종업원의 직무상 발명이 아닌 특허권에 대한 특허료 지급액은 기타소득에 해당함

송파세무서장이 2009. 5. 13. 청구인에게 한 2003년 귀속 종합소득세 120,176,980원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인과 청구인이 현재 대표이사로 재직하고 있는 주식회사 BBB(건강기능식품 제조, 도소매업, 이하 “BBB”라 한다)는 1998. 8. 1. 청구인 소유 특허번호 제181168호[숙취해소용 천연차(여명 808(이하 “쟁점제품”이라 한다) 및 그 제조방법(이하 ‘쟁점특허권’이라 한다)]에 대한 통상실시권 사용설정계약[설정료 5억 원(1998. 8. 31. 5,000만 원, 2003. 8. 31. 2억 원, 2005. 8. 31. 2억5,000만 원), 실시료(계약일 ~2003. 9. 30. 기간 동안 월 판매제품 총 매출금액의 5%. 2003. 10. 1. ~ 2017. 3. 19. 월 판매제품 총 매출금액의 8%)]을 체결하고 2003년도 중 BBB로부터 쟁점특허권 사용료 446,782,052원(이하 ‘쟁점특허료’라 한다)을 지급받아 2003년 귀속 종합소득세 신고시 기타소득으로 신고하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 2008. 8. 21. ~ 2008. 10. 10. 기간 동안 BBB에 대하여 조사를 실시한 결과 쟁점특허권이 청구인의 개인발명이 아닌 BBB와 공동발명이거나 직무발명에 해당한 것으로 판단하고 쟁점 특허료를 특허료 부당지급액으로 보아 법인소득금액 계산시 손금불산입하고 청구인에게 상여처분 할 것을 의정부세무서장과 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 청구인 주소 관할인 처분청은 중부지방국세청장의 통보자료에 의해 쟁점특허료가 기타소득이 아닌 근로소득으로 보고 쟁점특허료 전액을 수입금액에 산입하여 2009. 5. 13. 청구인에게 2003년 귀속 종합 소득세 120,176,980을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009. 7. 22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 투자자 유AA과 발명가 청구인은 1996. 7. 22. “특허권 실시허여 및 투자계약서”(이하 “투자 등 계약서”라 한다)를 체결하여 유AA은 청구인이 그동안 개인사업자로 운영한 BBB식품의 자산 및 경영권 일체를 인수 및 청구인이 기존에 소유하고 있던 발명특허권을 유AA과 공유하는 조건으로 5억 원을 청구인에게 현금으로 지급하고, BBB식품을 법인으로 전환(유AA이 BBB의 초기자본금 5억 원을 전액 출자 하되, 유AA 55%, 청구인 45%)하는 조건이었는바, 1996. 8. 5. 위의 계약 내용에 의해 BBB[대표이사 유AA(지분 55%) 감사 청구인 (지분 45%)]를 설립한 후, 투자등계약서 제6조 제5항(본 계약 이전에 출원중인 국내외 발명특허, 상표, 실용신안, 의장등록 등은 투자자 유AA과 발명가 청구인의 공유로 한다)에 의해 1996. 7. 22. 이전에 출원한 “천연조미료 제조방법 및 그 천연조미료(육향)” 특허목록 5개를 유AA에게 이전하여 공유하는 등 유AA이 BBB를 사실상 지배하였다. 투자 등 계약서 제6조 제2항[계약기간중 위 권리와 관련하여 발명가가 개량 혹은 확장에 대한 신규발명 또는 고안을 했을 때에는 당사자(유AA과 남DD)가 이를 공유한다]에 의거 쟁점제품에 대한 특허도 공유하였어야 하나, BBB의 경영권을 행사한 유AA은 당해 연구에 대하여 전혀 금전적 지원을 하지 아니하였고, BBB의 연구시설사용 등 물질적인 지원도 전혀 없어 남DD은 개인자금으로 별도의 연구실 (서울특별시 송파구 거여동 559번지 삼우빌딩 2층)을 임차하여 연구를 진행하였으며, 유AA은 청구인의 BBB식품의 인수대가로 남DD에게 계약 당일(1996. 