[요지] 청구법인이 감가상각특례자산으로 제출한 유형고정자산에 대하여 처부청에서 취득시기 및 자산 분류번호의 연계성 등 실제 감가상각특례자산에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준및 세액을 경정하는 것이 타당함
[요지] 청구법인이 감가상각특례자산으로 제출한 유형고정자산에 대하여 처부청에서 취득시기 및 자산 분류번호의 연계성 등 실제 감가상각특례자산에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준및 세액을 경정하는 것이 타당함
[참조결정] 조심2009서0457
[주 문] OOO세무서장이 2009.6.10. 청구법인에게 한 2005 ～ 2007사업연도분에 대한 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분은,
1. 청구법인이 2003.7.1. ～ 2004.6.30. 기간 중 취득한 감가상각특례자산에 대한 감가상각비를 손금산입하여 경정청구한 2005 ～ 2007사업연도 법인세 48,294,147,953원(2005사업연도 22,788,918,060원, 2006사업연도 15,939,888,351원, 2007사업연도 9,565,341,543원)은 청구법인이 감가상각특례자산으로 제출한 유형고정자산이 조세특례제한법제30조의 규정에 의한 감가상각특례자산에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 이를 각하한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 본안심리 대상에 해당하는지 여부 (가)처분청은 청구법인에 대한 OOO국세청장의 세무조사 결과 감가상각비 한도초과액 등에 대하여 경정·결정을 하였으므로 감가상각비의 손금산입특례에 대한 경정청구가 불가하다고 주장하고 있으나, 법인세 세무조사시 경정한 사항은 건물에 대한 내용연수 적용오류로 인한 결산조정 감가상각비 부인(법인세법제23조 및 같은 법 시행령 28조)인 반면, 청구법인이 경정청구한 사항은 감가상각비의 손금산입특례(조세특례제한법제30조 및 같은 법 시행령 제27조)에 의한 신고조정 손금산입으로 별개의 사안이며, 설령 동일사안에 해당한다 하더라도, 과세표준 신고분과 과세관청 경정분을 별개로 보아 각각 경정청구기간(3년)과 불복청구기간(90일)을 적용하는 것인 바, 청구법인이 경정청구한 감가상각비 손금산입특례는 기 신고한 세액에 대한 감액 경정청구이므로 경정청구기간 3년이 적용되어야 한다. (나)경정청구 거분처분의 취소를 구하는 불복청구에 대한 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부 즉, 청구취지이고, 청구이유는 당해 청구취지가 정당함을 입증하기 위한 공격 및 방어의 수단에 불과한 것으로서 불복청구 도중에도 얼마든지 변경할 수 있는 것인 바OOO, 청구법인은 당초 신고한 2005 ～ 2007사업연도 과세표준신고서에 기재된 과세표준이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준을 초과하였으므로 이를 경정할 것을 청구한 것이고, 당해 청구취지를 입증하기 위하여 경정청구시 제출하였던 감가상각비의 손금산입특례 대상금액이 심판청구 과정에서 변경될 수 있는 것인 바, 당초 경정청구 금액을 초과하는 13,084백만원도 본안심리 대상에 해당한다.
