허위세금계산서로 부당하게 공제받은 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당함

○○○세무서장이 2008.6.3. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 261,404,390원 및 2004사업연도 법인세 345,102,360원의 부과처분은 청구법인이 2003년 제2기 및 2004년 제1기 과세기간 중 ○○자원 주식회사로부터 수취한 공급가액 합계 1,015,641,830원의 세금계산서와 관련하여 ○○금속 주○○ 등과 거래한 것으로 볼 수 있는 금액을 재조사하여 실제 매입사실이 확인되는 금액은 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.5.3. 고철 도매업을 주업종으로 하여 설립되어 2005.2.8. 폐업한 법인으로 2003년 제2기 및 2004년 제1기 과세기간 중 ○○자원 주식회사(이하 “○○자원”이라 한다)로부터 공급가액 10억 1,564만원(2003년 제2기 3억 9,119만원, 2004년 제1기 6억 2,445만원이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하고 쟁점금액을 손금산입하고 2003년 제2기 과세기간 중 재활용폐자원매입액 1억 6,319만원(이하 “쟁점재활용폐자원매입액”이라 한다)에 대한 매입세액을 공제하고 동 매입액을 손금산입하여 2003년 제2기 및 2004년 제1기 부가가치세와 2003사업연도 및 2004사업연도 법인세를 신고하였다.
• 나. 2008년 5월 ○○세무서장은 ○○자원에 대한 자료상 조사결과, ○○자원의 대표이사 등을 자료상으로 고발하고, 이를 과세자료로 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 손금불산입하였고 쟁점재활용폐자원매입액을 부당공제받은 것으로 보아 그매입세액을 불공제하고 그 매입액을 손금부인하여 2009.5.14. 청구법인에게 2003년 제2기 부가가치세 93,677,050원, 2004년 제1기 부가가치세 126,190,780원, 2003사업연도 법인세 261,404,390원 및 2004사업연도 법인세 345,102,360원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.27. 이의신청을 거쳐 2009.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 거래 당시 ○○자원의 사업장을 방문하여 대표이사인 구○○과 직원을 만나 거래협의를 하고 납품을 받았고, 2003.7.1.~2004.5.22. 기간 중 ○○자원과 55회에 걸쳐 거래를 하고 동 기간 중 46회에 걸쳐 10억 6,576만원을 거래대금으로 ○○자원의 예금계좌에 온라인으로 직접 입금하였으며, 계량확인서를 보면, ○○자원이 △△금속, ○○스텐 등으로부터 고철 등을 구매한 사실이 확인되고, 청구법인은 이를 ○○자원으로부터 구매한 것이다.

○○자원은 법인등기부등본상 본점과 지점이 설립되어 있음에도 ○○세무서장이 동 법인의 사업장이 없다고 조사된 것은 이해할 수 없고, 이 건 거래내용을 위장거래로 판단하여 ○○금속 등에 대하여 과세자료를 통보하였음에도 단순히 가공자료로 통보되었다고 하여 가공거래로 과세한 것은 실질과세의 원칙에도 위배된다.

(2) 처분청은 청구법인의 2003년 제2기 부가가치세 신고내역 중 쟁점재활용폐자원매입액 1억 6,319만원을 부당공제받은 것으로 보아 그 매입세액을 불공제하고 손금부인하여 2003년 제2기 부가가치세 및 2003사업연도 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 법정신고기한 내에 동 부가가치세 및 법인세 과세표준신고서를 제출하였으므로 이 건은 국세를 부과할 수 있는 제척기간이 경과된 위법한 처분에 해당되므로 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 ○○자원으로부터 동, 폐선 등을 매입후 쟁점세금계산서를 교부받았다고 하나, 동 법인에 대한 ○○세무서장의 조사결과, ○○자원은 사업장이 없고 박○○이 구○○으로부터 동 법인의 명의를 빌려 실물거래없이 가공으로 세금계산서를 수취·발행한 것으로 조사되었고, 매출거래처 모두를 가공자료로 통보한 것으로 나타나며, 동 법인의 매출세금계산서 금액 중 2003년 제2기 중 84.7%, 2004년 제1기 중 70.9%가 가공 또는 위장세금계산서인 것으로 확정되었으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 재활용페자원매입세액은 사업자가 아닌 자로부터 폐자원 등을 매입하여 재생업체에 판매하는 경우에 일정비율을 매입세액으로 공제하는 제도로 부가가치세 신고시 재활용폐자원 등의 매입세액신고서에 공급받은 자의 인적사항과 취득금액을 기재하도록 하고 있으나, 청구법인은 2003년 제2기 과세기간 중 김○○ 외 7명으로부터 파동 등을 구매한 사실이 없음에도 1억 6,319만원을 취득한 것으로 허위기재하여 부당하게 매입세액을 공제받고 손금에 산입하였는 바, 이는 과세관청으로 하여금 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 적극적으로 부정한 행위를 한 것에 해당하므로 부과제척기간을 10년으로 적용하여 과세한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 ○○자원 주식회사와 실제 거래하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 볼 것인지 여부

