토지와 건물을 일괄 양도시 가액 구분이 불분명할 경우 양도차익의 산정 방법

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.8.4. 취득한 서울특별시 ○○○ 소재 공장건물 토지 753.4㎡, 건물 487.67㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2008.6.30.에 총 26억원에 양도하고 2008.7.25. 2008년 제1기 확정 부가가치세 과세표준 및 세액신고는 6억원을 건물의 공급대가로 하여 신고하고, 양도소득세 예정신고도 2008.8.31. 토지 ․ 건물가액을 각각 20억원 및 6억원으로 하여 신고하고, 2009.5.28. 위 부가가치세 신고분에 대하여 20,491,721원을 건물의 공급대가로 하여 경정청구(부가가치세 환급세액 52,682,750원)를 하였으나, 2009.7.27. 처분청에서는 당초 신고한 부가가치세 신고내용(건물 공급대가 6억원)이 타당하다며 이를 거부하였으며, 2009.5.31. 2008년 귀속 양도소득세 확정신고시에는 토지․ 건물의 양도 당시의 각각의 기준시가(토지 1,657,480,000원, 건물 13,167,090원)의 비율로 안분하여 토지 양도가액 2,579,508,279원, 건물 양도가액 20,491,721원으로 하여 양도소득세를 신고 ․ 납부한 후, 다시 2009.7.31. 건물 양도가액을 6억원으로 하여 신고한 예정신고가 정당한 신고라며 확정신고시 납부한 세액(양도소득세 227,1150,420원)을 환급해 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 2009.10.5. 처분청은 토지 ․ 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 이를 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 양도후 2008.8.31. 건물 양도가액을 매매계약서상의 금액 6억원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분처어 양도소득세 담당자가 토지 ․ 건물 양도가액이 적정하지 않다며 확정신고시 추가신고납부하지 않으면 추징하겠다고 하여 가산세부담을 고려하여 확정신고시 자진신고 ․ 납부하고 경정청구하기로 하였다. 쟁점부동산을 취득한 김준현은 2009.2.23. 양도가액 32억원(토지 23억4천만원, 건물 8억6천만원)으로 하여 김상교와 부동산매매계약을 체결하고 2009.5..8. 영등포구청장으로부터 토지거래 허가를 받을 당시 지적과 담당공무원이 직접 현장확인하였으며, 처분청 부가가치세과에서도 청구인이 기신고 ․ 납부한 2008년 제1기 부가가치세 과세표준 및 세액이 쟁점부동산 건물가액이 과다하게 신고된 관계로 과다하게 납부한 부가가치세를 환급해 줄 것으로 하는 내용의 부가가치세 경정청구를 거부한 바도 있어 동일한 쟁점으로 처분청 부가가치세과와 재산세과의 처분의견이 서로 다르며, 트레인시설만 하더라도 10억원 이상이 되며, 청구인의 확인서 및 내역서를 보더라도 건물가액 222백만원, 건물부대시설로 배전반공사와 변전실공사는 각각 195백만원 및 220백만원으로 총 6억원이 넘으며 건축물관리대장으로만 건물가액을 평가해서는 안되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1983년 토지 ․ 건물을 취득한 이후 간평장부 외에는 기장한 적이 없고, 청구인이 주장하는 변전실 및 배전반 공사비는 지출증빙이 없을뿐더러 10여년 이상 시간이 흘러 설사 공사를 실제 했다고 하더라도 감가상각이 이미 끝난 자산으로 건물가액이 6억원으로 표시하는 근거가 될 수 없다고 판단되며, 추후 쟁점부동산을 양수한 매수인이 동 부동산을 양도하면서 토지 23억 4천만원, 공장건물 8억6천만원에 토지거래허가를 관할관청인 영등포구청으로부터 받았으므로 양도 당시 토지, 건물 등의 가액이 불분명한 것으로 경정청구 거부통지한 것은 잘못이라고 주장하나, 이는 쟁점부동산이 양도된 후의 거래로서 이를 근거로 청구인이 쟁점부동산 건물가액이 정당하다고 볼 수 없으며, 또한 쟁점부동산 양수인이 부동산매매계약서상에 표시된 건물가액 8억6천만원이 정당하다는 결정을 받은 사실이 없으므로 토지, 건물가액을 객관적인 근거없이 임의로 산정한 경우에 해당되므로 이 건 처분은 타당하다(조심 2008서3565, 2008.12.30., 조심 2008서590, 2008.5.20. 및 대법원 2008두14173, 2008.10.23. 같은 뜻임).