(2) 이 건 경정청구에 따라 감가상각비의 손금산입특례 규정을 적용하여 경정이 가능한지 여부 (가) 조세특례제한법제30조 및 같은 법 시행령 제27조의 규정은 상각범위액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다 라고 규정하고 있는 바, 감가상각특례 규정은 내국법인이 그 적용대상 시기 및 금액을 선택하여 적용할 수 있는 선택규정이므로 취득일이 속하는 사업연도 이후의 사업연도라 하더라도 당해 특례규정을 선택하여 최초로 적용할 수 있는 것이다. (나) 설령, 청구법인의 경정청구를 내용연수의 변경으로 볼 경우, 변경된 단축내용연수에 의한 감가상각비 손금산입은 결산조정사항으로서 과거 2005 ～ 2007사업연도 분에 대해 단축된 내용연수에 의한 감가상각비를 장부상 계상하지도 않고 지금 시점에 와서 과거 사업연도분에 대해 경정청구를 한다는 것은 결산조정사항의 의미상 당연히 경정의 대상이 되지 않는다 할 것인 바, 이 건 경정청구는 법인세법 시행령제29조에서 규정하고 있는 내용연수 변경에 따른 결산조정 감가상각비에 대한 경정청구가 아니라 조세특례제한법제30조의 감가상각비 손금산입 신고조정 누락에 대한 경정청구로서 내용연수를 변경하는 것이 아니라 특례내용연수(기준내용연수에 기준내용연수의 50%를 차감한 내용연수)를 적용하여 계산한 상각범위액과 당초 법인세 신고서상 계상된 결산조정 감가상각비의 차이에 대해 신고조정으로 손금산입 하고자 하는 것이다. (다) 처분청은 감가상각특례자산 취득일이 속하는 2003 ～ 2004사업연도를 경정하여야만 2005 ～ 2007사업연도에 대해 특례상각 손금산입이 가능한 것으로 보고 있으나, 조세특례제한법상 특례상각은 해당 사업연도별로 법인의 선택에 따라 적용되는 것으로, 유형자산의 취득원가는 그 취득한 연도에 일시에 손금으로 계상되는 것이 아니라 감가상각을 통해 손금화되는 것으로서 손금화되는 각 사업연도별로 선택 적용이 가능한 것으로 보는 것이 타당하다.
(3) 경정청구시 제출한 유형고정자산이 조세특례제한법제30조의 감가상각특례 적용요건을 충족하는지 여부 청구법인은2006년부터 새로운 자산관리시스템(이하 “ERP시스템”이라 한다)으로 회계장부를 전환하여 자산관리번호가 일부 변경되고 일부 자산의 경우 자산 구분단위가 보다 세밀해졌으며, 이에 따라 경정청구시 제출한 특례대상 유형고정자산 내역이 완전하지 못한 부분이 있었으나, 심판청구시 제출한 특례대상 유형고정자산은 이를 보완하여 2006년도 이후의 새로운 자산관리시스템 상의 자산관리번호 기준에 맞추어 감가상각명세서를 재작성하여 경정청구시 미흡하였던 2005년 및 2006 ～ 2007년 감가상각명세서 간의 연계성을 보완하였으므로 감가상각특례 적용요건에 부합하지 않는다는 처분청의 주장은 유효하지 아니하다.
(1) 본안심리 대상에 해당하는지 여부 (가) 국세기본법제45조의2 제1항에서는 경정청구 기한을 각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간 이내인 경우로 규정하고 있고, 처분청은 OOO이 2008.6.2.부터 2008.8.11.까지 청구법인에 대하여 실시한 법인세 통합조사 결과에 따라 2008.10.1. 청구법인의 2003 ～ 2007사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정을 하였으며, 이 건 경정청구는 2005 ～ 2007사업연도 법인세 경정청구로서 해당 사업연도에 대하여 법인세법에 따른 경정이 있었고, 당해 경정에 대한 불복청구기간이 경과하여 그 처분이 확정되어 경정청구 대상이 되지 아니하므로 경정 거부한 당초 처분은 정당하다. (나)청구법인은 당초 경정청구시에는 감가상각특례에 의한 손금산입액을 2005 ～ 2007사업연도193,176백만원으로 하였다가 이 건 심판청구시에는 245,513백만원으로 하여 52,336백만원을 추가 한 바, 당초 경정청구액을 초과하는 세액 13,084백만원은 경정청구 없이 심판청구를 한 것이므로 각하 대상에 해당한다.
