기준시가 신고대상이나 청구인의 착오로 인하여 실지거래가액 신고한 경우

○○○세무서장이 2009.5.6. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 68,962,320원(2009.7.6. 48,262,030원으로 감액경정)의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1995.12.5. 취득한 ○○○ 대지 335.2㎡ 및 건물 164.44㎡(주택, 대지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2003.10.21. 양도 후 2003.12.16. 실지거래가액에 의하여 양도가액 260,000,000원, 취득가액 210,000,000원으로 하여 양도소득세 8,325,638원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 2008년 10월 ○○○세무서장이 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득한 ○○○에 대한 양도소득세 조사결과, 청구인의 쟁점부동산 실지양도가액이 358,000,000원이라고 과세자료를 통보함에 따라 2009.4.25. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 68,962,320원을 경정ㆍ고지하였다가 2009.7.6. 48,262,030원으로 정정하여 감액결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 양도할 시점인 2003.10.20. 현재 쟁점부동산 소재지인 ○○○은 일반지역으로서 기준시가로 양도차익을 계산할 경우 41백만원의 양도차손이 발생함에도, 청구인은 쟁점부동산의 연접구인 ○○○의 주택 및 토지 등이 2003.2.27. 2003.8.18. 2003.10.20. 투기지역으로 지정되자 쟁점부동산이 소재한 중구도 투기지역으로 지정된 줄 착각하고, 2003.9월 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 자진신고ㆍ납부하였던 것으로, 이 건은 기준시가로 신고할 경우 과세미달이 되어 오히려 이미 신고납부한 양도소득세가 환급이 되는 것인데 단순한 착각으로 기준시가보다 더 높은 실지거래가액으로 신고함으로 양도차익이 발생하여 양도소득세를 신고납부한 사실만으로도 억울한데 처분청은 이후 더 높은 양도가액이 확인되었다고 하여 이 건과 같이 과중한 세금을 또 부과하였으니 너무나 가혹한 처분이다. 심판원 심판례 ○○○ 2009.2.27.에 의하면, “실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 신고방법을 변경하는 경정청구를 허용하지 않겠다는 것은 당초 양도자가 기준시가로 신고할 수 있음에도 기준시가보다 낮은 허위의 실지거래가액으로 신고한 다음 과세관청이 실제 거래한 실지거래가액을 확인하여 기준시가 보다 높은 양도가액으로 과세하는 경우 기준시가로의 경정청구를 허용하게 되면 당초부터 성실하게 기준시가로 신고한 납세자와 형평이 맞지 아니하고, 실제 거래한 양도가액 등의 조사를 위한 막대한 행정력 낭비를 초래하게 되므로 이를 방지하기 위한 차원으로 해석하는 것이 합리적” 이라고 하여 기준시가보다 낮은 허위의 금액으로 신고한 경우에 한하는 것이라고 구 소득세법 제114조 제4항 단서 규정을 해석하고 있고, 또한 부산고법 ○○○(2008.11.7. 확정판결)에서 구 소득세법 제114조 제4항 단서의 해석과 관련하여, “...살피건데, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전에 구 소득세법 제96조 는 양도차익의 산정방식에 관하여 원칙적으로 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되 같은 조 단서에 의하여 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로 ‘양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우’를 들고 있는데, 이는 규정형식상 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익 산정에 관하여 기준시가 과세원칙에 대한 실질과세의 예외로서 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 취지의 규정으로 보아야 할 것인 점(○○○ 선고 99두7227 판결 등 참조), 따라서, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 는 그 규정취지로 보아 실지거래가액에 의한 양도차익이 기준시가에 의한 그것보아 낮아 납세자에게 유리한 경우를 전제로 하는 것으로 양도자의 신고가 있으면 어떤 경우이든 그 실지거래가액을 조사하여 조사된 가액을 기초로 하여 양도소득세를 부과할 수 있다는 취지는 아닌 것으로 보아야 하는 점, 비록 구 소득세법 제114조 제4항 단서를 신설한 입법의도가 납세자가 실지거래가액을 허위로 신고한 경우에 과세관청이 조사ㆍ확인한 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 경정하여도 그로 인한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세 보다 높은 경우 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세로 과세하여야 한다는 종래의 대법원 판결을 변경하기 위한 것이라 하더라도, 구 소득세법상 인정되는 기준시가 과세원칙, 당해 조문의 문언내용과 구 소득세법상의 조문체계 및 규정형식(특히, 양도소득과세표준 확정신고기한까지 신고한 경우에만 적용되도록 한 점) 등에 비추어, 위 단서 조항은 그와 같은 입법의도에도 불구하고 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 규정취지에 부합되게 해석하여야 할 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 구 소득세법 제114조 제4항 단서는 양도자가 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액에 의하되, 다만 그 확인된 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 상당하다.” 라고 판시하고 있으며, 동 판결은 피고인 ○○○세무서장이 대법원에 상고를 포기함으로써 확정된 판결로서, 이상의 판례를 참고하여 청구인의 억울함을 해소하여 주기를 앙망한다.
• 나. 처분청 의견 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 에서, ‘양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정’하도록 규정하고 있는 바, 이는 납세자에게 유리한 경우만을 한정한다고 보기 어려우며, 동법 제114조 제4항 단서에서 제96조 제1항 제6호에 의하여 실가 신고한 경우, 당해 신고가액이 사실과 달라 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 정한다고 명시적으로 규정하고 있으므로, 처분청이 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제114조 제4항 단서에 의하여 청구인이 당초 실지거래가액으로 신고한 양도가액에 대하여 이후 매수자의 양도소득세 실지조사 중 확인된 실지거래가액에 따라 청구인의 쟁점부동산 양도가액을 경정하고 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 기준시가 신고대상이나 청구인의 착오로 인하여 실지거래가액으로 신고하였음이 명백한 경우에도, 구 소득세법 제114조 제4항 단서를 적용하여 이후 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 경정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 귄리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (2) 소득세법 시행령(2004.8.30. 대통령령 제18529호로 개정되기 전의 것) 제162조의 3 【지정지역 기준 등】① 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 “대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다)을 말한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 과세경위를 보면, 청구인은 쟁점부동산을 1995.12.8. 취득하여 2003.10.21. ○○○에게 양도한 후, 2003.12.16. 실지거래가액에 의하여 양도가액 260,000,000원, 취득가액 210,000,000원으로 하여 양도소득세 8,325,638원을 신고ㆍ납부하였다.

