쟁점토지의 취득일을 등기원인일로 보지 아니하고 등기접수일로 보아 비사업용토지에 대한 양도소득세 중과세율(60%)을 적용하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.9.11. ○○○ 답 2,754㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 쟁점토지의 취득일을 (등기원인일인) 1974.3.13.으로 보아 소득세법 시행령 제168조 의 14 제3항 제2호에 따라 쟁점토지가 비사업용 토지로 보지 아니하는 ‘2006.12.31. 이전에 20년 이상을 소유한 농지’에 해당한다 하여 일반세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 함)에 의하여 매매(1974.3.13.)를 등기원인으로 1994.11.4. 청구인에게 소유권이전등기된 토지로서, 그 대금청산일이 확인되지 아니한다 하여 위 등기접수일(1994.11.4.)을 청구인의 쟁점토지 취득시기로 보아 (청구인이 그 소재지에 거주하지 아니한) 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하지 아니한다 하여 2009.7.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 154,885,000원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 특별조치법에 의하여 취득한 쟁점토지의 취득일은 그 소유권이전등기 원인일인 1974.3.13.으로 보아야 할 것으로, 그 실지취득일로부터 약 34년 정도가 흐른 현재 잔금청산일을 입증하기 어렵고, 특별조치법에 따라 등기하기 위해서는 시장 또는 읍·면장이 당해 부동산 소재지에 일정기간 이상 거주한 사람 중에서 위촉한 3인 이상의 보증서를 첨부하여 관할관서(대장소관청)에 확인서를 신청하고 그에 따라 확인서를 발급받아 등기신청시 첨부하여야 하였으며, 쟁점토지를 포함한 인근 다수 필지의 넓은 토지가 청구인의 배우자(고 김○○○)와 청구인 등의 소유의 ‘○○○농원’이라는 농장이었고, 쟁점토지의 경우 등기접수일이 1994.11.4.로서 위의 ○○○농원을 구성하는 나머지 토지들의 최종 등기접수일인 1980.5.17.로부터 무려 14년 후로, 일단의 농장 조성이 끝난지 14년 후에 1개 필지 토지만 매입하였다는 것은 이례적인 점 등을 고려할 때, 쟁점토지의 취득일은 소유권이전등기원인일인 1974.3.13.로 보아야 하는 바, 쟁점토지에 대하여 취득일을 등기접수일인 1994.11.4.로 보아 비사업용 토지에 해당한다 하여 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하고, 쟁점토지 양도에 대한 세율을 기본세율로 하여 이 건 처분을 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일 등으로 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 취득시의 잔금청산일을 확인할 수 없는 바, 쟁점토지의 취득시기가 그 등기접수일인 1994.11.4.라 하여 당해 토지가 비사업용 토지에서 배제되지 아니하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 취득일이 (등기원인일인) 1974.3.13.이나 쟁점토지 취득관련 등기접수일인 1994.11.4.에 취득한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (3) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
• 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.9.11. 쟁점토지를 양도하고, 쟁점토지의 취득일을 (등기원인일인) 1974.3.13.으로 보아 소득세법 시행령 제168조 의 14 제3항 제2호에 따라 쟁점토지가 비사업용 토지로 보지 아니하는 ‘2006.12.31. 이전에 20년 이상을 소유한 농지’에 해당한다 하여 일반세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청은 쟁점토지가 특별조치법에 의하여 매매(1974.3.13.)를 등기원인으로 1994.11.4. 청구인에게 소유권이전등기된 토지로서, 그 대금청산일이 확인되지 아니한다 하여 위 등기접수일(1994.11.4.)을 청구인의 쟁점토지 취득일로 보아 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하지 아니한다 하여 이 건 양도소득세를 부과하였다. 한편, 청구인에 대한 주민등록정보(2009.11.25.) 자료에 의하면, 청구인은 1970.2.18. ○○○에 전입하여 이후 ○○○에서 거주하는 것으로 기재되어 있고, 쟁점토지 등기부등본에 의하면 청구인의 쟁점토지 취득과 관련하여 위와 같이 1974.3.13.자 매매를 등기원인으로 1994.11.4.(등기접수일) 청구인에게 소유권이전된 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구인은 ‘○○○농원’은 1969년부터 벼 및 밭작물 생산을 위주로 하여 정원수 등을 재배하기 위한 농장으로 조성되기 시작하여 1970년대 초에 토지매수 및 농장조성이 완료된 농장으로, 쟁점토지를 포함하여 34개 필지로 이루어졌고, 그 구성 토지의 매입 업무를 청구인의 배우자인 고 김○○○이 전담하였는 바, 동인이 1995.3.14. 사망하여 쟁점토지 등 토지 취득과 관련한 매매계약서 등 구체적인 사실확인이 불가능하여 현재로는 제 현황을 파악하여 추정할 수밖에 없으나, 이를 구성하는 토지의 최초 취득시의 (등기)원인일이 1969.5.9.~1973.10.16.로 되어 있고, (등기)접수일도 쟁점토지를 제외할 경우 1969.6.28.~1980.5.17.로 나타나고, 쟁점토지의 경우 (등기)접수일이 1994.11.4.로 위의 최종접수일인 1980.5.17.로부터 무려 14년 후로 나타나는 바, 일단의 농장 조성이 끝난지 14년 후에 1개필지의 ‘답’만 매입하였다는 것은 이례적이라고 볼 수 있고, 이장 및 인근주민들도 ‘○○○농원이 1970년대 초에 조성이 완료되었고 당시 쟁점토지도 ○○○농원의 일부 토지로 ○○○농원에서 직접 경작하였음을 확인하고 있다’고 주장하면서, ○○○ 등 12인의 사실확인서, ‘○○○농원토지 소유권이전현황 명세서’, 토지 등기부등본 등을 제출하였다.

(3) 살피건대, 쟁점토지와 같이 특별조치법에 의하여 등기된 부동산이라 하여 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득시기 및 양도시기에 대하여 소득세법상의 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로, 쟁점토지의 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정에 따라야 할 것이고, 당해 규정에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일 등으로 하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인이 취득한 쟁점토지의 경우, 등기원인은 1974.3.13. 매매한 것으로 등기부등본에 나타나지만, 대금청산일이 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일인 1994.11.4.이 청구인의 쟁점토지의 취득시기가 된다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 위와 같이 쟁점토지 소유권이전 등기접수일인 1994.11.4.를 청구인의 쟁점토지 취득일로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.