7. 22.) 지급하기로 한 계약금 3억 원을 지연지급 (1996. 7. 27. 1억 원, 1996. 8. 8. 1억 원, 1996. 8. 30. 5천만 원 등)하는 등 계약을 위반하여 남DD이 이의를 제기하는 등 1996. 10. 28. 상호간 협의로 작성한 ‘협의내용[2. 투자계약서 제6조 제2항에 의한 관련 특허에 대하여 투자자 (유AA)는 비용일체를 부담하지 아니하는 조건으로 발명자 개인의 권리로 한다. 이로 인한 제3자와의 계약에 대하여도 일체 이의를 제기 하지 않는다.]’을 체결함에 따라 남DD은 BBB의 형식적인 감사직책만 소유한 채로 발명품 연구에 전념하여 오다 1997. 3. 19.자로 1993년부터 시작하여 807번의 실패를 거쳐 808번 만에 성공한 쟁점제품에 대하여 신CC(단순명의자)와 공동으로 특허출원을 하였다. 중부지방국세청장이 이 건 처분의 과세근거로 한 투자자 유AA의 진술내용(당시 육향은 계속 판매가 이루어졌으나 쟁점제품은 실험실 에서 갓 제품을 성공하여 스위스 등의 식품전시회에 출품하여 상을 받고 그 이후 계속 보완개발하여 판매하게 되었던 것으로 알고 있으며, 그 과정의 관련 연구개발비용 및 국외출장 등의 비용 등은 법인에서 일체 지원함)은 육향과 쟁점제품의 원재료는 근본적으로 달라 사실과 다르고, BBB의 출금전표상 연구개발비 등의 지출사실이 없는 것으로 보아 유AA은 남DD과 결별에 따른 나쁜 감정으로 인하여 남DD에게 불리한 내용으로 진술한 사실이 유AA이 작성한 사실확인서(2008. 12. 29.)로 알 수 있으며, BBB의 1996 - 1997사업연도 결산서에 무체재산권으로 2억 5,000만 원(육향 특허권 2억 원, 쟁점특허권 5,000만 원)이 계상된 것은 1996. 8. 6.자 출금전표상 특허권 2억 5,000만 원을 잘못 기재한 것으로, 이는 당시 회계지식이 부족하고 특허권 등에 대하여 잘 모르던 경리담당 직원이 BBB식품의 인수에 소요된 5억 원 중 절반이 쟁점특허권에 해당하는 것으로 잘못 알고 기계적으로 출금전표를 작성한 것에 불과하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 BBB는 쟁점특허권이 청구인의 자금과 노력으로만 이루어진 개인 발명(공동등록자인 신CC는 단순히 명의를 빌려준 자에 불과함)이라고 주장하면서 청구인과 유AA이 1996. 7. 22. 체결한 “특허권 실시허여 및 투자계약서”와 1996. 10. 28. 체결한 추가 “협의내용” 및 특허권 등록 에 소요된 출원비용 및 등록비용증빙을 제시하고 있으나, “특허권 실시허여 및 투자계약서”는 청구인의 개인사업체였던 BBB식품을 BBB로 전환하면서 BBB의 초기자본금 전액 및 운영자금을 유광 영이 부담하고 남DD은 그 대가로 유AA과 남DD 명의의 특허권 등을 공동 소유한다는 BBB 설립당시 법인의 투자계약서일 뿐, 쟁점특허권이 BBB와 독립적으로 발명된 것이라는 청구주장을 입증할 서류가 될 수 없고 1996. 10. 28. 체결한 추가 “협의내용”은 계약서 전체가 아닌 일부내용만 존재한다는 점, “투자 등 계약서”와 달리 공증을 받지 아니한 점 계약서상 입회자로 명시된 남기소의 날인이 누락된 점, 다른 서류와 달리 간인의 위치가 불특정적인 점, “협의내용” 제5항 중 총회 및 이사회의 일자 기재가 누락된 점 계약 당사자인 유AA이 계약사실을 기억하지 못한다는 점 등으로 보아 진위여부가 의심된다. 