○○○세무서장은 2008.10.24. ~ 2008.10.31. ○○○에 대한 양도소득세를 조사하면서 ○○○의 쟁점부동산의 취득가액(청구인의 양도가액)이 260,000,000원이 아닌 358,000,000원인 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 청구인의 쟁점부동산 실지양도가액을 358,000,000원으로 하여 2009.5.6. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 68,962,320원을 경정ㆍ고지하였다가 2009.7.6. 48,262,030원으로 오류 정정하여 감액결정하였다.

(2) 청구인은 당초 착오로 인하여 투기지역이 아닌 일반지역에 있는 쟁점부동산을 양도하고 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고납부한데 대하여, 처분청이 당초 실가로 신고된 양도가액이 과소신고되었다 하여 이 건 추가과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

(3) ○○○ 홈페이지에 등재된 쟁점부동산 인근 지역인 ○○○의 투기지역 지정 및 해제 현황은 아래 <표1>과 같으며, ○○○ 지역중 쟁점부동산이 소재한 ○○○를 제외한 다른 지역은 양도일(2003.10.21) 현재 주택투기지역으로 지정되어 실거래가 신고대상 지역인 것으로 확인되며, 쟁점부동산 양도일 전일(2003.10.20.)에 ○○○가 주택투기지역으로 지정된 것이 나타난다. <표1>○○○ 투기지역 지정 해제현황 (2008.11.7. 기준)