② 청구법인이 재활용폐자원매입세액을 부당공제받은 경우 국세부과제척기간을 10년 또는 5년을 적용할 것인지 여부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 국세기본법제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계

(1) 쟁점①과 관련 사실관계에 대하여 본다. (가) 이 건 과세자료 등에 의하면, 청구법인의 2003년 제1기~2004년 제2기 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.

○○○ (나) ○○세무서장의 ○○자원에 대한 자료상조사보고서(2008년 5월)를 보면, ○○자원은 1999.11.1. 개업후 무실적으로 휴면상태로 있다가 2003년 2기~2004년 1기까지 부가가치세 신고후 폐업신고하였고, 사업장의 소유자 이○○에게 임대한 적이 없다고 확인하고 있으며 ○○자원이 제출한 임대차계약서상 임대인 신○○은 동 사업장을 임차하여 건설기계를 보관하고 있으나, ○○자원 등에 전대한 사실이 없다고 진술한 것으로 나타나며, 대표이사 구○○은 2000.6.8. 자료상으로 고발된 자로 동 법인의 실제 사업 여부에 대하여 문의한 바, 직원 박○○과 이△△과 직접 사업을 하였다고 하나, 구체적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있고, 박○○과 이△△은 동 법인의 2003년 연말정산 지급조서상 기재되어 있지 아니하며, 실행위자 박○○은 ○○자원과 무관한 자이나 동 법인의 거래처에 대한 조회 및 금융조회결과, 동 법인의 명의를 대여하여 그 명의로 세금계산서를 발행 및 수취한 것으로 나타나고 있으나 조사에 불응한 것으로 조사되어 있고, 매출거래처 중 청구법인에 대한 조사내용을 보면, 계량명세서를 확인한 바, 매입처인 ○○금속 등으로부터 ○○자원을 거치지 아니하고 청구법인으로 직송되고 있어 ○○자원과 실제 거래한 금액으로 볼 수 없으며, 다만, 청구법인이 제시한 계량증명서상 거래금액과 동 업체들의 ○○자원에 대한 매출세금계산서합계표상 금액과의 차이가 있으므로 동 차액에 대하여 ○○금속 등의 관할세무서에 과세자료로 파생하는 것으로 되어 있다. (나) 처분청의 청구법인에 대한 자료상수취자 조사보고서(2009년 2월)를 보면, 청구법인은 2002.5.3. 고철 및 재생재료 도매업으로 개업한 후 2005.2.28. 폐업신고하였고, 동·폐선을 수집하여 ○○산업 등에 납품하고 대금결제는 대부분 법인통장을 이용하여 계좌이체한 것으로 되어 있고, 매출처 및 매입처에 대한 조사내용을 보면, 세금계산서, 대금결제 증빙, 거래처의 소명자료 등을 검토한 바, 22개 매출처 및 30개 매입처에 대한 거래는 모두 정상거래로 판단하였으나, ○○자원으로부터의 쟁점세금계산서 관련 거래에 대하여는 ○○세무서장의 과세자료 통보내용에 따라 가공거래로 확정하여 과세한 것으로 되어 있다. (다) 국세통합전산시스템에 의하면, ○○세무서장이 ○○자원이 발행한 세금계산서를 가공세금계산서로 확정하여 과세자료 통보한 데 대하여 각 매입거래처 관할세무서장이 가공·위장세금계산서 등으로 확정하여 부가가치세 등을 부과한 내역을 보면, 아래 <표2>와 같다. (라) 청구법인이 증빙자료로 제출한 쟁점세금계산서, 계량확인서, 청구법인의 ○○은행 계좌거래내역서를 보면, 아래 <표3>과 같다. 