양도당시 보유하던 쟁점신축주택을 1세대1주택 비과세 규정을 적용시 보유주택수에서 제외할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.5.7. 남편 김○○○청구인)과 공동으로 취득(신축)한 ○○○(대지 64.402, 건물 134.387㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.5.30. 양도하고, 양도당시 청구인 소유의 ○○○(대지 67,168㎡, 건물 164.88㎡, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 보유하고 있어 2005.6.7. 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택에 대한 비과세 신청을 하지 아니하고, 쟁점주택이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세가 감면되는 신축주택에 해당되어 양도소득세(19,717,423원)를 감면신청하면서 동 감면세액에 대한 농어촌특별세액 3,943,480원을 납부하였다.
• 나. 그 후, 청구인은 쟁점신축주택도조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택에 해당되어 쟁점주택의 비과세 판단시 주택수에서 제외된다고 보고 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택의 비과세 요건에 해당한다고 보아 2009.4.22. 기 납부한 농어촌특별세액을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 2009.6.25. 처분청은 청구인에게 환급이 불가하다는 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택 양도당시 청구인이 소유한 쟁점신축주택은 조세특례제한법상 양도소득세 감면대상에 해당하므로 다른 주택의 비과세 판단시 주택수에서 제외하는 것이 타당하다. 대법원 판례(○○○, 2008.6.12.)는 양도소득세 감면 및 과세대상 소득에 대하여만 조세특례제한법부칙 제29조(2002.12.11. 법률 제6762호)에 의해 같은 조 제99조의3 제1항이 종전규정을 적용받는 것으로 보고, 같은 조 제2항은 별도의 규정으로 보아 부칙에서 별도의 언급이 없는 한 적용받지 못하는 것으로 판시하였으나, 대법원 판례대로 해석한다면 ○○○ 및 신도시 지역에 소재한 주택 및 그 외의 지역에 소재하는 주택 모두 1세대 1주택에 대한 비과세를 적용받지 못하여 권리를 침해받는 문제가 있다. 즉 ○○○ 등의 지역에서 법 개정전 감면대상에 해당되는 주택은 개정법 부칙에 따라 감면을 계속 받을 수 있으나 주택수에서 제외되는 혜택을 받을 수 없는 문제가 발생하여 예측가능성 및 법적안정성을 해치는 문제를 초래하게 되고, 서울특별시 등 이외의 지역은 개정전 분양계약을 체결한 주택과 개정 후 분양계약을 체결한 주택이 모두 조세특례제한법제99조의3 제1항의 감면대상에 해당하나 ○○○ 등의 지역은 감면만 되고 주택수에 포함되는 문제가 있으므로 양도소득세 감면대상 주택은 다른 주택의 비과세 판단시 주택수에서 제외하는 것이 타당하다. 따라서, 쟁점주택의 경우조세특례제한법제99조의3의 감면대상인 쟁점신축주택을 제외하면 1세대 1주택인 상태에서 양도한 것이고, 양도일 현재 3년 이상 보유하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하였으므로 과다 납부한 농어촌특별세를 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견

○○○에 소재하는 쟁점신축주택은 조합원 공급분으로 사용승인일이 신축주택기간 경과 후인 2004년이지만 조합이 조합원 외의 자와 신축주택 기간내인 2002.6.14. 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있어 조세특례제한법부칙 제29조(2002.12.11. 법률 제6762호)에 의거 종전의 규정을 적용하도록 하고 있기 때문에 양도소득세 감면대상 신축주택에 포함되는 주택에 해당하나, 쟁점주택의 비과세 판정시 주택수에서 제외하는 문제는 별개로 판단할 사항이다. 쟁점신축주택의 감면은 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된조세특례제한법제99조의3 제1항에 대한 부칙 제29조에 의해 감면을 받은 경우로서 이는 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여 종전의 규정을 적용하는 것이지, 이 건과 같이 조세특례제한법제99조의3 제2항이 정하는 과세특례를 적용할 것인지 여부가 문제되는 경우에는 아무런 경과규정을 두고 있지 아니하므로 주택수에서 제외할 수 없다. 개정취지와 관련하여 종전에는 전국소재 신축주택에 대하여 양도소득세가 감면되었으나, 주택가격의 상승을 주도하고 있는 서울특별시·과천시 및 신도시 소재 신축주택에 대한 감면혜택을 줄여 주택가격 상승을 억제하고자 하나, 법적 안정성을 위하여 경과규정을 두고 기존주택에 대하여는 감면을 적용해 주는 것이지, 감면 뿐만 아니라 비과세 판단시 주택수에서 제외하라는 주장은 개정취지에도 반하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택 양도당시 보유하던 쟁점신축주택을 보유주택수에서 제외되는 것으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. (단서 생략) (3) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조【일반적 적용례】② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30., 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) ① (삭제, 2001.8.14.)

