[요지] 법인의 토지 등 양도소득 계산관련 재고자산인 토지의 매출원가를 산정함에 있어 토지면적비율로 매출원가를 산정하는 것보다 토지의 기준시가로 안분계산한 것이 타당함
[요지] 법인의 토지 등 양도소득 계산관련 재고자산인 토지의 매출원가를 산정함에 있어 토지면적비율로 매출원가를 산정하는 것보다 토지의 기준시가로 안분계산한 것이 타당함
[참조결정] 조심2009서3769 /
[주 문]
1. OO세무서장이 2009.7.6. 청구법인에게 부과한 2008.1.1.～2008.12.31.사업연도 법인세 575,228,840원의 부과처분은 청구법인이 당해 사업연도에 OOOO OOO OOO OOO OOOOO 외 54필지 58,204㎡중 43필지 38,487㎡를 양도하고 얻은 수입금액에 대응되는 매출원가(취득가액 및 취득세 등 기타필요경비)를 전체토지 중 양도된 각 토지별 기준시가를 기준으로 안분계산하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점① 관련 청구법인이 귀속시기의 착오로 인하여 2008사업연도에 계상하여야 할 쟁점매출누락액을 2009사업연도에 계상한 사실은 인정하나, 처분청은 쟁점토지의 매출원가를 전체 취득토지에 대하여 양도한 토지(쟁점토지)의 면적으로 안분계산1)1)하여 확정한 매출원가보다 과대계상된 것으로 판단한 22,292,330원을 손금불산입하였으나, 청구법인이 2008사업연도에 판매한 개별 쟁점토지의 매출원가는 면적기준으로 계산할 것이 아니라, 전체토지 및 쟁점토지의 각 필지별 기준시가에 의하여 안분계산2)2)하고 이를 합산하여 쟁점토지의 매출원가를 계산하는 것이 정당한 바, 위 22,292,330원을 손금불산입한 처분은 취소하고, 청구법인이 각 필지별 개별공시지가를 기준으로 계산한 매출원가(2,326,926,118원)와 당초 신고한 매출원가(2,280,663,700원)와의 차액(46,262,418원)을 쟁점매출누락액에 대응하는 매출원가로 손금산입하여야 한다.
(2) 쟁점② 관련 청구법인이 쟁점토지 판매를 위하여 텔레마케터비용으로 지출한 쟁점판매수수료는 사업소득으로 원천징수하고 법인세 신고시 손금산입한 것으로서 법인세법령에서 정하는 대로 복식부기에 의하여 장부에 이미 계상되었고,법인세법에서는 취득가액과 양도비의 개념을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 청구법인이 쟁점판매수수료를 법인의 토지 등 양도소득 계산시 양도금액에서 차감하는 장부가액으로 보아 법인세를 신고한 것은 정당하고, 처분청이법인세법제55조의2 제6항에서 규정하는 장부가액을 취득가액에서 자산재평가차액과 감가상각충당금 등을 가감하여 계산한 금액이라 하고, 동 쟁점판매수수료를 양도비라 하여 장부가액을 건물 등 고정자산의 취득가액에 한정하여 해석한 것은국세기본법제18조에서 규정하는 세법해석의 기준 즉, 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 반하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하는 것으로 조세법의 원칙인 조세법률주의, 실질과세원칙 및 헌법을 위반하여 부당하다.
(1) 쟁점① 관련 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고시 재고자산에 해당되는 토지의 취득세, 등록세 등 기타필요경비 114,210천원(이하 “쟁점매출원가”라 한다)까지 모두 일괄하여 매출원가에 가산하는 등 당초부터 매출원가가 과대계상되어 있었던 바, 이 중 매출누락으로 확인된 쟁점매출누락액에 대응하는 매출원가를 감안하고도 과대계상된 22,292,330원을 익금산입한 처분은 정당하며, 법인세 조사당시 세무대리인도 당초 법인세 신고시 착오 등으로 매출원가 114,210천원이 일괄하여 계상된 사실을 시인한 바 있다.
