주택재개발정비사업의 공통매입세액 안분계산

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.8.1. ○○○일대에서 주택재개발정비사업(시행면적 41,480㎡, 이하 “쟁점사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 조합으로, 2005.10.15. 사업자등록 후 2008.4.10. 관리처분계획변경인가가 되기 전까지인 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 과세기간에 수취한 세금계산서에 대하여 전액 매입세액불공제를 하여 각 과세기간별 부가가치세를 신고하였으며, 관리처분계획변경인가로 확정된 과세 및 면세 비율에 따라 공제받지 못한 공통매입세액을 안분계산하여 2008.4.25. 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 각 과세기간에 대한 부가가치세 환급청구를 하였으며, 2008.6.20. 처분청은 각 과세기간에 대한 부가가치세를 각각 환급하였다.
• 나. ○○○지방국세청 감사관은 2009.3.10.~2009.3.27. 기간중 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 공통매입세액에 대한 안분계산을 사용면적이 확정된 시점의 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 정산하여 신고하여야 함에도 이미 신고기한이 경과된 과세기간의 공통매입세액을 소급하여 경정청구한 것은 잘못이라고 지적하였고, 이에 따라 처분청은 2009.8.7. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 1,791,290원, 2006년 제1기 부가가치세 815,610원, 2006년 제2기 부가가치세 92,380원, 2007년 제1기 부가가치세 1,608,270원, 2007년 제2기 부가가치세 131,223,400원(환급충당금액 126,762,000원)을 각각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 시행령제61조의2 공통매입세액의 정산은 사업자가 같은 법 시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에 당해 재화의 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 납부세액을 확정신고 때 정산한다고 명시되어 있으나, 청구법인은 당초에 안분계산을 하지 아니하고 신고하였기 때문에 청구법인이 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 과세기간별로 공통매입세액을 안분계산하여 경정청구하고 환급받은 것은 잘못이 없음에도, 처분청이 사용면적이 확정된 시점의 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 정산하여야 한다고 보아 한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 공통매입세액의 안분계산은 사용면적이 확정되는 시점의 확정신고시 확정된 과세·면세 사용면적으로 공통매입세액을 정산해야 하는 것이 당연하므로, 당해 과세기간의 신고일까지 산출이 가능한 공급가액 또는 예정면적을 안분계산의 기준으로 삼아야 하는 것이고, 그 확정된 과세기간에 공통매입세액을 재계산하는 것이므로, 청구법인이 확정된 사용면적을 기준으로 이전 과세기간의 공통매입세액을 안분계산하여 경정청구를 한 것은 잘못된 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택재개발정비사업에 있어 공통매입세액에 대한 과세 및 면세 사용면적이 확정된 관리처분계획변경인가 시점에 공통매입세액을 안분하여 정산하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

① 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “과세사업”이라 한다)과 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업”이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액에 의하여 계산한다. 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 (당해재화의 직전과세기간의 과세되는 공급가액 × ─────────────────── ＝ 과세표준 공급가액) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액

② 제61조 제4항 제3호 또는 제61조의2 제2호를 적용받은 재화 또는 제62조의2에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 제1항에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전과세기간의 사용면적비율이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다. 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 (당해재화의 직전과세기간의 과세사용면적 × ─────────────────── ＝ 과세표준 공급가액) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총사용면적

○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조의2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 [1－ ─────────────────] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 [1－ ─────────────────] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 주택재개발정비사업 진행상황을 살펴보면, 2005.5.19. ○○○로 구역지정이 되었고, 2005.9.30. ○○○로 조합설립인가가 되었으며, 2006.10.25. ○○○로 사업시행 인가가 되었고, 2008.4.10. ○○○로 관리처분계획변경인가가 된 것으로 나타난다.

(2) 2008.4.10. ○○○로 관리처분계획변경인가 에 따라 확정된 내역은 다음 <표1>과 같다.

○○○

(3) 청구법인이 관리처분계획변경인가일 전인 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 수취한 세금계산서에 대하여 전액 공통매입세액 면세사업분으로 하여 각 과세기간별 부가가치세 신고를 하였으며, 그 내용은 다음 <표2>와 같다.

○○○

(4) 청구법인은 쟁점사업에 대한 관리처분계획변경인가에 따라 쟁점사업과 관련하여 수취한 세금계산서를 ① 전액안분 계산 대상(과세비율 7.24%, 면세비율 92.76%), ② 건축설계 및 감리 등 관련(과세비율 11.23%, 면세비율 88.77%), ③ 시공사 관련(과세비율 47.90%, 면세비율 52.10%), ④ 광고비, 모델하우스 관련(과세비율 27.02%, 면세비율 72.98%), ⑤ 전액면세 대상으로 구분하여 각 과세기간별 부가가치세 환급 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 이를 환급하였으며, 그 내용은 다음 <표3>과 같다.

○○○

(5) ○○○지방국세청 감사관이 처분청에 대한 감사결과에 따른 감사시정사항을 보면, ‘법인이 과세·면세 예정사용면적에 따라 적법하게 공통매입세액 안분계산을 신고하다가 과세·면세 사용면적이 확정되었더라도 경과된 과세기간에 대하여 경정하는 것이 아니고 그 사용면적이 확정된 과세기간의 확정신고시에 공통매입세액의 정산을 통하여 예정사용면적과 확정사용면적의 차이로 인한 세액의 차이를 조정할 수 있을 뿐임에도 처분청은 청구법인의 잘못된 경정청구에 대해 그대로 환급결정함으로써 환급가산금을 포함한 부가가치세 총 148,857,080원을 과다하게 환급한 사실이 있다’는 것으로 되어 있고, 처분청은 감사지적에 따라 2009.8.17. 각 과세기간별 부가가치세를 당초환급을 취소하고 경정·고지한 내용은 다음 <표4>와 같다.

○○○

(6) 청구법인은 2009.8.17. 관리처분계획변경인가일(2008.04.10.)이 속하는 과세기간인 2008년 제1기 부가가치세 환급 경정청구를 하였으며, 그 내용은 다음 <표5>와 같고, 처분청은 청구세액 120,807천원과 환급가산금 5,955천원 합계 126,762천원을 환급하였다(환급세액 126,762천원은 고지된 세액 135,529천원에 충당).

○○○

(7) 살피건대, 부가가치세법 시행령제61조의2(공통매입세액의 정산)에서, 같은 법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제4항에 따라 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 2005년 제2기부터~2007년 제2기까지 부가가치세 각 과세기간별로 수취한 세금계산서에 대하여 전액 매입세액 불공제 대상으로 신고한 사실이 있고, 2008.4.10. 쟁점사업에 대한 관리처분계획변경인가가 됨에 따라 과세사업과 면세사업의 사용면적이 비로소 확정된 것으로 볼 수 있으므로, 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때인 2008년 제1기에 정산하는 것이 타당한 것으로 보여지므로, 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.