거래처가 일부자료상인 점, 계좌 이체한 대금을 되돌려 받은 사실이 확인되지 않는 점, 거래처의 세무서장이 관련거래를 정상거래로 처리한 점, 거래처와 체결한 개발용역계약서를 제시하고 있고 220,000천원을 지급받은 사실이 확인되는 점 등에 비추어 재조사하여 그 결과에 따라 과세하는 것이 타당하다고 판단됨.
거래처가 일부자료상인 점, 계좌 이체한 대금을 되돌려 받은 사실이 확인되지 않는 점, 거래처의 세무서장이 관련거래를 정상거래로 처리한 점, 거래처와 체결한 개발용역계약서를 제시하고 있고 220,000천원을 지급받은 사실이 확인되는 점 등에 비추어 재조사하여 그 결과에 따라 과세하는 것이 타당하다고 판단됨.
○○세무서장이 2009.7.6. 청구법인에게 한 2004년 제1기 부가가치세 2,350,000원과 2004사업연도분 104,500,000원의 소득금액변동통지 처분은 청구법인의 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 △△로부터 공급가액 185,000,000원에 상당하는 계측장비 등의 매입여부와 주식회사 ○○에 대한 공급가액 200,000,000원에 상당하는 충전식 휴대용 X선 발생장치개발용역 등의 매출여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 제21조【재화의 공급】① 사업장 관할세무서장, 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
(1) 청구법인은 쟁점①거래처와 전력선 모뎀개발용역계약을 체결하고 실제로 거래한 사실이 거래계약서, 송금영수증, 사실확인서, 매입원장 등에 의하여 확인되고, 쟁점②거래처에게 충전식 휴대용 X선 발생장치개발용역 등을 제공한 후 매출세금계산서를 발행·교부하고 은행을 통해 대금을 송금받았으므로 쟁점매출·매입세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2004년 제1기 부가가치세 과세기간중에 쟁점①거래처로부터 공급가액 185,000천원의 쟁점매입세금계산서를 교부받은 사실과 쟁점②거래처에게 공급가액 200,000천원의 쟁점매출세금계산서를 발행·교부하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부한 사실이 부가가치세신고서 및 법인세 신고서, 매입처별세금계산서합계표 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인과 쟁점①거래처가 체결(2004.1.5.)한 개발용역 계약서를 보면 청구법인과 쟁점①거래처는 PLC USB Modemd용 주변기기 및 계측장비 및 소프트웨어 개발용역 계약을 272백만원(○○○ 110백만원 포함, 부가가치세 별도)에 체결한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 계좌이체를 통하여 쟁점①거래처로 쟁점매입세금계산서의 공급대가에 상당하는 금액을 아래 <표1>와 같이 송금한 사실이 나타나나, 동 금액을 되돌려 받은 사실은 확인되지 않는다. <표1: 쟁점매입세금계산서 수취 및 송금내역>
○○○ (라) ○○○세무서장은 쟁점①거래처가 1과세기간 가공세금계산서 교부비율 50%이상으로 자료상 고발요건에 해당된다 하여 2008년 2월에 고발한 사실은 확인되나, 전액자료상이 아닌 일부자료상임이 자료상조사종결보고서 등에 의하여 확인된다. (마) 쟁점①거래처의 재무이사로 재직한 바 있는 ○○○의 사실확인서를 보면 쟁점①거래는 청구법인과 주변기기 및 계측장비 소프트웨어개발 용역계약을 체결한 사실이 있다고 기재되어 있다. (바) 청구법인과 쟁점②거래처가 체결(2004.1.5.)한 개발용역 계약서를 보면 청구법인과 쟁점②거래처는 충전식 휴대용 X선발생장치 개발용역 계약을 220백만원(부가가치세 포함)에 체결한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점②거래처로부터 쟁점매출세금계산서의 공급대가에 상당하는 금액을 계좌이체를 통하여 아래 <표2>와 같이 송금받은 사실이 확인된다. <표2: 쟁점매출세금계산서 발행 및 입금내역>
○○○ (아) 처분청이 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 쟁점②거래처의 관할 ○○○세무서장에게 통보하였으나 ○○○세무서장은 쟁점매출세금계산서 관련거래를 정상거래로 처리한 사실이 ○○○세무서 조사공무원의 과세자료처리보고서(2009.8.) 등에 의하여 확인된다.
(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 쟁점①거래처는 전액자료상이 아닌 일부자료상인 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점①거래처에게 179백만원을 계좌이체한 사실이 나타나는 반면에 그 대금을 되돌려 받은 사실이 확인되지 않는 점, 쟁점②거래처의 관할 세무서장이 쟁점매출세금계산서 관련거래를 정상거래로 처리한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점②거래처와 체결한 개발용역계약서를 제시하고 있고 220,000천원을 지급받은 사실이 예금통장 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점매입·매출세금계산서를 확인된 가공자료로 보기 어려운 측면이 있으므로 청구주장 매입·매출분에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.