지분법 투자주식은 원가법으로 평가하여야 함.

○○○세무서장이 2009.4.6. 청구법인에게 한 2007.1.1～12.31. 사업연도 법인세 14,623,315,270원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 인터넷포탈사업을 영위하는 내국법인으로 미국법인인 ○○○.(이하 ○○○”라 한다) 주식을 취득할 목적으로 2004.9.23 미국현지법인인 ○○○.(청구법인 지분 100%, 이하 “○○○”이라 한다)을 설립하면서, 동 법인의 주식 100%(980주)를 115,354,543,312원에 취득하였고, ○○○은 2004.10.5. ○○○ 주식 100%를 취득하였다.
• 나. 이후 청구법인은 해외자회사의 복잡한 지배구조를 개선하고 효율적인 관리를 위하여 2007년 11월 ○○○(청구법인지분 100%, 해외 자회사의 국내 지주회사)를 설립하고, 2007년 12월 ○○○인터내셔널의 주식 100%(980주)를 ○○○에 현물출자(이하 “쟁점거래”라 한다)하면서, ○○○인터내셔널을 청산하였으며, 2008년 4월 ○○○ 일본 주식, 2008년 5월 ○○○ 주식을 각각 ○○○에 현물출자 및 매각함으로써 ○○○는 완전한 지주회사의 형태를 갖게 되었다.
• 다. 청구법인은 쟁점거래의 대가로 ○○○의 주식 1,000,000주를 교부받았으며, 그 과정에서 ○○○인터내셔널 주식의 상속․증여세법상 주식평가액 43,733,071,568원과 ○○○ 주식의 장부가액(취득가액) 115,354,543,312원의 차액 71,621,471,740원(지분법 손실 등)을 법인세 신고시 손금산입하지 아니하였다가, 2009.2.6. 이를 손금산입하여 2007.1.1～12.31. 사업연도 법인세 14,633,315,270원을 환급하여 달라는 경정청구를 처분청에 하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구일부터 2월이 경과하는 기간(2009.4.6.)까지 경정청구에 대한 결과통지를 하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 경우 쟁점거래(현물출자)로 인하여 증가․감소된 순자산가액은 법인세법상 익금․손금에 해당하는 것이므로 청구법인이 쟁점거래의 대가로 교부받은 ○○○의 주식 취득당시 시가 즉, 현물출자시의 ○○○ 주식의 양도금액(상속세 및 증여세법상 주식평가액) 43,733,071,568원과 ○○○인터내셔널 주식의 장부가액(취득가액) 115,354,543,312원의 차액 71,621,471,744원은 2007 사업연도 소득금액계산시 이를 손금에 산입하여야 하는데, 청구법인은 기업회계상 현물출자로 인한 손실 71,621,471,744원(지분법 손실 등)을 인식하지 아니하고, 이에 대한 세무조정도 수행하지 아니하였는바, 그 결과로서 청구법인의 2007 사업연도 법인세 과세표준이 과다하게 계상되었으므로 현물출자에 따른 평가손실을 반영하여 2007 사업연도 법인세 14,623,315,270원을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 현물출자 형식으로 쟁점거래를 하였으나, ○○○의 주식 100%를 ○○○에 출자한 후 ○○○을 청산함으로써 청구법인이 ○○○의 주식을 교부받았는바, 이는 실질적인 합병에 해당하는 것이고, 단순히 해외자회사의 경영관리차원에서 두 법인을 합병한 경우 기업인수․합병처리준칙제17조에서 지배종속회사간 합병은 장부가액으로 승계하도록 되어 있으므로 피합병법인의 지분법 손실을 합병법인이 승계하는 것이어서 당해 사업연도의 손실로 인식하지 아니하는 것이며, 지분법은 법인세법에서 인정하지 않는 투자유가증권의 평가방법이므로 지분법 평가손익에 대해서는 각 사업연도 소득금액계산시 익금(손금) 불산입 유보하였다가 처분시에 추인하는 것이나, 본래의 지분법평가대상 주식인 ○○○주식을 청구법인이 궁극적으로 처분한 것으로 볼 수 없고, ○○○와 ○○○인터내셔널은 청구법인의 연결대상종속회사로 기업회계기준서제15호에서 지배권획득일 이후 종속회사의 주식거래는 연결재무제표 주주간 거래이므로 일반 자본거래와 같이 손익을 인식하지 않는 것으로 규정하고 있으며, 현물출자를 통하여 투자가 이루어졌을 경우에는 현물출자자산의 장부가액과 공정가액의 차이를 미실현손익으로 보아 지분법평가에 전액 반영(내부미실현이익 제거) 즉, 미실현손실은 지분법적용 투자주식에 가산하였다가 처분시에 손실을 인식하는 것이어서 청구법인의 현물출자시점인 2007 사업연도의 손실로 인식할 수는 없다 할 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 해외자회사 주식의 현물출자시 유보중인 지분법 손실을 손금산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 등