(2) 쟁점② 관련 법인세법제55조의2 제6항은 “토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 것으로 한다”고 규정하고 있으며, 여기서 장부가액이란 취득가액에서 자산재평가차액과 감가상각충당금 등을 가감하여 계산한 금액으로 양도비는 이에 포함되지 아니하며,소득세법제97조(양도소득의 필요경비계산) 제1항 제4호3)는소득세법상 거주자에 적용되는 법률이고, 법인의 각 사업연도소득에 대한 일반 법인세액에 추가하여 납부하는 법인의 양도소득에 대한 과세는법인세법의 규정이 적용되어야 하며, 텔레마케터비용인 쟁점판매수수료는 청구법인의 각 사업연도 소득계산시 판매수수료로 차감되어 이미 공제에 반영된 바, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가과세규정의 입법취지 등을 감안할 때 조세평등주의 및 실질과세원칙에 위배되지 아니하므로, 청구법인이 쟁점토지의 취득가액에 산입하여 양도차익을 과소계상한 쟁점판매수수료를 부인하고 양도소득금액을 재계산하여 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 매출누락액에 대응하는 매출원가(취득가액)를 필지당 개별공시지가를 기준으로 재계산하여 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부
② 양도비용인 판매수수료가 법인의양도소득 계산시 양도금액에서 차감하는 장부가액에 포함되는지 여부
(1) 쟁점① 관련 (가) 법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의 18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은대통령령으로 정한다. (나) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대
(2) 쟁점② 관련 (가) 법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것) 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (후단 생략)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 것으로 한다. 제112조【장부의 비치ㆍ기장】납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. (단서 생략) (나) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (다) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. (라) 구 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 폐지된 것) 제99조【과세표준】③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 취득가액. (단서 생략) 2.토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 귀속시기의 착오로 2009사업연도에 매출액으로 계상하여 2008사업연도 매출누락액으로 익금산입된 281,410,000원(쟁점매출누락액)에 대하여는 다투지 아니하나, 처분청은 쟁점토지의 매출원가(취득가액과 기타 필요경비)를 전체토지의 면적 대비 쟁점토지의 면적으로 안분계산하여 그 취득가액을 2,280,663,700원, 법인세 과세표준(양도차익)을 1,566,096,000원으로 하여 이 건 법인세를 경정·고지하면서, 매출원가가 과대계상되었다는 이유로 22,292,330원을 손금불산입하였으나, 매출원가를 면적을 기준으로 안분계산한 것으로 부당하므로, 전체토지및 쟁점토지의 각 필지별 개별공시지가(기준시가)를 기준으로 안분계산하여야 그 가액을 매출원가로 인정하여 손금산입하여야 한다고 주장하는 바, 청구법인의 주장대로 계산할 경우 그 매출원가는 2,326,926,118원으로서 이를 반영한 법인세 과세표준은 1,519,833,582원이므로, 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서에 의하여 확인되는 과세표준(양도차익) 1,566,096,000원과의 차액은 46,262,418원임을 알 수 있다. (나) 이에 대하여, 처분청은 2008사업연도 법인세 신고시 이미 재고자산에 해당되는 취득세 등 기타필요경비인 쟁점매출원가가 양도된 쟁점토지의 매출원가에 일괄계상되어 있어 매출누락분에 대응하는 매출원가를 감안하였음에도 불구하고, 22,292,330원을 추가로 손금불산입하였으며, 당시 청구법인의 세무대리인도 법인세 조사시 이와 같은 사실을 시인하였다는 의견이다. (다) 처분청과 청구법인이 계산한 전체토지 및 쟁점토지의 취득가액 내역 등은 아래 <표1>과 같은 바, 청구법인은 취득가액 차액(B-A)만큼을 매출원가로 인정하여 추가로 