위의 계량확인서상 업체별 발행금액을 보면, 아래 <표4>와 같고, 계량확인서(계량표, 계량증명서, 계근전표)는 △△금속 등이 ○○자원에 발행한 것으로 되어 있으며, 중간에 수기로 ○○,△△으로 기재된 내역이 있고, 청구법인은 ○○자원이 이들 업체로부터 고철을 매입하여 청구법인에 매출한 것으로 주장하고 있으며, 국세통합전산자료에 의하면, 위의 과세기간 중 청구법인의 이들 업체로부터 매입신고액은 없으며 이들 업체의 ○○○○자원에 대한 매출신고액에 대하여 가공거래로 보아 매출감경정한 내역은 없는 것으로 나타난다. (마) ○○지방국세청장의 이 건 이의신청결정서를 보면, ○○세무서장이 ○○자원 에 대한 자료상 조사시 동 법인계좌에 대하여 조사한 바, 계좌에 입금당일 대부분 현금출금되거나 특정인에게 송금되는 등의 전형적 자료상 형태로 조사하고 있고, 특정인에 대한 송금내역을 보면, 주△△(△△금속 대표) 1억 2,450만원, 주○○(○○금속 대표) 8천만원, 김△△(○○스텐 대표) 6,308만원, 민○○ 1,316만원, 김□□(□□금속 대표, 주○○의 장모) 5천만원, 이□□ 1,516만원 및 김●● 1,641만원 등으로 확인하고 있다. (바) 이 건과 관련하여 주○○(○○금속 대표)이 제기한 심판청구사건에 대한 사실 및 처분개요, 심판결정내용과 이에 따른 △△세무서장의 처분내역을 보면, 2009년 6월 △△세무서장은 ○○세무서장의 과세자료 통보에 따라 청구법인과 주식회사 △△자원이 ○○자원에 대한 자료상조사시 제시한 ○○금속이 발행자인 계량확인서상 금액을 실제 청구법인과 주식회사 △△자원에 직접 매출하고서 ○○자원의 세금계산서를 교부한 위장거래로 보고, ○○금속의 ○○자원에 대한 매출신고액에 대하여 청구법인 등에 대한 위장거래로 보아 실거래를 인정하였으나, 계량확인서상 금액과 ○○금속의 ○○자원에 대한 매출신고액과 차액을 매출누락한 것으로 보아 주○○에게 2004년 제1기 부가가치세 2,966만원 및 2004년 종합소득세 8,714만원을 경정·고지하였고, 2009.8.7. 주○○이 이에 불복하여 심판청구한 데 대하여 2009.12.31. 우리 심판원은 그 차액에 대하여 실거래한 것으로 볼 수 있는지 여부를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였으며, 2010.2.12. △△세무서장은 재조사결과 위의 차액에 대하여 실거래가 아닌 것으로 보아 주○○에 대한 위의 부가가치세 및 종합소득세를 취소결정한 것으로 확인된다.

(2) 쟁점②와 관련한 사실관계에 대하여 본다. 처분청의 청구법인의 재활용폐자원매입세액에 대한 조사내용을 보면, 2003년 제2기 및 2004년 제1기 과세기간 중 신고된 재활용폐자원 관련 매입액은 공급자인 원○○ 외 9명에 대한 사실조회한 결과 모두 실제 거래사실이 없음이 확인되어 전액 가공금액으로 조사·확인하고 있고, 청구법인의 대표이사 류○○은 2009.1.19. 확인서에서 2003년 제2기 및 2004년 제1기 과세기간 중 김○○ 외 7명으로부터 163,190,650원 및 155,311,010원, 합계 318,501,660원을 재활용폐자원을 허위로 매입한 것으로 하여 재활용폐자원 매입세액을 부당공제받은 사실을 확인한 것으로 되어 있다.