(1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조 【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조 【자산ㆍ부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (삭제, 2001. 12. 31.)

2. 보험업법 기타 법률에 의한 고정자산의 평가

3. 재고자산등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가

② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.

③ 다음 각호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 고정자산으로서 천재ㆍ지변ㆍ화재 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 파손 또는 멸실된 것

3. 대통령령이 정하는 주식 등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우 또는 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 의한 회생계획인가의 결정을 받았거나 기업구조조정 촉진법에 의한 부실징후기업이 된 경우의 당해 주식 등

4. 주식 등을 발행한 법인이 파산한 경우의 당해 주식 등 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 제72조 【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가 제73조 【평가대상 자산 및 부채의 범위】법 제42조 제1항 제3호에서 재고자산등 “대통령령이 정하는 자산 및 부채”란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 재고자산

• 가. 제품 및 상품(부동산매매업자가 매매를 목적으로 소유하는 부동산을 포함하며, 유가증권을 제외한다)
• 나. 반제품 및 재공품
• 다. 원재료
• 라. 저장품

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등

• 가. 주식 등 (1998. 12. 31. 개정) 제75조 【유가증권 등의 평가】① 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권(이하 이 조 및 제85조 제1항 제3호ㆍ제85조 제2항 제3호ㆍ제86조의 2에서 “유가증권”이라 한다)의 평가는 다음 각 호의 방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 개별법(채권의 경우에 한한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 본다. (가) 청구법인은 1995.2.20. 사업을 개시하여 ○○○을 영위하는 내국법인으로, ○○○의 해외진출 및 확장을 위하여2004.9.23. 미국현지법인인 ○○○인터내셔널을 100% 출자(발행주식 980주를 115,354백만원에 취득)하여 설립하였으며, ○○○은 2004.10.5. 미국 ○○○ 주식 100%(21,400천주, 91,871,984USD)를 취득하였다. (나) 이후 청구법인은 해외자회사인 ○○○, 일본 현지법인인 ○○○ 중국 현지법인인 ○○○ 등의 복잡한 지배구조를 개선하고, 효율적인 관리를 위하여 2007.11.23. 해외자회사의 국내지주회사인 ○○○를 설립하였다. (다) 청구법인은 2007.11.27. ○○○에 ○○○ 주식 100%(980주)를 상속세 및 증여세법 시행령제54조 및 같은 법 시행규칙 제17조의2, 3에 의하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평균액으로 평가(평가자 회계법인 리안)한 가액 43,733백만원으로 하여 현물출자하고, ○○○의 주식 1,000,000주를 동 금액으로 취득하였으며, 이에 대하여 2007.11.28. ○○○에 신주발행 조사 신청을 하여 2007.12.14. 인가를 받았다. (라) 청구법인은 위의 현물출자와 관련한 사항을 2007.11.27. 증권거래법제186조의 규정에 의하여 금융감독위원회에 신고․공시하였고, 청구법인의 이사회 의사록 및 내부결재 문서에도 동일한 내용으로 나타난다. (마) 청구법인은 2004년도 ○○○인터내셔널을 설립한 이후 ○○○인터내셔널 주식에 대하여 회계기준(회계기준서 제15호)에 따라 ○○○인터내셔널의 당기순손실에 대하여는 지분법 손실로, 당기순손실을 제외한 자본의 감소(환율차이로 인한 해외사업환산대 등)분에 대하여는 지분법 자본변동으로 아래와 같이 회계처리한 사실이 청구법인의 2004～2005 사업연도 재무제표 및 감사보고서(재무제표에 대한 주석사항) 등에 나타난다.