(2) 이 건 경정청구에 따라 감가상각비의 손금산입특례 규정을 적용하여 경정이 가능한지 여부 (가) 조세특례제한법 시행령제27조에서는 감가상각특례를 적용받기 위해서는 감가상각특례신청서에 신고내용연수를 연단위로 기재하여 자산의 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 납세지관할세무서장에게 제출하여야 하고, 감가상각특례자산에 대하여 자산별·업종별로 적용한신고내용연수는 이후의 과세연도에 있어서도 계속하여 당해 내용연수를 적용하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 내용연수의 특례 및 변경에 관한 사항을 규정하고 있는 법인세법 시행령제29조에서는 내용연수의 변경승인을 얻고자 하는 때에는 그 변경할 내용연수를 적용하고자 하는 최초 사업연도의 종료일 이전 3월이 되는 날까지 내용연수 변경승인 신청서를 제출하고납세지 관할 지방국세청장의 승인을 얻어 내용연수를 변경할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 제출한 경정청구 내용대로 감가상각특례자산 취득일이 속한 2003 ～ 2004사업연도는 경정하지 아니하고 2005사업연도 이후 사업연도에 대해서만 기준내용연수의 50%를 적용하여 경정할 경우 동일한 특례자산에 대해 2003 ～ 2004사업연도에적용한 내용연수를 2005사업연도부터 변경하게 되는 효과가 발생한다. (다) 따라서, 2003.7.1. ～ 2004.6.30. 기간 중 취득한 유형고정자산에 대한 감가상각비가 신고조정사항으로 경정청구의 대상이 될 수 있다 하더라도, 2005 ～ 2007사업연도만 경정함으로서 내용연수 변경효과가 초래되어 조세특례제한법 시행령제27조 제5항의 감가상각특례자산에 대하여 자산별·업종별로 적용한신고내용연수는 이후의 과세연도에 있어서도 계속하여 당해 내용연수를 적용하여야 한다 는 규정에 위배되고, 특례내용연수의 변경 또한 지방국세청장의 승인사항으로 승인일이 속하는 과세연도부터 변경내용연수를 적용할 수 있는 바, 내용연수의 변경 없이 경정하고자 한다면 투자개시 시점인 2003 ～ 2004사업연도를 경정하여야 하나 해당 사업연도 역시 경정청구기간이 도과하여 경정청구 대상에 해당하지 아니한다. 만일, 청구법인 주장대로 취득 또는 투자개시 사업연도 이후에도 유형고정자산의 잔존가액이 있는 경우 특례내용연수를 적용하여 경정청구가 가능하다고 한다면 취득 또는 투자개시 사업연도로부터 수십년(철근콘크리트건물 40년, 기계장치 20년등)이 지난 후에도 경정청구가 가능하게 되므로 이는 세법에서 정한 장부·증빙 보관기간 및 부과제척기간 등에 비추어 볼 때 받아들이기 어려우므로 경정거부한 당초 처분은 정당하다.
(3) 경정청구시 제출한 유형고정자산이 조세특례제한법제30조의 감가상각특례 적용요건을 충족하는지 여부 (가) 조세특례제한법제30조의 규정은 감가상각특례를 적용하기 위해서는 자산종류가 유형고정자산이고, 그 취득일이 2003.7.1. ～ 2004.6.30. 기간중이며, 자산종류별로 기준내용연수가 적정하게 분류되었는지 여부가 확인되어 특례자산에 해당한다는 사실이 명백히 입증되어야 하는 바, 청구법인이 경정청구시 제출한 특례대상 유형고정자산 내역을 검토한 결과 2005년, 2006년의 감가상각특례자산의 수량이일치하지 아니하고, 자산 분류번호도 대응이 되지 아니하여 자산종류별기준내용연수가 적정하게 분류되었는지 여부가 확인되지 아니한다. (나) 청구법인은 ERP시스템의 도입으로감가상각특례 대상자산의 분류번호가 변경되거나 분리되더라도 그 자산의 취득일은 당연히 같아야 함에도 자산별 취득일조차 일치하지 아니하여 경정청구한 자산이 감가상각특례자산에 해당하는지 여부가 명확하게 입증되지 아니하는 바, 청구법인의 경정청구는 감가상각특례 대상자산을 개별 자산별로 분류하여 청구한 것이 아니라 임의적으로 2005년과 2006년 특정계정과목 누적합계액을 대응시켜 특례자산을 추출하여 청구함으로서 개별자산별 상각범위액을 산정할 수 없어 감가상각특례 적용요건에도 부합하지 아니하므로 경정을 거부한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 경정청구 기간의 도과 여부 및 경정청구를 거치지 아니한 세액 13,084백만원이 본안심리 대상인지 여부
(2) 이 건 경정청구에 따라 감가상각비의 손금산입특례 규정을 적용하여 경정이 가능한지 여부
(3) 경정청구시 제출한 유형고정자산이 조세특례제한법제30조의 감가상각특례 적용요건을 충족하는지 여부
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때
3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과후에 발생한 때
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제55조 (불 복) ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
(2) 조세특례제한법(2003.12.30, 법률 제7003호로 개정된 것) 제30조 (감가상각비의 손금산입특례) ① 내국인이 사업에 사용하기 위하여 대통령령이 정하는 고정자산을 2004년 6월 30일까지 취득하거나 투자를 개시하는 경우 당해 고정자산에 대한 감가상각비는 각 과세연도의 결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하였는지 여부와 관계없이 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
② 제1항의 규정에 의한손금산입특례를 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 취득시기, 투자의 개시시기, 감가상각비의 손금계상방법 및 상각범위액을 초과하는 금액의 처리방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제7003호, 2003.12.30.> 제1조 (시행일) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 제11조 (감가상각비의 손금산입특례에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후에 고정자산을 취득하거나 투자를 개시하는 분중에서 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 법인세법 제60조의 규정에 의한 과세표준신고기한이 이미 도래한 법인에 대하여는 제30조제2항의 개정규정에 의한 특례신청에 따라 해당 취득일 또는 투자개시일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 적용한다.
