합병평가차익상당액의 손금산입은 경정처분시 강제조정하지 않으며, 결산시 손금에 계상하지 아니한 감가상각비는 세무조정사항이 아니며, 구분경리되지 않은 피합병법인의 이월결손금은 합병볍인의 승계대상이 아닌 것임
합병평가차익상당액의 손금산입은 경정처분시 강제조정하지 않으며, 결산시 손금에 계상하지 아니한 감가상각비는 세무조정사항이 아니며, 구분경리되지 않은 피합병법인의 이월결손금은 합병볍인의 승계대상이 아닌 것임
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 ○○을 흡수합병하면서 동 법인의 자산과 부채를 평가하여 인수하였는데 청구법인이 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 영위하던 내국법인으로 합병대가의 전부를 주식으로 교부하였고 승계받은 사업을 현재까지 계속 영위하고 있으므로 합병평가차익의 과세이연요건을 모두 충족하였으며, 합병평가차익은 세무조정계산서상 익금에 산입하는 방법으로 각 사업연도소득금액에 반영되듯이 압축기장충당금의 손금산입 또한 결산상 손금으로 계상한 경우에만 인정해주는 손금사항(결산조정)이 아니라 세무조정계산서상의 손금인정이 가능한 손금사항(신고조정)인 바, 쟁점평가차익에 대하여 익금산입과 손금산입을 동시에 하여야 하는데도 오로지 익금산입만으로 법인세를 경정한 처분은 부당하다.
(2) ○○을 흡수합병하면서 발생한 영업권 16,315,813,095원은 법인세법상 감가상각대상에 해당되는데도 세무조정오류로 손금산입하지 못하였으므로 2004사업연도 이후 매년 영업권 상각비 4,622,813,710원을 손금산입하여야 한다.
(3) 청구법인의 2차합병은법인세법제45조 제1항 각호의 요건(사업목적성, 지분의 연속성, 사업의 계속성)을 충족하고 피합병법인의 주주가 받은 합병신주는 주식발행총수의 3.58%로 100분의 10을 초과하지 못해 승계대상에는 해당하지 아니하나, 피합병법인은 벤처기업으로서조세특례제한법상의 요건인 100분의 3을 초과하므로 쟁점결손금의 공제를 인정하여야 한다.
(1) 청구법인은 ○○을 흡수합병하면서 발생한 쟁점평가차익이법인세법상의 과세이연요건을 모두 갖추었다고 하나,법인세법제17조 제1항 제3호 단서의 규정에 의한 합병평가차익은 당연히 익금산입대상인 반면, 동 합병평가차익 상당액을 손금에 산입하고자 하는 법인은법인세법제44조 제3항의 규정에 의거 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 할 뿐만 아니라 같은 법 시행령 제80조 제4항의 규정에 따라 손금산입하는 금액을 유형고정자산별로 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 하는 것인 바, 이는 납세자의 의사에 의한 선택적 임의신고조정사항이므로 세무조사시 익금누락한 합병평가차익을 익금산입하면서 과세이연요건을 갖추었다고 하여 자동 손금추인할 수는 없다.
(2) 청구법인이 주장하는 영업권 또는 영업권 상각비에 대하여 경정처분을 한 사실이 없으므로 불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 아니한다. (3)조세특례제한법제47조의 3 제4호에서 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 합병법인은 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 하는데도 구분경리를 하지 아니하였고, 2006사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계받은 자산·부채 및 손익을 구분하여 계산한 재무제표 등이 제출되지 아니한 것으로 보더라도 구분경리하지 아니한 사실을 알 수 있으므로 쟁점결손금의 승계에 대한 과세특례를 적용받을 수 없다.
(1) 청구법인이 흡수합병한 ○○의 자산을 평가하면서 발생한 쟁점평가차익을 익금에 산입하고 그 상당액을 손금산입하지 아니하여 과세한 처분의 당부
(2) ○○을 흡수합병하면서 발생한 영업권을 감가상각자산으로 보아 균등상각비의 손금산입을 인정할 수 있는지 여부
(3) 청구법인이 흡수합병한 △△의 쟁점결손금을 세법상의 승계요건을 충족한 것으로 보아 승계받은 사업의 소득금액에서 공제를 인정할 수 있는지 여부
○ 법인세법 제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】
① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 “합병평가차익”이라 한다)을 제외한다.
○ 법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】
① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
○ 법인세법 시행령 제80조 【합병평가차익 상당액의 손금산입】
① 법 제44조 제1항에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 토지 및 건축물(이하 이 조에서 “토지 등”이라 한다)을 말한다.
④ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 토지 등별로 건축물의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 이 경우 개별 토지 등의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 토지 등의 합병평가차익에 개별 토지 등의 평가증액이 평가증된 토지 등의 총평가증액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
⑤ 제64조 제4항 및 제5항의 규정은 제4항의 규정에 의하여 계상한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금산입에 관하여 이를 준용한다.
⑦ 법 제44조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 합병평가차익조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (쟁점2관련)
○ 국세기본법 제65조 【결정】
① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 적법하지 아니하거나 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.
3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다.
○ 국세기본법 시행령 제22조의2 【경정 등의 효력】
① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (쟁점3관련)
○ 법인세법 제45조 【합병시 이월결손금의 승계】
① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.
1. 제44조 제1항 각호에 해당할 것.
2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것
3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여 구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다.
○ 조새특례제한법 제47조의3 【벤처기업의 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례】 법인(벤처기업을 포함한다)이 벤처기업을 합병함에 있어서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 합병등기일 현재 피합병법인의 법인세법 제13조 제1호 의 규정에 의한 결손금은 대통령령이 정하는 금액의 범위 안에서 동법 제45조의 규정에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제할 수 있다.
1. 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖출 것. 이 경우 동항 제1호를 적용함에 있어서 벤처기업이 연구ㆍ개발 등 사업을 영위하기 위하여 자산을 취득하거나 비용을 지출한 때부터 1년이 경과한 경우에는 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 것으로 본다.
2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것
3. 피합병법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 합병법인으로부터 받은 주식 또는 출자지분이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 3 이상일 것
법인세법 제113조 제3항 의 규정에 의하여 구분경리할 것
○ 법인세법 제113조 【구분경리】
③ 제45조 제1항의 규정에 의하여 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 합병법인은 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인의 등기부등본 및 합병관련자료 등에 의하면, 청구법인은 1991.5.3. 설립되어 전자부품 등의 제조업을 영위하고 2001.12.13. 협회등록법인으로 등록된 법인으로서, 2004.8.5. 비상장법인이며 칸막이 전문제조업체인 ○○을 흡수합병(1차합병)한데 이어 2006.9.26. 벤처기업으로 확인받고 이동통신 전자부품 제조·판매업을 영위하는 △△을 흡수합병(2차합병)한 것으로 나타난다(2004년 10월 현재의 상호로 변경).
(2) 이 건 조사관련자료 및 법인세 경정결의서 등에 의하면, ○○국세청장은 2009.3.23.~2009.4.21. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 1차합병시 피합병법인 ○○의 토지 및 건물에 대한 평가차익 2,032,107,729원(쟁점평가차익)을 익금누락한 것으로 보아 2004사업연도 법인소득금액에 익금산입하고, 2차합병시 피합병법인 △△의 결손금 3,874,407,414원(쟁점결손금)을 승계받은 것으로 신고하였으나 법인세법상 승계요건이 충족되지 아니한 것으로 세무조사결과통지서를 송달하는 한편, 다른 적출금액을 처분청에 통보함에 따라 처분청은 청구법인에게 법인세 2004사업연도 1,065,374,000원, 2005사업연도 272,407,200원, 2006사업연도 90,353,930원 및 2007사업연도 309,037,050원을 각각 경정·고지한 사실이 확인된다.
(3) 쟁점1에 대하여 본다. (가) 이 건 조사자료 등에 의하면, 청구법인은 2004.8.5. ○○을 흡수합병하면서 ○○의 토지와 건물에 대한 합병평가차익 2,032,107,729원이 발생하였으나 세무조정(익금산입) 누락과 함께법인세법제44조 규정에 의한 손금산입도 누락하여 2004사업연도 법인세를 신고하였고, ○○국세청장은 이에 대하여 합병평가차익을 익금산입(상당액의 손금불산입)하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 법인세법제44조 제1항 각호의 과세이연요건을 모두 충족하였고 합평평가차익은 결산상 손금으로 계상한 경우에만 인정하여 주는 손금사항(결산조정)이 아니라 세무조정계산서상의 손금산입으로 손금인정이 가능한 손금사항(신고조정)이므로 쟁점평가차익의 익금산입과 동시에 손금산입하여야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점평가차익에 대한 과세이연요건은 납세자의 의사에 의한 선택적 임의신고조정사항이므로 과세요건을 갖추었다고 하여 쟁점평가차익을 자동 손금추인할 수는 없다는 의견인 바, 이 건 1차합병이법인세법제44조 제1항 각호의 과세이연요건을 충족하는 점에 대하여는 다툼이 없다. (다) 법인이 흡수합병을 함에 있어서 그 합병으로 인한법인세법제17조 제3호 단서 및 제44조의 규정에 의한 합병평가차익의 익금 및 그 합병평가차익 상당액의 손금산입은 합병등기일이 속하는 사업연도로 하는 것이고, 이를 적용받기 위하여는 합병평가차익에 관한 명세서(합병평가차익조정명세서)를 법인세 신고시 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 할 뿐만 아니라 손금에 산입하는 금액은 개별 토지 등별로 건축물의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 하고 손금산입한 일시상각충당금 등은 동 자산의 감가상각비와 상계하여야 하며, 당해 자산을 처분하는 경우 상계하고 남은 잔액을 처분하는 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입하여야 할 것이다. (라) 살피건대, 청구법인은 1차합병에 따른 합병평가차익 상당액이 익금사항인데도 이에 대한 세무조정을 누락하는 동시에 그 상당액의 손금산입도 누락하였으므로 손금산입을 추인하여 달라고 주장하나, 쟁점평가차익 상당액의 손금산입은 법인이 손금산입하고 일시상각충당금 등으로 계상하여 신고한 경우에 적용되는 것이어서 이 건 경정처분시 손금산입에 대한 강제조정을 하지 아니한 것은 적법한 것으로 판단된다.