손금산입하여야 한다고 주장하는 것이다. <표1> 전체토지 및 쟁점토지의 취득가액 내역 등 (OO O O, OO) (라) 청구법인의 주장과 관련하여 처분청에 확인한 바, 담당조사관은 쟁점토지의 매출원가를 면적을 기준으로 산정한 것은 사실이나, 매출원가에는 취득가액 외에 기타 필요경비도 포함되어 있는 바, 청구법인이 기준시가를 기준으로 계산한 가액이 정확한 것인지에 대하여는 의문이 있다는 답변을 하였다. (마) 살피건대, 이 건은 전체토지 중 일부인 쟁점토지의 매출분에 대하여 과세한 경우로서, 각 개별토지의 개별공시지가가 달라 각 취득 및 양도토지에 대한 기준시가 또한 모두 다른 바, 전체토지가 매출된 것이라면 그 기준이 면적이든지 아니면 기준시가이든지에 관계없이 그 매출원가는 동일하게 되나, 아직 판매되지 아니한 토지까지 포함한 전체토지의 면적을 기준으로 안분하여 매출원가를 계산하여 22,292,330원이 과대계상되었다는 이유로 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 보이는 바, 처분청이 쟁점토지의 매출원가를 각 토지별 기준시가를 기준으로 안분계산하여 그 결과에 따라 이 건 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점토지 판매를 위하여 텔레마케터비용으로 지출한 쟁점판매수수료(1,228,845천원)를 장부가액에 포함하여 법인세를 신고하였으며, 토지 등에 대한 양도소득 계산시 양도금액에서 차감하는 장부가액에 대하여법인세법및 같은 법 시행령에서 별도로 규정하고 있지 아니하고, 같은 법 제112조에서 장부를 복식부기에 의하여 기장하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 장부에 기장하고 귀속자에 대한 사업소득으로 원천징수하여 기 신고한 쟁점판매수수료를 장부가액에 포함하여 법인세를 신고한 것은 정당하며, 쟁점토지의 양도가액(3,846,760천원)에서 취득가액(2,326,926천원)과 쟁점판매수수료(1,228,845천원)를 차감한 양도차익이 290,990천원에 불과한 바, 이를 초과하여 과세한 부분은 실질소득이 아니므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다. (나) 처분청은법인세법제55조의2 제6항은 “토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 것으로 한다”고 규정하고 있으며, 여기서 장부가액이란 취득가액에서 자산재평가차액과 감가상각충당금 등을 가감하여 계산한 금액으로 양도비는 이에 포함되지 아니하며,소득세법제97조(양도소득의 필요경비계산) 제1항 제4호는소득세법상 거주자에 적용되는 법률이고, 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하는 법인의 양도소득에 대한 과세는법인세법의 규정이 적용되어야 하며, 청구법인은 쟁점판매수수료(1,228,845천원)를 법인의 소득금액 계산시 양도비에 포함되는 판매수수료로 보고 취득가액에 산입하는 등 양도차익을 과소계상한 바, 이를 부인하고 양도소득금액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. (다) 법인의 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 따른 특별부가세의 과세표준은 양도가액에서 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제한 금액으로 한다고 규정한 구법인세법제99조는 2001.12.31. 법률 제6558호로 폐지되고, 같은 법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)가 같은 날 신설되었다. (라) 살피건대,법인세법제55조의2의 규정에 따라 추가로 납부하는 법인세를 산출하는 양도소득금액은 같은 법 제6항에서 ‘양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다’고 규정하고 있는 바, 동 규정상 장부가액이라 함은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 것이므로 양도자산이 토지인 이 건의 경우 취득가액이 장부가액이고, 판매수수료 등은 법인의 결산서상 당기순이익 계산시 차감되어 각사업연도 소득금액 계산시 이미 공제된 것이며, 동 조항에 과세대상으로 비사업용 토지를 추가한 이유가 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 것인 점에 비추어(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO), 처분청이 쟁점판매수수료를 위 제6항의 장부가액에 포함되지 아니하는 양도비에 해당하는 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.