2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항의 규정은 종전에 사업연도 종료일을 기준으로 산출하던 국외지배주주의 내국법인 출자금액의 적수를 출자금의 변동 전・후로 나누어 구하도록 하는 창설적 규정으로서 확인적 규정이 아니고, 사업연도중에 자본의 증가가 있는 경우에까지 소급하여 적용하면 납세자에게 불리한 진정소급효가 발생되어 납세자의 법적안정성과 신뢰이익을 현저히 침해하기 때문에 국세기본법 제18조 제2항에서 규정한 소급과세 금지원칙에 위배됨
○○○세무서장이 2009.5.12. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세 726,832,890원, 2007사업연도 법인세 802,450,840원의 부과처분은 2005사업연도 2,016,671,705원, 2006사업연도 311,700,775원 및 2007사업연도 10,952,917,383원을 각 사업연도의 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
가.청구법인은 부동산투자, 부동산 관련 경영상담 및 대출을 포함한 기타 금융관련 서비스업을 목적으로 2000.9.20. 설립되었고, 주식지분은 외국법인인○○○가 전액 소유하고 있다. 청구법인은국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다) 제14조의 규정에 의한 손금불산입 대상이 되는 지급이자를 계산함에 있어 같은 법 시행령 제25조 제3항에서 규정하는 방식에 따라 사업연도종료일 현재의 출자금액에 해당연도의 일수(365일)를 곱하여 국외지배주주 출자금액의 적수를 계산하였고, 그 결과 손금불산입되는 지급이자는 없는 것으로 하여 2005년, 2006년 및 2007사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2007.12.31. 대통령령 제20494호로 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항의 규정은 확인적·예시적 규정이 아니라 창설적 규정에 해당함에도 동 규정을 소급적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(2) 국조법 시행령 일부개정령안 입법예고에 따른 국조법 시행령 일부개정령안 제안이유와 주요내용에 의하면, 국조법 시행령 제25조 제4항의 신설 이유를 사업연도 중에 자본금의 변동이 있는 경우에도 정확한 자본금이 계산될 수 있도록 계산방법을 보완하여 사업연도 중에 자본금의 변동이 있는 경우 변동 전과 변동 후 각각을 기준으로 자본금을 계산하도록 한 것이라고 하고 있는 바, 자본금 적수계산의 간편성이라는 법 제정 당시의 입법자 의도가 자본금 적수계산의 정확성으로 변경되었고 이러한 의도를 반영하기 위해 동 규정을 신설한 것으로, 처분청 주장과 같이 단순한 확인적 규정에 지나지 않는 것이라면 새롭게 더하는 의미가 있는 ‘보완’이라는 표현 대신에 ‘명확히 또는 분명히 하기 위해’라는 문구로 제안이유를 작성하였을 것이다.
(3) 2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항은 “사업연도중 -- 자본의 변동이 있는 경우에는 제3항에도 불구하고 --”라고 되어 있는데, “불구하고”라는 표현은 앞의 규정과 상치되는 새로운 내용을 규정하기 위해 사용되는 문구인 바, 이를 보아도 제4항은 종전부터 있어 왔던 규정과 상충되는 새로운 규정인 것이다.
(4) 2008.4.28. 개정 전의 국조법 시행규칙 별지 제10호의 2 서식 ‘국외지배주주에게 지급하는 이자에 대한 조정명세서(병)’의 작성요령 제5호에 의하면, ‘2번 자본금 적수계산’에 있어서 납입자본적수 계산시 ⑭란에 당해 사업연도종료일 현재 대차대조표상 납입자본총계를 기재하도록 되어 있고, ⑮란의 사업연도 일수를 곱하여 적수를 계산하도록 되어 있었다가 2007.12.31. 국조법 시행령 제25조 제4항의 신설사항을 반영하여 2008.4.28. 개정된 국조법 시행규칙 별지 서식에서는 납입자본을 기재하는 행이 하나 추가되어 자본의 증가 또는 감소 전·후를 구분하여 적수를 계산하도록 구성이 변경되었으므로 종전 서식에 의하여는 개정된 내용대로 적수산출을 할 수 없었다.
(5) 자본금의 변동이 있는 경우 변동 전·후로 나누어 자본금의 적수를 계산하여야 한다는 국조법 시행령 제25조 제4항의 규정은 2007.12.31. 신설된 것으로 이 규정은 그 부칙 제2조에서 규정한 바와 같이 2008.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용되어야 함에도 불구하고 2007.12.31. 까지의 과세연도에 대하여 증자시점 전·후로 구분하여 자본금의 적수를 계산하도록 한 것은 조세법률주의 및 소급과세금지 원칙에 어긋나므로 부당하다.