(3) 조세특례제한법 시행령 제27조 (감가상각비의 손금산입 특례) ① 법 제30조제1항에서 "대통령령이 정하는 고정자산"이라 함은 법인세법시행령 제24조제1항제1호 및 소득세법시행령 제62조제2항제1호에 해당하는 유형고정자산(이하 이 조에서 "감가상각특례자산"이라 한다)을 말한다. 다만, 법인세법시행령 제28조제1항제1호 및 소득세법시행령 제63조제1항제1호의 규정에 의한 시험연구용자산은 재정경제부령이 정하는 요건을 만족하는 경우에 한하여 감가상각특례자산으로 본다.
② 법 제30조제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 법인세법시행령 제28조제1항 및 소득세법시행령 제63조제1항의 규정에 불구하고 제3항의 규정에 의한 내용연수와 상각률을 적용하여 법인세법시행령 제26조제1항 및 소득세법시행령 제64조제1항의 규정에 의한 방법으로 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 그 감가상각방법은 내국인이 법인세법시행령 제26조제3항 또는 소득세법시행령 제64조제2항의 규정에 의하여 신고한 방법을 사용하여야 하며, 감가상각방법의 적용 및 구체적인 상각범위액의 계산방법에 대하여는 법인세법시행령 제26조제2항·제4항 내지 제9항 및 소득세법시행령 제62조제1항 후단, 제64조제3항·제4항, 제66조 및 제71조의 규정을 준용한다.
③ 제2항의 규정에 의한 상각범위액을 계산함에 있어서 내용연수 및 상각률은 법인세법시행령 제28조제1항제2호 및 소득세법시행령 제63조제1항제2호의 규정에 의한기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 50을 가감한 내용연수(1년 미만은 없는 것으로 한다)의 범위 안에서 내국인이 선택하여 제4항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 이 조에서 "신고내용연수"라 한다) 및 그에 따른 상각률로 한다. 이 경우 사업연도가 1년 미만인 법인의 내용연수 계산방법은 법인세법시행령 제28조제2항의 규정을 준용한다.
④ 법 제30조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 재정경제부령이 정하는감가상각특례신청서에 신고내용연수를 연단위로 기재하여 자산의 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 내국인이 감가상각특례신청서에 내용연수를 기재하지 아니한 경우에는 감가상각특례신청을 하지 아니한 것으로 본다.
⑤ 내국인이 제3항의 규정에 의하여 감가상각특례자산에 대하여 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수는 이후의 과세연도에 있어서도 계속하여 당해 내용연수를 적용하여야 한다.
⑥ 내국인이 법인세법시행령 제27조 및 소득세법시행령 제65조의 규정에 의하여 감가상각방법을 변경한 경우에는 감가상각특례자산에 대하여도 변경된 감가상각방법을 적용하여 상각범위액을 계산한다. 이 경우 상각범위액의 계산방법은 법인세법시행령 제27조제5항·제6항과 소득세법시행령 제64조제5항 및 제65조제5항의 규정을 준용한다.
