장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.5.1.을 개업일로 하여 주택건설업과 주택임대업을 영위하는 것으로 각각 사업자등록을 한 후 1984.8.1. 서울특별시 강남구 00동 745-1 대지 304.2㎡와 745-2 대지 559.8㎡지상에 3층 연립주택 15가구를 신축한 후 그 중 7가구는 분양하고, 7가구(105호, 106호, 201호, 203, 205호, 301호, 303호)는 임대하다가, 2003.9.8.부터 2005.4.21.까지 임대하던 7가구 중 5가구(106호, 201호, 203호, 205호, 301호, 이하 󰡒쟁점주택󰡓이라 한다)를 양도하였으나 그에 대하여 양도소득과세표준을 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택의 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 기준시가로 환산한 가액으로 하여 과세표준을 산정하여 양도소득세 2003년 귀속분 45,630,150원, 2004년 귀속분 62,877,320원, 2005년 귀속분 52,920,410원을 결정하고, 쟁점주택을 장기임대주택으로 보아 조세특례제한법제97조 제1항에 의하여 양도소득세는 100％ 감면하고, 감면한 양도소득세액을 과세표준으로하여 2009.4.6. 청구인에게 농어촌특별세(100분의 20) 2003년 귀속 7,579,930원, 2004년 귀속12,575,460원, 2005년 귀속 10,584,080원을 결정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.6. 이의신청을 거쳐 2009.10.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1983년에 00세무서장에게 면세사업자(주택건설업)로 사업자등록을 하였고 강남구청장에게 국민주택건설사업자등록과 임대사업자등록을 각각 하였으며, 쟁점주택을 신축할 당시 지출한 건축비와 주택매매가액에서의 손실을 현재가치로 환산하면 413억원의 손해가 발생하였음에도, 단지 청구인이 쟁점주택을 양도하였다 하여 양도소득세분 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 지출한 건축비와 손해 등을 현재가치로 환산하면, 413억원의 손실이 발생하였다고 주장하나 이를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으며, 1999.6.2. 쟁점주택을 포함한 7가구를 임대주택으로 하여 주택임대사업자로 등록(등록번호468번)하였고 주택임대업자(등록번호 213-98-×××××)로 사업자등록을 한 사실을 감안하면, 쟁점주택을 장기임대주택으로 보아 조세특례제한법 제97조 제1항 에 따라 결정한 양도소득세를 전액 감면하고, 농어촌특별세법 제5조 에 제1항 제1호에 의하여 감면받은 양도소득세의 100분의 20인 농어촌특별세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택건설업과 주택임대업으로 각각 사업자등록을 한 청구인이 공동주택을 신축한 후 일부는 분양하고 일부는 임대하다가 양도한 것에 대하여 임대한 후 양도한 주택을 장기임대주택으로 보아 양도소득세를 감면하고 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 제110조 【양도소득과세표준 확정신고 】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용 한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97 조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.

(2) 구 소득세법 시행령(2005.12.31. 법률 제19254호로 개정되기전의 것) 제162조의2 【양도가액】

② 법 제96조 제1항 제5호의 규정에 의하여 자산의 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우는 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다

1. 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률을 위반하여 부동산을 거래한 경 우

3. 미성년자의 명의로 부동산을 취득(상속 또는 증여에 의한 취득을 제외한다) 하여 양도한 경우

4. 1세대의 구성원이 부동산을 양도한 날부터 소급하여 1년 이내의 기간동안 3 회 이상 양도 또는 취득한 경우로서 그 실지 거래가액의 합계액이 3억원 이상인 경우

5. 거래단위별로 기준시가에 의한 양도차익이 1억원 이상인 경우

(3) 구 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다 음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 󰡒임대주택󰡓이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설 임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 200년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입 주된 사실이 없는 주택

(4) 농어촌특별세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지 방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하 거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 제3조 【납세의무자】 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또 는 등록세의 감면을 받는 자 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세 율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

․ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세 ․ 법인세 ․ 관세 ․ 취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다): 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1983.5.1.을 개업일로 하고 서울특별시 강남구 00동 745-1을 사업장소재지로 하여 주택신축판매업으로 사업자등록 (220-91-xxxxx)을 하였다가 2005.12.31. 폐업하였고, 주택입대업으로 사업자등록 (213-98-xxxxx)을 하였다가 1996.7.1. 폐업하였으며, 이와 별도로 청구인은 1999.6.2. 강남구청장에게 쟁점주택을 포함한 7가구를 임대주택으로 하여 주택임대사업자로 등록(468번)하였다.

(2) 쟁점주택의 양도현황은 아래와 같다. (단위: 천원) 구분 양도일 양도가액 비고 301호 2003.9.8. 250,000 매매 106호 2004.1.20. 242,500 매매 203호 2004.11.29. 210,000 매매 205호 2005.1.7. 170,000 경락 201호 2005.4.21. 215,000 매매

(3) 쟁점주택은 청구인과 아들 이00이 각각 2분의 1의 공유지분으로 등기되어 있으나, 이00이 양도소득세를 부과한 것에 대하여 고충민원을 제기하자, 00세무서장은 이00이 쟁점주택의 공유지분을 취득할 당시에 미성년자이므로 청구인을 실제 소유자로 보아 이00에게 부과한 양도소득세를 결정 취소하였다.

(4) 청구인은 쟁점주택에 대하여 신축 당시 손실이 발생하였음에도 장기임대주택으로 보아 양도소득세를 감면하고 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 농어촌특별세법제2조 제1항 및 제3조 제1호에서 조세특례제한법에 의하여 소득세를 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있고, 같은 법 제5조 제1항 제1호에서 감면을 받은 소득세 감면세액에 100분의 20의 세율을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점주택을 취득하여 양도하면서 손실이 발생하였다는 주장에 대하여 입증자료를 전혀 제시하지 못하고 있으며, 주택건설업 사업자등록을 한 것은 사실이지만 주택임대업 사업자등록도 함께 하였으며, 쟁점주택을 취득한 후 분양하기 위하여 지속적으로 노력하지 아니하다가 임대하였고, 1985.5.1.을 개업일로 하여 주택임대사업자등록을 하였다가 1996.7.1. 폐업한 후 1999.6.2. 쟁점주택을 포함한 7가구를 임대주택으로 하여 강남구정장에게 주택임대사업자로 등록한 사실 등을 종합하면, 5년 이상 임대한 건설임대주택인 쟁점주택은 구 조세특례제한법제97조 제1항에 따라 양도소득세를 100분의 100을 감면하는 장기임대주택에 해당된다. (다) 따라서, 청구인이 장기임대주택인 쟁점주택을 양도한 후 양도소득과세표준 신고를 하지 아니한 것에 대하여 처분청이 실지거래가액을 기준으로 양도소득금액을 산정하여 양도소득세를 부과하였다가 전액을 감면하고, 감면한 양도소득세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 적법 ․ 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.