(1) 국조법 시행령 제25조 제3항은 국외지배주주가 내국법인에게 출자한 금액을 계산하기 위한 규정이지 적수를 계산하기 위한 규정이 아니고, 동 규정에는 단지 총 납입자본금에서 국외지배주주가 납입한 비율만큼만 국외지배주주의 자본금으로 규정되어 있을 뿐이어서 출자금액은 그 제1항의 규정에 따라 ‘적수’로 계산하여야 하는 것이며, 청구법인이 주장하는 사업연도 말은 출자금액 측정의 시점을 의미하는 것이므로 증자일 전·후로 구분하여 적수를 계산하는 것이 합리적이다.
(2) 2007년 이전에도 과소자본세제에 따라 이자비용 적정여부를 검토하는 법령서식 <제10-1호 서식(갑) 외 2001.4.3.개정>에서 국외지배주주 출자금액에 대하여 적수로 계산한다고 규정하고 있었는 바, 이는 출자금 변동일 전·후로 구분하여 해당일수를 곱하여 적수를 구하라는 것이지 단순히 사업연도 해당일수를 곱하라는 뜻은 아니고, 법정서식이라고 하더라도 그 서식을 그대로 작성하여야만 법률 효력이 발생하는 것은 아니므로 2007.12.31. 이전 국조법 시행규칙 제7조의2에 규정된 적수를 계산하는 서식인 동 규칙 제10호의2 서식도 사업연도 중 출자금 변동이 있었다면 업무형편에 맞게 수정하여 사용하면 되는 것이다.
(3) 재정경제부는 유권해석(○○○, 2007.7.24.)을 통하여 2007.12.31. 국조법 시행령 제25조 제4항이 신설되기 이전부터 출자금액의 적수 계산시 증자일 전·후로 구분하여 적수를 계산한다고 해석하였다.
(4) 국조법 제14조의 과소자본세제는 차입금에 대한 지급이자를 규제하기 위한 것이므로 차입금 등의 적수와 출자금액의 적수가 상호 비교되는데도 차입금 등의 적수는 변동일자별로 계산하고 출자금액 적수는 사업연도말에 사업연도 일수를 곱하는 것은 합리적이지 못하고, 적수라는 것은 특정기간의 평균잔액을 구하기 위하여 사용하는 누적된 수치를 의미하는 것으로 사업연도말 시점의 출자금액에 해당사업연도 일수를 곱하여 출자금액의 적수를 계산하는 방식은 적수를 사용하는 취지와 개념에 맞지 않으며, 사업연도말의 자기자본에 사업연도 일수를 곱하여 적수를 계산한다면 사업연도말에 증자하였다가 사업연도초에 감자하는 등의 고의적인 거래를 통하여 과소자본세제의 적용을 회피하게 되므로 입법취지를 달성하지 못하게 된다.
(5) 청구법인은 국조법 시행령 제25조 제4항에 대한 개정부칙 적용시기를 들어 소급과세라고 주장하나, 국조법 제2조의2(국제거래에 관한 실질과세) 조항은 2006.5.24. 신설되었으며 동 법률 부칙 제2조를 보면 “이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다”라고 규정되어 있는데 실질과세원칙은 그 이전부터 계속하여 적용하여 왔고, 그 효력은 대법원(○○○, 2004.10.27. 같은 뜻)에서도 인정하고 있으므로 부칙 규정의 시행일이 반드시 적용시기를 의미하는 것이 아니므로 소급적용이 가능하다.
② 제1항의 규정에 의한 국외지배주주의 출자지분에 대한 차입금의 배수는 업종별로 구분하여 따로 대통령령으로 정할 수 있다. (2) 국제조세 조정에 관한 법률 시행령 제25조【손금불산입액의 계산방법】(2007.12.31. 대통령령 20494호로 개정되기 전의 것) ① 법 제14조 제1항의 손금에 산입하지 아니하는 것으로 보는 금액의 산정방법은 다음과 같다. 손금불산입액 = 내국법인(외국법인의 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)이 국외지배주주(국외지배주주의 지급보증에 의하여 내국법인에게 금전을 대여하는 제3자를 포함한다. 이하 같다)에게 지급하여야 할 이자 및 할인료 × [(내국법인의 국외지배주주에 대한 총차입금적수 - 국외지배주주의 내국법인 출자금액적수의 3배 또는 제26조에서 규정하는 업종별 배수)/내국법인의 국외지배주주에 대한 총차입금 적수]
③ 제1항에서 “국외지배주주의 내국법인 출자금액”이라 함은 다음 각호의 금액 중 큰 금액에 당해 내국법인의 당해 사업연도종료일 현재 납입자본총액에서 국외지배주주가 납입한 자본금이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다. 다만, 국내사업장의 경우에는 각 사업연도종료일 현재 그 국내사업장의 대차대조표상의 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액을 말한다.
