 있음을 확인하고 있고, 쟁점가공매입금액 중 일부를 청구법인의 차명예금계좌에 입금하여 관리하면서 농산물 매입 2~3일전에 미리 현금으로 인출하여 보관하다가 토요일이나 일요일에 미리 연락한 농산물의 산지에 출장하여 김○○ 외 18인의 농민으로부터 농산물을 매입하고 매입장소에서 직접 현금을 지급한 것이라고 주장하면서 제시한 금융자료에 의하면, 청구법인의 농산물 매입시점과 유사한 것으로 나타나고 있으나 실제 출금일시와 대금지급일시가 일치하지 않고 동 출금액으로 쟁점①금액에 상당하는 농산물을 매입한 것인지 명확하게 확인되지 않고 있다. (마) 청구법인은 단체급식을 제공하는 법인으로, 동종업종의 경우 총원가에서 원재료(식재료) 비중이 절대적으로 높은 비중을 차지하고 있는 업종으로 동종업종의 전국 평균원가율은 90% 수준이고, 영업이익율은 4%~5% 수준으로 나타나고 있으나, 조사청이 청구법인이 신고한 쟁점가공거래금액을 거래부인함에 따라 2006사업연도 기준 청구법인의 원가율은 80%, 영업이익율은 10.9% 수준으로 동종업종에 비해 원가율이 평균원가율보다 낮아졌고 이익율도 업종별 평균영업이익율보다 지나치게 높아진 것으로 나타나고 있다. (바) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 학교단체급식제공업체인 청구법인은 농산물의 생산특성상 예측불가능한 자연재해 등을 원인으로 한 출하량 감소 및 가격상승 또는 기존 농산물매입처의 갑작스런 사정으로 공급부족이나 가격의 급등으로 인한 사업차질을 회피 및 식자재의 구입단가를 낮추면서 유기농법에 의한 신선하고 양질의 식재료를 이용한 식단을 학생들에게 제공하여 청구법인의 이미지와 신뢰성 제고하기 위해 농민들과 직접 거래하였으나 계산서 발급을 회피하고 그 능력이 없는 농민들을 상대로 식자재를 매입하다보니 필요경비에 산입할 원가증빙(계산서 등)을 수취할 수 없어 부득이하게 ○○청과 등 농산물 사업자로부터 실지거래없이 계산서를 수취한 것이라는 청구법인의 주장이 신빙성이 있는 점, 단체급식을 제공하는 청구법인의 사업형태상 인건비가 아닌 재료비 매입과 관련하여 14억원 상당의 가공매입분 적출결과 2006사업연도 기준 원가율(매출액 대비 매입액, 동종업종 전국평균 원가율 90%임)이 신고원가율 86%에서 78%로 낮아졌으며, 영업이익율(동종업종 전국 평균이익율 4%~5%)도 10.9%로 전국 평균 영업이익율보다 지나치게 높아진 점으로 볼 때 가공매입분에 상당하는 식재료를 사실상 다른 곳에서 매입하지 않은 것으로 보기 어려운 점, 실제 조사청이 현지확인조사과정을 거쳐 김○○ 외 18인으로부터 388,760,200원에 상당하는 농산물을 일자별 품목과 거래수량, 판매단가 및 거래금액 등을 구체적으로 거래한 사실에 대하여 확인서를 직접 징취한 사실이 있고, 우리원에서 이 사건 심리를 위하여 해당 농민들이 작성한 사실확인서상 거래내역에 대하여 전화확인결과 쟁점①금액에 대한 거래사실이 있음을 적극적으로 확인·진술하고 있는 점, 처분청이 쟁점①금액에 상당하는 농산물 거래와 같이 장부나 금융자료없이 사실확인서만 있는 상태에서 노트사본이나 메모만을 근거로 김○○과 신○○의 거래분(41,417,400원)을 부외원가로 이미 인정한 사실이 있는 점, 쟁점가공매입금액 중 일부를 청구법인의 차명 예금계좌에 입금하여 관리하면서 농산물 거래 2~3일전에 현금으로 인출하여 보관하다가 토요일이나 일요일에 미리 연락한 농산물의 산지에 출장하여 김○○ 외 18인의 농민으로부터 농산물을 매입하고 매입장소에서 현금을 직접 지급한 것이라고 주장하면서 제시한 금융자료에 의하면 청구법인의 농산물 매입시점과 유사한 것으로 나타나고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점①금액을 쟁점가공매입금액에 대한 상여처분금액에서 제외할 수는 없으나, 해당 사업연도 소득금액계산시 손금(2005년 130,878,100원, 2006년 131,060,200원, 2007년 85,404,500원)에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점② (가) 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 식재료매입과정에서 그 성과를 인정받은 오○○ 외 2인에 대하여 농산물 산지 직접매입과정에서 지출되는 대차비, 교통비 및 기여도 등을 감안하여 주주총회의결에 따라 규정된 정관 및 보수지급규정에 따라 쟁점②금액을 지급하였다고 주장하면서 정관 및 주주총회회의록, 이에 첨부된 보수지급규정을 제시하고 있어 이를 살펴본다.