○○○ <연도별 ○○○ 주식 변동내역> (단위: 원) 사업연도 취득가액 지분법 손실 지분법 자본변동 기말 장부가액 2004년 115,354,543,312 10,367,435,821 9,732,902,902 95,254,204,589 2005년 38,649,230,839 2,310,106,521 54,294,867,229 2006년 △195,380,249 4,314,273,760 50,175,973,718 2007년 8,888,310,883 166,705,747 41,120,957,088 합 계 57,709,597,294 16,523,988,930 (바) 또한, 청구법인은 2007사업연도에 ○○○ 주식을 ○○○에 현물출자하면서 기업회계상 청구법인이 보유한 ○○○ 주식의 현물출자 직전의 장부가액을 ○○○ 발행주식의 장부가액으로 대체하고, 다음인터내셔널 주식에 대한 지분법 자본변동계정을 ○○○ 발행주식에 대한 지분법 자본변동계정으로 대체한 사실이 청구법인의 회계전표 등에 나타난다.

○○○ (사) 청구법인은 기업회계기준에 따라 위의 (마)～ (바)와 같이 회계처리를 하였으나, 세법상 ○○○ 주식의 현물출자는 양도로서 주식을 처분한 것이므로, 지분법 손실(유보) 57,709,597,294원 및 ○○○ 주식의 회계상 취득가액과 세무상 취득가액의 차이 13,911,874,450원, 합계 71,621,471,744원을 아래와 같이 현물출자 시점인 2007사업연도에 손금산입하여야 한다는 주장이다.

○○○ * ○○○인터내셜날 주식 100%(980주)를 상속․증여세법에 의하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평균액으로 평가한 가액 (아) 이에 대하여, 처분청은 청구법인이 현물출자 형식으로 쟁점거래를 하였으나, ○○○인터내셔널의 주식 100%를 ○○○에 출자한 후 ○○○인터내셔널을 청산함으로써 청구법인이 ○○○의 주식을 교부받았는바, 이는 사실상 해외자회사의 경영관리차원에서 ○○○가 해외자회사인 ○○○을 흡수합병한 것이며, 기업인수․합병처리준칙제17조에서 지배종속회사간 합병은 장부가액으로 승계하도록 되어 있으므로 청구법인의 지분법 손실과 ○○○ 주식의 회계상 취득가액과 세무상 취득가액의 차이 등을 현물출자한 사업연도에 손금산입할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (자) 한편, ○○○는 인터넷포털사업의 국내․외 시장상황이 악화되자, 당초 2004.10.5. ○○○이 취득하였던 미국 ○○○ 주식 100%(21,400,000주, 취득가액 91,871,984USD)를 큰 손실을 감수하고 2010년 8월 인도법인에 매각하는 주식매매계약을 체결(매각대금 36,000,000USD)하였는 바, 2010.10.15. 매각대금 중 15,000,000USD을 지급받고 주권의 86%를 매수인에게 인도하였고, 인도정부의 허가를 득한 후 나머지 매각대금을 지급받고 주권을 인도하는 것으로 나타난다.