쟁점특허권 등록에 소요된 출원비용 및 등록비용증빙은 쟁점특허 권이 청구인 개인 명의로 출원되었기 때문에 불가피하게 청구인 개인 명의로 지출된 것일 뿐, 쟁점특허권이 남DD 개인의 발명이라는 증빙은 될 수 없는 반면 청구주장을 입증할 수 있는 쟁점특허권과 관련된 발명, 개발, 연구활동 등에 소요된 비용이 청구인의 개인자금에서 지출됐다는 증빙을 제출하지 못하고 있으며, 쟁점특허권은 BBB 설립이후 BBB의 임원으로 재직하고 있던 청구인과 신CC가 우선권 주장(1996. 11. 7.)과 특허출원(1997. 3. 19.) 및 특허등록(1998. 12. 5.)한 사실로 보아 발명진흥법 제10조 에 의한 직무발명에 해당되어 BBB가 쟁점특허권에 대한 실시료를 지급할 의무가 없다. BBB 설립(1996. 8. 5.)부터 쟁점특허권의 우선권주장일(1996. 11. 7.) 및 특허출원일(1997. 3. 19.) 이후인 1997. 5. 26.까지 BBB의 대표이사로 재직하였던 유AA은 쟁점특허권과 관련된 발명, 개발, 연구 등 모든 연구개발 비용과 국외출장비용등은 BBB가 지원하였다고 진술하였다가 객관적인 증빙 없이 본인의 진술을 번복한 점으로 보아 이를 신뢰하기 어렵고 BBB의 1996사업연도 대차대조표에 무체재산권 2억 5,000만원(육향 특허권 2억 원, 쟁점특허권 5천만 원)으로 계상되어 있고, 2007사업연도까지 계속해서 쟁점특허권의 취득 연도를 1996년으로 계상하고 있는 것으로 보아 청구인의 주장처럼 회계담당자의 단순실수에 따른 착오기재라고 볼 수 없으며, 1999. 9. 16. 쟁점특허권을 남DD과 BBB가 공유하는 것으로 등록되었으므로 그 이후에는 남DD에게 특허권 설정료 및 실시료를 지급할 이유가 없다고 보이는 점, 쟁점특허권의 특허등록번호(특허 제181168호)가 1998. 12. 5.자에 부여 되었음에도 그 이전인 1998. 8. 1.자로 특허의 양도 등이 이루어지고 그 계약서에 위 특허등록번호가 기재된 것으로 보아 청구인의 주장이 신빙성이 없어 보이는 점, 쟁점특허권과 BBB 설립 등의 일련의 과정으로 보아 직무발명에 해당하는 것으로 보여지는 점 등으로 보아 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점특허권이 BBB 임원인 청구인의 직무상 발명이거나, BBB와 공동발명한 것으로 보고 쟁점특허료를 부당지급액으로 보아 과세 한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점특허권이 청구인 개인발명이 아닌 BBB와 공동발명이거나 직무발명에 해당한 것으로 보아 이 건을 처분하였고, 청구인은 개인발명에 해당한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(1) 투자자 유AA과 발명가 청구인이 1996. 7. 22. 체결한 투자 등 계약서를 보면, 발명특허 제195562호(명칭: 천연조미료 제조방법 및 그 천연조미료, 실시기간: 1996년 7월 22일부터 특허권의 유효기간까지, 실시허여: 투자자와 발명가는 위 특허 권리를 공유) 특허권에 관하여 제조, 판매에 대한 자금투자를 원활히 하여 세계시장 개척과 국내 시장에 정착하는데 목적이 있고(제1조) 계약 발효일 이후 가장 빠른 시간 내에 당사자는 본 계약 규정과 해당법에 따라 BBB(초기 수권 자본금은 20억 원, 1차 납입자본금은 5억 원)를 유AA과 청구인 지분을 55%:45% 비율로 설립하며(제5조) 투자계약기간 중 위 권리와 관련 하여 발명가가 개량 혹은 확장에 대한 신규발명 또는 고안을 했을 때 에는 당사자가 이를 공유하고, 본 계약 이전에 출원중인 국내외 발명 특허, 상표, 실용신안, 의장등록은 투자자와 발명가의 공유로 하며(제6조), BBB는 현재 청구인이 경영 중인 BBB식품을 5억 원(대금은 계약 과 동시에 3억 원을 현금으로 지급하고, 2억 원은 사업개시 6개월 이내 현금으로 지급)에 인수하는 것(제11조)으로 기재되어 있다.

