의제취득일 이후에 취득하고 기준시가 적용이 원칙이던 시기에 양도한 부동산의 양도차익 계산

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산3-1 외 6필지 657,025㎡ 중 1/2인 328,512㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.7.11. 양도한 후, 양도가액은 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 1988.5.31. 취득한 쟁점부동산 중 1/2(이하 “당초취득분”이라 한다)은 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액으로 하고, 2001.11.20. 취득한 나머지 1/2(이하 “추가취득분”이라 한다)은 실지취득가액으로 하여 2005년 귀속 양도소득세를 예정신고납부 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 실지거래가액에 의하여 신고한 양도가액 및 취득가액을 인정하지 않고 기준시가에 의하여 과세처분하는 것으로 과세예고통지를 하였다가, 이 건과 관련하여 청구인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 결정에 따라 재조사를 실시하였고, 그 결과 당초취득분은 의제취득일 이후에 취득하여 환산취득가액을 적용할 수 없다고 하여 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고, 추가취득분은 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 2009.7.10. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 7,252,370원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2005년도에는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 신고하는 것이 원칙임에도 선택적으로 실지거래가액에 의하여 신고하는 것을 허용한 것은 납세자의 권리가 부당하게 침해되는 것을 방지하기 위한 것인 바, 의제취득일 이후에 취득하여 환산취득가액 적용이 배제되더라도 매매사례가액이나 감정가액 등으로 실지양도가액에 대응되는 취득가액을 결정하여야 하는 것인데도 납세자에게 불리한 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. 또한, 당초 세무조사결과통지서에는 실지양도가액을 인정할 수 없다고 하여 과세처분을 하였을 뿐 취득가액에 대하여는 아무런 언급이 없었는데도, 과세전적부심사청구시 취득가액 결정방법에 관한 사항을 심리하여 결과적으로 청구인이 불이익을 받은 것은 불이익변경금지 및 일사부재리 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 양도시기인 2005년도는 양도차익을 기준시가에 의하여 계산하는 것이 원칙이고, 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에 소득세법 제96조 제1항 제6호 (실지거래가액으로 신고)의 경우 의제취득일 이후 취득한 부동산에 대하여는 환산취득가액 적용을 배제하는 것으로 규정되어 있는 바, 당초취득분은 의제취득일 이후에 취득하여 환산취득가액 적용이 배제되는데도 청구인이 매매사례가액이나 감정가액도 확인되지 않는다고 하여 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고한 것으로 볼 때 처분청이 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다. 또한, 당초 조사결과 전부 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세하는 것으로 과세예고통지를 하였다가, 과세전적부심사청구 심리결과 청구인의 주장을 일부 수용하여 추가취득분에 대하여는 실지거래가액을 인정함으로써 결과적으로 과세예고통지서상의 세액보다 감액된 것으로 경정․고지된 이 건 처분은 청구인에게 불리한 처분이 아니므로 불이익변경금지 및 일사부재리 원칙에도 위배되지 않는다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산 중 당초취득분을 의제취득일 이후에 취득하여 2005년도(기준시가 원칙시기)에 양도한 후 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산취득가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고납부한 것이 정당한지 여부 나 관련 법령

(1) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 귄리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

7. 기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (2) 소득세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정된 것) 제176조의2 【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 취득당시의 기준시가 제1호의 매매사례가액 또는 × ─────────── 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ──────────────── 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

④ 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호 내지 제3호의 규정을 적용함에 있어서 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각호의 가액 중 많은 것으로 한다.

1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

2. 취득당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 가액이 확인되는 경우로서 당해 자산(상속 또는 증여받은 자산을 제외한다)의 실지거래가액이나 제3항 제1호，제2호의 규정에 의한 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 당초 조사서에는 청구인이 제출한 양도계약서상의 매매가액 2억원(청구인 지분 50%)은 공시지가 5억600만원의 39.5%이고, 매수인에게 대출목적으로 금융기관이 평가한 금액 5억2,000만원의 38.5%에 불과할 뿐 아니라, 동 공시지가에 대하여도 이의신청을 제기한 사실도 없는 점으로 보아 쌍방합의로 작성된 2005년 매매계약서는 실지계약서로 인정하기 어려운 것인 바, 이는 소득세법 제114조 제5항 에 규정한 추계조사결정 사유에 해당하고, 매매사례가액 등도 없으므로 기준시가에 의하여 경정․고지함이 타당하다라고 기재되어 있다.

(2) 이 건 과세전적부심사청구에 대한 결정서에는 공시지가의 39.5%, 금융기관 평가액의 38.5%, 납세자보호담당관실에서 확인한 인근 부동산중개업소 진술가액의 10.8%로 양도하였다는 청구인의 주장은 상식적으로 설득력이 없고, 부동산 중개사의 중개표시가 없는 쌍방계약서이며, 검인계약서를 포함하여 최소한 3회에 걸쳐 매매계약서가 작성된 점 등으로 보아 실지 양도가액에 대한 사실관계 조사가 미흡하므로 재조사로 결정한다라고 기재되어 있다.

(3) 처분청의 재조사서에는 추가취득분에 대하여는 신고한 양도가액 및 취득가액이 실지거래가액으로 인정되므로 신고시인함이 타당한 것으로 보이나, 당초취득분은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에서 의제취득일 전에 취득한 경우를 제외하고는 환산취득가액의 적용을 배제하도록 규정되어 있고, 취득가액 및 양도가액 모두가 실지거래가액이 아니면 기준시가로 양도차익을 계산하게 되어 있으므로 1988.6.11. 취득한 당초취득분은 기준시가로 결정․고지하는 것이 타당하다라고 기재되어 있다.

(4) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구인은 쟁점부동산중에 당초취득분은 의제취득일 이후에 취득하여 환산취득가액 적용이 배제되더라도 매매사례가액이나 감정가액 등으로 실지양도가액에 대응되는 취득가액으로 결정하여야 한다고 주장하나, 매매사례가액이나 감정가액은 확인되지 않고, 과세전적부심사청구 시 금융기관이 대출할 목적으로 평가한 가액도 기준시가에 의한 가액보다 큰 것으로 확인되었으며, 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에 의제취득일 이후에 취득한 부동산에 대하여는 환산취득가액 적용을 배제하는 것으로 규정되어 있다. 그렇다면, 의제취득일 이후에 취득하고 기준시가 적용이 원칙이던 시기에 양도한 당초취득분에 대하여 매매사례가액 등이 확인되지 않는 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 당초 조사결과 전부 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세하는 것으로 과세예고통지를 하였다가, 과세전적부심사청구 결과 청구인의 주장 중 일부를 받아들여 실지거래가액을 인정하여 과세예고통지서상의 세액보다 감액된 것으로 경정․고지된 처분은 청구인에게 불리하지 않는데도 불이익변경금지 및 일사부재리 원칙에 위배된다는 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.