⑦ 내국인이 감가상각특례자산외의 자산에 대하여 법인세법시행령 제29조 및 소득세법시행령 제63조의2의 규정에 의하여 내용연수를 변경하는 경우 감가상각특례자산에 대하여는 동 변경된 내용연수를 적용하지 아니한다. 다만, 내국인이 감가상각특례자산에 대하여 감가상각특례자산외의 자산과 재정경제부령이 정하는 방법에 따라 구분하여 법인세법시행령 제29조 및 소득세법시행령 제63조의2의 규정에 따라 내용연수를 변경하는 경우에는 당해 변경된 내용연수를 적용한다.
⑧ 법 제30조제1항의 규정을 적용함에 있어서 법인세법시행령 제30조 내지 제32조와 소득세법시행령 제62조제5항 내지 제8항, 제67조, 제68조 및 제73조를 준용한다. 이 경우 법인세법시행령 제30조제1항중 "제24조 내지 제29조 및 제31조 내지 제34조"와 소득세법시행령 제68조제1항중 "제62조 내지 제67조 및 제70조 내지 제73조"는 각각 이를 "제1항 내지 제8항"으로 본다.
⑨ 제1항 내지 제8항의 규정에 의한 손금산입 특례를 적용받고자 하는 내국인은 감가상각특례자산을 그 밖의 자산과 구분하여 재정경제부령이 정하는 감가상각비조정명세서를 작성·보관하고, 과세표준신고서와 함께 재정경제부령이 정하는 감가상각비조정명세서합계표 및 감가상각비조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑩ 법 제30조제1항의 규정을 적용함에 있어서 투자의 개시시기에 대하여는 제23조제8항의 규정을 준용한다.
⑪ 감가상각특례자산의 감가상각비계산에 관하여 그 밖에 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
(4) 법인세법 시행령 제24조 (감가상각자산의 범위) ① 법 제23조제2항에서 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산 이라 함은 다음 각호의 고정자산을 말한다. 제28조 (내용연수와 상각률) ① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.
2. 제1호외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목 내지 아목의 규정에 의한 무형고정자산을 제외한다) 구조 또는 자산별ㆍ업종별로 기획재정부령이 정하는 기준내용연수(이하 “기준내용연수”라 한다)에 그기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령이 정하는 내용연수범위(이하 “내용연수범위”라 한다)안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수" 라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각호의 신고기한내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다. 제29조(내용연수의 특례 및 변경) ① 법인은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제28조 제1항 제2호 및 동조 제4항의 규정에 불구하고 기준내용연수에 기준내용연수의 100분의 50을 가감한 범위안에서 사업장별로 납세지 관할지방국세청장의 승인을 얻어 내용연수범위와 달리 내용연수를 적용하거나 적용하던 내용연수를 변경할 수 있다.
1. 사업장이 위치한 지리적ㆍ환경적 특성으로 자산의 부식ㆍ마모 및 훼손의 정도가 현저한 경우
2. 영업개시 후 3년이 경과한 법인으로서 당해 사업연도의 생산설비(건축물을 제외하며, 이하 “생산설비”라 한다)의 기획재정부령이 정하는 가동률(이하 이 항에서 “가동률”이라 한다)이 직전 3개 사업연도의 평균가동률보다 현저히 증가한 경우
3. 새로운 생산기술 및 신제품의 개발ㆍ보급 등으로 기존 생산설비의 가속상각이 필요한 경우
4. 경제적 여건의 변동으로 조업을 중단하거나 생산설비의 가동률이 감소한 경우
② 법인이 제1항의 규정에 의하여 내용연수의 승인 또는 변경승인을 얻고자 할 때에는 제28조 제3항 각호의 날부터 3월 또는 그 변경할 내용연수를 적용하고자 하는 최초 사업연도의 종료일 이전 3월이 되는 날까지 기획재정부령이 정하는 내용연수승인(변경승인)신청서를 납세지 관할세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 내용연수의 승인ㆍ변경승인의 신청은 연단위로 하여야 한다.
