주식의 양도가액을 기준시가로 평가하고 추계결정하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2009.7.7. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 237,790,410원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.12.13. 보유중인 (주)○○무역(이하 “청구외법인”이라 한다)의 비상장주식 49,000주(1주당 액면가액 5,000원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 최○○에게 40,000주, 안○○에게 9,000주를 양도하고 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였다(증권거래세는 2006.3.10. 신고·납부하였다).
• 나. 처분청은 쟁점주식의 양도가액이 확인되지 아니한다고 보아 소득세법 시행령 제165조 제4항 의 규정에 의거 기준시가로 평가하여 양도가액은 1,903,450,000원(1주당 38,846원), 취득가액은 245,000,000원(1주당 5,000원)으로 하여 2009.7.7. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 237,790,410원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인은 섬유제품을 수출하는 무역회사로 비상장주식인 쟁점주식의 양도일인 2005.12.13.의 전사업연도인 2004사업연도의 매출액 207억원, 전전사업연도인 2003사업연도의 매출액 354억원으로 매출액이 41.5% 급격하게 감소하였고, 이에 대응하는 원가 및 고정비용은 급증하여 결손상태로 쟁점주식을 액면가액 이외에는 매도할 수 없어 부득이 1주당 5,000원에 매도하였으며, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 제1호 에 규정된 바와 같이 ‘양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부, 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’에 추계결정하는 것인 바, 쟁점주식 양도 당시 양도차익이 없어 양도소득세 신고는 하지 아니하였으나 증권거래세는 신고하였으며 쟁점주식 매매계약서 등은 중요한 증빙서류로 인정할 수 있음에도 이를 부인하고 쟁점주식을 기준시가로 평가하고 추계결정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인은 2004사업연도 대차대조표에 자산총액 16,007백만원에서 부채총액 13,482백만원을 차감한 2,525백만원에서 자기자본 720백만원을 차감하더라도 1,803백만원의 소득이 발생하고, 손익계산서에는 매출총이익이 1,459백만원, 판매비와관리비 2,560백만원이 계상되어 있고, 직원들에 대한 급여 등으로 973백만원이 지급되고 있는 점 등으로 볼 때에 미래의 수익력이 기대되며 계속적으로 영업을 할 수 있는 기업으로 판단되므로 기준시가로 쟁점주식을 평가하여 과세한 당초 처분은 정당한 반면에, 또한 세무조사 기간동안 청구인이 제시한 증빙서류는 청구인과 양수인이 체결하였다는 주식매매계약서 뿐인 바 이는 사인간에 작성된 것으로 보충적 평가방법에 의한 기준시가 평가액에 비추어 볼 때 신빙성이 없다 할 것이며, 동 매매계약서 제5조에 기재된 ‘매매대금 전액을 계약이 체결된 일자에 양수인이 양도자에게 지급한다’는 내용을 뒷받침할 만한 구체적이고 객관적인 증빙서류나 매매대금의 흐름을 확인할 수 있는 영수증 또는 금융자료 등을 제시하지 못하고 있어 쟁점주식을 1주당 5,000원에 실지거래하였다는 청구주장은 타당성이 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식의 양도가액을 기준시가로 평가하고 추계결정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 1.~7. (생략)

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

5. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식 등 중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식 등 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

○ 소득세법 시행령 제165조 【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】

④ 법 제99조 제1항 제5호 후단의 규정에 의한 평가기준 시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 1주당 가액의 평가 1주당 순손익액 1주당 가액 = ─────────────────── 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율

2. 제1호의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 당해 법인의 순자산가액 1주당 가액 = ──────────── 발행주식 총수

3. 제1호의 산식에서 규정하는 1주당 순손익액은 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의하고, 제2호의 산식에서 규정하는 순자산가액은 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 기준시가)에 의한다. ◯ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서, 조사복명서 등에 의하면, 청구인은 2005.12.13. 쟁점주식을 양도하고 2006.3.10. 증권거래세는 신고·납부하였으나 양도소득세는 신고·납부하지 아니하였고, 이에 대하여 처분청은 청구인이 신고한 쟁점주식의 실지거래가액 중 양도가액이 확인되지 아니한다고 보아 소득세법 시행령제165조 제4항의 규정에 의거 기준시가로 평가하여 양도가액은 1,903,450,000(1주당 38,846원), 취득가액은 245,000,000원(1주당 5,000원)으로 하여 이 건 과세한 사실이 나타난다.