1. 당해사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액
2. 당해 사업연도종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액 및 감자차익을 가산하고 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액으로 한다) 제25조【손금불산입액의 계산방법】(2007.12.31. 대통령령 20494호로 개정된 것)
③ 제1항 및 제27조 제2항에서 “국외지배주주의 내국법인 출자금액”이라 함은 다음 각호의 금액 중 큰 금액에 당해 내국법인의 당해 사업연도종료일 현재 납입자본총액에서 국외지배주주가 납입한 자본금이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다. 다만, 국내사업장의 경우에는 각 사업연도종료일 현재 그 국내사업장의 대차대조표상의 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액을 말한다.(2007.12.31. 개정)
1. 당해사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액
2. 당해 사업연도종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액 및 감자차익을 가산하고 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액으로 한다)
④ 사업연도중 합병·분할 또는 증자·감자 등에 따라 자본의 변동이 있는 경우에는 제3항에도 불구하고, 해당 사업연도개시일부터 자본의 변동일 전일까지의 기간과 그 변동일부터 해당 사업연도종료일까지의 기간으로 각각 나누어 계산한 자본의 적수를 합한 금액을 제3항 제1호의 금액의 적수 또는 같은 항 제2호의 납입자본금의 적수로 한다.(2007.12.31. 신설) 부칙(2007.12.31. 대통령령 제20494호) 제1조【시행일】이 영은 2008.1.1.부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
(4) 국세기본법 제18조【세법의 해석기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) 내국법인이 국외지배주주로부터 차입(지급보증 포함)한 금액이 국외지배주주가 내국법인에게 출자한 금액의 3배를 초과하는 경우 그 지급이자를 손금불산입하도록 한 국조법 제14조 규정의 위임을 받아 손금불산입 대상이 되는 지급이자의 계산방법을 규정한 국조법 시행령 제25조 제1항은 ‘국외지배주주의 내국법인 출자금액’을 적수를 산출하여 적용하도록 하고 있고, 그 제3항은 ‘국외지배주주의 내국법인 출자금액’을 ‘당해 사업연도종료일 현재’를 기준으로 산출하도록 하고 있다.
(2) 2007.12.31. 대통령령 20494호로 개정된 국조법 시행령은 제25조에 제4항을 신설하여 사업연도중 자본의 변동이 있는 경우에는 제3항에도 불구하고, 해당 사업연도개시일부터 자본의 변동일 전일까지의 기간과 그 변동일부터 해당 사업연도종료일까지의 기간으로 각각 나누어 계산한 자본의 적수를 합하여 출자금의 적수로 하면서 동시행령 부칙 제1조 및 제2조는 동규정을 2008.1.1.부터 시행하고 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 규정하였다.
(3) 청구법인은 2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항은 동시행령 부칙 제2조에서 규정한 바와 같이 2008.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용되어야 함에도 2007.12.31. 이전의 과세연도에 대하여도 신설규정에 따라 증자시점 전·후로 구분하여 자본금의 적수를 구한 것은 조세법률주의 및 소급과세금지 원칙에 어긋나므로 부당하다는 것이고, 처분청은 동 규정은 실질과세의 원칙에 따른 것으로서 합리적·확인적 규정이므로 소급과세가 아니라는 입장이다.
(4) 국조법 시행령 제25조 제4항의 신설 등을 위한 국조법 시행령 일부개정령안 입법예고(재정경제부 공고 ○○○, 2007.11.23.) 및 그 일부개정령안에 따르면, 국조법 시행령 제25조 제4항은 사업연도중에 자본금의 변동이 있는 경우에도 정확한 자본금이 계산될 수 있도록 그 계산방법을 보완하는 것으로서, 사업연도 종료일을 기준으로 자본금의 계산을 하게 되면 사업연도중에 증·감자 등 자본금의 변동이 있는 경우 이를 반영하지 못하는 문제가 있어 이 경우 변동 전과 변동 후 각각을 기준으로 자본금을 계산하도록 함으로써 정확한 자본금 및 손금불산입액을 계산할 수 있을 것으로 기대된다는 취지로 되어 있다.
(5) 기획재정부에서 발간한(2008.6) ‘2007 간추린 개정세법’ 해설 내용을 보면, 사업연도 중에 감자 또는 증자 등으로 인하여 출자금액의 변동이 있는 경우적수계산의 취지와 맞지 않게 감자시에는 손금불산입액이 과다하게 되고 증자시에는 손금불산입액이 과소하게 산출되는 불합리한 점을 보완하기 위하여 국조법 시행령 제25조 제4항을 신설하여 2008.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용하되 영 시행 이전 거래분에 대하여는 기존 예규(○○○, 2007.7.24)에 따라 과세하는 것으로 되어 있다.