1. 청구법인은 쟁점②금액의 지급에 관한 근거서류로 2001.3.3. ○○합동사무소에서 인증한 청구법인의 정관, 2003.1.24.자 보수지급규정 건에 대한 임시주주총회 의사록, 2003.1.1.자로 시행하여 적용한 보수지급규정, 조사청의 조사과정에서 세무공무원에게 제출한 급여지급과 관련된 사실확인서를 제시하고 있는 반면, 처분청은 청구법인이 제출한 보수지급규정이 조사당시 없었던 것으로 사후적으로 작성한 것으로 주장하고 있으나 실제 위 인증서류 및 보수지급규정이 사후에 작성된 것이라고 볼 만한 증빙을 제시하지 못하고 있다.
2. 청구법인이 제시한 청구법인의 정관 제34조 제1항에 의하면 임원의 보수는 주주총회의 결의로 정하는 것으로 규정하고 있고, 2003.1.24.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 2003.1.1.부터 적용하게 되는 보수지급규정에 대하여 만장일치로 승인하고 동 규정을 2003.1.1.부터 소급적용하도록 가결한 것으로 기재되어 있으며, 대표이사 오○○, 이사 한○○, 이사 이○△, 감사 이○○의 인장이 날인된 것으로 나타나고 있고, 보수지급규정 제1조 제1항에 의하면 임직원의 급여 종류 및 그 지급기준과 절차는 별도의 규정이 있는 외는 본 규정을 적용하고, 급여는 ① 기본급(연봉), ② 수당, ③ 퇴직금으로 구분하고 있으며, 제9조(기본급: 연봉)에 의하면 모든 임직원에 대한 기본급은 해당 연봉금액(대표이사 1억 5천만원, 이사 1억 2천만원, 실장 8천만원, 기타 직원 6천만원)을 초과하지 않는 범위내에서 회사사정에 따라 조정하여 지급하기로 하고, 모든 임직원은 회사를 위하여 특별한 공로를 세우거나 동일지위의 임직원에 비하여 업무수행능력이 탁월한 경우 또는 중요한 업무량이 상대적으로 많다고 판단되는 경우에는 기본급을 차등하여 적용할 수 있는 것으로 규정하고 있으며, 제13조 및 제14조의 수당규정에 의하면 임직원에 대한 야간근로수당은 하오 10시부터 익일 상오 6시까지 사이에 근로한 시간에 대하여는 1시간당 기본급의 100분의 50을 가산 지급할 수 있고, 휴일근로수당은 휴일(유급휴일 포함)의 근로 1일당 기본급의 100분의 50을 가산지급할 수 있으며, 휴가근로수당은 회사사정에 의하여 휴가를 시행하지 못하는 경우 근로 1일당 기본급의 100분의 50을 가산하여 지급하는 것으로 규정하고 있다. (나) 급여지급과정을 보면, 청구법인의 예금계좌○○○에서 이○○(청구법인의 감사) 명의 예금계좌○○○로 이체 및 청구법인의 예금계좌○○○에서 한○○(청구법인의 대표이사) 명의 예금계좌○○○로 이체된 후 관련 임원에 대한 급여를 지급한 것으로 나타나고 있고, 청구법인이 조사청의 조사과정에서 제출한 임직원에 대한 추가급여지급사실확인서에 의하면, 청구법인은 2005~2007사업연도에 대표이사 등 임원들에게 신고된 급여 이외에 아래 〈표2〉와 같이 쟁점②금액을 추가적으로 지급한 사실이 있는 것으로 확인서를 작성하였으며(붙임 2005~2007사업연도 오○○, 한○○, 이○○ 인건비 지급명세서 참조), 쟁점②금액을 지급하게 된 것으로 볼 만한 성과평가서 등의 제시는 없다.