(4) 쟁점2에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2004.8.5. ○○을 흡수합병하면서 자산 및 부채를 외부평가기관이 평가하여 승계함에 있어서 합병대가로 신주를 발행·교부하고 16,315,813,095원(합병대가에서 순자산가액을 차감)을 영업권으로 계상하였다가 당해 사업연도 결산시 전액 무형자산 감액손실로 처리하였는 바, 영업권이법인세법상 감가상각자산에 해당하나 세무조정오류로 균등상각한 감가상각비를 손금에 산입하지 못하였으므로 2004사업연도 1,359,651,091원(월할계산) 및 이후 각사업연도 감가상각액 3,263,12,619원을 손금에 산입하여 달라는 주장이다. (나) 처분청은 이에 대하여 영업권과 관련한 경정처분사실이 없으므로 불복청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니한다는 의견이나, 이 건 경정결의서에서 2004사업연도 및 이후 사업연도의 증액경정처분사실이 확인되고 증액경정을 하는 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초 확정내용의 하자를 바로 잡도록 함이 법적안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 것이라 할 것이므로 이 건 경정처분으로 증액된 세액의 범위 내에서는 이를 다툴 수 있다고 판단된다. (다) 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 있어서 법인세법 시행령제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상가치를 평가하여 대가를 지급하고 감가상각자산으로 계상한 경우에만 영업권에 해당할 뿐만 아니라 감가상각비는 결산시 손금으로 계상한 경우에 한하여 이를 손비로 보는 것이어서 결산시 손금에 계상하지 아니한 금액은 이를 세무조정에 의하여 손금산입하거나 경정청구대상에 해당하지 아니한다. (라) 이 건과 같이 단순히 피합병법인 ○○○의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 이를 영업권으로 보지 아니하는 것일 뿐만 아니라 결산시 감가상각비를 손금에 계상한 사실도 없으므로, 세무조정오류로 결산시 손금에 산입하지 못한 영업권의 균등상각비를 손금에 산입하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(5) 쟁점3에 대하여 본다. (가) 이 건 조사관련자료 등에 의하면, 청구법인은 2006.9.28. 흡수합병한 ○○○의 이월결손금 3,874,407,414원(쟁점결손금)을 승계받고(자본과적립금명세서상 이월결손금잔액으로 기표), ○○○의 주주가 합병대가로 교부받은 주식 541,208주는 발행주식총수의 3.58%에 해당하는데 이는법인세법제45조 제2항 제3호의 규정에 의한 합병신주비율 100분의 10이상에 충족되지 아니하여 이월결손금 승계대상이 아닌 것으로 보아 세무조사결과통지서를 송부한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은법인세법상의 이월결손금 승계요건은 충족되지 아니하나, 피합병법인이 벤처기업으로 지정되었으므로조세특례제한법제47조의3의 요건(합병신주비율 100분의 3이상)이 충족되므로 이월결손금 승계대상에 해당한다는 주장이다. (다) 합병법인의 이월결손금 승계에 관한법인세또는조세특례제한법상의 규정을 적용함에 있어 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 기타의 사업을법인세법제113조 제3항의 규정에 따라 구분경리하고 있는 사실이 객관적으로 인정되는 경우에는 합병시 승계한 이월결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 안에서 합병시 피합병법인의 이월결손금을 승계하는 것인 바, 이 건 세무조사과정에서 구분경리사실이 없었음을 확인하였다는 조사관서의 의견 제시가 있었을 뿐만 아니라 청구법인의 2006사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계받은 자산·부채 및 손익을 구분하여 계산한 재무제표 등이 제출되었는지 여부도 확인되지 아니한다. 따라서 처분청이 피합병법인 ○○○의 쟁점결손금을 청구법인의 결손금 승계대상으로 인정하지 아니하고 한 이 건 경정처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.