(2) 국세청 전산자료, 조사복명서, 주식등변동상황명세서, 재무제표, 증권거래세 신고내역 등 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구외법인은 1980.9.20. 설립된 후 2006.8.16. 부도처리되었고, 2006.12.31. 폐업처리되였으며, 대표자는 ○○○, 업종은 제조업(화섬직물 등)·무역업 등, 사업장은 ○○○, 총발행주식수는 144,400주(자본금 722백만원)로 나타난다. (나) 청구인은 2005.12.13. 보유하고 있는 청구외법인의 주식 전부인 쟁점주식 49,000주(지분율 33.9%)를 매각(○○○에게 9,000주)하였고, 2006.3.10. 쟁점주식에 대한 매매계약서(2005.12.13. 작성, 1주당 매매가액 5,000원)를 첨부하여 증권거래세 1,225,000원을 신고·납부한 것으로 나타나고, 또한 2005.12.13. 쟁점주식 외의 거래내역을 보면, ○○○ 5,040주(지분율 3.5%), ○○○ 2,800주(지분율 1.9%), ○○○ 2,800주(지분율 1.9%), ○○○ 2,128주(지분율 1.5%) 등 총 15,768주(지분율 10.9%)도 매매되었으며, 이들도 2006.3.10. 증권거래세는 신고·납부하였으나 양도소득세는 신고·납부하지 아니한 것으로 나타나며, 이들에 대한 양도소득세 경정내역은 나타나지 아니한다. (다) 처분청이 소득세법 시행령제165조 제4항의 규정에 의거 쟁점주식 1주당 가액을 기준시가로 평가한 내역을 보면, 2004.12.31.을 기준일로 하여 1주당 순자산가액에 의한 가액 15,511원과 2004사업연도의 1주당 순손익액에 의한 가액 38,846원중 큰 금액인 38,846원으로 결정하였으며, 순자산가액 계산시 추가되는 청구외법인의 영업권 평가액은 부수(△)로 계산된 것으로 나타난다. (라) 청구외법인의 대차대조표를 요약하여 보면 아래 표와 같이 나타난다. (단위: 백만원) 구분 2004.12.31. 2005.12.31. 2006.12.31. 유동자산 13,239 10,637 2 (당좌자산:예금, 외상매출금,미수금 등) (8,141) (5,385) (2) (재고자산:재공품,제품 등) (5,098) (5,251) ― 고정자산(투자자산,유형자산,비품 등) 2,768 4,699 0 <자산 총계> <16,007> <15,336> <2> 유동부채(매입채무,차입금,미지급금 등) 11,825 12,210 6,274 고정부채(차입금,퇴직금 등) 1,657 159 6,275 <부채 총계> <13,482> <12,369> <12,549> <자본 총계>(자본금 등) <2,525> <2,967> <△> (마) 청구외법인의 손익계산서에 의하여 수입금액, 매출원가, 고정비 등에 대한 변동내역을 요약하여 보면 아래 표와 같이 나타난다. (단위: 백만원) 구분 2002년 2003년 2004년 2005년 2006년 수입금액 31,047 35,439 20,767 26,057 9,529 매출원가 27,133 (4.9%) 33,112 (93.4%) 19,308 (93.0%) 22,819 (87.6%) 13,979 (146.7%) 고정비 (인건비) (지급이자) (임차료) 1,523 (4.9%) 1,637 (4.6%) 1,743 (8.4%) 1,661 (6.4%) 804 (8.4%) 1,109 387 27 1,194 406 37 1,152 493 98 1,060 512 89 458 310 36 당기순이익 147 147 △1,052 145 △15,355