(2) 쟁점거래가 사실상의 합병에 해당하는 지에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점거래가 사실상 “흡수합병”이라는 주장이나, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이며, 과세관청으로서도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 납세자가 선택한 거래행위는 납세자의 행위가 가장행위에 해당한다는 특별한 사정이 없는 한 유효한 것이며, 경제적 효과의 귀속만을 두고 당사자간에 성립된 법률적 효과까지 배제할 수는 없는 것(○○○, 2001.8.21. 등 다수)인바, ○○○는 상법에 따라 설립된 국내법인인 반면 ○○○은 미국법에 따라 설립된 외국법인으로 상법상의 회사가 아니어서 상법상 양자간의 합병은 어려웠던 것으로 보이는 점, 원칙적으로 지주회사를 설립함에 있어 현물출자, 합병 또는 포괄적 주식교환 등 여러가지 방식 중 납세자가 선택할 수 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법률관계가 존중되어야 한다는 관점에서 현물출자로 인한 법인설립 결과가 합병을 통한 법인설립과 경제적 실질이 같다고 하여 합병시의 세무조정을 적용하기 어려운 점, 청구법인의 현물출자는 관련 법률에 따라 법원의 조사를 거쳐 유효하게 성립된 법률행위로서 조세를 탈루할 목적으로 이루어진 가장행위 등에 해당하는 것으로 보이지 않는 점, 처분청과 같이 쟁점거래를 합병으로 보더라도 지분법 손실의 원천인 ○○○ 주식을 매각한 시점에는 지분법 손실을 인식하여야 하므로, 긍극적으로 손금산입되는 귀속연도의 차이만 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 쟁점거래를 현물출자가 아닌 합병으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 기업회계기준서제15호 및 기업인수․합병 등에 관한 회계처리준칙제17조 등의 규정에 따라 이 건의 지분법 손실을 미실현손실로서 ○○○의 지분법적용 투자주식에 가산하였다가 처분시에 손실을 인식함이 타당한지에 대하여 살펴보면, 법인세법제43조에서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따르는 것으로 규정하고 있으나, 이는 세법상 규정이 없는 경우에 한하여 제한적으로 적용된다 할 것이고, 법인세법제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날로 규정하면서 권리의무확정주의를 채택하고 있으며, 같은법 시행령 등에서 손익의 귀속시기에 대하여 규정하고 있는바, 같은 법 제15조 및 제19조에서 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익과 순자산을 감소시기는 거래로 인하여 발생하는 손비는 같은 법에서 규정하는 불산입 항목을 제외하고는 이를 각각 익금과 손금으로 하는 것으로 규정하면서, 같은법 시행령 제11조 제2호에서 “자산의 양도금액”을 익금으로, 같은 법 시행령 제19조 제2호에서 “양도한 자산의 양도당시의 장부가액”을 손금으로 규정하고 있으므로 위의 기업회계기준서의 규정을 그대로 적용할 수는 없다 할 것이며, 쟁점거래가 세법에서 양도로 보는 현물출자인 이상 기업인수․합병 등에 관한 회계처리 준칙을 적용할 수도 없다 할 것이다.

(4) 따라서,법인세법제42조를 적용함에 있어 기업회계기준에 의한 지분법 투자주식은 반드시 원가법으로 평가하도록 규정하고 있으므로 기업회계기준에 따라 지분법 평가손익을 당기 손실 또는 수익으로 인식한 금액은 세무조정시 익금(손금)불산입하고 처분시점에 당초 익금(손금)불산입한 금액을 익금(손금)산입하는 것인바, 청구법인이 이 건 현물출자시 손금불산입(유보)되어 있던 지분법 평가손실 57,709,597,294원은 처분시점 즉, 현물출자한 날이 속하는 2007사업연도에 손금산입함이 타당할 뿐만 아니라, 현물출자로 인하여 교부받은 ○○○ 주식의 취득당시 시가 43,733,071,568원과 현물출자한 다음인터내셔널 주식의 장부가액 57,644,946,018원의 차이 13,911,874,450원도 2007 사업연도에 손금산입함이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.