전산시스템을 위탁하여 개발한 경우 당해 개발비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 가능함

○○○세무서장이 2009.6.25. 청구법인에게 한 2005.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 389,600,320원, 2006.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 905,140,870원 및 2007.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 29,554,650원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 백화점업을 영위하는 법인으로 2005 사업연도부터2007 사업연도 사이에 ○○○와 청구인의 통합영업관리시스템 등의 전산시스템을 11,680백만원에 위탁개발(이하 “쟁점위탁개발용역”이라 한다)하는 계약을 체결하고 이에 따른 개발비 5,444백만원을 지출하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점위탁개발용역에 따른 개발비가 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 당해 세액공제를 적용하여 2009.3.30. 처분청에 2005.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 389,600,320원, 2006.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 905,140,870원, 2007.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 29,554,650원 합계 1,324,295,840원을 환급하여 줄 것을 경정청구 하였으나, 처분청은 쟁점위탁개발용역이 조세특례제한법 시행령별표6에 규정된 연구기관 또는 전담부서에서 수행된 것이 아니므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 보아 2009.6.25. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 백화점업을 영위하는 법인으로서 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상법인이고, 쟁점위탁개발용역은 조세특례제한법 시행령 〔별표6〕에 열거되어 있는 연구기관이 있는 기업에게 위탁개발한 것이어서 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 비용에 해당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 조세특례제한법 시행령 〔별표6〕에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”에게 위탁하여 개발하는 경우에 한하여 적용되는 것인바, 청구법인은 쟁점위탁개발용역을 국내기업의 연구기관 또는 전담부서인 ○○○에 위탁하지 아니하고 ○○○에 위탁하여 일반부서에서 수행된 것으로 판단되므로 당해 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 위탁개발한 통합영업시스템 등의 전산시스템 개발비가 조세특례제한법상의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 등

○ 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되고, 2007.12.31. 법률 제8827호로 개정 개정되기 전의 것) 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

○ 구 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되고, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

○ 구 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구서, ○○○와의 시스템개발용역계약서 등에 의하면, 청구법인은 1976.9.28. 개업하여 백화점업을 영위하는 법인으로 ○○○에게 청구법인의 통합영업관리시스템 등의 개발을 위탁하고, 쟁점위탁개발용역에 따른 개발비 5,443,867,013원을 아래와 같이 지출하였음이 나타난다.

(2) 청구법인은 사업연도별 세액공제액을 아래와 같이 계산하여 2009.3.30. 처분청에 경정청구를 하였으며, 쟁점위탁개발용역에 따른 개발비의 지출액과 세액공제액의 산정에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 현지확인 복명서(2009.5.)에 의하면, 청구법인은 백화점업을 영위하고 있는 일반법인으로 소비성서비스업에 해당하지 아니하여 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 업종에 해당하는 것으로 보았으나, 청구법인이 제출한 견적서 등에서 ○○○의 담당자가 ○○○의 직원이 아닌 시스템구축 등 프로젝트팀의 직원으로 확인되며, 기업부설연구소인 ○○○에서 연구개발을 전담한 사실을 확인할 수 없는 점 등에 근거하여 청구법인이 기업부설연구소인 ○○○에 쟁점위탁용역개발을 의뢰하지 않고, ○○○에 의뢰한 것으로 보아 구조세특례제한법제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 검토하였음이 나타난다.

(4) 구조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되고, 2007.12.31. 법률 제8827호로 개정 개정되기 전의 것) 제10조 제1항에서 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외)이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 소정의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 것으로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되고, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항에서는 대통령령이 정하는 연구·인력개발비라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있으며, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용으로 규정하고 있다.

(5) 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 비용은 구 조세특례제한법 시행령별표6에서 열거하여 규정하고 있으나, 기업의 전사적 기업자원관리 설비(ERP) 등 시스템개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정이 없고, 위탁 연구개발비용의 일종으로 해석(○○○ 2005.1.13., ○○○ 2007.6.15., ○○○ 2008.4.17. 외 다수)하여 동 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 조세특례제한법 시행령별표6을 개정(2010.2.18. 대통령령 ○○○)하여 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외”하였으며, 그 부칙에서 2010. 1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것으로 되어 있다.

(6) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점위탁개발용역에 따른 개발비가 조세특례제한법 시행령 별표6(2010.2.18. 대통령령 ○○○로 개정된 것)의 개정 전인 2005 ~ 2007 사업연도에 지출된 비용인 점, 기존의 예규 등에서 ERP 등 시스템개발을 연구전담부서를 보유한 법인에게 위탁하고, 당해 개발비용을 지출하는 경우에 세액공제가 가능한 것으로 해석하여 온 점, 세제지원대상인 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서는 자체적으로 영리 연구활동을 하는 독립기관이 아니라, 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 그 기업과 하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 쟁점위탁개발용역에 따른 개발비는 구조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있는 것으로 판단되므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소함이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.