(2) 위 투자 등 계약서 제6조 제5항에 의해 청구인의 발명특허의 일부를 유AA에게 이전한 내역은 아래 [표1]과 같은 것으로, 특허 출원일자가 유AA과 청구인이 투자 등 계약서 체결일(1996. 7. 22.) 이전 이고, 재료와 용도 등이 비슷하거나 거의 같은 것으로 나타날 뿐, 쟁점제품 에 대한 기재내용은 나타나지 아니한다.

(3) 처분청이 과세근거로 제시한 청구법인의 투자자이자 대표 이사로 재직한 유AA과 중부지방국세청 직원이 2008. 11. 3. 작성한 문답서에 의하면, 유AA은 9개월여(1996. 8. 5. ~ 1997. 5. 26.)의 기간 동안 BBB의 대표이사로 재직하였고, ‘청구인의 연구개발은 BBB의 연구 개발비 지원 및 외부업무지원 등을 통하여 업무진행이 이루어졌으며 (문답서 9-2쪽), 쟁점제품(여명808)에 대한 제품화 및 판매과정에서 관련 연구개발비용 및 국외출장 등의 비용 등은 법인에서 일체 지원된 것이고(문답서 9-4쪽), 공동개발한 것은 없으나 청구인이 직접 개발에 참여하고 본인은 개발비용 및 법인 자본금을 투자하였기에 명의를 같이 출원토록 바꾼 것이고(문답서 9-5쪽), 육향이나 쟁점제품이 전혀 다른 제품 성격이 아니고 들어가는 원재료는 육향과 거의 비슷하지만, 일부 과정에 추가 재료 및 과정 등의 첨가 등을 통하여 보완적인 제품개발 이 이루어지는 것으로 알고 있다’고 진술하였다.

(4) 투자 등 계약서상 유AA과 청구인이 공유하기로 한 발명특허권 (등록번호 특허 제95562호 발명의 명칭: 천연 조미료 제조방법 및 그 천연 조미료)과 쟁점특허권에 대한 특허등기부상 내용은 아래 [표2]와 같고, 특허번호ㆍ특허등록권리자ㆍ발명의 명칭ㆍ재료ㆍ용도 등에서 차이가 있는 것으로 나타난다.

(5) 투자 등 계약서와 BBB 사업자등록 및 쟁점특허권 등기부 등록 등을 보면 계약체결과 법인설립 및 쟁점제품 개발과정은 아래 [표3]와 같은 것으로 쟁점특허권의 우선권 주장일은 BBB 설립 후 3개 월 이후인 것으로 나타난다.

(6) 청구인은 오래전부터 계속하여 쟁점제품 발명연구를 진행 하였고, 1996년 8월 BBB식품 대금지급과 관련하여 유AA과 분쟁으로 BBB의 출입을 제한받게 되어 BBB로부터 약 1km 떨어진 서울특별시 송파구 거여동 559 삼우빌딩 2층에 국제발명식품연구원 (IIF)이라는 연구소를 별도로 설립하여 1996. 11. 12. IIF에 대한 상표를 출원하였다는 증빙으로 상표등록증(등록 제409511호) 및 등록원부, 전화번호 가입자이력(02-401-09) 청구인 명함[국제발명식품연구원 회장 남DD, 사무실: 서울특별시 송파구 거여동 559 삼우빌딩 2층, 전화번호: (02)401-0903, 팩스번호: (02)401-09)] 등을 제출하고 있다.

(7) 청구인의 쟁점제품 개발과 관련된 다량의 기사(1997. 12. 8. 보건신문 10면, 1998.9.1 중앙일보 17면 등)에 의하면, 청구인은 1994년부터 동생이 병원에서 간경화로 석달 밖에 살수 없다는 판정을 받고 나서 수백번(807번의 실험을 거쳐 808번째)에 이르는 실험을 토대로 간기능 회복과 보호에 탁월한 효과를 나타내는 쟁점제품을 개발하였다고 기재되어 있다.