• 라. 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 먼저, 청구법인이 ○○자원과 실제 거래하고 쟁점세금계산서를 수취한 것인지에 대하여 본다.

○○세무서장의 ○○자원에 대한 조사자료에 의하면, ○○자원은 사업장이 없는 것으로 확인되고 청구법인이 송금한 거래대금이 입금즉시 현금 등으로 출금되는 등의 전형적인 자료상형태의 사업을 한 것으로 조사되어 자료상으로 확정·고발된 것으로 나타나고, 청구법인이 증빙자료로 제출한 계량확인서 만으로는 청구법인이 ○○자원으로부터 실제 고철 등을 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 인정하기는 어려운 것으로 보인다. (나) 다음으로, 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 ○○금속 등과 위장거래한 것으로 볼 것인지 여부에 대하여 본다.

1. 위와 같은 사실관계 등을 종합하여 보면, ○○세무서장의 ○○자원에 대한 자료상조사내용 중 동 업체의 매입거래처인 ○○금속 등으로부터 ○○자원을 거치지 아니하고 청구법인으로 직송되고 있는 것으로 조사한 사실이 있고, ○○금속, △△자원 등이 ○○자원에 발행한 계량확인서를 청구법인이 보관하고 있으면서 증빙자료로 제시하였으며, 동 계량확인서상 거래금액 및 거래일자가 쟁점세금계산서의 공급대가 및 청구법인의 ○○자원에 대한 대금결제내역 및 거래일자와 대부분 일치하고 있고, 청구법인의 ○○자원 계좌에 대한 송금액 중 일부 금액이 주○○, 주△△ 및 김△△ 등 동 계량확인서를 발행한 업체의 대표에게 이체송금된 것으로 나타나고 있으며, 국세통합전산시스템에 의하면, 동 과세기간 중 청구법인의 이들 업체로부터 매입내역이 없고, 이들 업체의 ○○자원에 대한 매출신고액에 대하여 가공금액으로 감액경정된 사실이 없는 것으로 확인되고 있으며, ○○자원의 매출거래처 중 청구법인과 동일한 방식으로 거래한 주식회사 △△자원의 경우 위장거래로 처리된 점 및 △△세무서장이 주○○(○○금속 대표)의 ○○자원에 대한 매출신고액에 대하여 실제 청구법인 등에 매출한 위장거래로 결정한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 이들 업체로부터 실제 고철 등을 매입하고서 세금계산서는 ○○자원으로부터 위장수취한 것으로 판단된다.

2. 다만, △△세무서장이 ○○금속의 ○○자원에 대한 매출신고액에 대하여는 청구법인 등에 대한 위장매출로 인정하였으나, 위 계량확인서 금액 중 매출신고액을 초과한 금액에 대하여는 우리 심판원의 재조사결정에 따른 재조사결과, 실거래로 인정하지 아니한 바 있고, ●●금속, △△자원 및 ▲▲금속 등은 ○○자원에 대한 매출신고액이 없거나 위 금액과 다르게 신고한 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 동 계량확인서상 금액에 대하여 모두 청구법인과의 위장거래금액으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 ○○세무서장의 관련 조사자료 및 위의 업체들의 ○○자원에 대한 매출신고액 등을 재조사하여 위의 계량확인서상 금액 중 청구법인이 실제 거래한 것으로 볼 수 있는 금액을 확인하여 청구법인의 2003~2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 규정에 따라 10년간의 국세부과제척기간을 적용 받는 “사기 기타 부정한 행위”라 함은 납세자가 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 함으로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우를 의미한다 할 것이다.(국심 2006서434, 2006.7.27. 같은 뜻) (나) 이 건의 경우 청구법인은 2003년 제2기 과세기간 중 김○○ 외 7명으로부터 파동 등을 구입한 사실이 없음에도 이를 거래한 것처럼 허위로 기재하여 해당 매입세액을 부당하게 공제받고 그 공급가액을 손금산입하였고, 청구법인의 대표이사 류○○이 이들 매입처 명단을 실제와 달리 허위로 작성한 것을 인정하고 있는 바, 이는 과세관청의 조세징수를 현저하게 곤란하게 하는 적극적으로 부정한 행위를 한 경우에 해당되는 것으로 보여지므로 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.