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30., 대통령령 제17829호로 개정된 것) ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (5) 농어촌특별세법 제2조 【정 의】① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과 세 표 준 세 율 1 조세특례제한법ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2001.5.7. 부부 공동(각 2분의 1지분)으로 취득(신축)한 쟁점주택을 3년 이상 보유하다가 2005.5.30. 양도하고, 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법제99조 제1항의 양도소득세 감면대상 신축주택으로 양도소득세 19,717,423원을 감면신청하면서 동 감면세액에 대한 농어촌특별세 3,943,480원을 신고·납부하였다. (나) 쟁점신축주택은 조합원공급분으로 사용승인일이조세특례제한법제99조의3 제1항 제1호의 신축주택취득기간(2001.5.23. ~ 2003.6.30.) 경과 후인 2004.9.30.이나, 조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내인 2002.6.14. 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있어 같은 법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조의 경과규정에 따라조세특례제한법제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택에 해당한다(○○○, 2008.11.11. 조세심판관합동회의 같은 뜻임). (다) 청구인은 위 대법원 판례 등을 근거로 쟁점신축주택이 양도소득세 감면대상 주택으로 쟁점주택의 비과세 판단시 보유 주택수에서 제외된다고 보고, 그럴 경우 쟁점주택은 3년 이상 보유한 주택으로 1세대 1주택의 비과세 대상에 해당한다고 보아 당초 신고·납부한 농어촌특별세액 3,943,480원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조의 경과규정은 같은 법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 대하여 종전의 규정을 적용하도록 하는 것이지, 같은 조 제2항의 주택수에서 제외하는 것이 아니라는 이유로 쟁점주택 비과세 판단시 주택수에서 제외할 수 없다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 청구인 세대가 쟁점주택 양도당시 보유하던 쟁점신축주택을 신축주택취득기간(2001.5.23 ~ 2003.6.30.) 내에 사용승인을 받지 못한 경우, 쟁점주택의 비과세 판단시 보유 주택수에서 제외하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있는지 이에 대하여 본다. (가) 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 “구법”이라 한다) 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)과 자기가 건설한 신축주택(제2호)을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였다가 2002.12.11. 법률 제6762호(이하 “신법”이라 한다)로 개정하면서 그 양도소득세 감면대상을 ‘전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택’으로 제한하고, 그 위임에 따라 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 제99조의3 제1항은 “법 제99조의3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역이라 함은 ○○○ 등을 말한다”고 규정하고 있으며, 조세특례제한법제99조의3 제2항은 “ 소득세법 제89조 제3호 (1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 한편, 신법의 시행과 관련하여 신법 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2003.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용’하고, 그 제29조 제1항은 “이 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부하였거나 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인일을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액 계산에 관하여는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고, 종전의 규정을 적용한다”고 규정하고 있다. (다) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것이고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장 해석할 것이 아닌바(○○○, 1995.8.22. 같은 뜻임), 신법 부칙 제29조 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 쟁점신축주택이 아닌 다른 주택(쟁점주택)을 신법 시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어렵고, 쟁점신축주택이 구법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택에 해당한다 하더라도 쟁점신축주택이 아닌 다른 주택인 쟁점주택을 양도하는 경우에는 구법 제99조의3 제1항을 적용할 수 없어 ○○○에 소재한 쟁점신축주택은 1세대 1주택 예외규정 소정의 보유 주택수에서 제외되는 신축주택으로 보기는 어렵다 할 것이다(○○○, 2008.6.12. 같은 뜻임). (라) 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도소득세 비과세 판단시 쟁점신축주택을 청구인 세대의 보유 주택수에 포함시켜 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.