(4) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 기준시가 및 실지거래가액에 의한 쟁점부동산의 양도소득세액 비교표는 아래 <표2>와 같다. <표2> 세액 비교표 구 분 기준시가에 의한 계산 실거래가 당초 신고 처분청 실거래가 경정 양 도 가 액 213,946,320원 260,000,000원 358,000,000원 취 득 가 액 248,204,655원 210,000,000원 210,000,000원 필 요 경 비 7,446,139원 9,691,900원 9,691,900원 양 도 차 익 △41,704,474원 40,308,100원 138,308,100원 납부할 세액 0 8,325,630원 48,262,030원

(5) 우리원에서 쟁점부동산 토지의 공시지가를 인터넷으로 ○○○ 홈페이지를 통하여 조회한 바에 의하면, 양도당시 2003.1.1.기준 개별공시지가는 ㎡당 600,000원이며, 취득당시 1995.1.1.기준 개별공시지가는 ㎡당 700,000원인 것으로 확인되며, 양도일 현재 건물 기준시가는 12,826,320원, 취득일 현재 건물 기준시가는 13,564,655원으로 청구인의 쟁점부동산을 기준시가에 의하여 세액을 산출하면 양도차손이 발생하는 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보면, 첫째, ○○○의 주택투기지역 지정현황으로 볼 때 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 쟁점부동산이 속한 ○○○를 제외한 나머지 지역이 주택투기지역으로 지정되어 있고, ○○○의 경우는 양도일 전일에 주택투기지역으로 지정된 사실로 볼 때 쟁점부동산이 속한 ○○○를 주택투기지역 지정지역으로 착오하여 기준시가 신고세액이 ‘0’임에도 이를 실지거래가액으로 신고하였다는 청구주장에 신빙성이 있다고 보이는 점, 둘째, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96조 는 양도차익의 산정방식에 관하여 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되 같은 조 단서에 의하여 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로 ‘양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 들고 있는 바, 이는 그 규정형식상 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 취지의 규정으로 보아야 할 것인 점(○○○ 2000.4.11.선고○○○판결 등 참조), 셋째, 2001.12.31. 법률 제6557호로 구 소득세법 제114조 제4항 단서를 신설한 취지가 양도자가 실지거래가액을 허위로 신고한 경우에 과세관청이 조사ㆍ확인한 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 경정하여도 그로 인한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세 보다 높다 하더라도 확인된 실지거래가액에 의하여 과세하여야 한다는 것일지라도 이 사건과 같이 양도자가 당초에 기준시가 신고대상으로서 납부할 양도소득세가 없음에도 이를 착오하여 실지거래가액으로 신고하여 양도소득세를 납부한 경우에까지 이후에 조사ㆍ확인된 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 경정하는 것은 구 소득세법 제114조 제4항 단서의 신설 취지 및 구 소득세법상 인정되는 기준시가 과세원칙에도 부합되지 아니한 것으로 보이는 점, 넷째, 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 신고방법을 변경하는 경정청구를 허용하지 않겠다고 하는 것은 당초 양도자가 기준시가로 신고할 수 있음에도 기준시가보다 낮은 허위의 실지거래가액으로 신고한 다음 과세관청이 실지 거래한 실지거래가액을 확인하여 기준시가 보다 높은 양도가액으로 과세하는 경우 기준시가로 경정청구를 허용하게 되면 당초부터 성실하게 기준시가로 신고한 납세자와 형평성이 맞지 아니하고, 실지 거래한 양도가액 등의 조사를 위한 막대한 행정력 낭비를 초래하게 되므로 이를 방지하기 위한 차원으로 해석하는 것이 합리적이라 판단되므로 당초 청구인이 기준시가로 쟁점부동산의 양도차익을 산정하여 신고할 수 있는 경우로서 청구인이 이를 착오하여 실지거래가액으로 신고하였다면 경정청구를 허용하는 것이 법령 취지에 부합하는 것으로 보이는 점(○○○2009.2.27. 같은 뜻)등으로 볼 때, 청구인이 당초 기준시가 신고대상으로 납부할 양도소득세가 없음에도 이를 착오하여 실지거래가액으로 신고ㆍ납부하였음에도 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 처분청이 이후에 확인된 실지양도가액 358,000,000원으로 경정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.