(5) 공공기관의 운영에 관한 법률 제43조 (결산서의 제출) ① 공기업·준정부기관은 회계연도가 종료된 때에는 지체 없이 그 회계연도의 결산서를 작성하고, 감사원규칙이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 선임한 회계감사인(이하 회계감사인 이라 한다)의 회계감사를 받아야 한다. 이 경우 공기업·준정부기관은 매 회계연도 종료 후 감사원규칙으로 정하는 기간 내에 회계감사인에게 결산서를 제출하여야 한다.
② 공기업은 기획재정부장관에게, 준정부기관은 주무기관의 장에게 다음 연도 2월 말일까지 제1항에 따라 작성된 다음 각 호의 결산서를 각각 제출하고, 3월 말일까지 승인을 받아 결산을 확정하여야 한다.
(1) 경정청구 기간의 도과 여부 및 경정청구를 거치지 아니한 세액 13,084백만원이 본안심리 대상인지 여부에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인이 경정청구한 2005 ～ 2007사업연도는 이미 법인세 세무조사에 의한 과세표준 및 세액의 경정이 있었고, 당해 경정에 대한 불복청구기간(90일)이 경과하여 그 처분이 확정되어 경정청구 대상에 해당하지 아니하며, 설령 경정청구 대상으로 볼 경우에도 심판청구시 추가된 세액 13,084백만원은 경정청구를 거치지 아니하여 각하 대상이라는 의견이다. (나) 청구법인은 이 건 경정청구는 감가상각비의 손금산입특례에 의한 손금산입이므로 국세기본법제45조의2의 규정에 의한 경정청구기간(3년)이 적용되어야 하고, 경정청구를 거치지 아니한 13,084백만원도 청구대상에 해당하는 것으로 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.
1. 청구법인은 조세특례제한법제30조 및 같은 법 시행령 제27조에 의하여 감가상각비의 손금산입특례 대상기간(2003.7.1. ～ 2004.6.30.) 중에 투자를 개시하거나 유형고정자산을 취득하는 경우에는 감가상각기간을 단축하여 조기상각이 가능함에도 불구하고, 2005 ～ 2007사업연도 법인세 신고시 일반적인 감가상각기간(기준내용연수의 25%)을 적용하여 상각범위액을 산출하고 손금으로 계상하여 각 사업연도 법인세 신고를 하였다.
2. 청구법인은 2009.3.31. 감가상각특례 대상기간 중에 취득한 유형고정자산인 건물, 구축물, 기계장치, 차량, 공기구, 비품(무형자산, 리스자산 제외)을 대상으로 조기상각액을 재계산(기준내용연수의 50%)하여 손금에 추가하고, 법인세 과세표준 및 세액을 감액하는 경정청구를 하였으며 그 내역은 아래 <표1>, <표2>와 같다. OOO
3. 처분청은 청구법인이 제출한 유형고정자산을 검토한 결과,2005년, 2006년의 감가상각특례자산의 수량이일치하지 아니하고, 자산분류번호도 대응이 되지 아니하는 등감가상각특례 적용요건에 부합하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 2005 ～ 2007사업연도 경정청구를 거부하였다.
