주무관청에 등록된 단체에 해당하지 아니한다고 본 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 종교법인인 비영리법인으로서 주무관청인 문화광광부에 등록된 사실은 없으나, 2008사업연도 법인세 신고시 이자소득금액 20,680천원을 수익사업소득금액으로 하는 한편, 동 소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 과세표준을 0원으로 한 수 원천징수 세액 4,678,580원(이하“쟁점원천징수세액”이라 한다)을 환급신청하였으나, 처분청이 이를 환급하지 않아 2009.8.10. 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 법인세법 시행령제36조 제1항 규정에 의한 주무관청에 등록된 단체에 해당하지 아니한다고 보아 법인세법 제29조 의 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용할 수 없다 하여 2009.9.28.청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 국세기본법제13조에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체로서 공익목적으로 출연된 기본재산을 독립적으로 관리.사용하고 있으므로 법인세법 시행령제36조 제1항 제1호 마목에서 규정하는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하므로 2008사업연도분 법인세 신고시 기 납부한 쟁점원천징수세액을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 법인으로 보는 단체에 해당되나, 법인세법 시행령제36조의 규정에 의한 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하지 아니하므로 고유목적사업준비금 손금산입대상 비영리법인으로 볼 수 없어 경정청구를 거분한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점원천징수세액의 환급을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조제1항제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조제1항제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익

2. 소득세법 제17조제1항제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조제1항 본문중 "대통령령이 정하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한

• 다. 1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체

2. 삭제 <2001.12.31 부칙>

제36조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.

• 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

• 다. 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 재정경제부령이 정하는 기부금

(3) 국세기본법제13조 【법인으로 보는 단체 】

① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 본안심리대상인지를 보면 청구인이 처분청에 2009.8.10. 경정청구를 제기한 후 처분청으로부터 경정거부처분에 대한 통지서를 받기(2009.9.28)이전인 2009.9.16.심판청구를 하였으나 이 건 심리종결 이전에 경정청구 거분처분이 있어 그 흠결은 치유되었다고 볼 수 있고, 이 건 심판청구는 경정거부처분에 대한 불복취지가 포함된 것이므로 본안 심리대상에 해당된다.

(2) 다음으로, 청구법인은 국세기본법제13조에 의한 법인으로 보는 법인격 없는 단체로서 공익목적으로 출연된 기본재산을 독립적으로 관리.사용하고 있으므로 법인세법 시행령제36조 제1항 재1호 마목에서 규정하는 주무관청에 등록된 종교단체애 해당하므로 쟁점원천징수세액을 환급하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하였으나 주무관청에 등록되지 아니한 단체로서, 처분청으로부터국세기본법제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 비영리법인으로 사업자등록을 하였다. (나) 법인세법제29조 제1항, 법인세법 시행령제56조 제1항 및 제36조 제1항 제1호 마목 등의 규정에 의하면 법인으로 보는 비영리법인의 경우 2001사업연도 이전까지는 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 대상법인의 범위에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 단체를 포함하고 있어 주무관청에 등록되지 아니한 종교단체도 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있었으나 2001.12.31 법률 제6558호 등에 의한 위 법령의 개정으로 2002.1.1.이후에는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하였다. (다) 청구법인은 주무관청에 의하여 등재.관리되고 있음을 입증할 수 있는 관련증빙을 제시하지 못하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인의 경우 법인세법 시행령제56조 제1항에서 규정하는 단체에 한하여 법인세법제29조(고유목적사업준비금의 손금산입)의 규정을 적용받는 것이라 할 것인 바, 청구법인은 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교법인 사업자등록을 하였으나 주무관청에 등록된 사실이 없으므로 단지 원천징수 등 납세편의를 위한 비영리법인의 사업자등록을 한 사실만으로는 청구법인을 위 법령에 의한 주무관청에 등록된 단체로 인정하기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청에서 청구법인이 주무관청에 등록되지 아니하였다 하여 위 법령에 의한 비영리법인에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.