• 가. 쟁점 청구인이 토지 ․ 건물을 일괄양도하면서 부동산매매계약서상의 토지와 건물가액을 구분하였으나 토지 ․ 건물가액이 불분명한 것으로 보아 실제 양도가액을 양도 당시 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(안분계산)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① ~ ⑤ (생략)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

① ~ ③ (생략)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 2008.6.30.에 총 26억원에 양도하고 2008.7.25. 2008년 제1기 확정 부가가치세 과세표준 및 세액신고는 6억원을 건물의 공급대가로 하여 신고하고, 양도소득세 예정신고도 2008.8.31. 토지 및 건물가액을 각각 20억원 및 6억원으로 하여 신고하고, 2009.5.28. 위 부가가치세 신고분에 대하여 20,491,721원을 건물의 공급대가로 하여 경정청구(부가가치세 환급세액 52,682,570원)를 하였으나, 2009.7.27. 처분청에서는 당초 신고한 부가가치세 신고내용(건물 공급대가 6억원)이 타당하다며 이를 거부하였으며, 2009.5.31. 2008년 귀속 양도소득세 확정신고시에는 토지 ․ 건물의 양도 당시의 각각의 기준시가(토지 1,657,480,000원, 건물 13,167,090원)의 비율로 안분하여 토지 양도가액 2,579,508,279원, 건물 양도가액 20,491,721원으로 하여 양도소득세를 신고 ․ 납부한 후, 다시 2009.7.31. 건물 양도가액을 6억원으로 하여 신고한 예정신고가 정당한 신고라며 확정신고시 납부한 세액(양도소득세 227,150,420원)을 환급해 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 2009.10.5. 처분청은 토지 ․ 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 이를 거부한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 양도가액이 6억원이라고 주장하며 쟁점부동산 매매계약서, 2008년 제1기 확정 부가가치세 확정신고서, 2008년귀속 양도소득세 예정신고서, 2008년 제1기 과세기간 부가가치세 경정청구서, 2008년귀속 양도소득세 확정신고서 및 2008년귀속 양도소득세 경정청구서를 제시하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 청구인과 매수인 김준현과 2008.4.14.자로 계약한 쟁점부동산 매매계약서의 매매대금은 토지 20억원, 건물 6억원, 총 26억원으로 나타난다. (나) 2008.7.25. 신고한 2008년 제1기 부가가치세 확정신고서의 쟁점부동산 공급가액은 545,454,545원(공급대가 6억원), 2008.8.31. 신고한 2008년 귀속 양도소득세 예정신고서의 쟁점부동산 양도가액은 토지가액 20억원, 건물가액 6억원, 쟁점부동산의 취득가액(양도가액으로 환산)은 토지 환산가액 343,087,272원, 건물 환산가액 905,333,297원, 2009.5.28. 청구하여 2009.7.27. 처분청으로부터 거부된 2008년 제1기 과세기간 부가가치세 경정청구서의 쟁점부동산 건물 공급가액은 20,491,721원(실지거래가액을 양도 당시의 토지 기준시가 1,657,480,000원, 건물 기준시가 13,167,090원의 비율로 안분), 2009.5.31. 신고한 2008년 귀속 양도소득세 확정신고서의 쟁점부동산 양도가액은 토지가액 2,579,508,279원, 건물가액 20,491,721원, 쟁점부동산 취득가액(양도가액으로 환산)은 토지 환산가액 442,498,229원, 건물 환산가액 30,919,728원, 추가 납부세액 227,150,420원, 2009.7.31. 청구하여 2009.10.5. 처분청으로부터 거부된 2008년귀속 양도소득세 경정청구서는 쟁점부동산 양도가액은 토지가액 20억원, 건물가액 6억원으로 나타난다.

(3) 소득세법제100조 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항규정에 의하면, 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의할 때는 취득가액도 실지거래가액에 의하며, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등에 대한 같은 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 실지거래가액을 공급계약일 현재의 토지, 건물의 기준시가에 따라 안분계산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

(4) 살피건데, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 양수인이 영등포구청장으로부터 토지거래 허가를 받을 당시 지적과 담당공무원이 직접 현장확인후 양도가액 32억원(토지 23억4천만원, 건물8억6천만원)으로 하여 양도한 사실이 있고, 처분청 부가가치세과도 건물 공급대가를 6억원으로 하여 한 부가가치세 신고도 정당하다며 부가가치세 경정청구를 거부한 바도 있고, 크레인시설만 하더라도 10억원 이상이 되며, 건물가액 222백만원, 건물부대시설로 배전반공사와 변전실공사는 각각 195백만원 및 220백만원으로 총 6억원이 넘으며 건축물관리대장으로만 건물가액을 평가해서는 안된다고 주장하고 있으나, 크레인시설만 10억원 이상이라면 크레인시설은 쟁점부동산과 별도로 계약내용에 포함되어 있는 것이 타당할 것으로 보이며, 배전반공사와 변전실공사가 각각 195백만원 및 220백만원이라면 이를 입증할 수 있는 증빙 및 기타 토지가액과 건물가액을 구분할 수 있는 장부상 가액 또는 감정가액 등 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있고, 쟁점부동산의 건물가액 6억원은 쟁점부동산의 양도가액(26억원)에서 차지하는 비율이 23.076%인데 비하여 기준시가로 산정한 건물가액(13,167,090원)은 기준시가로 산정한 쟁점부동산의 양도가액(1,670,647,000원) 중 0.788%에 불과하여 청구인이 신고한 건물가액(6억원)의 비중이 지나치게 높은 것으로 나타나는 점 등으로 미루어 보아 실지거래 양도가액을 공급계약일 현재의 토지, 건물의 기준시가에 따라 안분하여 건물 양도가액을 산출하여 양도차익을 계산한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2009서80, 2008.4.30. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.