4. 청구법인은 경정청구시 제출한 감가상각특례자산의 자산 분류번호 오류를 수정하고, 특례대상기간 중 취득한 유형자산 중 신청 누락된 자산에 대한 감가상각비를 추가로 손금산입하여 당초 경정청구 세액(48,294백만원) 보다 13,084백만원(2005년도 12,401백만원, 2006년도 16,272백만원, 2007년도 23,662백만원)을 증액하여 2005 ～ 2007사업연도 법인세 61,378백만원을 환급하여야 한다는 내용으로 심판청구를 제기하였다.OOO
5. 한편, 2008년 10월 OOO은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인의 철근콘크리트 건물 등 16건(취득시기: 2000.2.18. ～ 2003.12.15.)에 대한 내용연수 적용 오류(15년 → 8년)를 확인하고, 회계상 과다 계상된 감가상각비를 손금부인하여 처분청에 그 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 2008.10.1. 청구법인의 2003 ～ 2007사업연도 법인세 8,767백만원을 경정·결정하였다. OOO (다) 2007.12.31 법률 제8830호로 개정된 국세기본법제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간) 이내에 관할세무서장에게 경정 등을 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 같은 법 제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 이때 “처분”이라 함은 과세관청의 구체적 사실에 관한 법 집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말한다고 할 것이다. (라) 위의 사실관계 및 법률관계 등을 종합하여 보면, 청구법인의 2005 ～ 2007사업연도 법인세에 대한 경정청구는 감가상각비의 손금산입특례 규정에 의하여 청구법인이 기 신고한 과세표준 및 세액에 대한 감액 경정청구로서, OOO국세청장의 세무조사(대상기간: 2003 ～ 2007사업연도)에 따른 감가상각비 손금부인과는 그 적용 법률 및 경정사항이 다르다고 할 것이므로, 처분청이 해당 사업연도에 대하여 법인세법에 따른 경정이 있었다는 이유로 감가상각특례자산에 해당하는 유형고정자산까지도 당해 경정에 대한 불복청구기간(90일)이 경과하여 그 처분이 확정된 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 한편,이 건 심판청구의 불복대상은 처분청의 경정청구 거부처분이고 처분청은 당초 경정청구 세액(48,294백만원)에 대하여만거부처분 한 것이므로 이를 초과하여 청구한 세액은경정청구를 거치지 아니하여 불복청구의 대상으로 보기는 어렵다. 따라서, 청구법인의경정청구나 이에 대한 거부처분이 없어 불복의 기초가 제공되지 아니한 경우까지 심판대상으로 하는 것은 부적합하다 할 것이므로 경정청구를 거치지 아니한 세액 13,084백만원은 적법한 청구가 아니라고 판단된다.
(2) 이 건 경정청구에 따라 감가상각비의 손금산입특례 규정을 적용하여 경정이 가능한지 여부에 대하여 본다. (가) 2003.12.30, 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법제30조 제1항에서는 내국인이 사업에 사용하기 위하여 대통령령이 정하는 고정자산을 2004년 6월 30일까지 취득하거나 투자를 개시하는 경우 당해 고정자산에 대한 감가상각비는 각 과세연도의 결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하였는지 여부와 관계없이 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있도록 하고 있고, 제2항에서는 제1항의 규정에 의한 손금산입특례를 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제27조 제4항에서는 법 제30조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 재정경제부령이 정하는 감가상각특례신청서에 신고내용연수를 연단위로 기재하여 자산의 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있다. (나) 한편, 2003년도 개정세법 해설자료에 의하면, 위 감가상각특례 규정은 2003.7.1. ～ 2004.6.30. 기간동안 투자를 개시하거나 취득한 유형고정자산에 대하여는 감가상각기간을 단축함으로써 투자자금 조기회수를 통한 경기활성화를 지원하기 위한 것으로 나타난다. (다) 살피건대, 조세특례제한법제30조 제2항의 규정에 의한 감가상각비 손금산입특례 신청을 하지 않은 법인이 같은 조 제1항에서 규정하는 특례요건에 해당하는 경우에는 국세기본법제45조의2 규정에 의한 경정청구에 의해 동 감가상각비 손금산입 특례를 적용받을 수 있는 것인 바OOO, 청구법인이 감가상각특례자산의 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한까지 감가상각특례신청서를 제출하지 않았다 하더라도, 국세기본법제45조의2의 규정에 의한 경정청구를 통하여 사후적으로 당해 감가상각특례신청서를 제출하였다면 동일하게 감가상각특례 규정을 적용받을 수 있다고 보아야 하고, 취득일이 속하는 사업연도 이후의 사업연도부터 당해 감가상각특례 규정을 선택적으로 적용할 수 있다고 할 것이다. (라) 따라서, 청구법인이 그 동안 일반 감가상각을 적용해 온 감가상각특례자산에 대하여 조세특례제한법제30조의감가상각특례 규정을 적용하여 경정청구 기간내인 2005 ～ 2007사업연도 법인세를 경정청구한 것에 대하여 처분청에서 이를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(3) 경정청구시 제출한 유형고정자산이 조세특례제한법제30조의 감가상각특례 적용요건을 충족하는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 검토내역는 다음과 같다.