○○○ (다) 청구법인이 제시한 임직원에 대한 인건비 지급내역에 의하면, 보수지급일에 기본급 외에 쟁점②금액을 매월 정액으로 각 개인별 예금계좌에 입금시킨 것으로 나타나고 있고, 청구법인의 대표이사 오○○, 이사 한○○, 실장 이○○에 대한 정상적으로 원천징수의무가 이행된 기본급과 추가로 지급한 쟁점②금액을 합한 총급여지급액은 실장 이○○의 2007년도분 4,000천원을 제외하고 정관 및 보수지급규정에서 정하고 있는 한도액[대표이사 오○○(1억 5천만원), 이사 한○○(1억 2천만원), 실장(8천만원)] 범위내에서 지급된 것으로 확인된다. (라) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점②금액의 지급에 관한 근거서류로 2001.3.3. ○○합동사무소에서 인증한 청구법인의 정관, 2003.1.24.자 보수지급규정 건에 대한 임시주주총회 의사록, 2003.1.1.자로 시행하여 적용한 보수지급규정 등 급여지급 관련 증빙을 제시한 데 대하여 처분청은 조사당시 청구법인이 제출한 관련서류가 없었다는 사실만을 근거로 사후적으로 작성한 것이라고 주장하고 있으나 사후적으로 작성한 것이라고 인정할 만한 증빙이 없는 점, 청구법인이 제시한 정관 및 보수지급규정에 의하면 모든 임직원은 기본급으로 책정된 연봉(대표이사 1억 5천만원, 이사 1억 2천만원, 실장 8천만원, 기타 직원 6천만원)을 초과하지 않는 범위내에서 회사사정에 따라 조정하여 기본급을 지급하도록 하고, 특히 회사를 위하여 특별한 공로를 세우거나 동일지위의 임직원에 비하여 업무수행능력이 탁월한 경우 또는 중요한 업무량이 상대적으로 많다고 판단되는 경우에는 기본급을 차등하여 지급적용할 수 있는 것으로 규정하고 있는 점, 청구법인은 구성원이 가족으로 하여 운영되는 법인으로 신선하고 좋은 식자재를 저가로 매입하여 저렴하게 식단을 공급하여 법인의 이미지 제고 및 사업성장을 위하여 청구법인의 대표이사 오○○과 한○○ 및 이○○은 주말 및 공휴일 등 휴일을 반납하고 농산물이 소재하는 농촌을 직접 방문하여 구매작업을 수행함으로써 원재료 매입선 다변화 등을 통하여 청구법인의 설립일 이후 거래업체가 증가하여 조사청의 조사일인 2009.2.13. 현재 ○○대학교 외 17개업체에 단체급식을 제공하는 등 사업이 확장되고 있는 것으로 나타나고 있어 이들의 공로를 인정받은 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 임직원에 대한 인건비 지급내역에 의하면 보수지급일에 오○○ 외 2인에 대하여 기본급 외에 추가적으로 매월 정액으로 기본급 정도(2005~2007사업연도까지 총 쟁점②금액)를 개인별 예금계좌에 입금시킨 점과 총지급받은 연봉(쟁점②금액 포함)도 보수지급규정에서 정하고 있는 기본급의 한도액의 범위내(실장 이○○에 대한 2007년도분 4,000천원 초과분 제외)라는 점 등으로 볼 때 주주총회에서 승인한 보수지급규정에 근거하여 지급한 442,300,000원(2005년 98,000,000원, 2006년 151,300,000원, 2007년 193,000,000원: 이○○에게 지급한 부외인건비 중 4,000천원을 제외한 금액)을 부외인건비로 보아 각 사업연도 소득금액계산시 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점③ (가) 청구법인은 쟁점가공매입금액 중 일부인 663,300,000원을 2005.1.1.부터 2007.3.26.까지 오○○의 ○○은행 예금계좌○○○로 입금하여 보관하다가 2007.3.26. 출금하여 오○○의 다른 계좌인 ○○은행 예금계좌○○○로 이체한 후 동 계좌에서 2007.3.27.~2007.5.23.〈표3〉과 같이 인출하여 ○○대학교 급식설비시설대금 281,871,815원을 지급한 사실이 금융자료 및 ○○은행 입·출금전표 및 장부 등에 의하여 확인된다.