(8) 처분청은 BBB의 1996사업연도 대차대조표에 무체재산권 2억5천만 원(‘육향’ 특허권: 2억 원 쟁점특허권: 5천만 원)이 계상되어 있고 2007사업연도까지 계속해서 쟁점특허권의 취득연도를 1996년으로 계상하고 있는 것을 보더라도 쟁점특허권의 소유권이 BBB에게 있는 것으로 보아야 한다는 의견인 반면, 청구인은 BBB와 1998.8.1. 쟁점특허권에 대한 통상실시권 설정계약은 아래 [표4]과 같다. 설정료 5억 원 1998. 8. 31.까지 5천만 원, 2003. 8. 31. 2억 원, 2005. 8. 31. 2억 5천만 원), 실시료는 월 판매제품 총 매출금액의 5%~8%(계약일~ 2003. 9. 30.: 월 판매제품 매출금액의 5%, 2003. 10. 1. ~ 2017. 3. 19., 월 판매제품 총 매출금액의 8%)이고 BBB는 1998. 8. 31.까지 청구인에게 지급하기로 되어 있는 설정료 5천만 원을 회사의 자금사정으로 지급 하지 못하였으므로 1998사업연도에 (자산)무형자산 5천만 원, (부채) 미지급채무 5천만 원으로 기재하였어야 하나, 이를 누락한 후, 2003년도에 특허권 설정료 2억 원을 청구인에게 지급하면서 1998. 8. 31.까지 지급하였어야 할 설정료 5천만 원의 미지급사실을 확인하여 이를 추가 지급하면서 BBB 회계담당자가 1996년 중 이미 계상되어 있는 무형자산가액 2억 5천만 원을 육향 2억 원 쟁점특허권 5천만 원으로 단순 하게 회계처리를 함으로써 과거 수년간의 대차대조표 및 감가상각비 계상내용을 수정하는 회계처리를 생략한 채 2007사업연도까지 유지 되어 온 것에 기인한다고 주장하고 있는 바 이는 BBB 사업현황 (1998년 당시 직원은 3명이 전부로서 이들이 회계, 총무, 생산 등을 모두 담당하고 있었음) 등으로 보아 청구인의 주장을 부인하기 어려워 보인다.

(9) 유AA은 2008. 12. 29. 인감증명서를 첨부하여 작성한 사실확인서 에서 ‘쟁점제품(여명808)은 본인 및 BBB와 무관하게 청구인 개인이 개발 소유할 것이었으므로 본인 및 BBB로서 지원할 이유가 없는 부분이었다’고 확인하고 있고 1996년부터 현재까지 BBB의 고문과 세무대리인으로 활동하고 있는 이천호 세무사는 2009.8.10 작성한 사실확인서에서 ‘BBB의 출금전표에는 청구인의 연구개발을 위한 비용이나 국내는 물론 외국에 특허출원을 위한 출장비, 법무비용 등으로 출금한 전표는 물론 직무수당이나 급여 등으로 출금된 전표가 없었다’고 확인하고 있다.

(10) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면 유AA과 청구인이 1996. 7. 22. 투자 등 계약서에 의해 공유하기로 한 것은 특허 제95562호 육향(천연 조미료 제조방법 및 그 천연 조미료특허권) 등과 관련된 제품으로 국한되었다고 보여지고, 육향과 쟁점제품은 재료, 용도 등 에서 사실상 다른 제품임이 특허등기부 등으로 구체적으로 확인되는 점, 처분청이 과세근거로 한 유AA의 진술이 사실과 다른 것으로 보여져 신빙성을 인정하기 어려운 점 쟁점특허권의 우선권 주장일이 BBB의 설립 3개월로 나타나는 점, BBB의 출금전표상 남DD의 연구개발비를 지원한 사실이 확인되지 아니한 점, 청구인이 쟁점제품 개발과 관련 하여 당시 개인사무실을 별도 운영하였다는 증빙으로 전화번호기록부, 청구인 명함을 제출한 점 및 쟁점제품은 남DD이 개발한 것으로 기재된 신문기사 등에 비추어 볼 때, 쟁점특허권은 BBB와 관계없이 청구인이 독자적으로 개발한 것으로 보이는 바 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.