1. 조세특례제한법제30조의 규정에 의한 감가상각특례를 적용하기 위해서는 자산종류가 유형고정자산이고, 그 취득일이 2003.7.1. ～ 2004.6.30. 기간 중이며, 자산종류별 기준내용연수가 적정하게 분류되었는지 여부가 확인되어 특례자산에 해당 여부가 입증되어야 하나, 청구법인의 특례대상 유형고정자산은 2005년 특례자산 수량과 2006년 수량이 대부분 일치하지 아니하고, 특례대상 자산의 2005년 분류번호와 2006년 분류번호가 일대일 대응이 되지 아니하여 자산 종류별 기준내용연수가 적정하게 분류되었는지의 여부가 확인되지 아니한다.
2. 청구법인은 2006년부터 새로운 자산관리시스템이 도입되어 2005년과 2006년 이후의 자산분류번호가 변경된 바, 이를 감안하여 2005년과 2006년 특례자산 중 “내용연수, 취득일, 취득가액”이 일치하는 자산을 동일자산으로 분류하고자 하여도 “내용연수, 취득일, 취득가액”이 대부분 일치하지 아니하고, 경정청구한 2005년 특례대상 자산 취득가액의 합계액과 2006년 특례대상 자산 취득가액의 합계액이일치하지 아니한다. OOO 3)청구법인은 2006년부터 자산분류번호가 변경되어 개별자산별로 특례대상자산을 추출하여 경정청구를 한 것이 아니라, 건물, 구축물의 경우에는 “2005년 감가상각 누계액의 합계액”과 “2006년 전기말 감가상각 누계액 합계액” 에 맞추어 자산을 선택하여 신청하였고, 기계장치의 경우 “2005년 기말현재액 합계”와 “2006년 전기말 취득가액 합계”를 누적합산하여 특례자산을 추출하여 경정청구를 한 것으로 취득일이 특례기간 중인 자산 중 2005년과 2006년의 대응되는 특정 계정과목의 누적합계액을 일치시켜 경정청구 자산을 추출하였음을 알 수 있고, 이에 따라 건물·구축물의 경우 내용연수가 혼합되어 개별자산에 대한 올바른 내용연수를 적용하였는지의 여부가 확인되지 아니한다. 4)또한, 2006년부터 자산 분류번호 변경으로 특례대상 자산의 분류번호가 변경되거나 분리되더라도 그 자산의 취득일은 당연히 같아야 함에도 자산별 취득일조차 일치하지 아니하여 경정청구한 자산이 특례대상 자산에 해당하는지 여부가 명확하게 입증되지 아니한다.
5. 따라서,청구법인의 경정청구는 특례대상 자산을 개별자산별로 분류하여 청구한 것이아니라 임의적으로 2005년과 2006년 특정계정과목 누적합계액을 대응시켜 특례대상 자산을 추출하여 청구함으로서 개별자산별 상각범위액을 산정할 수 없고,감가상각특례 적용요건에도 부합하지 아니한다. (나) 청구법인은 경정청구시 신청 누락된 자산에 대한 감가상각비를 손금으로 추가(감가상각특례 대상기간중투자개시분: 10,281백만원, ERP시스템 산출 오류 등: 2,802백만원)하고,감가상각특례자산의 분류번호 오류 등을 수정하여 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2006년 ERP시스템의 도입으로 감가상각특례 신청자산의 연계성 부족 및 취득일 추출 오류 등으로 자산별 시부인이 불가하다는 의견이다. (다) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인의 경정청구 당시 2006년 새로운 자산관리시스템의 도입으로 감가상각특례 대상 유형고정자산의 2005년 및 2006 ～ 2007년간의 수량 및 취득가액이 대응되지 아니한 것으로 처분청이 확인하였다고 하나, 그 후 청구법인이 새로운 자산관리시스템의 기준에 맞추어 감가상각명세서를 재작성하여 제출하면서 경정청구시 미흡하였던 2005년 및 2006 ～ 2007년 감가상각명세서 간의 연계성을 보완하여 감가상각특례 적용요건을 충족하는 것으로 주장하고 있는 점과 감가상각특례 대상 유형고정자산의 개별 자산별 시부인이 어려운 점 등을 감안할 때, 청구법인이 감가상각특례자산으로 제출한 유형고정자산에 대하여 처분청에서 취득시기 및 자산 분류번호의 연계성 등 실제 감가상각특례자산에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.