○○○ (나) 청구법인은 2008.10.23. 쟁점토지인 ○○○ 대지 416.2㎡를 2,580,000,000원(2008.10.23. 계약금 258,000,000원, 2008.11.28. 중도금 516,000,000원, 2008.12.22. 잔금 1,806,900,000원)에 매입한 사실이 매매계약서상 확인되고 있으며, 쟁점토지대금의 지급내역을 보면, 2008.2.14. 오○○ 예금계좌에서 88,076,808원을 인출하여 2008.2.14. 이○○의 ○○ 예금계좌○○○로 88,295,000원을 입금한 후 2008.10.16. 이○○ ○○○계좌에서 88,076,000원을 출금하여 토지계약금으로 지급하였고, 2008.2.21. 오○○ 계좌에서 293,351,377원을 인출하여 2008.2.21. 오○○의 ○○○ 예금계좌○○○로 293,351,377원을 계좌이체하여 보관하다가 2008.12.26. 293,351,377원을 출금하여 잔금을 지급한 사실이 청구법인이 제시한 관련 예금계좌 및 전표 등 금융증빙과 매매계약서에 의하여 확인된다. (다) 처분청의 답변서에 의하면, 청구법인이 2007사업연도와 2008사업연도에 오○○과 이○○ 명의 예금계좌에서 인출한 금액으로 쟁점토지 등의 일부대금을 지급한 것은 사실이나 동 자금이 관리되던 예금계좌는 실제 청구법인의 차명 예금계좌가 아니라 가공계산서 등의 수취로 조성된 비자금을 사외유출시켜 오○○에게 귀속시킨 예치금 예금계좌로 쟁점가공매입금액이 이체된 청구법인의 대표이사 오○○ 예금계좌 등은 개인 소유 예금계좌로 청구법인의 차명계좌로 볼 수 없다고 하고 있는 반면, 청구법인은 위 오○○ 예금계좌○○○ 를 청구법인의 차명계좌로 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. (라) 2007사업연도와 2008사업연도에 쟁점③금액에 상당하는 자산취득과 관련한 회계처리를 보면, 청구법인의 대표자 오○○으로부터 쟁점③금액을 수령하여 사업용자산을 취득하고 청구법인의 장부상 보유중이던 현금을 지급한 것으로 회계처리(차변에 해당자산 **, 대변에 현금 )함에 따라 쟁점③금액은 청구법인이 오○○에 대한 가수금(현금 / 가수금 *) 채무를 장부상 누락한 것에 불과한 것으로 나타나고 있다. (마) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 쟁점가공매입금액 중 일부인 663,300,000원을 2005.1.1.부터 2007.3.26.까지 오○○의 ○○은행 예금계좌○○○에 입금하여 보관하다가 2007.3.26. 출금하여 오○○의 다른 계좌인 ○○은행 예금계좌○○○로 이체한 후 동 계좌에서 2007.3.27.~2007.5.23. 인출하여 ○○대학교 급식설비시설대금 281,871,815원을 지급한 사실과 2008.2.14. 오○○ 계좌에서 출금된 자금으로 2008사업연도에 취득한 쟁점토지의 계약금 및 잔금인 총 381,427,377원을 지급한 사실은 있으나 쟁점③금액에 해당하는 자산의 취득대금이 출금된 오○○ 명의 예금계좌가 청구법인의 차명계좌라는 사실을 입증하지 못하고 있는 점, 청구법인의 대표자인 오○○으로부터 쟁점③금액을 수령하여 자산을 취득하였음에도 차변에 해당자산 , 대변에 현금 으로 분개하고 기장함에 따라 청구법인의 장부상 보유중이던 현금지급으로 회계처리한 것으로 나타나고 있어 쟁점③금액은 청구법인이 오○○으로부터 사외유출된 금액을 회수한 것이라기보다는 이미 사외유출된 금액을 오○○으로부터 차입하면서 장부상 가수금(현금 / 가수금 ***) 채무를 누락한 것에 불과한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점③금액을 2005~2007사업연도에 사외유출된 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.