(6) 위 예규를 보면, 국조법 시행령 제25조 제1항에서 규정하는 ‘국외지배주주의 내국법인에 대한 출자금의 적수’는 같은 조 제3항에서 규정하는 바와 같이 당해 사업연도 종료일 현재 출자금액의 적수로 계산하나, 사업연도 기간중에 증자·감자 또는 합병·분할 등으로 자본금의 변동이 있을 경우에는 당해 사업연도 개시일부터 자본금의 변동일까지의 기간과 그 변동일의 다음날부터 사업연도 종료일까지의 기간으로 각각 나누어 계산한 출자금액의 적수를 합한 금액으로 하도록 되어 있고, 위 예규는 ‘사업연도 중 감자한 경우 과소자본세제 적용시 출자금액 적수 계산방법’의 질의에 대한 회신으로 확인된다.
(7) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 국조법 시행령 제25조 제1항은 국외지배주주의 내국법인 출자금액을 적수로 산출하도록 하고, 그 제3항은 당해 사업연도종료일 현재를 기준으로 출자금액의 적수를 산출하도록 하고 있으며, 2007.12.31. 신설된 제4항은 사업연도중 자본의 변동이 있는 경우에는 제3항에 불구하고 해당 사업연도개시일부터 자본의 변동일 전일까지의 기간과 그 변동일부터 해당 사업연도종료일까지의 기간으로 각각 나누어 출자금액의 적수를 산출하도록 하였고 동시행령 부칙 제1조 및 제2조는 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 시행·적용하도록 규정하였고, 2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항의 적용시기와 적용례에 대하여 기획재정부의 ‘2007 간추린 개정세법’에 따르면 동 규정은 2008.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하되 동시행령 시행 이전 거래분에 대하여는 동시행령 내용과 동일한 내용의 기존 예규에 따라 과세하도록 하고 있는 바, 사업연도중 변동된 자본의 총합을 알기 위해서는 매일매일의 출자금의 합계액인 적수를 산출하여야 하는 것으로서 적수는 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항에 정한 방법대로 출자금의 변동 전·후로 나누어 구하는 것이 합리적이고 원칙적이라고 할 것이나, 2007.12.31. 국조법 시행령 제25조 제4항이 신설되기 전에는 같은 조 제3항에서 당해 사업연도 종료일 현재를 기준으로 국외지배주주의 내국법인 출자금액의 적수를 산출하도록 규정하고 있었던 점, 2007.12.31. 신설된 위 시행령 제25조 제4항은 부칙 제1조 및 제2조에서 2008.1.1. 이후 최초 개시하는 사업연도부터 시행 및 적용한다고 규정하고 있는 점, 이를 2007.12.31 이전에도 소급하여 적용하게 되면 사업연도중에 자본의 감소가 있는 경우에는 납세자에게 유리하게 되나 이 건과 같이 사업연도중에 자본의 증가가 있는 경우에는 납세자에게 불리하게 작용되는 점, 기획재정부의 ‘2007 간추린 개정세법’에서 국조법 시행령 제25조 제4항 시행 이전 거래분에 대하여 적용하도록 하고 있는 예규(국제조세과-446, 2007.7.24)는 사업연도중에 자본의 감소가 있는 경우의 적수산출에 관한 것인 점, 국조법 시행령 일부개정령안 입법예고 및 개정령안은 제25조 제4항의 신설 이유를 사업연도 종료일을 기준으로 자본금의 계산을 하게 되면 사업연도중에 증·감자 등 자본금의 변동이 있는 경우 이를 반영하지 못하는 문제가 있어 변동 전과 변동 후 각각을 기준으로 자본금을 계산하도록 한 것으로 밝히고 있어 이는 종전의 산출방법을 명확하게 한 것이라기 보다는 종전의 산출방법을 변경한 것으로 보이는 점 등을 감안하면, 2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항의 규정은 종전에사업연도 종료일을 기준으로 산출하던 국외지배주주의 내국법인 출자금액의 적수를 출자금의 변동 전·후로 나누어 구하도록 하는 창설적 규정으로서 확인적 규정이 아니고, 이 건과 같이 사업연도중에 자본의 증가가 있는 경우에까지 소급하여 적용하면 납세자에게 불리한 진정소급효가 발생되어 납세자의 법적안정성과 신뢰이익을 현저히 침해하기 때문에 국세기본법 제18조 제2항 에서 규정한 소급과세 금지원칙에 위배된다고 할 것이다.
(8) 따라서, 2007.12.31. 신설된 국조법 시행령 제25조 제4항을 적용하여 청구법인의 2007년 이전 사업연도분의 자본금 적수를 산출하여 법인세를 과세한 처분은 위법한 처분이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.