(3) 청구인은 청구외법인은 무역회사로서 클레임이 발생하는 등 2004사업연도부터 매출액이 급격히 감소하고 결손상태로 쟁점주식을 액면가액 이외에는 매도할 수 없어 부득이 액면가액으로 매도하게 되었으며, ○○○에게 매도한 주식대금과 청구외법인에 대한 가수금을 받지도 못한 상태에서 청구외법인이 부도처리되었고, 청구인이 청구외법인에 대하여 연대보증한 것도 해결되지 아니하여 청구인 개인재산이 매각된 바도 있는 등 쟁점주식은 액면가액으로 매매된 사실이 확인되며, 쟁점주식 거래는 소득세법 시행령제176조의2 제1항 제1호에 규정된 추계결정사유에도 해당되지 아니하므로 추계결정한 이 건 처분은 부당하다고 주장하면서 주식매매계약서, 주식양도양수확인서, 청구외법인의 주식변동상황명세서·재무제표·가수금계정 원장, 클레임 청구관련 문서, 등기부등본 등을 제시하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 증권거래세 신고시 제출된 쟁점주식 매매계약서, 주식양도양수확인서(2005.12.13. 청구외법인이 작성) 및 주식등변동상황명세서(청구외법인 2005사업연도)에는 쟁점주식이 액면가액으로 거래된 것으로 나타난다. (나) 2003.10.27. ○○○로부터 청구외법인이 수신한 문서에는 클레임 USD 935,414.80를 청구외법인에 청구한 것으로 나타난다. (다) 재무제표, 가수금계정 원장에 의하면, 2005.12.12. 현재 청구외법인의 대표이사(청구인)에 대한 가수금잔액은 1,043,260,544원이고, 2005.12.31.에는 1,340,254,344원이며, 2006.12.31.에는 3,470,000,000원으로 나타난다. (라) 2009.9.8. 의료법인 ○○○이 발행한 입/퇴원 확인서에는 청구인이 뇌경색(증)으로 2000.8.31.부터 2000.9.9.까지 입원진료를 받은 사실이 기재되어 있고, 채권단이 청구인의 청구외법인에 대한 연대보증에 따른 채권회수를 위해 강제경매가 이루어진 청구인 소유 부동산내역을 보면, ○○○ 외 창고용지 1,974㎡(1974.12.11. 취득, 2008.9.17. 강제경매로 매각)에는 근저당권설정 채권최고액 90백만원, 가압류 4건 24억원이 나타나며, ○○○ 154.71㎡(1999.3.15. 취득, 2007.7.16. 임의경매로 매각)에는 근저당권설정 채권최고액 1,154백만원, 가압류 5건 25억원으로 나타난다.

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점주식과 같은 비상장주식의 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하는 것이 원칙이고 그 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에만 보충적으로 기준시가에 의한 가액으로 하는 것이라고 규정하고 있어 이 건 다툼은 쟁점주식 양도 당시의 실지거래가액이 확인되는지 여부에 있다 할 것이다. 청구외법인은 의류 등 무역업을 하는 법인으로 2003사업연도에 거액의 클레임이 발생하였고 2004사업연도에는 매출액이 급격히 감소하고 결손상태였으며, 2004.12.31. 현재 청구외법인의 영업권 평가액이 부수(△)로 나타났으며 부동산 등 고정자산도 없고 쟁점주식 거래일(2005.12.13.)로부터 8개월여가 지난 2006.8.16. 부도처리되고 이 후 폐업되어 장래 수익력 등 미래가치가 불분명하여 계속기업을 전제로 하는 적정한 가액으로 주식거래가 이루어질 수 있는 여건은 아닌 것으로 보이고, 청구인은 양도 시점에 주식매매계약서를 첨부하여 1주당 5,000원으로 증권거래세를 신고·납부한 사실이 있으며, 실지거래가액이 원칙인 주식 거래시 단순히 실지거래가액이 기준시가보다 낮다는 이유만으로는 기준시가에 의한 추계결정사유에 해당한다고 볼 수 없고, 청구외법인의 제반사정을 고려해 볼 때 쟁점주식 주식매매계약서가 사실과 다르게 작성되었다고 보기도 어렵고, 주식의 양도차익 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액은 교환가치를 반영한 일반적인 시가가 아니라 실지거래대금 자체를 의미하는 것으로 볼 수 있는데 이 건은 청구인이 쟁점주식 1주당 5,000원에 상당하는 매매대금 중 대부분을 받은 사실이 없는 것으로 나타나고, 쟁점주식 거래는 특수관계자간의 거래도 아니어서 소득세법상 부당행위계산부인규정을 적용할 수 없을 뿐만 아니라 청구인이 신고한 1주당 5,000원이 시가가 아니라는 사실을 부인할만한 아무런 증빙도 없고, 다른 양도인들의 청구외법인 주식양도에 대하여 처분청이 경정한 사실이 없는 등 쟁점주식의 시가가 1주당 5,000원이 아니라는 사실에 대한 구체적인 조사도 없이 금융증빙이 부족하다는 이유를 들어 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인한 것은 적절치 못하다고 하겠다. 따라서, 위와 같이 청구인이 신고한 쟁점주식의 양도가액 1주당 5,000원은 시가로 인정됨에도 처분청이 쟁점주식의 양도가액이 불분명하다는 이유로 기준시가에 의하여 추계결정한 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.